BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-276M14
Chromosome8 (Build37)
Map Location 70,123,940 - 70,254,249
singlet/doubletdoublet
Overlap genePsd3
Upstream geneNpy5r, Npy1r, BC053440, LOC665453, Nat1, Nat2, LOC100041265, Nat3
Downstream geneSh2d4a, LOC665510, 4732435N03Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-276M14.bB6Ng01-276M14.g
ACCGA077477GA077478
length1,1641,048
definitionB6Ng01-276M14.b B6Ng01-276M14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(70,253,078 - 70,254,249)(70,123,940 - 70,124,999)
sequence
gaattccatctgtcattttctcctgacagaggtcttgttgagtttgtcta
ccctgtacacagtcttgtctccaccattacctctcttctctctgccctcc
tcccagtgaccttgggctttaatgcaaaatcttaacctacaggctaccca
aatagtgatgtcagaatcattgacagaatgccatattcaaggctaggcag
gaaatgaacatactgtcgacttctcacagaacttggactgacagtggaga
tgacaagactgatcttaggcgataagtggttggtgaagtcttagcaaatc
atcttatgaaaaaaatcgctgggaaacctgataaataatataagaactat
ggttatatctcactgtggtagtatttgccctggcctaatctccatcaata
caataatgtatatatatatatacacatacatacatacatacatacataca
tagtgtataggttagaatctggggaagaaaaaaaacacagataaaggatg
tgtttgggttggtaagagattacaatttctggaatcctccagggtagacc
ctgatacaatacaccaccagaattggggctggtacaatatttacacactt
aaaaaccattttggagtatgagaaccagtgtagcaacattgtcacactgg
gaattccgtgtgcttcatgctaaatcttttcatgtctgtgttactggaag
agagtttgtgttgagctatgtctagagttttataaaagtccatttgagaa
gggagggtttgttttgttctgttttgcttttgtttgggttggtttgtgtt
taaagtatagttaaaaatcaggagtgatcctggctaaggcaggaagaaga
caaagatggttcccagagctcatgtactaaacttcacagtgcccaggcag
tctgtgcctggccagaccttcctctggttcttttactaatcctgtgcact
caagacattgaatttccttttgagaaagcactgtctttatgacttttcat
gcttcaaaaggttacataccacactgactcactttcggtctacagtgttt
gatacttaaagaatgtcaggaagtggctttggagcttgctatttcaatcc
agagagaactgggtgtgaatctcacctagatccatgcatcgcactagatt
attaaccagtccag
gaattcaataaaaacaattctgccaaatcttgaagttaacattagaaatg
tcatagtaagtatgatgtaaataaactgtactgtgtgtttcaaataatta
aatggagtttaactgggagaatatttcctgactagtatgtataaatacca
tttactactaaatatattctgtattcaacataatgttgaaattaaaaaat
aaagtcaggtgggaaatacttacagtagaagcccagggacccacattctg
atccccagcacccacataaaagactaggtgctgtgctgcatacctgaaat
gcccttgataggggtcagaggtacagtaggaaccctgcggtttgcaggcc
agtctaatctaattagtgactttcagtgtcagtgacagaccttggtcaaa
ataaaaagcagaactaaaaagacttctaagggtgacttctggcctatcta
tgtatagtgtatgggcattcatatatatatggatgtacacacacatatgt
aacacacacaaaagcaaggtagaaactgtaaaggataaaaatggcagaaa
tgtcaagaattaaaataggaaactgcacatttgcaaataagttaagatgc
acaaggcaggctacatcaaaggttactaaagatgtgccatagtagaaatc
tcatatagccatgggcaggaatatgaaaacacaagcacctggaataagtc
tagaggatgcttaatgaatggaacataaccctctcatgcaaacaattatg
cagatctgaagtatttactaaacagaagtgaaaggaaaaatacacaaaaa
ctgatatgtgatattttgtaataattttgctatagtacctccaaactgga
agcaattcaaacacccattggagtgaactgagaagcaaactttggtatac
ttctatactggaatatgacttgttttagagtttattgctgtgaagagaca
ccattacccaggcacatttaattgaagctgcttacagttcagaggttagt
caatatcatcatggcgggactagtattgatagtagcatgtgctagtga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_70253078_70254249
seq2: B6Ng01-276M14.b_46_1209 (reverse)

seq1  CTGGACTGGGTCATTAATCTAAATTAGGATGCATGAAATCTTGGGTGAGA  50
      ||||||| ||| | ||||||  | |  ||||||||  ||| | |||||||
seq2  CTGGACT-GGTTAATAATCT--AGTGCGATGCATG-GATC-TAGGTGAGA  45

seq1  -TCACACACAGTTCTCCTCTGGGATTG-AATACCAGGCTTCAAAGCCCAC  98
       |||||| ||||||| |||| |||||| |||| || ||| ||||| ||||
seq2  TTCACACCCAGTTCT-CTCT-GGATTGAAATAGCAAGCTCCAAAG-CCAC  92

seq1  TTCCCTGCTTCCTTTAAAAGTATCAAACACTGTAGACCGAAAGTGAGTCA  148
      ||||   | | ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGACATTCTTT--AAGTATCAAACACTGTAGACCGAAAGTGAGTCA  140

seq1  GTGTGGGTATGTAACCTTTTTGAAGCATGAAAAGTCATAAAGACAGTGCT  198
      |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGT-GGTATGTAACC-TTTTGAAGCATGAAAAGTCATAAAGACAGTGCT  188

seq1  TTCACAAAAGGAAATCAAATGTCTTGAGTGCACAGGATTAGTAAAAGAAC  248
      ||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCAAAAGGAAATTCAATGTCTTGAGTGCACAGGATTAGTAAAAGAAC  238

seq1  CAGAGG-AGGTCTGGCCAGGCACAGACTGCCTGGGCACTGTGGAGTTTAG  297
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CAGAGGAAGGTCTGGCCAGGCACAGACTGCCTGGGCACTGTGAAGTTTAG  288

seq1  TACATGAGCTCTGGGAACCATCTTTGTCTTCTTCCTGCCTTAGCCAGGAT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGAGCTCTGGGAACCATCTTTGTCTTCTTCCTGCCTTAGCCAGGAT  338

seq1  CACTCCTGATTTTTAACTATACTTTAAACACAAACCAACCCAAACAAAAG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCCTGATTTTTAACTATACTTTAAACACAAACCAACCCAAACAAAAG  388

seq1  CAAAACAGAACAAAACAAACCCTCCCTTCTCAAATGGACTTTTATAAAAC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACAGAACAAAACAAACCCTCCCTTCTCAAATGGACTTTTATAAAAC  438

seq1  TCTAGACATAGCTCAACAC-AACTCTCTTCCAGTAACACAGACATGAAAA  496
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGACATAGCTCAACACAAACTCTCTTCCAGTAACACAGACATGAAAA  488

seq1  GATTTAGCATGAAGCACACGGAATTCCCAGTGTGACAATGTTGCTACACT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTAGCATGAAGCACACGGAATTCCCAGTGTGACAATGTTGCTACACT  538

seq1  GGTTCTCATACTCCAAAATGGTTTTTAAGTGTGTAAATATTGTACCAGCC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTCATACTCCAAAATGGTTTTTAAGTGTGTAAATATTGTACCAGCC  588

seq1  CCAATTCTGGTGGTGTATTGTATCAGGGTCTACCCTGGAGGATTCCAGAA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATTCTGGTGGTGTATTGTATCAGGGTCTACCCTGGAGGATTCCAGAA  638

seq1  ATTGTAATCTCTTACCAACCCAAACACATCCTTTATCTGTGTTTTTTTTC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTAATCTCTTACCAACCCAAACACATCCTTTATCTGTGTTTTTTTTC  688

seq1  TTCCCCAGATTCTAACCTATACACTATGTATGTATGTATGTATGTATGTA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCAGATTCTAACCTATACACTATGTATGTATGTATGTATGTATGTA  738

seq1  TGTGTATATATATATATACATTATTGTATTGATGGAGATTAGGCCAGGGC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTATATATATATATACATTATTGTATTGATGGAGATTAGGCCAGGGC  788

seq1  AAATACTACCACAGTGAGATATAACCATAGTTCTTATATTATTTATCAGG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACTACCACAGTGAGATATAACCATAGTTCTTATATTATTTATCAGG  838

seq1  TTTCCCAGCGATTTTTTTCATAAGATGATTTGCTAAGACTTCACCAACCA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCAGCGATTTTTTTCATAAGATGATTTGCTAAGACTTCACCAACCA  888

seq1  CTTATCGCCTAAGATCAGTCTTGTCATCTCCACTGTCAGTCCAAGTTCTG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATCGCCTAAGATCAGTCTTGTCATCTCCACTGTCAGTCCAAGTTCTG  938

seq1  TGAGAAGTCGACAGTATGTTCATTTCCTGCCTAGCCTTGAATATGGCATT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAGTCGACAGTATGTTCATTTCCTGCCTAGCCTTGAATATGGCATT  988

seq1  CTGTCAATGATTCTGACATCACTATTTGGGTAGCCTGTAGGTTAAGATTT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCAATGATTCTGACATCACTATTTGGGTAGCCTGTAGGTTAAGATTT  1038

seq1  TGCATTAAAGCCCAAGGTCACTGGGAGGAGGGCAGAGAGAAGAGAGGTAA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATTAAAGCCCAAGGTCACTGGGAGGAGGGCAGAGAGAAGAGAGGTAA  1088

seq1  TGGTGGAGACAAGACTGTGTACAGGGTAGACAAACTCAACAAGACCTCTG  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGAGACAAGACTGTGTACAGGGTAGACAAACTCAACAAGACCTCTG  1138

seq1  TCAGGAGAAAATGACAGATGGAATTC  1172
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAGAAAATGACAGATGGAATTC  1164

seq1: chr8_70123940_70124999
seq2: B6Ng01-276M14.g_68_1115

seq1  GAATTCAATAAAAACAATTCTGCCAAATCTTGAAGTTAACATTAGAAATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATAAAAACAATTCTGCCAAATCTTGAAGTTAACATTAGAAATG  50

seq1  TCATAGTAAGTATGATGTAAATAAACTGTACTGTGTGTTTCAAATAATTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAGTAAGTATGATGTAAATAAACTGTACTGTGTGTTTCAAATAATTA  100

seq1  AATGGAGTTTAACTGGGAGAATATTTCCTGACTAGTATGTATAAATACCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGAGTTTAACTGGGAGAATATTTCCTGACTAGTATGTATAAATACCA  150

seq1  TTTACTACTAAATATATTCTGTATTCAACATAATGTTGAAATTAAAAAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTACTAAATATATTCTGTATTCAACATAATGTTGAAATTAAAAAAT  200

seq1  AAAGTCAGGTGGGAAATACTTACAGTAGAAGCCCAGGGACCCACATTCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCAGGTGGGAAATACTTACAGTAGAAGCCCAGGGACCCACATTCTG  250

seq1  ATCCCCAGCACCCACATAAAAGACTAGGTGCTGTGCTGCATACCTGAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCCAGCACCCACATAAAAGACTAGGTGCTGTGCTGCATACCTGAAAT  300

seq1  GCCCTTGATAGGGGTCAGAGGTACAGTAGGAACCCTGCGGTTTGCAGGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTTGATAGGGGTCAGAGGTACAGTAGGAACCCTGCGGTTTGCAGGCC  350

seq1  AGTCTAATCTAATTAGTGACTTTCAGTGTCAGTGACAGACCTTGGTCAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTAATCTAATTAGTGACTTTCAGTGTCAGTGACAGACCTTGGTCAAA  400

seq1  ATAAAAAGCAGAACTAAAAAGACTTCTAAGGGTGACTTCTGGCCTATCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAAGCAGAACTAAAAAGACTTCTAAGGGTGACTTCTGGCCTATCTA  450

seq1  TGTATAGTGTATGGGCATTCATATATATATGGATGTACACACACATATGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATAGTGTATGGGCATTCATATATATATGGATGTACACACACATATGT  500

seq1  AACACACACAAAAGCAAGGTAGAAACTGTAAAGGATAAAAATGGCAGAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACACACAAAAGCAAGGTAGAAACTGTAAAGGATAAAAATGGCAGAAA  550

seq1  TGTCAAGAATTAAAATAGGAAACTGCACATTTGCAAATAAGTTAAGATGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAAGAATTAAAATAGGAAACTGCACATTTGCAAATAAGTTAAGATGC  600

seq1  ACAAGGCAGGCTACATCAAAGGTTACTAAAGATGTGCCATAGTAGAAATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGCAGGCTACATCAAAGGTTACTAAAGATGTGCCATAGTAGAAATC  650

seq1  TCATATAGCCATGGGCAGGAATATGAAAACACAAGCACCTGGAATAAGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATAGCCATGGGCAGGAATATGAAAACACAAGCACCTGGAATAAGTC  700

seq1  TAGAGGATGCTTAATGAATGGAACATAACCCTCTCATGCAAACAATTATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGGATGCTTAATGAATGGAACATAACCCTCTCATGCAAACAATTATG  750

seq1  CAGATCTGAAGTATTTACTAAACAGAAGTGAAAGGAAAAATACACAAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATCTGAAGTATTTACTAAACAGAAGTGAAAGGAAAAATACACAAAAA  800

seq1  CTGATATGTGATATTTTGTAATAATTTTGCTATAGTACCTCCAAACTGGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATATGTGATATTTTGTAATAATTTTGCTATAGTACCTCCAAACTGGA  850

seq1  AGCAATTCAAACACCCATTGGAAGTGAACTGAGAAGCAAACTTTGGTATA  900
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATTCAAACACCCATTGG-AGTGAACTGAGAAGCAAACTTTGGTATA  899

seq1  CTTCTATACTGGAATATGACTTGTTTTAGAGTTTTATTGCTGTGAAGAGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CTTCTATACTGGAATATGACTTGTTTTAGAG-TTTATTGCTGTGAAGAGA  948

seq1  CACCATTACCAAGGCAACATTTAATTGAGGCTGGCTTACAGTTTCAGAGG  1000
      |||||||||| |||| |||||||||||| ||| |||||||| ||||||||
seq2  CACCATTACCCAGGC-ACATTTAATTGAAGCT-GCTTACAG-TTCAGAGG  995

seq1  TTTAGTCCATTATCATCATGGCGGGACATAGTATTGTATAGGTAGGCATG  1050
       ||||| || ||||||||||||||||| |||||||| ||| ||| |||| 
seq2  -TTAGT-CAATATCATCATGGCGGGAC-TAGTATTG-ATA-GTA-GCAT-  1038

seq1  GTGCTAGTGA  1060
      ||||||||||
seq2  GTGCTAGTGA  1048