BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-275O01
Chromosome8 (Build37)
Map Location 13,968,988 - 14,119,066
singlet/doubletdoublet
Overlap gene2610019F03Rik, EG546036, Erich1, Dlgap2
Upstream geneMcf2l, F7, F10, Proz, Pcid2, Cul4a, Lamp1, Grtp1, Adprhl1, Dcun1d2, Tmco3, Tfdp1, Atp4b, Grk1, Gm687, Gas6, LOC434282, 1700029H14Rik, Rasa3, 4932443I19Rik, LOC665516, Cdc16, Upf3a, AF366264, D8Ertd457e, 2410022L05Rik, EG665536, Fbxo25, LOC100041103
Downstream geneLOC100041140, C030037F17Rik, Cln8, Arhgef10, 2900016B01Rik, 5830468F06Rik, Kbtbd11, BB014433, Myom2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-275O01.bB6Ng01-275O01.g
ACCGA076801GA076802
length1,1441,092
definitionB6Ng01-275O01.b B6Ng01-275O01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(13,968,988 - 13,970,133)(14,117,974 - 14,119,066)
sequence
gaattccaaacagcaaaattagcctagaaaaataattacacagaagagct
aaagttttcatttcaagactctctatgctgcaagctgtaatcaagcctga
ggtactggcacacgtaccctgggggtctagaaaagatggcacaggcatgg
ccaactgactgtccagaatggcactgtgacaattcagtaaaacaggaatc
atcttttcaacaaatgtgacaactgacctccatgccaaggaatcaactta
gactcttacttcataccatgcacacaaacgagagaacccaggccatgggg
aaagacgtcaaggtctgggacttttaaaagcaattagggtggctctttag
aactctggatttggaaagtgactcccagaagagatatttaaaccagaaac
aacaacaaaaataaaaacgtgcttcagatgatatcaagagcctagagaca
accttgctgctcaagaagtagctgcaaaaatctggttcaggaggcaagag
gctcttatctagaatatctagaatgtaagagaactttatatttcagcagt
aaaactgcgggtcattcagccaggtggtggcgcacacctttatcccagca
ctctggaggcagaggcaagcagagctctgtgagttcagggccagcctggg
ctacagagtggaaactgccaaatcaaacagaaattatgagttgctgattc
tttttaatgattaagagaccaaactgaaagtctcagtagttgccaaggaa
acataaaacaagattgaaaactactttacacccactggggtcattagaat
aaaaagtcagctatgaacagggttggtaggaatacagagcacccagaatc
ctcacacagttgaaaggcatagaaactggtccagccaccatggtggctgc
ttcctctatggctaagcaaggaatcaacaacaggccatgcttagggtcgt
agctacaaagatggaagcagtcaacacagaatctcgtctatgaatggtta
aacaacactgttgtagaaaacaatccaagcatcactggaggaaaccagca
taaaacaatgcctttcgacatcagcagccggagtatttagaatacaaaaa
cactatgactgatctgcatgaatagggtgagctaagtacaaaag
gaattcaataaccgggctagaccttctaacagagggaacggctggcacga
tcagaaactagccctccactcttgctattccacagtactactgcaagcct
gacatcaatacagacagaaaggggcagactcaagaaataaaacagatgac
cagaaaggacatgaagtgttgaaaaagctcaggcctagtgatctatcaaa
acctgtcaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaagg
aaggaaagtccagagatccatatctgagaagtataaactatctccctggg
cctttgggataactgtaacaggcaagaaatccaagaagctggacagagtg
acatatacctgtaatcccagtagtgaggaatctgaggcaggaggattgtg
ggttcaagatcaaccctggatagccagtgagatgaaagagggatagagag
aagggaaaaggaagaggaattggcagaaggaaagaagaaacacccttagg
cattccagggatctatgtgagacagaaaccatgtgccaccatgcgctggg
cagctctgccatattcagcgagtacaatgtgaacagatgtacttatttct
gatgtccaggctacagcaaaagcaccagaattaactgcgactgctaaaca
taccgtgcatagcatccgccatagagaatgctgggctgcagagagaaact
ggaagttcagtgagctcagaggagctagcatctctccacacacaggctgg
ctgtcgggtgacaatgcctagagtggccaggataagaaataaaggtggga
actcactgctggagctagcgagttagccaaggggagagactaaaagcagt
aacccagtgacaggctgagcagctgacaccagaaacacctggtgaggagg
cagggggttgcccttgaggagacagacccacactcagaagcagtcacagt
caaggcaagtcgtgagcatacaagctgactcgggtataggcgcatactct
gggtgtgcttccagccacaaatcaagtaacgcagcagtatggaggtgaag
agtcccgtgtgttctaggttagtcactacatgcccgggtaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_13968988_13970133
seq2: B6Ng01-275O01.b_31_1174

seq1  GAATTCCAAACAGCAAAATTAGCCTAGAAAAATAATTACACAGAAGAGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAACAGCAAAATTAGCCTAGAAAAATAATTACACAGAAGAGCT  50

seq1  AAAGTTTTCATTTCAAGACTCTCTATGCTGCAAGCTGTAATCAAGCCTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTTTCATTTCAAGACTCTCTATGCTGCAAGCTGTAATCAAGCCTGA  100

seq1  GGTACTGGCACACGTACCCTGGGGGTCTAGAAAAGATGGCACAGGCATGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACTGGCACACGTACCCTGGGGGTCTAGAAAAGATGGCACAGGCATGG  150

seq1  CCAACTGACTGTCCAGAATGGCACTGTGACAATTCAGTAAAACAGGAATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACTGACTGTCCAGAATGGCACTGTGACAATTCAGTAAAACAGGAATC  200

seq1  ATCTTTTCAACAAATGTGACAACTGACCTCCATGCCAAGGAATCAACTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTTCAACAAATGTGACAACTGACCTCCATGCCAAGGAATCAACTTA  250

seq1  GACTCTTACTTCATACCATGCACACAAACGAGAGAACCCAGGCCATGGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTTACTTCATACCATGCACACAAACGAGAGAACCCAGGCCATGGGG  300

seq1  AAAGACGTCAAGGTCTGGGACTTTTAAAAGCAATTAGGGTGGCTCTTTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACGTCAAGGTCTGGGACTTTTAAAAGCAATTAGGGTGGCTCTTTAG  350

seq1  AACTCTGGATTTGGAAAGTGACTCCCAGAAGAGATATTTAAACCAGAAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTGGATTTGGAAAGTGACTCCCAGAAGAGATATTTAAACCAGAAAC  400

seq1  AACAACAAAAATAAAAACGTGCTTCAGATGATATCAAGAGCCTAGAGACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACAAAAATAAAAACGTGCTTCAGATGATATCAAGAGCCTAGAGACA  450

seq1  ACCTTGCTGCTCAAGAAGTAGCTGCAAAAATCTGGTTCAGGAGGCAAGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTGCTGCTCAAGAAGTAGCTGCAAAAATCTGGTTCAGGAGGCAAGAG  500

seq1  GCTCTTATCTAGAATATCTAGAATGTAAGAGAACTTTATATTTCAGCAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTATCTAGAATATCTAGAATGTAAGAGAACTTTATATTTCAGCAGT  550

seq1  AAAACTGCGGGTCATTCAGCCAGGTGGTGGCGCACACCTTTATCCCAGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTGCGGGTCATTCAGCCAGGTGGTGGCGCACACCTTTATCCCAGCA  600

seq1  CTCTGGAGGCAGAGGCAAGCAGAGCTCTGTGAGTTCAGGGCCAGCCTGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGAGGCAGAGGCAAGCAGAGCTCTGTGAGTTCAGGGCCAGCCTGGG  650

seq1  CTACAGAGTGGAAACTGCCAAATCAAACAGAAATTATGAGTTGCTGATTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAGAGTGGAAACTGCCAAATCAAACAGAAATTATGAGTTGCTGATTC  700

