BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-276N20
Chromosome8 (Build37)
Map Location 72,827,564 - 72,988,542
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCope, Lass1, Upf1, Comp, Crtc1, Klhl26
Upstream geneLOC665561, LOC670593, EG665578, LOC622336, LOC100041482, LOC673968, AI449175, EG636741, 1200003I07Rik, D330038O06Rik, Atp13a1, Gmip, Edg4, Pbx4, Cilp2, BC028663, Ndufa13, Tssk6, Gatad2a, LOC665649, 9130404D08Rik, Sf4, Tm6sf2, Hapln4, Ncan, Rfxank, 2310073E15Rik, 2310045N01Rik, Mef2b, Tmem161a, Slc25a42, Armc6, Sfrs14, Homer3, Ddx49
Downstream geneTmem59l, Crlf1, 2810428I15Rik, Uba52, Fkbp8, Ell, Isyna1, Ssbp4, Lrrc25, Gdf15, Pgpep1, Lsm4, Jund1, 2410018E23Rik, LOC100041434, Pde4c, Rab3a, BC051227, Ifi30, Pik3r2, LOC100041971, Mast3, Il12rb1, Arrdc2, Kcnn1, LOC100042011, Ccdc124, Slc5a5, Rpl18a, Snora68, Mtap1s, LOC100042057, LOC665858, LOC384645, LOC100041583, EG621377, 2410004L22Rik, Myo9b, 2010315L10Rik, Ocel1, Nr2f6, Ushbp1, 5430437P03Rik, Ankrd41, Abhd8
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-276N20.bB6Ng01-276N20.g
ACCGA077537GA077538
length1,0031,141
definitionB6Ng01-276N20.b B6Ng01-276N20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(72,987,552 - 72,988,542)(72,827,564 - 72,828,686)
sequence
gaattctcttccttgctgcatggtcttcagaaagtgtaaacctctctgtg
tcttagagtgtttcctcagtgttcctgggccactggtgagccacagtcag
gtgtgcacatcccactcacaccctgcagggtatatccctatggtgaatcc
tggtgctatgcaccagctgagtccagatgacacaggttacggacagagga
cttaacactgctcaggaagctggcatattgataccccgtatcccctgggg
cctctgtagagcatgacccgctctttgctgttcctaacaagtggcggcag
ttgggcaagtatggggcttggcattggccgtgagtctttatgctcacagt
ggatgaccagatcctcgatgggttctggttggagggtggcaggttcatga
cctgccagaaatgggcatacagagcagcatgcttcctaaccctctagccc
tccatttttagaactcagcttgcaaactaatgctttccaactgtccccta
cctcccccatttccagggagacagtgggcagggatgctggggtcaccttt
gacctgtactcgggaacaacatcccttacctcccaggagtcctcaaggga
tctagtgctggttccttcaaggaaggcctcctagttcagtgtgacacagg
cagcctctttctcactcctactccgctgtcccactgcccctcaggctgtc
ttcaggtgcagcccagaaacagtgcctcagtggagaaagctgcttgctga
gcctagcaccagcaagaggccagcctagtcttttaagtggctaaggttgg
gcccccaaggcctggcttatcctaggctaatactctgcctcagacctgtg
gcctacctcccagcaatgtgtgtctcatggcttctctcttgctgtcaagt
ggtttggggacctttcagtggccctctggggcttctgcttgcccctctca
aattcctggcttgccttttgccaccaggccaagccctggaagcaagctct
ata
gaattcctgatggccatgcctgctctctggagtgctgggatcatagtgtg
cacagccaaagcacagcttcgatgcaaatgctccacaggctaaatccttg
ccctggttttgttttatgttttaagcagcttcatatagcccaggctgtcc
ctagatgtagcagtcttgtctcagcctcccagatgcaggatgacaggcct
gtgccacaatgctcagcttgtctttagttcattaaagatgtgacccgtgt
ttgcaacagcctgtgtgtgttgttgacagaatcacctgtcactcattctt
cactgtgcactcgtggaaaacagcattcctgctgggctcagtaagggatg
gagttggtggaactacaggctttctaggtatagtagccttggcaacagag
gcagcacagagagccaggaaatggcagaatgggtgtagaaagtggtggtc
ttagacttgcctgttttgaatgtgaaacagagtcagggctgtgatgggct
ggggcatggctcaggtaaactatgtggaggcttgtccttaccaggctaaa
aagctgttttgttaaggttctggacaagaggcaagaagatccaacttgtt
ctcagctatgtagtgagtttgaggccagcctagtctgcatgaaaccctgt
ctccaaaactcccaaaataataaaatcaaagccaaattcattgagcttgt
aaagcgcccaacagggctggggcatgcagctgtgctgctgctgtagccgt
agtggcactgcacgctgtgatactgggatgacgctgtgatactgggatga
cggcggagcctccttgggctcgcatcagttgagagaagatcagggctttg
cacactgggtgccctctggaggctttggggcttctgggtctcctggattc
cagctgagacccagagctatgagcctagcaggaggctgcccagcctcact
ctgcattatcttctcacagctctccagtccctgagcgggaagtagagagg
gattgttcttcctatacaggagcattaccctcgcacaagttgagtggtgg
aacaggccttgggcaagggccacagaggtaattattgcaggaaggcctgt
gacagtcagtccaggggacttgttcagggatgcctcatcac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_72987552_72988542
seq2: B6Ng01-276N20.b_47_1049 (reverse)

seq1  TATAG-GCTTGC-TCCAGG--CTGGCCT-GTGGCAAAA-GCAAGCCA-GA  43
      ||||| |||||| ||||||   |||||| ||||||||| |||||||| ||
seq2  TATAGAGCTTGCTTCCAGGGCTTGGCCTGGTGGCAAAAGGCAAGCCAGGA  50

seq1  ATTTGAGAGGGGCAAGCAGAAG-CCCAGA-GGCCACTG-AAGGTCCCCAA  90
      |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||
seq2  ATTTGAGAGGGGCAAGCAGAAGCCCCAGAGGGCCACTGAAAGGTCCCCAA  100

seq1  ACCAC-TGACAGCAAGAGAGAAGCCATGAGACACACATTGCT-GGAGGTA  138
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ACCACTTGACAGCAAGAGAGAAGCCATGAGACACACATTGCTGGGAGGTA  150

seq1  GGCCACAGGTCTGAGGCAGAGTATTAGCCTAGGATAAGCCAGGCCTTGGG  188
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACAGGTCTGAGGCAGAGTATTAGCCTAGGATAAGCCAGGCCTTGGG  200

seq1  GGCCCAACCTTAGCCACTTAAAAGACTAGGCTGGCCTCTTGCTGGTGCTA  238
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCAACCTTAGCCACTTAAAAGACTAGGCTGGCCTCTTGCTGGTGCTA  250

seq1  GGCTCAGCAAGCAGCTTTCTCCACTGAGGCACTGTTTCTGGGCTGCACCT  288
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCAGCAAGCAGCTTTCTCCACTGAGGCACTGTTTCTGGGCTGCACCT  300

seq1  GAAGACAGCCTGAGGGGCAGTGGGACAGCGGAGTAGGAGTGAGAAAGAGG  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACAGCCTGAGGGGCAGTGGGACAGCGGAGTAGGAGTGAGAAAGAGG  350

seq1  CTGCCTGTGTCACACTGAACTAGGAGGCCTTCCTTGAAGGAACCAGCACT  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTGTGTCACACTGAACTAGGAGGCCTTCCTTGAAGGAACCAGCACT  400

seq1  AGATCCCTTGAGGACTCCTGGGAGGTAAGGGATGTTGTTCCCGAGTACAG  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCCCTTGAGGACTCCTGGGAGGTAAGGGATGTTGTTCCCGAGTACAG  450

seq1  GTCAAAGGTGACCCCAGCATCCCTGCCCACTGTCTCCCTGGAAATGGGGG  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAAGGTGACCCCAGCATCCCTGCCCACTGTCTCCCTGGAAATGGGGG  500

seq1  AGGTAGGGGACAGTTGGAAAGCATTAGTTTGCAAGCTGAGTTCTAAAAAT  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAGGGGACAGTTGGAAAGCATTAGTTTGCAAGCTGAGTTCTAAAAAT  550

seq1  GGAGGGCTAGAGGGTTAGGAAGCATGCTGCTCTGTATGCCCATTTCTGGC  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGCTAGAGGGTTAGGAAGCATGCTGCTCTGTATGCCCATTTCTGGC  600

seq1  AGGTCATGAACCTGCCACCCTCCAACCAGAACCCATCGAGGATCTGGTCA  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCATGAACCTGCCACCCTCCAACCAGAACCCATCGAGGATCTGGTCA  650

seq1  TCCACTGTGAGCATAAAGACTCACGGCCAATGCCAAGCCCCATACTTGCC  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTGTGAGCATAAAGACTCACGGCCAATGCCAAGCCCCATACTTGCC  700

seq1  CAACTGCCGCCACTTGTTAGGAACAGCAAAGAGCGGGTCATGCTCTACAG  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGCCGCCACTTGTTAGGAACAGCAAAGAGCGGGTCATGCTCTACAG  750

seq1  AGGCCCCAGGGGATACGGGGTATCAATATGCCAGCTTCCTGAGCAGTGTT  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCCCAGGGGATACGGGGTATCAATATGCCAGCTTCCTGAGCAGTGTT  800

seq1  AAGTCCTCTGTCCGTAACCTGTGTCATCTGGACTCAGCTGGTGCATAGCA  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCCTCTGTCCGTAACCTGTGTCATCTGGACTCAGCTGGTGCATAGCA  850

seq1  CCAGGATTCACCATAGGGATATACCCTGCAGGGTGTGAGTGGGATGTGCA  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGATTCACCATAGGGATATACCCTGCAGGGTGTGAGTGGGATGTGCA  900

seq1  CACCTGACTGTGGCTCACCAGTGGCCCAGGAACACTGAGGAAACACTCTA  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGACTGTGGCTCACCAGTGGCCCAGGAACACTGAGGAAACACTCTA  950

seq1  AGACACAGAGAGGTTTACACTTTCTGAAGACCATGCAGCAAGGAAGAGAA  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACAGAGAGGTTTACACTTTCTGAAGACCATGCAGCAAGGAAGAGAA  1000

seq1  TTC  991
      |||
seq2  TTC  1003

seq1: chr8_72827564_72828686
seq2: B6Ng01-276N20.g_68_1208

seq1  GAATTCCTGATGGCCATGCCTGCTCTCTGGAGTGCTGGGATCATAGTGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGATGGCCATGCCTGCTCTCTGGAGTGCTGGGATCATAGTGTG  50

seq1  CACAGCCAAAGCACAGCTTCGATGCAAATGCTCCACAGGCTAAATCCTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCCAAAGCACAGCTTCGATGCAAATGCTCCACAGGCTAAATCCTTG  100

seq1  CCCTGGTTTTGTTTTATGTTTTAAGCAGCTTCATATAGCCCAGGCTGTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGTTTTGTTTTATGTTTTAAGCAGCTTCATATAGCCCAGGCTGTCC  150

seq1  CTAGATGTAGCAGTCTTGTCTCAGCCTCCCAGATGCAGGATGACAGGCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGATGTAGCAGTCTTGTCTCAGCCTCCCAGATGCAGGATGACAGGCCT  200

seq1  GTGCCACAATGCTCAGCTTGTCTTTAGTTCATTAAAGATGTGACCCGTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCACAATGCTCAGCTTGTCTTTAGTTCATTAAAGATGTGACCCGTGT  250

seq1  TTGCAACAGCCTGTGTGTGTTGTTGACAGAATCACCTGTCACTCATTCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAACAGCCTGTGTGTGTTGTTGACAGAATCACCTGTCACTCATTCTT  300

seq1  CACTGTGCACTCGTGGAAAACAGCATTCCTGCTGGGCTCAGTAAGGGATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTGCACTCGTGGAAAACAGCATTCCTGCTGGGCTCAGTAAGGGATG  350

seq1  GAGTTGGTGGAACTACAGGCTTTCTAGGTATAGTAGCCTTGGCAACAGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTGGTGGAACTACAGGCTTTCTAGGTATAGTAGCCTTGGCAACAGAG  400

seq1  GCAGCACAGAGAGCCAGGAAATGGCAGAATGGGTGTAGAAAGTGGTGGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCACAGAGAGCCAGGAAATGGCAGAATGGGTGTAGAAAGTGGTGGTC  450

seq1  TTAGACTTGCCTGTTTTGAATGTGAAACAGAGTCAGGGCTGTGATGGGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGACTTGCCTGTTTTGAATGTGAAACAGAGTCAGGGCTGTGATGGGCT  500

seq1  GGGGCATGGCTCAGGTAAACTATGTGGAGGCTTGTCCTTACCAGGCTAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCATGGCTCAGGTAAACTATGTGGAGGCTTGTCCTTACCAGGCTAAA  550

seq1  AAGCTGTTTTGTTAAGGTTCTGGACAAGAGGCAAGAAGATCCAACTTGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGTTTTGTTAAGGTTCTGGACAAGAGGCAAGAAGATCCAACTTGTT  600

seq1  CTCAGCTATGTAGTGAGTTTGAGGCCAGCCTAGTCTGCATGAAACCCTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCTATGTAGTGAGTTTGAGGCCAGCCTAGTCTGCATGAAACCCTGT  650

seq1  CTCCAAAACTCCCAAAATAATAAAATCAAAGCCAAATTCATTGAGCTTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAAAACTCCCAAAATAATAAAATCAAAGCCAAATTCATTGAGCTTGT  700

seq1  AAAGCGCCCAACAGGGCTGGGGCATGCAGCTGTGCTGCTGCTGTAGCCGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCGCCCAACAGGGCTGGGGCATGCAGCTGTGCTGCTGCTGTAGCCGT  750

seq1  AGTGGCACTGCACGCTGTGATACTGGGATGACGCTGTGATACTGGGATGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGCACTGCACGCTGTGATACTGGGATGACGCTGTGATACTGGGATGA  800

seq1  CGGCGGAGCCTCCTTGGGCTCGCATCAGTTGAGAGAAGATCAGGGCTTTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCGGAGCCTCCTTGGGCTCGCATCAGTTGAGAGAAGATCAGGGCTTTG  850

seq1  CACACTGGGTGCCCTCTGGAGGCTTTGGGGCTTCTGGGTCTCCTGGATTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTGGGTGCCCTCTGGAGGCTTTGGGGCTTCTGGGTCTCCTGGATTC  900

seq1  CAGCTGAGACCCAGAGCTATGAGCCTAGCAGGGAGGCTGCCCAGCCTCAC  950
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGAGACCCAGAGCTATGAGCCTAGCA-GGAGGCTGCCCAGCCTCAC  949

seq1  TCTGCA-TATCTTCTCACAGCTCTCCAGT-CCTGAGCGGGAAGTAGAGAG  998
      |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCATTATCTTCTCACAGCTCTCCAGTCCCTGAGCGGGAAGTAGAGAG  999

seq1  GGAT--GTCTTCCTATACA-GAGCAT--ACCTCGCAC-AGGTGAGT-GTG  1041
      ||||   |||||||||||| ||||||   |||||||| || ||||| |||
seq2  GGATTGTTCTTCCTATACAGGAGCATTACCCTCGCACAAGTTGAGTGGTG  1049

seq1  G-ACAG--CCTGGGGAAGGG-CACAGAG--TATTA-TGCAGGAAAGCCGT  1084
      | ||||  | |||| ||||| |||||||   |||| |||||||| |||  
seq2  GAACAGGCCTTGGGCAAGGGCCACAGAGGTAATTATTGCAGGAAGGCCTG  1099

seq1  GGACAGCCAGGCCAGGGGACT--GTCA-GGATGCCTCATCAC  1123
       ||||| ||| ||||||||||   ||| ||||||||||||||
seq2  TGACAGTCAGTCCAGGGGACTTGTTCAGGGATGCCTCATCAC  1141