BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-277A16
Chromosome8 (Build37)
Map Location 116,738,319 - 116,745,442
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAI427515
Upstream geneMon1b, 4930481F22Rik, Adamts18, Nudt7
Downstream geneClec3a, Wwox
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-277A16.bB6Ng01-277A16.g
ACCGA077666GA077667
length1,1531,114
definitionB6Ng01-277A16.b B6Ng01-277A16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(116,738,319 - 116,739,485)(116,744,338 - 116,745,442)
sequence
gaattggctggagtcatgacattgaaatgagtaagttttatgtttgaagg
ctcaggagacggcattgatgctcccgtgaaaagtgctgctccgtctttga
atgtgatattttcttcataagagcatgcagtcagcttctgcctttaatct
tcttttgccagtgacccccccgattcttccttcatctagtctcatcttca
gcactggctgggagcagggcatgccaaatagcacattccccaaaaaaacc
ctgctagcaggctaaagcatcaggtcttgctactctcgacttctctaaat
gaatgtggtccccagagctcaatgcaagataattatcccctatgcaagga
agcatcatgattcatatcttggaatggcactgtgggcaagccttgtgttg
taaattactctgtatttgaagtgaagtgggtctgcatgtaagccatgtgt
ctgatcatcttagaagcttgtataactatgagatgaaacctcaatttgtt
cataggtgatagtttgttcataatagtgccaatggggtaaggttcttgta
taaggaaggataaaaatagataatggggactttggaaatggttcagttgg
taaagcacttgcaagcccaagcaagtataaggacctgaattcagtcccca
gctcccatattaaaagtcaagtatggtggtatacacttataatctcagca
tcaaagaagtagagacaggtagatcctgaagactcagtggccaaccattg
tagcctacttggtgagcccaaagtcctagtgagagactgtctcaaacaac
aagacaatagaacaatgcaaaaacaagaaataaaatggacgggcaacttc
tggggactggtaacccaggttgattttcggtttcctctcacagaagcaca
aatgtggatatctctccacacctgcacttacaattctcacatgggacacc
catatatacacaatacatacatacacacacacacacacacacacacacac
acacacgggaggcagtgacctaagtacctagtgtgataattggtgtatga
atgtttgttgataatgatttctgtgcacctgttacatgttcaagaacata
actggtgtagaagagatgcaaagaaatacttagaggtatctcagtactcg
taa

gaattccccaatcaatctaaagttgtttttccctagcttaccattttctt
attaatgggattattgccccacccagatcctttcctctatgacatgaaca
gtgatgatggatgctattaggaaaggctatagctgcatgagttctttatt
gctagtgtgtctgggaaaagaactacattcctatcatctgtctaaattag
tattcaagacatgctccaatggtattttcaccatgtaataaaatagccaa
agagacatattgagaatgtaaatatccagaaccagttttcaacagataca
gaagagcatggcacaaataagctgtctttgatgccaagactaacgctttt
gatttgggagactttgaggtatttatctactcaacccttgggagaggcag
gaggtatttgttcctatgatggttgctgaaaaggttaacatctctatgtt
ccatgttgtgcgctaaccaaggcgtgagctccagaagagttcttggcagc
agttgctcgtatggaacattcattctcatccaatttagattcaacagacc
ctctgtgttttgggggttggctaggcaatgatgttacaacactgacagtg
acatctgcacctcccaggagttcagagctcagcaaaataaatgactacac
agtatgacaattccacaagaggctgctatacaagggtcacagccagcatg
gagaaagtagctattaacttgtctcattgagattgggtgcttcacaaatg
gaagaattggatggacgtgctcttatatccattcttcaaccctctggctc
taacccacctctccacggagaggaaaaaggcttcagcgtgaccccagttt
gattttctttcataaagctatcaaaggcacaggagtcccaagcaaaaaac
agtccactgttgctatagtaggaacagttattttcccaggacgttgctac
cgattacaagatgtatagaaactattgttttcaataggaacaaatggaga
gaggtaaagacttagcatggttacgtctatggtcatcctagggttatggt
aacagctttctatctagctcgccaatatggtaagccacttgacattacat
accagatactaaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_116738319_116739485
seq2: B6Ng01-277A16.b_44_1195

seq1  AATTGGCTGGAGTCATGACATTGAAATGAGTAAGTTTTATGTTTGAAGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGGCTGGAGTCATGACATTGAAATGAGTAAGTTTTATGTTTGAAGGC  50

seq1  TCAGGAGACGGCATTGATGCTCCCGTGAAAAGTGCTGCTCCGTCTTTGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAGACGGCATTGATGCTCCCGTGAAAAGTGCTGCTCCGTCTTTGAA  100

seq1  TGTGATATTTTCTTCATAAGAGCATGCAGTCAGCTTCTGCCTTTAATCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATATTTTCTTCATAAGAGCATGCAGTCAGCTTCTGCCTTTAATCTT  150

seq1  CTTTTGCCAGTGACCCCCCCGATTCTTCCTTCATCTAGTCTCATCTTCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGCCAGTGACCCCCCCGATTCTTCCTTCATCTAGTCTCATCTTCAG  200

seq1  CACTGGCTGGGAGCAGGGCATGCCAAATAGCACATTCCCCAAAAAAACCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGCTGGGAGCAGGGCATGCCAAATAGCACATTCCCCAAAAAAACCC  250

seq1  TGCTAGCAGGCTAAAGCATCAGGTCTTGCTACTCTCGACTTCTCTAAATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAGCAGGCTAAAGCATCAGGTCTTGCTACTCTCGACTTCTCTAAATG  300

seq1  AATGTGGTCCCCAGAGCTCAATGCAAGATAATTATCCCCTATGCAAGGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGGTCCCCAGAGCTCAATGCAAGATAATTATCCCCTATGCAAGGAA  350

seq1  GCATCATGATTCATATCTTGGAATGGCACTGTGGGCAAGCCTTGTGTTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCATGATTCATATCTTGGAATGGCACTGTGGGCAAGCCTTGTGTTGT  400

seq1  AAATTACTCTGTATTTGAAGTGAAGTGGGTCTGCATGTAAGCCATGTGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTACTCTGTATTTGAAGTGAAGTGGGTCTGCATGTAAGCCATGTGTC  450

seq1  TGATCATCTTAGAAGCTTGTATAACTATGAGATGAAACCTCAATTTGTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCATCTTAGAAGCTTGTATAACTATGAGATGAAACCTCAATTTGTTC  500

seq1  ATAGGTGATAGTTTGTTCATAATAGTGCCAATGGGGTAAGGTTCTTGTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGTGATAGTTTGTTCATAATAGTGCCAATGGGGTAAGGTTCTTGTAT  550

seq1  AAGGAAGGATAAAAATAGATAATGGGGACTTTGGAAATGGTTCAGTTGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAGGATAAAAATAGATAATGGGGACTTTGGAAATGGTTCAGTTGGT  600

seq1  AAAGCACTTGCAAGCCCAAGCAAGTATAAGGACCTGAATTCAGTCCCCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCACTTGCAAGCCCAAGCAAGTATAAGGACCTGAATTCAGTCCCCAG  650

seq1  CTCCCATATTAAAAGTCAAGTATGGTGGTATACACTTATAATCTCAGCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCATATTAAAAGTCAAGTATGGTGGTATACACTTATAATCTCAGCAT  700

seq1  CAAAGAAGTAGAGACAGGTAGATCCTGAAGACTCAGTGGCCAACCATTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAAGTAGAGACAGGTAGATCCTGAAGACTCAGTGGCCAACCATTGT  750

seq1  AGCCTACTTGGTGAGCCCAAAGTCCTAGTGAGAGACTGTCTCAAACAACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTACTTGGTGAGCCCAAAGTCCTAGTGAGAGACTGTCTCAAACAACA  800

seq1  AGACAATAGAACAATGCAAAAACAAGAAATAAAATGGACGGGCAACTTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAATAGAACAATGCAAAAACAAGAAATAAAATGGACGGGCAACTTCT  850

seq1  GGGGACTGGTAACCCAGGTTGATTTTCGGTTTCCTCTCACAGAAGCACAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGACTGGTAACCCAGGTTGATTTTCGGTTTCCTCTCACAGAAGCACAA  900

seq1  ATGTGGATATCTCTCCACACCTGCACTTACAATTCTCACAT-GGACACCC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ATGTGGATATCTCTCCACACCTGCACTTACAATTCTCACATGGGACACCC  950

seq1  ATAATATACACAAATACATACATACACACACACACACACACACACACACA  999
      || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AT-ATATACAC-AATACATACATACACACACACACACACACACACACACA  998

seq1  CACACACAGGAAGGCAGTGGACCTAAAGTACCTAGTGGTGAT-ATTGGTG  1048
      ||||||| || ||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||
seq2  CACACAC-GGGAGGCAGT-GACCT-AAGTACCTAGT-GTGATAATTGGTG  1044

seq1  TATGAAATGTTTGTTGAATTAATGATTTCTGTGGCACCTGTTACATGTTC  1098
      |||| ||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TATG-AATGTTTGTTGA--TAATGATTTCTGT-GCACCTGTTACATGTTC  1090

seq1  AAAAGACATTACTGGTGTAGAAGAGATGCAAAGAAATACATTAGAAAGTA  1148
      || | |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| | || 
seq2  AAGA-ACATAACTGGTGTAGAAGAGATGCAAAGAAATAC-TTAG-AGGT-  1136

seq1  AATCTCCAGTACTCCGTAA  1167
       |||| ||||||| |||||
seq2  -ATCT-CAGTACT-CGTAA  1152


seq1: chr8_116744338_116745442
seq2: B6Ng01-277A16.g_64_1177 (reverse)

seq1  GTTTGGTATCT-GTATGT-ATGTCCAGTGGC-TACAATATTGGCGAGCCT  47
      |||| |||||| |||||| ||||| |||||| ||| ||||||||||| ||
seq2  GTTTAGTATCTGGTATGTAATGTCAAGTGGCTTACCATATTGGCGAG-CT  49

seq1  AGATAG-AGGCTGTTCCCATTACCCTAGGATGA-CATAGACGTAACCATG  95
      |||||| | |||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AGATAGAAAGCTGTTACCATAACCCTAGGATGACCATAGACGTAACCATG  99

seq1  CT-AGTCTTTACCTCTCTCCATTTG-TCCTATTG-AAACAATAGTTTTCT  142
      || |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||   
seq2  CTAAGTCTTTACCTCTCTCCATTTGTTCCTATTGAAAACAATAGTTT--C  147

seq1  TATACATCTTGTAATCGGTAGCAACGTCCTGGG-AAATAACTG-TCCTAC  190
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||
seq2  TATACATCTTGTAATCGGTAGCAACGTCCTGGGAAAATAACTGTTCCTAC  197

seq1  TATAGCAACAGTGGACTG-TTTTTGCTTGGGACTCCTGTGCCTTTGATAG  239
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGCAACAGTGGACTGTTTTTTGCTTGGGACTCCTGTGCCTTTGATAG  247

seq1  CTTTATGAA--GAAATCAAACTGGGGTCACGCTGAAGCCTTTTTCCTCTC  287
      |||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATGAAAGAAAATCAAACTGGGGTCACGCTGAAGCCTTTTTCCTCTC  297

seq1  CGTGGAGAGGTGGGTTAGAGCCAGAGGGTTTGAAGAATGGATATAAGAGC  337
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CGTGGAGAGGTGGGTTAGAGCCAGAGGG-TTGAAGAATGGATATAAGAGC  346

seq1  ACGTCCATCCAATTCTTCCATTTGTGAAGCACCCAATCTCAATGAGACAA  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTCCATCCAATTCTTCCATTTGTGAAGCACCCAATCTCAATGAGACAA  396

seq1  GTTAATAGCTACTTTCTCCATGCTGGCTGTGACCCTTGTATAGCAGCCTC  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAATAGCTACTTTCTCCATGCTGGCTGTGACCCTTGTATAGCAGCCTC  446

seq1  TTGTGGAATTGTCATACTGTGTAGTCATTTATTTTGCTGAGCTCTGAACT  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGAATTGTCATACTGTGTAGTCATTTATTTTGCTGAGCTCTGAACT  496

seq1  CCTGGGAGGTGCAGATGTCACTGTCAGTGTTGTAACATCATTGCCTAGCC  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGAGGTGCAGATGTCACTGTCAGTGTTGTAACATCATTGCCTAGCC  546

seq1  AACCCCCAAAACACAGAGGGTCTGTTGAATCTAAATTGGATGAGAATGAA  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCCCAAAACACAGAGGGTCTGTTGAATCTAAATTGGATGAGAATGAA  596

seq1  TGTTCCATACGAGCAACTGCTGCCAAGAACTCTTCTGGAGCTCACGCCTT  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCATACGAGCAACTGCTGCCAAGAACTCTTCTGGAGCTCACGCCTT  646

seq1  GGTTAGCGCACAACATGGAACATAGAGATGTTAACCTTTTCAGCAACCAT  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAGCGCACAACATGGAACATAGAGATGTTAACCTTTTCAGCAACCAT  696

seq1  CATAGGAACAAATACCTCCTGCCTCTCCCAAGGGTTGAGTAGATAAATAC  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGGAACAAATACCTCCTGCCTCTCCCAAGGGTTGAGTAGATAAATAC  746

seq1  CTCAAAGTCTCCCAAATCAAAAGCGTTAGTCTTGGCATCAAAGACAGCTT  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAAGTCTCCCAAATCAAAAGCGTTAGTCTTGGCATCAAAGACAGCTT  796

seq1  ATTTGTGCCATGCTCTTCTGTATCTGTTGAAAACTGGTTCTGGATATTTA  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTGCCATGCTCTTCTGTATCTGTTGAAAACTGGTTCTGGATATTTA  846

seq1  CATTCTCAATATGTCTCTTTGGCTATTTTATTACATGGTGAAAATACCAT  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTCAATATGTCTCTTTGGCTATTTTATTACATGGTGAAAATACCAT  896

seq1  TGGAGCATGTCTTGAATACTAATTTAGACAGATGATAGGAATGTAGTTCT  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGCATGTCTTGAATACTAATTTAGACAGATGATAGGAATGTAGTTCT  946

seq1  TTTCCCAGACACACTAGCAATAAAGAACTCATGCAGCTATAGCCTTTCCT  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCAGACACACTAGCAATAAAGAACTCATGCAGCTATAGCCTTTCCT  996

seq1  AATAGCATCCATCATCACTGTTCATGTCATAGAGGAAAGGATCTGGGTGG  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGCATCCATCATCACTGTTCATGTCATAGAGGAAAGGATCTGGGTGG  1046

seq1  GGCAATAATCCCATTAATAAGAAAATGGTAAGCTAGGGAAAAACAACTTT  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAATAATCCCATTAATAAGAAAATGGTAAGCTAGGGAAAAACAACTTT  1096

seq1  AGATTGATTGGGGAATTC  1105
      ||||||||||||||||||
seq2  AGATTGATTGGGGAATTC  1114


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |