BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-276L16
Chromosome8 (Build37)
Map Location 70,123,940 - 70,254,249
singlet/doubletdoublet
Overlap genePsd3
Upstream geneNpy5r, Npy1r, BC053440, LOC665453, Nat1, Nat2, LOC100041265, Nat3
Downstream geneSh2d4a, LOC665510, 4732435N03Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-276L16.bB6Ng01-276L16.g
ACCGA077437GA077438
length1,1171,087
definitionB6Ng01-276L16.b B6Ng01-276L16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(70,253,123 - 70,254,249)(70,123,940 - 70,125,010)
sequence
gaattccatctgtcattttctcctgacagaggtcttgttgagtttgtcta
ccctgtacacagtcttgtctccaccattacctctcttctctctgccctcc
tcccagtgaccttgggctttaatgcaaaatcttaacctacaggctaccca
aatagtgatgtcagaatcattgacagaatgccatattcaaggctaggcag
gaaatgaacatactgtcgacttctcacagaacttggactgacagtggaga
tgacaagactgatcttaggcgataagtggttggtgaagtcttagcaaatc
atcttatgaaaaaaatcgctgggaaacctgataaataatataagaactat
ggttatatctcactgtggtagtatttgccctggcctaatctccatcaata
caataatgtatatatatatatacacatacatacatacatacatacataca
tagtgtataggttagaatctggggaagaaaaaaaacacagataaaggatg
tgtttgggttggtaagagattacaatttctggaatcctccagggtagacc
ctgatacaatacaccaccagaattggggctggtacaatatttacacactt
aaaaaccattttggagtatgagaaccagtgtagcaacattgtcacactgg
gaattccgtgtgcttcatgctaaatcttttcatgtctgtgttactggaag
agagttgtgttgagctatgtctagagttttataaaagtccatttgagaag
ggagggtttgttttgttctgttttgcttttgtttgggttggtttgtgttt
aaagtatagttaaaaatcaggagtgatcctggctaaggcaggaagaagac
aaagatggttcccagagctcatgtactaaactccacagtgcccaggcagt
ctgtgcctgggccagacctcctctggttctttttactaatcctgtgcact
cagacatttgattttccttttgtgaagcactgtctttatgactttttcat
gctttcaaaaaggttacatacccacactgactccacttcgtctacagtgt
tgatactttaaggagccagtagtgggcttgaaggctgtatcaatccagag
agactgtggtgatctca
gaattcaataaaaacaattctgccaaatcttgaagttaacattagaaatg
tcatagtaagtatgatgtaaataaactgtactgtgtgtttcaaataatta
aatggagtttaactgggagaatatttcctgactagtatgtataaatacca
tttactactaaatatattctgtattcaacataatgttgaaattaaaaaat
aaagtcaggtgggaaatacttacagtagaagcccagggacccacattctg
atccccagcacccacataaaagactaggtgctgtgctgcatacctgaaat
gcccttgataggggtcagaggtacagtaggaaccctgcggtttgcaggcc
agtctaatctaattagtgactttcagtgtcagtgacagaccttggtcaaa
ataaaaagcagaactaaaaagacttctaagggtgacttctggcctatcta
tgtatagtgtatgggcattcatatatatatggatgtacacacacatatgt
aacacacacaaaagcaaggtagaaactgtaaaggataaaaatggcagaaa
tgtcaagaattaaaataggaaactgcacatttgcaaataagttaagatgc
acaaggcaggctacatcaaaggttactaaagatgtgccatagtagaaatc
tcatatagccatgggcaggaatatgaaaacacaagcacctggaataagtc
tagaggatgcttaatgaatggaacataaccctctcatgcaaacaattatg
cagatctgaagtatttactaaacagaagtgaaaggaaaaatacacaaaaa
ctgatatgtgatattttgtaataattttgctatagtacctccaaactgga
agcaattcaaacacccattggaagtgaactgagaagcaaactttgggtat
acttctatactggaataatgacttgttttagagttttattgctgtgaaga
gaacaccattaccaaggcaacattttaattggaggctgggcttaacagtt
caggagggtttaagtccatttattcattcaatgggcggggacatagtatt
gtattaggtaggcatggtgctagtgagggagttgagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_70253123_70254249
seq2: B6Ng01-276L16.b_47_1163 (reverse)

seq1  TGAGATCACACACAGTTCTCCTCTGGGATTGAATACCAGGCTTCAAAGCC  50
      ||||||||| ||||| ||| |||| |||||| ||| ||| |||| |||||
seq2  TGAGATCAC-CACAG-TCT-CTCT-GGATTG-ATA-CAGCCTTC-AAGCC  43

seq1  CACTTCCCTGCTTCCTTTAAAAGTATCAAACACTGTAGACCGAAAGTGAG  100
      ||||   |||  |||||  |||||||| ||||||||||| ||||   |||
seq2  CACT--ACTGGCTCCTT--AAAGTATC-AACACTGTAGA-CGAAGTGGAG  87

