BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-275F09
Chromosome8 (Build37)
Map Location 70,229,989 - 70,371,724
singlet/doubletdoublet
Overlap genePsd3
Upstream geneNpy1r, BC053440, LOC665453, Nat1, Nat2, LOC100041265, Nat3
Downstream geneSh2d4a, LOC665510, 4732435N03Rik, Ints10
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-275F09.bB6Ng01-275F09.g
ACCGA076405GA076406
length1,1131,122
definitionB6Ng01-275F09.b B6Ng01-275F09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(70,229,989 - 70,231,103)(70,370,603 - 70,371,724)
sequence
gaattctattaacttgtgctattttggttcctcaagtccaaacacatgac
actatgtctatgatgctgtcttcaaaggaggtagcattcagttccaggct
agacccagttacagagacagactggggtaccaattatctctaagtaggtt
aatgggatttctctttattagtcactagggagctaaagggaaataactct
tgtctttgtactttaagaacaaggaacttagtatctagataatgtttcaa
aggtgggttgctttgtggctcttggcagggggctggaatgggccttccat
tgctcttaggaatgggaagcgtgtcagttgcagagctcctgttctggaaa
ttactggtacagtgttgagaaatgaaaaatgagcaacatgaggaagtaat
cagaattttatcaaaaggaaatatatcaagctaactacccactaacaact
atgaaacaaaaatcagacagtgcaatggaagcttagccaattctaattaa
tactgtgtggccttcagacactttcccgtaatgactgtaggcaatgtatt
cttgtccttaaacataccagcttgagaagaaataaagtcaatttaattga
caagacaaatacaaactcaggaaagaatgcatctttaagaatgccccaga
ttttttagatttaatatattctctcttaaaatattgttatgtcttgttag
agtagacatttgttgtttctaaaattgacttctgcaggcatgtggcctgt
gtgggtcctccttgtgttaagtcatgagcatatgctactctgggtcacaa
ttttatgagaagggactcagttgaactccagcccactaagtcaaggaagc
ttctaaggcctggtttcagtcataagagaagctgacactcttatgattaa
tacaaatgtgagaacacattaaccagcaagtgtcttcccttctagcacaa
aggaacatgtttctatcagttttgggccactataaatatccagagtagta
acttctaacagaattctttgactcattcttctggagattgagaagtctaa
gagcattgcttagcactggctaggggcccttgatgctgtcatctgaatgg
cagatggaggaga

gaattctctttatattagttaagaggataataggaggagttatcccttaa
tgtcatggctttgaaagggactatcacagttgcttataagtttctatctt
gtggttttgaaatatctctatgactcaaaaataccaatttaatgacattt
tatcattacaaacatgaaagagggtatttctctaatccttattaatttgt
aactcataaaatagctcatattatcttgaaaagctttgaaaaagcaaaat
atgaaactttaaatttacctgtactcataaaatgacaatcacgagtaaat
tttgtattagaaacaaaagcatgtgaaccaatcaagtcagacttccttaa
agctgtgcttcagaaatgtgttaccttggtagtaataaaccctttaacct
gctgttggagacagagaaactagtatgagtgttaatgtagggtcccagct
gaaataggctaggctttcaggttttttgcatatgaaagtctgtagtaggt
attttgatagtttttcttaaatgtgatgctcctttgaagcccgcaactgt
tgtacataacacagagctgacgctgacatgccctctgcttctgacagcag
cgttcctagtgcaggatgcgatttcctttgcccctagcattgtctaaaat
acgtgacaaggtatagatttagtagtttattcaagtcaggctcagatctt
tgaagtatgtttcataaaatagttaattaaattctgttttagctaagggg
gattttatatatgctatgtatcaaaaattttactcaggaagaggtggagc
ccaccctttctctgaggtcccttctagaaagttgtttgtctggcagaaca
caaagcagagtgcttctgaaagcagcttctgggctgtcagaagtcagagc
catccattcagtctctgtcttggccgtgtccctttaacctgattctcttc
atctcagaatagtcacttctctcttccatcctttagtccttttttctgct
gatctctgcatcaggggcctctggggtttaaacgagtttgtagcagtcag
gtggagttctgagtcctggatgtcttggtgtatattgtctgtaacctttg
tagggtgctttcttttctgtat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_70229989_70231103
seq2: B6Ng01-275F09.b_47_1159

seq1  GAATTCTATTAACTTGTGCTATTTTGGTTCCTCAAGTCCAAACACATGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATTAACTTGTGCTATTTTGGTTCCTCAAGTCCAAACACATGAC  50

seq1  ACTATGTCTATGATGCTGTCTTCAAAGGAGGTAGCATTCAGTTCCAGGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGTCTATGATGCTGTCTTCAAAGGAGGTAGCATTCAGTTCCAGGCT  100

seq1  AGACCCAGTTACAGAGACAGACTGGGGTACCAATTATCTCTAAGTAGGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCCAGTTACAGAGACAGACTGGGGTACCAATTATCTCTAAGTAGGTT  150

