BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-274A14
Chromosome8 (Build37)
Map Location 106,846,333 - 106,958,141
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCmtm2b, Cmtm3, Cmtm4, Dync1li2
Upstream gene1600027J07Rik, LOC100041397, LOC667656, Cdh5, Bean, Tk2, Cklf, Cmtm2a
Downstream geneCcdc79, Appbp1, Car7, LOC628007, 4833426J09Rik, Cdh16, Rrad, 1110019N10Rik, EG637550, LOC382052, LOC100041473, Ces6, LOC628050, 4932416K20Rik, BC015286, Matr3-ps2, Ces2, LOC667754, LOC667760, Ces5, 2310038E17Rik, 2210023G05Rik, LOC436058, EG436059, Es31, EG13909, LOC667774, BC026374, LOC100042408, Cbfb, D230025D16Rik, C76566, Tradd, Fbxl8, Hsf4, Nol3, 4931428F04Rik, Exoc3l, E2f4, Elmo3, Lrrc29, Hspc171, Fhod1, Slc9a5, Plekhg4, Kctd19, Lrrc36
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-274A14.bB6Ng01-274A14.g
ACCGA075446GA075447
length1,1431,132
definitionB6Ng01-274A14.b B6Ng01-274A14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(106,846,333 - 106,847,460)(106,957,028 - 106,958,141)
sequence
gaattcagagacagcaataaagacttctgggcgcagggacatgcagagtg
caagtctctgattatggtaaactagattggaatgacagaggtgttggtgc
gggtgggggtggggttcctcaaaagcagggtagagcccttgcaacccctc
cggtgtacgtatatttttccattcagatcctcctcattgctgcaatggtc
tgtttccaaagagtggccactcatccaattgtaatcctgctgcttactat
ggaactgtcaatctgtgctttcttcttcttcctctactccttagccatca
acagatacattcccttcgtcttctggcctatgatggtaagtaaaaaacgg
taggaaggtgatgtgggtcacattctagccactggaggaaaaaaaaaaaa
agacaaccttgccccctctaccggtgctcgggctgggaagctgggttgga
gagggaaagccaggcaggagatgctcccaaaaaatgtaactgtgctgggt
caaagagagaagaaccaaaggctttgctgtcctcagaaatagggaaggtg
aggcgagcgtggtagcgcacgcctttaatcccagcactcgggaggcatag
gcaggcggatcttaatttgatgccagcctggtctacaaagtgagttccag
gacagccagggctatacagagaaaccctgtctcaaaaaaacaatcaatca
atcaatcaatcaatagaaataaagacggcataacaactagccatttctga
taatgctggcatatatctcattgggatatcattctagcattcaaaaaaag
aaaatcagactctgcataaaccagtacagtaaaatgaagcaaatatcaat
catgtgggagaaaagtgtcaggtcaagaccccagctattccttggggttt
tcttttccgtttattgttttgagaattcctttatgagttcaagtgcagtg
ggattttcaggtacaaagggagtaatttggtaaaattggtggctctccat
tttgactcgtaggcttggggttaatgttaaggacttgctatcacaccagc
atgttcccttcccacaggccatctgagttatcgtatgccaaaccccataa
gcattagtcaattacatggcaaagatacaggaatgtagttttt
gaattccagtgctaagctagtcttctcctttttaaaaatttagtctagat
gcagagactctgggatggtgtaagtaaatcataaaccattctggaaacac
ctttacaggcacacctagaggcgcgtctcctaagcggtttatttgcttat
ttttaatgtctgtgtggctctggttcacctgggattcactagagtgggct
ggccttagagagatcaacctgtggcccttgacccctttaggggttgaacc
tccctttcacggggttgcatatcaaatatttacattgagattcataacag
caaaattacaattatgaagtagcaaagaaaataattgtatagttgggtgt
caccacaatgtgaagaactgttttttttttttttttttttttttttgaag
tgttgtagcattaggaaggttgagaagcactgatttagagtaactagttt
ccttcaggacttgtaggctactctcaccatgtgacctatacagaagactg
aactggcgggctcctggaataggtgatccggctgctctaccccctccctt
cccactgtagcttagctcacctctatcttgaccctggctctgccctgctc
cctgttggggaagcccttgacaaatgccttctctgctcttgggcaatcag
atgtcaccccgacagttaaccactgcatttttttattgacttgactgtta
aaagagaaattcctttaagctcctacaacaacatcacattttctggctat
gttcaacatagtatggagatgaccttggttgatttctttttgttgacaat
gaagtttgacccattagtctctgcctttgtgagaaacaaaggaaacaaag
gaagggatgttgagatggctcagtctgtggctcagtctataaaactattg
cctgtgggggcatgaggaccagaagtttagtcctccaccccgtgtaacag
ctaaggtgtggggagcagcaacaattcctagcactgggggagggggaatg
ggaaggttcccgaagccagtcatgcttaaattggtgaaattccagggttc
agcaagaagacctgtgtgtccaaaaagagggtgaaaggcaattaggtaag
agtgtcaccacctttagaacttatgtactgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_106846333_106847460
seq2: B6Ng01-274A14.b_45_1187