seq1  TTTTTAATGATTAAGAGACCAAACTGAAAGTCTCAGTAGTTGCCAAGGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAATGATTAAGAGACCAAACTGAAAGTCTCAGTAGTTGCCAAGGAA  750

seq1  ACATAAAACAAGATTGAAAACTACTTTACACCCACTGGGGTCATTAGAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAAAACAAGATTGAAAACTACTTTACACCCACTGGGGTCATTAGAAT  800

seq1  AAAAAGTCAGCTATGAACAGGGTTGGTAGGAATACAGAGCACCCAGAATC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGTCAGCTATGAACAGGGTTGGTAGGAATACAGAGCACCCAGAATC  850

seq1  CTCACACAGTTG-AAGGCATAGAAACTGGTCCAGCCACCATGGTGGCTGC  899
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACACAGTTGAAAGGCATAGAAACTGGTCCAGCCACCATGGTGGCTGC  900

seq1  TTCCTCTATGGCTAAGCAAGGAATCAACAACAGGGCCATGCTTAGGGTCG  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TTCCTCTATGGCTAAGCAAGGAATCAACAACA-GGCCATGCTTAGGGTCG  949

seq1  TAGCTACAAAGATGGAAGCAGGTCAACACAGAATCTCGTCTATGAATGGT  999
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTACAAAGATGGAAGCA-GTCAACACAGAATCTCGTCTATGAATGGT  998

seq1  TAAACCAACACTGTTGTAG-AAACAATCCAAGCATCCACTGGAGGATA-C  1047
      |||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| | |
seq2  TAAA-CAACACTGTTGTAGAAAACAATCCAAGCAT-CACTGGAGGAAACC  1046

seq1  AGCAT-AAACAATGCCTTTCGGACATCAGGCCAGCC-GAGTATTTAG-AT  1094
      ||||| |||||||||||||| ||||||||  ||||| |||||||||| ||
seq2  AGCATAAAACAATGCCTTTC-GACATCAG--CAGCCGGAGTATTTAGAAT  1093

seq1  AC-AAAACACTATGGACTGATTCCTGCATG-ATAGGGTGAGCTAGGTACA  1142
      || |||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||||||| |||||
seq2  ACAAAAACACTAT-GACTGAT--CTGCATGAATAGGGTGAGCTAAGTACA  1140

seq1  AAAG  1146
      ||||
seq2  AAAG  1144

seq1: chr8_14117974_14119066
seq2: B6Ng01-275O01.g_67_1158 (reverse)

seq1  TTTACCACGGCA-GTAGTGACCTAACTAGGACACAAGGGGACTCTTCA-C  48
      ||||||  |||| ||||||||  | |||| |||| | ||||||||||| |
seq2  TTTACCCGGGCATGTAGTGACTAACCTAGAACAC-ACGGGACTCTTCACC  49

seq1  TCC-TACTGCTGCGTTACTTGTTTTGTGGGCTTGGAAGCACA-CCAGAGG  96
      ||| ||||||||||||||||| |||||||   |||||||||| ||||| |
seq2  TCCATACTGCTGCGTTACTTGATTTGTGG--CTGGAAGCACACCCAGA-G  96

seq1  TATGCGCCTATACCCCGAGTTCAGCCTTGTATGCTCACGGCTTGCCTTGC  146
      |||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||| ||||||||| 
seq2  TATGCGCCTATA-CCCGAG-TCAG-CTTGTATGCTCACGACTTGCCTTGA  143

seq1  TGGTGACTGCTTCTGAGTGTGGGTCTGTCTCCTC-AGGGCAACCCCCTGC  195
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CTGTGACTGCTTCTGAGTGTGGGTCTGTCTCCTCAAGGGCAACCCCCTGC  193

seq1  CTCCTCACCAGGGTGTTTCTGGTGTCAGCTGCTCAGCCTGTCACTGGGTT  245
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCACCA-GGTGTTTCTGGTGTCAGCTGCTCAGCCTGTCACTGGGTT  242