seq1  AATGGGATTTCTCTTTATTAGTCACTAGGGAGCTAAAGGGAAATAACTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGATTTCTCTTTATTAGTCACTAGGGAGCTAAAGGGAAATAACTCT  200

seq1  TGTCTTTGTACTTTAAGAACAAGGAACTTAGTATCTAGATAATGTTTCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTTGTACTTTAAGAACAAGGAACTTAGTATCTAGATAATGTTTCAA  250

seq1  AGGTGGGTTGCTTTGTGGCTCTTGGCAGGGGGCTGGAATGGGCCTTCCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGGTTGCTTTGTGGCTCTTGGCAGGGGGCTGGAATGGGCCTTCCAT  300

seq1  TGCTCTTAGGAATGGGAAGCGTGTCAGTTGCAGAGCTCCTGTTCTGGAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTTAGGAATGGGAAGCGTGTCAGTTGCAGAGCTCCTGTTCTGGAAA  350

seq1  TTACTGGTACAGTGTTGAGAAATGAAAAATGAGCAACATGAGGAAGTAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTGGTACAGTGTTGAGAAATGAAAAATGAGCAACATGAGGAAGTAAT  400

seq1  CAGAATTTTATCAAAAGGAAATATATCAAGCTAACTACCCACTAACAACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATTTTATCAAAAGGAAATATATCAAGCTAACTACCCACTAACAACT  450

seq1  ATGAAACAAAAATCAGACAGTGCAATGGAAGCTTAGCCAATTCTAATTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAACAAAAATCAGACAGTGCAATGGAAGCTTAGCCAATTCTAATTAA  500

seq1  TACTGTGTGGCCTTCAGACACTTTCCCGTAATGACTGTAGGCAATGTATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTGTGGCCTTCAGACACTTTCCCGTAATGACTGTAGGCAATGTATT  550

seq1  CTTGTCCTTAAACATACCAGCTTGAGAAGAAATAAAGTCAATTTAATTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCCTTAAACATACCAGCTTGAGAAGAAATAAAGTCAATTTAATTGA  600

seq1  CAAGACAAATACAAACTCAGGAAAGAATGCATCTTTAAGAATGCCCCAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGACAAATACAAACTCAGGAAAGAATGCATCTTTAAGAATGCCCCAGA  650

seq1  TTTTTTAGATTTAATATATTCTCTCTTAAAATATTGTTATGTCTTGTTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTAGATTTAATATATTCTCTCTTAAAATATTGTTATGTCTTGTTAG  700

seq1  AGTAGACATTTGTTGTTTCTAAAATTGACTTCTGCAGGCATGTGGCCTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGACATTTGTTGTTTCTAAAATTGACTTCTGCAGGCATGTGGCCTGT  750

seq1  GTGGGTCCTCCTTGTGTTAAGTCATGAGCATATGCTACTCTGGGTCACAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGTCCTCCTTGTGTTAAGTCATGAGCATATGCTACTCTGGGTCACAA  800

seq1  TTTTATGAGAAGGGACTCAGTTGAACTCCAGCCCACTAAGTCAAGGAAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATGAGAAGGGACTCAGTTGAACTCCAGCCCACTAAGTCAAGGAAGC  850

seq1  TTCTAAGGCCTGGTTTCAGTCATAAGAGAAGCTGACACTCTTATGATTAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAAGGCCTGGTTTCAGTCATAAGAGAAGCTGACACTCTTATGATTAA  900

seq1  TACAAATGTGAGAACACATTAACCAGCAAGTGTCTT-CCTTCTAAGCACA  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||
seq2  TACAAATGTGAGAACACATTAACCAGCAAGTGTCTTCCCTTCT-AGCACA  949

seq1  AAGGAACATGTTTCTATCAGTTTTGGGCCACTATAAATATCCAAGAGTAA  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
seq2  AAGGAACATGTTTCTATCAGTTTTGGGCCACTATAAATATCC-AGAGT-A  997

seq1  GTAACTTCTAACAGAATTCTTTGACTCATTC-TCTGGAGATTGAGAAGTC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GTAACTTCTAACAGAATTCTTTGACTCATTCTTCTGGAGATTGAGAAGTC  1047

seq1  TAAGAGCATTGCCTTAGCACTTGGCTAGGGCCTTTGGTTGCTGTCATCTG  1098
      ||||||||||| |||||||| ||||||||| |  | | ||||||||||||
seq2  TAAGAGCATTG-CTTAGCAC-TGGCTAGGGGCCCTTGATGCTGTCATCTG  1095

seq1  -ATGGCAGAAGGAGGAGA  1115
       |||||||| ||||||||
seq2  AATGGCAGATGGAGGAGA  1113


seq1: chr8_70370603_70371724
seq2: B6Ng01-275F09.g_64_1185 (reverse)

seq1  ATACAG-AAAGAAAGCACACTACAAAAG-TACAGACAATATTACAAACAG  48
      |||||| ||||||||||| ||||||| | ||||||||||| ||||   ||
seq2  ATACAGAAAAGAAAGCACCCTACAAAGGTTACAGACAATA-TACACCAAG  49