seq1  GAATTCAGAGACAGCAATAAAGACTTCTGGGCGCAGGGACATGCAGAGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAGACAGCAATAAAGACTTCTGGGCGCAGGGACATGCAGAGTG  50

seq1  CAAGTCTCTGATTATGGTAAACTAGATTGGAATGACAGAGGTGTTGGTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTCTCTGATTATGGTAAACTAGATTGGAATGACAGAGGTGTTGGTGC  100

seq1  GGGTGGGGGTGGGGTTCCTCAAAAGCAGGGTAGAGCCCTTGCAACCCCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGGGGTGGGGTTCCTCAAAAGCAGGGTAGAGCCCTTGCAACCCCTC  150

seq1  CGGTGTACGTATATTTTTCCATTCAGATCCTCCTCATTGCTGCAATGGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTGTACGTATATTTTTCCATTCAGATCCTCCTCATTGCTGCAATGGTC  200

seq1  TGTTTCCAAAGAGTGGCCACTCATCCAATTGTAATCCTGCTGCTTACTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCCAAAGAGTGGCCACTCATCCAATTGTAATCCTGCTGCTTACTAT  250

seq1  GGAACTGTCAATCTGTGCTTTCTTCTTCTTCCTCTACTCCTTAGCCATCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTGTCAATCTGTGCTTTCTTCTTCTTCCTCTACTCCTTAGCCATCA  300

seq1  ACAGATACATTCCCTTCGTCTTCTGGCCTATGATGGTAAGTAAAAAACGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATACATTCCCTTCGTCTTCTGGCCTATGATGGTAAGTAAAAAACGG  350

seq1  TAGGAAGGTGATGTGGGTCACATTCTAGCCACTGGAGGAAAAAAAAAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAAGGTGATGTGGGTCACATTCTAGCCACTGGAGGAAAAAAAAAAAA  400

seq1  AGACAACCTTGCCCCCTCTACCGGTGCTCGGGCTGGGAAGCTGGGTTGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAACCTTGCCCCCTCTACCGGTGCTCGGGCTGGGAAGCTGGGTTGGA  450

seq1  GAGGGAAAGCCAGGCAGGAGATGCTCCCAAAAAATGTAACTGTGCTGGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGAAAGCCAGGCAGGAGATGCTCCCAAAAAATGTAACTGTGCTGGGT  500

seq1  CAAAGAGAGAAGAACCAAAGGCTTTGCTGTCCTCAGAAATAGGGAAGGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAGAGAAGAACCAAAGGCTTTGCTGTCCTCAGAAATAGGGAAGGTG  550

seq1  AGGCGAGCGTGGTAGCGCACGCCTTTAATCCCAGCACTCGGGAGGCATAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCGAGCGTGGTAGCGCACGCCTTTAATCCCAGCACTCGGGAGGCATAG  600

seq1  GCAGGCGGATCTTAATTTGATGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGCGGATCTTAATTTGATGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAG  650

seq1  GACAGCCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAAACAATCAATCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGCCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAAACAATCAATCA  700

seq1  ATCAATCAATCAATAGAAATAAAGACGGCATAACAACTAGCCATTTCTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATCAATCAATAGAAATAAAGACGGCATAACAACTAGCCATTTCTGA  750

seq1  TAATGCTGGCATATATCTCATTGGGATATCATTCTAGCATTCAAAAAAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCTGGCATATATCTCATTGGGATATCATTCTAGCATTCAAAAAAAG  800

seq1  AAAATCAGACTCTGCATAAACCAGTACAGTAAAATGAAGCAAATATCAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCAGACTCTGCATAAACCAGTACAGTAAAATGAAGCAAATATCAAT  850

seq1  CATGTGGGAGAAAAGTGTCAGGTCAAGACCCCAGCTATTCCTTGGGGTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGGGAGAAAAGTGTCAGGTCAAGACCCCAGCTATTCCTTGGGGTTT  900

seq1  --CTTTCCG-TTATTG-TTTGAGAATTCCTTTATGAGGTTCAAGTGCAGG  946
         |||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| 
seq2  TCTTTTCCGTTTATTGTTTTGAGAATTCCTTTATGA-GTTCAAGTGCAGT  949

seq1  GGGA-TTTCAGGTACAAAGGGAGTAATTTGGTAAAATT-GTGGCTCTCCA  994
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GGGATTTTCAGGTACAAAGGGAGTAATTTGGTAAAATTGGTGGCTCTCCA  999

seq1  TTTTGACTCGTAGGCTTGGG--TTATG-TAAGGACTTGC--TCACA-CAG  1038
      ||||||||||||||||||||  | ||| |||||||||||  ||||| |||
seq2  TTTTGACTCGTAGGCTTGGGGTTAATGTTAAGGACTTGCTATCACACCAG  1049

seq1  CATG-TCCCTTCCCACAGTGCATCTGATTTTAATCGTATGC--AACCCCA  1085
      |||| |||||||||||||  ||||||| ||  |||||||||  |||||||
seq2  CATGTTCCCTTCCCACAGGCCATCTGAGTT--ATCGTATGCCAAACCCCA  1097

seq1  ATTAAGCA-TAGTC-ATTACATGGGAA--ATACAGG-ATGTAGTTTTT  1128
        |||||| ||||| ||||||||| ||  ||||||| |||||||||||
seq2  --TAAGCATTAGTCAATTACATGGCAAAGATACAGGAATGTAGTTTTT  1143

seq1: chr8_106957028_106958141
seq2: B6Ng01-274A14.g_67_1198 (reverse)

seq1  CACATGTACATAAGTTCTTGAG--TGTGACA-TCTTACTTAATTGCTCTT  47
      |||| |||||||||||||  ||   |||||| |||||| |||||||  ||
seq2  CACA-GTACATAAGTTCTAAAGGTGGTGACACTCTTACCTAATTGCCTTT  49

seq1  CACCTTCTTTTTTGACACA-GGGTC-TCTTGCTGAA-CCTGGAA-TTCAC  93
      |||| ||||||| ||||||  |||| |||||||||| ||||||| |||||
seq2  CACCCTCTTTTTGGACACACAGGTCTTCTTGCTGAACCCTGGAATTTCAC  99

seq1  CAATTT-AGCATGACTGGCTTCGGGAACCTTCCCAT--CTCCT-CCCCAG  139
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||  | ||| ||||||
seq2  CAATTTAAGCATGACTGGCTTCGGGAACCTTCCCATTCCCCCTCCCCCAG  149

seq1  TGCTAGG-ATTGTTGCTGCT-CCCACACC-TAGCTGTTACACGGG--TGA  184
      ||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||   ||
seq2  TGCTAGGAATTGTTGCTGCTCCCCACACCTTAGCTGTTACACGGGGTGGA  199

seq1  GGACTAAAC-TCTGGTCCTCATG-CTCCACAGGCAATAG-TTTATAGACT  231
      ||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||
seq2  GGACTAAACTTCTGGTCCTCATGCCCCCACAGGCAATAGTTTTATAGACT  249

seq1  GAGCCACAGACTGAGCCATCTCAACATCCCTTCCTTTGTTTCCTTTGTTT  281
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCACAGACTGAGCCATCTCAACATCCCTTCCTTTGTTTCCTTTGTTT  299

seq1  CTCACAAAGGCAGAGACTAATGGGTCAAACTTCATTGTCAACAAAAAGAA  331
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAAAGGCAGAGACTAATGGGTCAAACTTCATTGTCAACAAAAAGAA  349

seq1  ATCAACCAAGGTCATCTCCATACTATGTTGAACATAGCCAGAAAATGTGA  381
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAACCAAGGTCATCTCCATACTATGTTGAACATAGCCAGAAAATGTGA  399

seq1  TGTTGTTGTAGGAGCTTAAAGGAATTTCTCTTTTAACAGTCAAGTCAATA  431
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTTGTAGGAGCTTAAAGGAATTTCTCTTTTAACAGTCAAGTCAATA  449

seq1  AAAAAATGCAGTGGTTAACTGTCGGGGTGACATCTGATTGCCCAAGAGCA  481
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAATGCAGTGGTTAACTGTCGGGGTGACATCTGATTGCCCAAGAGCA  499

seq1  GAGAAGGCATTTGTCAAGGGCTTCCCCAACAGGGAGCAGGGCAGAGCCAG  531
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGGCATTTGTCAAGGGCTTCCCCAACAGGGAGCAGGGCAGAGCCAG  549

seq1  GGTCAAGATAGAGGTGAGCTAAGCTACAGTGGGAAGGGAGGGGGTAGAGC  581
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAAGATAGAGGTGAGCTAAGCTACAGTGGGAAGGGAGGGGGTAGAGC  599

seq1  AGCCGGATCACCTATTCCAGGAGCCCGCCAGTTCAGTCTTCTGTATAGGT  631
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCGGATCACCTATTCCAGGAGCCCGCCAGTTCAGTCTTCTGTATAGGT  649

seq1  CACATGGTGAGAGTAGCCTACAAGTCCTGAAGGAAACTAGTTACTCTAAA  681
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGGTGAGAGTAGCCTACAAGTCCTGAAGGAAACTAGTTACTCTAAA  699

seq1  TCAGTGCTTCTCAACCTTCCTAATGCTACAACACTTCAAAAAAAAAAAAA  731
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGCTTCTCAACCTTCCTAATGCTACAACACTTCAAAAAAAAAAAAA  749

seq1  AAAAAAAAAAAAACAGTTCTTCACATTGTGGTGACACCCAACTATACAAT  781
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAAAAACAGTTCTTCACATTGTGGTGACACCCAACTATACAAT  799

seq1  TATTTTCTTTGCTACTTCATAATTGTAATTTTGCTGTTATGAATCTCAAT  831
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTCTTTGCTACTTCATAATTGTAATTTTGCTGTTATGAATCTCAAT  849

seq1  GTAAATATTTGATATGCAACCCCGTGAAAGGGAGGTTCAACCCCTAAAGG  881
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATATTTGATATGCAACCCCGTGAAAGGGAGGTTCAACCCCTAAAGG  899

seq1  GGTCAAGGGCCACAGGTTGATCTCTCTAAGGCCAGCCCACTCTAGTGAAT  931
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAAGGGCCACAGGTTGATCTCTCTAAGGCCAGCCCACTCTAGTGAAT  949

seq1  CCCAGGTGAACCAGAGCCACACAGACATTAAAAATAAGCAAATAAACCGC  981
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGTGAACCAGAGCCACACAGACATTAAAAATAAGCAAATAAACCGC  999

seq1  TTAGGAGACGCGCCTCTAGGTGTGCCTGTAAAGGTGTTTCCAGAATGGTT  1031
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGAGACGCGCCTCTAGGTGTGCCTGTAAAGGTGTTTCCAGAATGGTT  1049

seq1  TATGATTTACTTACACCATCCCAGAGTCTCTGCATCTAGACTAAATTTTT  1081
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATTTACTTACACCATCCCAGAGTCTCTGCATCTAGACTAAATTTTT  1099

seq1  AAAAAGGAGAAGACTAGCTTAGCACTGGAATTC  1114
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGGAGAAGACTAGCTTAGCACTGGAATTC  1132