seq1  ACTGCTTTTAGTCTCT-CCCTTGGCTAACTCGCTAGCTCCAGCAGTGAGT  294
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTTTTAGTCTCTCCCCTTGGCTAACTCGCTAGCTCCAGCAGTGAGT  292

seq1  T-CCACCTTTATTTCTTATCCTGGCCACTCTAGGCATTGTCACCCGACAG  343
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCACCTTTATTTCTTATCCTGGCCACTCTAGGCATTGTCACCCGACAG  342

seq1  CCAGCCTGTGTGTGGAGAGATGCTAGCTCCTCTGAGCTCACTGAACTTCC  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCTGTGTGTGGAGAGATGCTAGCTCCTCTGAGCTCACTGAACTTCC  392

seq1  AGTTTCTCTCTGCAGCCCAGCATTCTCTATGGCGGATGCTATGCACGGTA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCTCTCTGCAGCCCAGCATTCTCTATGGCGGATGCTATGCACGGTA  442

seq1  TGTTTAGCAGTCGCAGTTAATTCTGGTGCTTTTGCTGTAGCCTGGACATC  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTAGCAGTCGCAGTTAATTCTGGTGCTTTTGCTGTAGCCTGGACATC  492

seq1  AGAAATAAGTACATCTGTTCACATTGTACTCGCTGAATATGGCAGAGCTG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATAAGTACATCTGTTCACATTGTACTCGCTGAATATGGCAGAGCTG  542

seq1  CCCAGCGCATGGTGGCACATGGTTTCTGTCTCACATAGATCCCTGGAATG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCGCATGGTGGCACATGGTTTCTGTCTCACATAGATCCCTGGAATG  592

seq1  CCTAAGGGTGTTTCTTCTTTCCTTCTGCCAATTCCTCTTCCTTTTCCCTT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAGGGTGTTTCTTCTTTCCTTCTGCCAATTCCTCTTCCTTTTCCCTT  642

seq1  CTCTCTATCCCTCTTTCATCTCACTGGCTATCCAGGGTTGATCTTGAACC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTATCCCTCTTTCATCTCACTGGCTATCCAGGGTTGATCTTGAACC  692

seq1  CACAATCCTCCTGCCTCAGATTCCTCACTACTGGGATTACAGGTATATGT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAATCCTCCTGCCTCAGATTCCTCACTACTGGGATTACAGGTATATGT  742

seq1  CACTCTGTCCAGCTTCTTGGATTTCTTGCCTGTTACAGTTATCCCAAAGG  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTGTCCAGCTTCTTGGATTTCTTGCCTGTTACAGTTATCCCAAAGG  792

seq1  CCCAGGGAGATAGTTTATACTTCTCAGATATGGATCTCTGGACTTTCCTT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGGAGATAGTTTATACTTCTCAGATATGGATCTCTGGACTTTCCTT  842

seq1  CCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTGACAGGT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTGACAGGT  892

seq1  TTTGATAGATCACTAGGCCTGAGCTTTTTCAACACTTCATGTCCTTTCTG  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATAGATCACTAGGCCTGAGCTTTTTCAACACTTCATGTCCTTTCTG  942

seq1  GTCATCTGTTTTATTTCTTGAGTCTGCCCCTTTCTGTCTGTATTGATGTC  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATCTGTTTTATTTCTTGAGTCTGCCCCTTTCTGTCTGTATTGATGTC  992

seq1  AGGCTTGCAGTAGTACTGTGGAATAGCAAGAGTGGAGGGCTAGTTTCTGA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTGCAGTAGTACTGTGGAATAGCAAGAGTGGAGGGCTAGTTTCTGA  1042

seq1  TCGTGCCAGCCGTTCCCTCTGTTAGAAGGTCTAGCCCGGTTATTGAATTC  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTGCCAGCCGTTCCCTCTGTTAGAAGGTCTAGCCCGGTTATTGAATTC  1092