seq1  ACATCAAGGACTTCAG-ACTCCACCTGACTGCTACAAACTCCTTTAAACC  97
      ||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ACATCCAGGAC-TCAGAACTCCACCTGACTGCTACAAACTCGTTTAAACC  98

seq1  CCAGAGGCCCCTGATGCAGAGATCCAGCAAGAAAAAAGGACTAAAGGATG  147
      ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGGCCCCTGATGCAGAGAT-CAGC-AGAAAAAAGGACTAAAGGATG  146

seq1  GAAGAGAGAAGTGACTTATCTGAGATGAAGAGAATCAGGTT-AAGGGACA  196
      ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GAAGAGAGAAGTGACTATTCTGAGATGAAGAGAATCAGGTTAAAGGGACA  196

seq1  CGGCCAAGACAGAGACTGAATGGATGGCTCTGACTTCTGACAGCCCAGAA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCCAAGACAGAGACTGAATGGATGGCTCTGACTTCTGACAGCCCAGAA  246

seq1  GCTGCTTTCAGAAGCACTCTGCTTTGTGTTCTGCCAGACAAACAACTTTC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTTTCAGAAGCACTCTGCTTTGTGTTCTGCCAGACAAACAACTTTC  296

seq1  TAGAAGGGACCTCAGAGAAAGGGTGGGCTCCACCTCTTCCTGAGTAAAAT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGGGACCTCAGAGAAAGGGTGGGCTCCACCTCTTCCTGAGTAAAAT  346

seq1  TTTTGATACATAGCATATATAAAATCCCCCTTAGCTAAAACAGAATTTAA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGATACATAGCATATATAAAATCCCCCTTAGCTAAAACAGAATTTAA  396

seq1  TTAACTATTTTATGAAACATACTTCAAAGATCTGAGCCTGACTTGAATAA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTATTTTATGAAACATACTTCAAAGATCTGAGCCTGACTTGAATAA  446

seq1  ACTACTAAATCTATACCTTGTCACGTATTTTAGACAATGCTAGGGGCAAA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACTAAATCTATACCTTGTCACGTATTTTAGACAATGCTAGGGGCAAA  496

seq1  GGAAATCGCATCCTGCACTAGGAACGCTGCTGTCAGAAGCAGAGGGCATG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATCGCATCCTGCACTAGGAACGCTGCTGTCAGAAGCAGAGGGCATG  546

seq1  TCAGCGTCAGCTCTGTGTTATGTACAACAGTTGCGGGCTTCAAAGGAGCA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCGTCAGCTCTGTGTTATGTACAACAGTTGCGGGCTTCAAAGGAGCA  596

seq1  TCACATTTAAGAAAAACTATCAAAATACCTACTACAGACTTTCATATGCA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATTTAAGAAAAACTATCAAAATACCTACTACAGACTTTCATATGCA  646

seq1  AAAAACCTGAAAGCCTAGCCTATTTCAGCTGGGACCCTACATTAACACTC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACCTGAAAGCCTAGCCTATTTCAGCTGGGACCCTACATTAACACTC  696

seq1  ATACTAGTTTCTCTGTCTCCAACAGCAGGTTAAAGGGTTTATTACTACCA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTAGTTTCTCTGTCTCCAACAGCAGGTTAAAGGGTTTATTACTACCA  746

seq1  AGGTAACACATTTCTGAAGCACAGCTTTAAGGAAGTCTGACTTGATTGGT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAACACATTTCTGAAGCACAGCTTTAAGGAAGTCTGACTTGATTGGT  796

seq1  TCACATGCTTTTGTTTCTAATACAAAATTTACTCGTGATTGTCATTTTAT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATGCTTTTGTTTCTAATACAAAATTTACTCGTGATTGTCATTTTAT  846

seq1  GAGTACAGGTAAATTTAAAGTTTCATATTTTGCTTTTTCAAAGCTTTTCA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTACAGGTAAATTTAAAGTTTCATATTTTGCTTTTTCAAAGCTTTTCA  896

seq1  AGATAATATGAGCTATTTTATGAGTTACAAATTAATAAGGATTAGAGAAA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAATATGAGCTATTTTATGAGTTACAAATTAATAAGGATTAGAGAAA  946

seq1  TACCCTCTTTCATGTTTGTAATGATAAAATGTCATTAAATTGGTATTTTT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCTCTTTCATGTTTGTAATGATAAAATGTCATTAAATTGGTATTTTT  996

seq1  GAGTCATAGAGATATTTCAAAACCACAAGATAGAAACTTATAAGCAACTG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCATAGAGATATTTCAAAACCACAAGATAGAAACTTATAAGCAACTG  1046

seq1  TGATAGTCCCTTTCAAAGCCATGACATTAAGGGATAACTCCTCCTATTAT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGTCCCTTTCAAAGCCATGACATTAAGGGATAACTCCTCCTATTAT  1096

seq1  CCTCTTAACTAATATAAAGAGAATTC  1122
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTAACTAATATAAAGAGAATTC  1122


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |