BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-273P07
Chromosome8 (Build37)
Map Location 107,111,431 - 107,250,308
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4833426J09Rik, Cdh16, Rrad, 1110019N10Rik, EG637550, LOC382052, LOC100041473
Upstream geneLOC100041397, LOC667656, Cdh5, Bean, Tk2, Cklf, Cmtm2a, Cmtm2b, Cmtm3, Cmtm4, Dync1li2, Ccdc79, Appbp1, Car7, LOC628007
Downstream geneCes6, LOC628050, 4932416K20Rik, BC015286, Matr3-ps2, Ces2, LOC667754, LOC667760, Ces5, 2310038E17Rik, 2210023G05Rik, LOC436058, EG436059, Es31, EG13909, LOC667774, BC026374, LOC100042408, Cbfb, D230025D16Rik, C76566, Tradd, Fbxl8, Hsf4, Nol3, 4931428F04Rik, Exoc3l, E2f4, Elmo3, Lrrc29, Hspc171, Fhod1, Slc9a5, Plekhg4, Kctd19, Lrrc36, 2700055K07Rik, Zdhhc1, LOC667837, Hsd11b2, Atp6v0d1, Agrp, EG667846, 2310066E14Rik, LOC546100, Ctcf, EG546101, D130029J02Rik, Acd, Pard6a, E130303B06Rik, 4933405L10Rik, Gfod2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-273P07.bB6Ng01-273P07.g
ACCGA075388GA075389
length946979
definitionB6Ng01-273P07.b B6Ng01-273P07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(107,249,368 - 107,250,308)(107,111,431 - 107,112,121)
sequence
gaattccgtgtactttatagagctatgctgtaaagttagtgctgctgtgc
tattgaagtgtgtctgatactgtgttaagcagctagcaggagagcatggg
tcacaattaacttgggcaagatcccacagatgactaaaattatcctgtaa
aagttccacttgatggtgtaaatttacctaattggaagagctggtttacc
tggaactgtttatctaaagttgggtggtggagagtaccaggtttgcatat
attgagtgccacggctgtctgcacagagttttgcaaggctacaatctcag
tggctgtagctgctgcagctaagagccctaccactgtggcagcaatgatg
gcagatatgccaaaatctctttttgaatgatgcagggatgggacatcatc
agagatgacaggttccttagtccagccatcagtggcatttactgggactg
gtggttgtactggctgattttgtgtcaacttgacacaggctggagttatc
acagagataggagcttccattggggaaatgccttcatgaggtcctgctgt
ggggcattttttcaggtggcaattaagggaatagggccccttgtgggtgg
taccatctctgggccagtagtcctgggttctataagagagcaggctgagc
aagccaggtgaagcaagccagtaagaaacatccctccatagcctctgcat
cagctcttgcttcctgacctgcttgagttccagtcctgacttcctttggt
gatgaacagcaatgtgaatgtgttcacatttcctccccaacttgcttctg
ggtcatgatgtttgcacaggaattaagacagtggtggttctcagtgaagt
atggcagtatcccctggttcactggatccctgctggggggagagaatgca
gttcaatctctaaatagttaactttgccattgagaagtgccacttt
gaattctcacatttataagcttttgttgagtaaaccttgttccttgatgc
aaaactactgctaaataaaattggctaaggccaattactggagggactag
aagtaggtgtgtcctgagttacttggttgggggtagagaagatgaaagac
caggtggagaaggaggagacaagaggaggaagctgctatgaggagagatg
gacgatgagcacaaagccaggggaaacagcatgtatttggggtacactac
tggtattggtagtcaggtcaatagttagaaaggtaggttaggggttaccc
taataataataaaataaccatagtctgagtctcatttatttgtaagccag
tcagggataagcttaaaggggttatactacagttaggtctagagtaagag
gatgaggggtcggggtgggggacagataggtcttcctaggaaagagaaat
agaacgcaattgcacctaaggctccagaatcattacagaaagtggggcag
ggggaagctcataagagccggaggaacaggaatgcgctgtgcaagttcat
ctagaaaggtcagaagctacactcatgacatctcatcaacatgactgcct
aaagaaagatgtgatcaaggagcggacatgctaccaaggaagggagcctt
aactcttggaagagaactgtagggaatttgaaggaattaagagaactaag
gaattcgaagactgggagaaataggcttcccctggaaagaagtccacagt
tagctagccaataccaagcggtcagccctcagtcacaactataaacgaaa
gttagatgcacactacaggtggtgtgtgtatgctttcctgcttaggtgag
gctcacaaacctcattagccataatgctaaggcgtcttttagtcctatgc
tctgccgttcttggtccttaggtgcaccaattcaatggccggtggaattt
ccctcttaaacaagtttaagtaaaattcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_107249368_107250308
seq2: B6Ng01-273P07.b_50_995 (reverse)

seq1  AAAGTGGCAC-TCTCAATGCCAAGTTAAACTGTTTAGAGA-TGAACTGCA  48
      |||||||||| |||||||| |||  | |||| |||||||| |||||||||
seq2  AAAGTGGCACTTCTCAATGGCAAAGTTAACTATTTAGAGATTGAACTGCA  50

seq1  TTCTCT-CCCCCAGCAGGGATCCAGTGAAC--AGGGATACTGCCATACTT  95
      |||||| |||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||
seq2  TTCTCTCCCCCCAGCAGGGATCCAGTGAACCAGGGGATACTGCCATACTT  100

seq1  CACTGAGAACCACCACTGTCTTAATTCCTGTGCAAACATCATGACCAAGA  145
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CACTGAGAACCACCACTGTCTTAATTCCTGTGCAAACATCATGACCCAGA  150

seq1  AGCAAGTTGGGGAGGAAATGTGAACACATTCACATTGCTGTTCATCACCA  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGTTGGGGAGGAAATGTGAACACATTCACATTGCTGTTCATCACCA  200

seq1  AAGGAAGTCAGGACTGGAACTCAAGCAGGTCAGGAAGCAAGAGCTGATGC  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAGTCAGGACTGGAACTCAAGCAGGTCAGGAAGCAAGAGCTGATGC  250

seq1  AGAGGCTATGGAGGGATGTTTCTTACTGGCTTGCTTCACCTGGCTTGCTC  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCTATGGAGGGATGTTTCTTACTGGCTTGCTTCACCTGGCTTGCTC  300

seq1  AGCCTGCTCTCTTATAGAACCCAGGACTACTGGCCCAGAGATGGTACCAC  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGCTCTCTTATAGAACCCAGGACTACTGGCCCAGAGATGGTACCAC  350

seq1  CCACAAGGGGCCCTATTCCCTTAATTGCCACCTGAAAAAATGCCCCACAG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAAGGGGCCCTATTCCCTTAATTGCCACCTGAAAAAATGCCCCACAG  400

seq1  CAGGACCTCATGAAGGCATTTCCCCAATGGAAGCTCCTATCTCTGTGATA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGACCTCATGAAGGCATTTCCCCAATGGAAGCTCCTATCTCTGTGATA  450

seq1  ACTCCAGCCTGTGTCAAGTTGACACAAAATCAGCCAGTACAACCACCAGT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCAGCCTGTGTCAAGTTGACACAAAATCAGCCAGTACAACCACCAGT  500

seq1  CCCAGTAAATGCCACTGATGGCTGGACTAAGGAACCTGTCATCTCTGATG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGTAAATGCCACTGATGGCTGGACTAAGGAACCTGTCATCTCTGATG  550

seq1  ATGTCCCATCCCTGCATCATTCAAAAAGAGATTTTGGCATATCTGCCATC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCCCATCCCTGCATCATTCAAAAAGAGATTTTGGCATATCTGCCATC  600

seq1  ATTGCTGCCACAGTGGTAGGGCTCTTAGCTGCAGCAGCTACAGCCACTGA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTGCCACAGTGGTAGGGCTCTTAGCTGCAGCAGCTACAGCCACTGA  650

seq1  GATTGTAGCCTTGCAAAACTCTGTGCAGACAGCCGTGGCACTCAATATAT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGTAGCCTTGCAAAACTCTGTGCAGACAGCCGTGGCACTCAATATAT  700

seq1  GCAAACCTGGTACTCTCCACCACCCAACTTTAGATAAACAGTTCCAGGTA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAACCTGGTACTCTCCACCACCCAACTTTAGATAAACAGTTCCAGGTA  750

seq1  AACCAGCTCTTCCAATTAGGTAAATTTACACCATCAAGTGGAACTTTTAC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAGCTCTTCCAATTAGGTAAATTTACACCATCAAGTGGAACTTTTAC  800

seq1  AGGATAATTTTAGTCATCTGTGGGATCTTGCCCAAGTTAATTGTGACCCA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATAATTTTAGTCATCTGTGGGATCTTGCCCAAGTTAATTGTGACCCA  850

seq1  TGCTCTCCTGCTAGCTGCTTAACACAGTATCAGACACACTTCAATAGCAC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTCCTGCTAGCTGCTTAACACAGTATCAGACACACTTCAATAGCAC  900

seq1  AGCAGCACTAACTTTACAGCATAGCTCTATAAAGTACACGGAATTC  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCACTAACTTTACAGCATAGCTCTATAAAGTACACGGAATTC  946

seq1: chr8_107111431_107112121
seq2: B6Ng01-273P07.g_349_1046

seq1  GGTAGGTTAGGGGTTACCCTAATAATAATAAAATAACCATAGTCTGAGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGGTTAGGGGTTACCCTAATAATAATAAAATAACCATAGTCTGAGTC  50

seq1  TCATTTATTTGTAAGCCAGTCAGGGATAAGCTTAAAGGGGTTATACTACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTATTTGTAAGCCAGTCAGGGATAAGCTTAAAGGGGTTATACTACA  100

seq1  GTTAGGTCTAGAGTAAGAGGATGAGGGGTCGGGGTGGGGGACAGATAGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGGTCTAGAGTAAGAGGATGAGGGGTCGGGGTGGGGGACAGATAGGT  150

seq1  CTTCCTAGGAAAGAGAAATAGAACGCAATTGCACCTAAGGCTCCAGAATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTAGGAAAGAGAAATAGAACGCAATTGCACCTAAGGCTCCAGAATC  200

seq1  ATTACAGAAAGTGGGGCAGGGGGAAGCTCATAAGAGCCGGAGGAACAGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACAGAAAGTGGGGCAGGGGGAAGCTCATAAGAGCCGGAGGAACAGGA  250

seq1  ATGCGCTGTGCAAGTTCATCTAGAAAGGTCAGAAGCTACACTCATGACAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCGCTGTGCAAGTTCATCTAGAAAGGTCAGAAGCTACACTCATGACAT  300

seq1  CTCATCAACATGACTGCCTAAAGAAAGATGTGATCAAGGAGCGGACATGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATCAACATGACTGCCTAAAGAAAGATGTGATCAAGGAGCGGACATGC  350

seq1  TACCAAGGAAGGGAGCCTTAACTCTTGGAAGAGAACTGTAGGGAATTTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAAGGAAGGGAGCCTTAACTCTTGGAAGAGAACTGTAGGGAATTTGA  400

seq1  AGGAATTAAGAGAACTAAGGAATTCGAAGACTGGGAGAAATAGGCTTCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATTAAGAGAACTAAGGAATTCGAAGACTGGGAGAAATAGGCTTCCC  450

seq1  CTGGAAAGAAGTCCACAGTTAGCTAGCCAATACCAAGCGGTCAGCCCTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAAAGAAGTCCACAGTTAGCTAGCCAATACCAAGCGGTCAGCCCTCA  500

seq1  GTCACAACTATAAACGAAAGTTAGATGCACACTACAGGTGGTGTGTGTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACAACTATAAACGAAAGTTAGATGCACACTACAGGTGGTGTGTGTAT  550

seq1  GCTTTCCTGCTTAGGTGAGGCTCACAAACCTCATTAGCCATAATGCTAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GCTTTCCTGCTTAGGTGAGGCTCACAAACCTCATTAGCCATAATGCTAAG  600

seq1  GCGTTCTTTAGTCCTATGCTCTGCCG-TCTTTGTCCTTAGGTGGCACC-A  648
      ||||  |||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||| |
seq2  GCGTCTTTTAGTCCTATGCTCTGCCGTTCTTGGTCCTTAGGT-GCACCAA  649

seq1  TTCAATGGCC-GTG--ATTT-CCTCTTAAACAAGTTAAA--TAAATTCC  691
      |||||||||| |||  |||| ||||||||||||||| ||   |||||||
seq2  TTCAATGGCCGGTGGAATTTCCCTCTTAAACAAGTTTAAGTAAAATTCC  698