seq1  TCAGTGTGGGTATGTAACCTTTTTG-AAGCATG-AAAAGTCATAAAGACA  148
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||
seq2  TCAGTGTGGGTATGTAACCTTTTTGAAAGCATGAAAAAGTCATAAAGACA  137

seq1  GTGCTTTCACAAAAGG-AAATCAAATGTCTTGAGTGCACAGGATTAGT-A  196
      |||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |
seq2  GTGC-TTCACAAAAGGAAAATCAAATGTC-TGAGTGCACAGGATTAGTAA  185

seq1  AAAGAACCAGAGGAGGTCTGG-CCAGGCACAGACTGCCTGGGCACTGTGG  245
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAACCAGAGGAGGTCTGGCCCAGGCACAGACTGCCTGGGCACTGTGG  235

seq1  AGTTTAGTACATGAGCTCTGGGAACCATCTTTGTCTTCTTCCTGCCTTAG  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTAGTACATGAGCTCTGGGAACCATCTTTGTCTTCTTCCTGCCTTAG  285

seq1  CCAGGATCACTCCTGATTTTTAACTATACTTTAAACACAAACCAACCCAA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGATCACTCCTGATTTTTAACTATACTTTAAACACAAACCAACCCAA  335

seq1  ACAAAAGCAAAACAGAACAAAACAAACCCTCCCTTCTCAAATGGACTTTT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAGCAAAACAGAACAAAACAAACCCTCCCTTCTCAAATGGACTTTT  385

seq1  ATAAAACTCTAGACATAGCTCAACACAACTCTCTTCCAGTAACACAGACA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAACTCTAGACATAGCTCAACACAACTCTCTTCCAGTAACACAGACA  435

seq1  TGAAAAGATTTAGCATGAAGCACACGGAATTCCCAGTGTGACAATGTTGC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAGATTTAGCATGAAGCACACGGAATTCCCAGTGTGACAATGTTGC  485

seq1  TACACTGGTTCTCATACTCCAAAATGGTTTTTAAGTGTGTAAATATTGTA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTGGTTCTCATACTCCAAAATGGTTTTTAAGTGTGTAAATATTGTA  535

seq1  CCAGCCCCAATTCTGGTGGTGTATTGTATCAGGGTCTACCCTGGAGGATT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCCCAATTCTGGTGGTGTATTGTATCAGGGTCTACCCTGGAGGATT  585

seq1  CCAGAAATTGTAATCTCTTACCAACCCAAACACATCCTTTATCTGTGTTT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAAATTGTAATCTCTTACCAACCCAAACACATCCTTTATCTGTGTTT  635

seq1  TTTTTCTTCCCCAGATTCTAACCTATACACTATGTATGTATGTATGTATG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCTTCCCCAGATTCTAACCTATACACTATGTATGTATGTATGTATG  685

seq1  TATGTATGTGTATATATATATATACATTATTGTATTGATGGAGATTAGGC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTATGTGTATATATATATATACATTATTGTATTGATGGAGATTAGGC  735

seq1  CAGGGCAAATACTACCACAGTGAGATATAACCATAGTTCTTATATTATTT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGCAAATACTACCACAGTGAGATATAACCATAGTTCTTATATTATTT  785

seq1  ATCAGGTTTCCCAGCGATTTTTTTCATAAGATGATTTGCTAAGACTTCAC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGGTTTCCCAGCGATTTTTTTCATAAGATGATTTGCTAAGACTTCAC  835

seq1  CAACCACTTATCGCCTAAGATCAGTCTTGTCATCTCCACTGTCAGTCCAA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCACTTATCGCCTAAGATCAGTCTTGTCATCTCCACTGTCAGTCCAA  885

seq1  GTTCTGTGAGAAGTCGACAGTATGTTCATTTCCTGCCTAGCCTTGAATAT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGTGAGAAGTCGACAGTATGTTCATTTCCTGCCTAGCCTTGAATAT  935

seq1  GGCATTCTGTCAATGATTCTGACATCACTATTTGGGTAGCCTGTAGGTTA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATTCTGTCAATGATTCTGACATCACTATTTGGGTAGCCTGTAGGTTA  985

seq1  AGATTTTGCATTAAAGCCCAAGGTCACTGGGAGGAGGGCAGAGAGAAGAG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTTGCATTAAAGCCCAAGGTCACTGGGAGGAGGGCAGAGAGAAGAG  1035

seq1  AGGTAATGGTGGAGACAAGACTGTGTACAGGGTAGACAAACTCAACAAGA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAATGGTGGAGACAAGACTGTGTACAGGGTAGACAAACTCAACAAGA  1085

seq1  CCTCTGTCAGGAGAAAATGACAGATGGAATTC  1127
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGTCAGGAGAAAATGACAGATGGAATTC  1117

seq1: chr8_70123940_70125010
seq2: B6Ng01-276L16.g_68_1154

seq1  GAATTCAATAAAAACAATTCTGCCAAATCTTGAAGTTAACATTAGAAATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATAAAAACAATTCTGCCAAATCTTGAAGTTAACATTAGAAATG  50

seq1  TCATAGTAAGTATGATGTAAATAAACTGTACTGTGTGTTTCAAATAATTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAGTAAGTATGATGTAAATAAACTGTACTGTGTGTTTCAAATAATTA  100

seq1  AATGGAGTTTAACTGGGAGAATATTTCCTGACTAGTATGTATAAATACCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGAGTTTAACTGGGAGAATATTTCCTGACTAGTATGTATAAATACCA  150

seq1  TTTACTACTAAATATATTCTGTATTCAACATAATGTTGAAATTAAAAAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTACTAAATATATTCTGTATTCAACATAATGTTGAAATTAAAAAAT  200

seq1  AAAGTCAGGTGGGAAATACTTACAGTAGAAGCCCAGGGACCCACATTCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCAGGTGGGAAATACTTACAGTAGAAGCCCAGGGACCCACATTCTG  250

seq1  ATCCCCAGCACCCACATAAAAGACTAGGTGCTGTGCTGCATACCTGAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCCAGCACCCACATAAAAGACTAGGTGCTGTGCTGCATACCTGAAAT  300

seq1  GCCCTTGATAGGGGTCAGAGGTACAGTAGGAACCCTGCGGTTTGCAGGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTTGATAGGGGTCAGAGGTACAGTAGGAACCCTGCGGTTTGCAGGCC  350

seq1  AGTCTAATCTAATTAGTGACTTTCAGTGTCAGTGACAGACCTTGGTCAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTAATCTAATTAGTGACTTTCAGTGTCAGTGACAGACCTTGGTCAAA  400

seq1  ATAAAAAGCAGAACTAAAAAGACTTCTAAGGGTGACTTCTGGCCTATCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAAGCAGAACTAAAAAGACTTCTAAGGGTGACTTCTGGCCTATCTA  450

seq1  TGTATAGTGTATGGGCATTCATATATATATGGATGTACACACACATATGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATAGTGTATGGGCATTCATATATATATGGATGTACACACACATATGT  500

seq1  AACACACACAAAAGCAAGGTAGAAACTGTAAAGGATAAAAATGGCAGAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACACACAAAAGCAAGGTAGAAACTGTAAAGGATAAAAATGGCAGAAA  550

seq1  TGTCAAGAATTAAAATAGGAAACTGCACATTTGCAAATAAGTTAAGATGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAAGAATTAAAATAGGAAACTGCACATTTGCAAATAAGTTAAGATGC  600

seq1  ACAAGGCAGGCTACATCAAAGGTTACTAAAGATGTGCCATAGTAGAAATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGCAGGCTACATCAAAGGTTACTAAAGATGTGCCATAGTAGAAATC  650

seq1  TCATATAGCCATGGGCAGGAATATGAAAACACAAGCACCTGGAATAAGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATAGCCATGGGCAGGAATATGAAAACACAAGCACCTGGAATAAGTC  700

seq1  TAGAGGATGCTTAATGAATGGAACATAACCCTCTCATGCAAACAATTATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGGATGCTTAATGAATGGAACATAACCCTCTCATGCAAACAATTATG  750

seq1  CAGATCTGAAGTATTTACTAAACAGAAGTGAAAGGAAAAATACACAAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATCTGAAGTATTTACTAAACAGAAGTGAAAGGAAAAATACACAAAAA  800

seq1  CTGATATGTGATATTTTGTAATAATTTTGCTATAGTACCTCCAAACTGGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATATGTGATATTTTGTAATAATTTTGCTATAGTACCTCCAAACTGGA  850

seq1  AGCAATTCAAACACCCATTGGAAGTGAACTGAGAAGCAAACTTT-GGTAT  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AGCAATTCAAACACCCATTGGAAGTGAACTGAGAAGCAAACTTTGGGTAT  900

seq1  ACTTCTATACTGGAAT-ATGACTTGTTTTAGAGTTTTATTGCTGTGAAGA  948
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTATACTGGAATAATGACTTGTTTTAGAGTTTTATTGCTGTGAAGA  950

seq1  G-ACACCATTACCAAGGCAACA-TTTAATT-GAGGCT-GGCTT-ACAGTT  993
      | |||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||| ||||||
seq2  GAACACCATTACCAAGGCAACATTTTAATTGGAGGCTGGGCTTAACAGTT  1000

seq1  TCAGAGG--TTTAGTCCATT--ATCAT--CATGG--CGGGACATAGTATT  1035
         ||||  || ||||||||   ||||   ||||   |||||||||||||
seq2  CAGGAGGGTTTAAGTCCATTTATTCATTCAATGGGCGGGGACATAGTATT  1050

seq1  GTA-TAGGTAGGCATGGTGCTAGTGAAGGAGTTGAGT  1071
      ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GTATTAGGTAGGCATGGTGCTAGTGAGGGAGTTGAGT  1087