BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-268E14
Chromosome8 (Build37)
Map Location 108,959,526 - 109,113,064
singlet/doubletdoublet
Overlap gene6030452D12Rik, Cdh3, LOC100042734
Upstream geneLrrc36, 2700055K07Rik, Zdhhc1, LOC667837, Hsd11b2, Atp6v0d1, Agrp, EG667846, 2310066E14Rik, LOC546100, Ctcf, EG546101, D130029J02Rik, Acd, Pard6a, E130303B06Rik, 4933405L10Rik, Gfod2, Ranbp10, Tsnaxip1, Cenpt, LOC100041617, Thap11, Nutf2, Edc4, Nrn1l, Pskh1, Ctrl, Psmb10, Lcat, Slc12a4, Dpep3, Dpep2, Ddx28, Dus2l, Nfatc3, Rbm35b, Lypla3, Slc7a6, Slc7a6os, Prmt7, Smpd3, Zfp90
Downstream geneCdh1, Tmco7, Has3, 5830457O10Rik, Cirh1a, EG234703, Sntb2, Vps4a, Cog8, Nip7, Tmed6, Terf2, EG667847, Cyb5b, LOC100042791, Nfat5, Nqo1, Nob1, Wwp2, LOC100042812, Psmd7
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-268E14.bB6Ng01-268E14.g
ACCGA071185GA071186
length1,170652
definitionB6Ng01-268E14.b B6Ng01-268E14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(108,959,526 - 108,960,694)(109,112,413 - 109,113,064)
sequence
gaattctttgtcagttgacaattcactgtctctggcctcaaagtcacttt
gtagccagcccaaggcagctcaaattggtggcagtcctcttgcctcagac
tcccagatcctggggaccacctgggggtcactgtggctatctcatgcatt
tctttgtagccctatctccccctttacccacctctgccatgtgtttatca
gtatctttgagtttttgtatggctgtataaaatgggtagtggtccttcat
gttaatatgactttactttaattgttttatatttatttcatatcagcacg
catacttgctgtggaagtatagaggtcaggagataacctgcgagggtagc
tagtctctgactaccatgtgtatcctagagaatgaactcaggttgttatg
ggtagggacaagcacttttacaccctaggccaccttaccagtcataaatt
cttttctaagaggcatcttgctgttactagtcagctgactcgggagggcc
cgttggtcttctcaaatagaaatcatagttaaagggaggtaactatttta
gtattggtagacccggtcccttgagtgtcaaaagcttgtgggctggctga
cagactcagaaccgtatagctttatgtcccaagaactaaaagctaatggc
tccaagctttagggtccacagacctatggctgtagggactcaccctagag
gctttaatgtctctgggctttgtcaatagaccagctctcagtagcagcca
gtgtaacctcagactcagaagcagcagcagcaacaacaacaacagaagca
gcagcagcagcagcgaacatcacctagtgttggagctctcaaacctcagc
catatccctttacatcttgcatgctgctatgggtgtaaggaccatcaact
ctcaagggcttagcagcttccaggaactcttccagcggtcagggcctgca
tccctcatctttgggccttggatacctctatttccagggtcctgtatcat
cttgcctgtctctgcatctctctctggaactctggatgccctctgccatt
gctgttgctgcacgctgctttgcttgtcttctcacgctacagctcagccc
actgtactggtgaatagagaaatcaaaagtagcaaggaagttaagttcct
cggcactcaggaaccagagg
gaattctaaggtagccaatctctgtagagagagagaccctgtctcaaaga
gaaaaacaaacaaacaaacaaaaaacagaaaacaaacaaaacaccccagg
tgcggtaagctaagtaaacacagcagacaggaaatgttaagtaaacatta
actattatcatttccacagtgcacattactcagtggccagggcttttcct
gagccaagtccacagagagcaggccctctccagcctagagagttagtcag
tcagacctcctgataaggggtggtaggtctctcccattgtacaaataact
ttggtcttagtgatgactgatcaggactgagaacggctgttaaggccaaa
agctctgcagcaacctgtgtcacctccatgcaaacaaacaaacaaacaaa
aaaaaaaaaaagagagagagagagagagactgcctcccttctcagagtgg
ggtgtgtgtgtgtggaggaatcaggccaatatcagacccagcctagggga
gagagaaagcccctcccaaagggcaagccctcttgaagtttgccagccaa
tgaaaatagctccttgacagtcagtttcaccctggctagatagaatcaca
gataccaagggaagggctggaaattcactgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
tg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_108959526_108960694
seq2: B6Ng01-268E14.b_47_1216

seq1  GAATTCTTTGTCAGTTGACAATTCACTGTCTCTGGCCTCAAAGTCACTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGTCAGTTGACAATTCACTGTCTCTGGCCTCAAAGTCACTTT  50

seq1  GTAGCCAGCCCAAGGCAGCTCAAATTGGTGGCAGTCCTCTTGCCTCAGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCCAGCCCAAGGCAGCTCAAATTGGTGGCAGTCCTCTTGCCTCAGAC  100

seq1  TCCCAGATCCTGGGGACCACCTGGGGGTCACTGTGGCTATCTCATGCATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGATCCTGGGGACCACCTGGGGGTCACTGTGGCTATCTCATGCATT  150

seq1  TCTTTGTAGCCCTATCTCCCCCTTTACCCACCTCTGCCATGTGTTTATCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGTAGCCCTATCTCCCCCTTTACCCACCTCTGCCATGTGTTTATCA  200

seq1  GTATCTTTGAGTTTTTGTATGGCTGTATAAAATGGGTAGTGGTCCTTCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCTTTGAGTTTTTGTATGGCTGTATAAAATGGGTAGTGGTCCTTCAT  250

seq1  GTTAATATGACTTTACTTTAATTGTTTTATATTTATTTCATATCAGCACG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAATATGACTTTACTTTAATTGTTTTATATTTATTTCATATCAGCACG  300

seq1  CATACTTGCTGTGGAAGTATAGAGGTCAGGAGATAACCTGCGAGGGTAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACTTGCTGTGGAAGTATAGAGGTCAGGAGATAACCTGCGAGGGTAGC  350

seq1  TAGTCTCTGACTACCATGTGTATCCTAGAGAATGAACTCAGGTTGTTATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCTCTGACTACCATGTGTATCCTAGAGAATGAACTCAGGTTGTTATG  400

seq1  GGTAGGGACAAGCACTTTTACACCCTAGGCCACCTTACCAGTCATAAATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGGGACAAGCACTTTTACACCCTAGGCCACCTTACCAGTCATAAATT  450

seq1  CTTTTCTAAGAGGCATCTTGCTGTTACTAGTCAGCTGACTCGGGAGGGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCTAAGAGGCATCTTGCTGTTACTAGTCAGCTGACTCGGGAGGGCC  500

seq1  CGTTGGTCTTCTCAAATAGAAATCATAGTTAAAGGGAGGTAACTATTTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTGGTCTTCTCAAATAGAAATCATAGTTAAAGGGAGGTAACTATTTTA  550

seq1  GTATTGGTAGACCCGGTCCCTTGAGTGTCAAAAGCTTGTGGGCTGGCTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTGGTAGACCCGGTCCCTTGAGTGTCAAAAGCTTGTGGGCTGGCTGA  600

seq1  CAGACTCAGAACCGTATAGCTTTATGTCCCAAGAACTAAAAGCTAATGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTCAGAACCGTATAGCTTTATGTCCCAAGAACTAAAAGCTAATGGC  650

seq1  TCCAAGCTTTAGGGTCCACAGACCTATGGCTGTAGGGACTCACCCTAGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGCTTTAGGGTCCACAGACCTATGGCTGTAGGGACTCACCCTAGAG  700

seq1  GCTTTAATGTCTCTGGGCTTTGTCAATAGACCAGCTCTCAGTAGCAGCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTAATGTCTCTGGGCTTTGTCAATAGACCAGCTCTCAGTAGCAGCCA  750

seq1  GTGTAACCTCAGACTCAGAAGCAGCAGCAGCAACAACAACAACAGAAGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAACCTCAGACTCAGAAGCAGCAGCAGCAACAACAACAACAGAAGCA  800

seq1  GCAGCAGCAGCAGCGAACATCACCTAGTGTTGGAGCTCTCAAACCTCAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCAGCAGCAGCGAACATCACCTAGTGTTGGAGCTCTCAAACCTCAGC  850

seq1  CATATCCCTTTACATCTTGCATGCTGCTATGGGTGTAAGGACCATCAACT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATCCCTTTACATCTTGCATGCTGCTATGGGTGTAAGGACCATCAACT  900

seq1  CTCAA-GGCTTAGCAGCTTCCAGGAACTCTTCCAGCGGTCAGGGCCTGCA  949
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGGGCTTAGCAGCTTCCAGGAACTCTTCCAGCGGTCAGGGCCTGCA  950

seq1  TCCCTCATCTTT-GGCCTTGGATAACCTCTATTTCCAGGGTCCTGTATCA  998
      |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCATCTTTGGGCCTTGGAT-ACCTCTATTTCCAGGGTCCTGTATCA  999

seq1  TCTTGCCTGTCTCTGCATCTCTCTCTGGAACTCTGGATGCCCTCTTGCCA  1048
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TCTTGCCTGTCTCTGCATCTCTCTCTGGAACTCTGGATGCCCTC-TGCCA  1048

seq1  TTGCTGTTGCTGCCACGGCTGCTTTGCTTGTCTTCTCACGCTACCAGCTC  1098
      |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TTGCTGTTGCTG-CAC-GCTGCTTTGCTTGTCTTCTCACGCTA-CAGCTC  1095

seq1  AGCCCACTGTACCTGTG---ATAGAAATCAAAAGTAAGCAAAGAAGTTTA  1145
      ||||||||||||  |||   | ||||||||||||| ||||| |||||| |
seq2  AGCCCACTGTACTGGTGAATAGAGAAATCAAAAGT-AGCAAGGAAGTTAA  1144

seq1  GT--CTCGGCACTCAGGAGACAGAGG  1169
      ||  ||||||||||||||  ||||||
seq2  GTTCCTCGGCACTCAGGAACCAGAGG  1170

seq1: chr8_109112413_109113064
seq2: B6Ng01-268E14.g_65_716 (reverse)

seq1  CACACACACACACACACACACACAGTGAATTTCCAGCCCTTCCCTTGGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACAGTGAATTTCCAGCCCTTCCCTTGGTA  50

seq1  TCTGTGATTCTATCTAGCCAGGGTGAAACTGACTGTCAAGGAGCTATTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGATTCTATCTAGCCAGGGTGAAACTGACTGTCAAGGAGCTATTTT  100

seq1  CATTGGCTGGCAAACTTCAAGAGGGCTTGCCCTTTGGGAGGGGCTTTCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGGCTGGCAAACTTCAAGAGGGCTTGCCCTTTGGGAGGGGCTTTCTC  150

seq1  TCTCCCCTAGGCTGGGTCTGATATTGGCCTGATTCCTCCACACACACACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCCTAGGCTGGGTCTGATATTGGCCTGATTCCTCCACACACACACA  200

seq1  CCCCACTCTGAGAAGGGAGGCAGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTTTTTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACTCTGAGAAGGGAGGCAGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTTTTTTT  250

seq1  TTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGCATGGAGGTGACACAGGTTGCTGCAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGCATGGAGGTGACACAGGTTGCTGCAGAG  300

seq1  CTTTTGGCCTTAACAGCCGTTCTCAGTCCTGATCAGTCATCACTAAGACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGGCCTTAACAGCCGTTCTCAGTCCTGATCAGTCATCACTAAGACC  350

seq1  AAAGTTATTTGTACAATGGGAGAGACCTACCACCCCTTATCAGGAGGTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTATTTGTACAATGGGAGAGACCTACCACCCCTTATCAGGAGGTCT  400

seq1  GACTGACTAACTCTCTAGGCTGGAGAGGGCCTGCTCTCTGTGGACTTGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGACTAACTCTCTAGGCTGGAGAGGGCCTGCTCTCTGTGGACTTGGC  450

seq1  TCAGGAAAAGCCCTGGCCACTGAGTAATGTGCACTGTGGAAATGATAATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAAAAGCCCTGGCCACTGAGTAATGTGCACTGTGGAAATGATAATA  500

seq1  GTTAATGTTTACTTAACATTTCCTGTCTGCTGTGTTTACTTAGCTTACCG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAATGTTTACTTAACATTTCCTGTCTGCTGTGTTTACTTAGCTTACCG  550

seq1  CACCTGGGGTGTTTTGTTTGTTTTCTGTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGGGGTGTTTTGTTTGTTTTCTGTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTT  600

seq1  TCTCTTTGAGACAGGGTCTCTCTCTCTACAGAGATTGGCTACCTTAGAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTTGAGACAGGGTCTCTCTCTCTACAGAGATTGGCTACCTTAGAAT  650

seq1  TC  652
      ||
seq2  TC  652