BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-280B08
Chromosome8 (Build37)
Map Location 49,354,490 - 49,535,193
singlet/doubletdoublet
Overlap geneOdz3
Upstream geneStox2, 4930448N21Rik, D030016E14Rik, Rwdd4a, LOC384819, LOC667422, Ing2, LOC546058, Cdkn2aip, LOC100039801, Cldn22, Wwc2, LOC100040113, Dctd
Downstream gene2900073C17Rik, LOC100039866, 4930555F03Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-280B08.bB6Ng01-280B08.g
ACCGA079901GA079902
length953476
definitionB6Ng01-280B08.b B6Ng01-280B08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(49,534,241 - 49,535,193)(49,354,490 - 49,354,971)
sequence
gaattccatctcccttttcaacttcagccctcccccgctgtggaagttaa
cttgaagggcccttaattactgcagatttcacctgtgtctctgctgtggc
tcctattacttagttccaatactctgatcaaagggaactcagctactgtt
atacactattgttagtgaaagcactcctcattggattgtttagcttctgc
agtgtttgctaaaaggccagacagacttaattatgcttctgagcatagcc
tctgctaccaagcacttgctgctgagataccccaggcttcttcccgttgc
ccttaggagtttgcttttgccatttatgttgttgaattggagatgttttt
gtgagtagcctattgggtgcccatagggggaggggcgggacaaatagaga
aaaataaataggtccccatccacccgtttgaaaccggttttggtaatgtg
acgggaagagcatttgccatgagttgtatatcccactcaaagcttcgttt
actttgaggtctgccttattgttgctggattcatgagtggttttgaaacc
atggaatgaagcccttaacctggcaggccctcagccctgggaaccagcaa
agctaacccagcatgcagactggaagaatggctgagaacaaacagtcaca
tactactatcacatcctgactgcttccaagcagatcccagtctcaagcta
tcacagcagcgtgatgctcgtggcccgttcttccagaccataatacagca
tgtaaaatgggcggaactgcacagctctctcatcagctttcaaatttggc
taaacaggggcgctctgcctttgtacacagtctgccaagagtcacttaga
atttaaaaagattgcatctgtatggtacctgccagtgcctctgcaaaatt
aacaagctctgggtataaagctgttttcccaaatagtatatcggggaagg
ggg

atagctttttccctacgctgtctagttccccctgaagaagtgcctttaga
tatgtccaaaccctttgtatttcatgtgggcaagcaagcaagcagagagc
tgggaaacgccatttactagtaaataatttattctatcgcccaattccat
acgccagatttgctgctgtgtgcattcaagtgtaagaactgtggctttac
tttgggtatgagctttttaaataatacatttttagcaggtgagatctttg
tggtctctctggaattactttaactaagaaatgagagtacagggcaattg
tttttaaagattaagacgtgatggttgtcaggtgtggtggtgcgtccctt
taatcccccagcacaccagaggcagagacaggcagatctctgagtttgag
gccaacctgctctggggagcaagttcctgcttggtcagctggattacata
aagaaataatgagagagagagagaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_49534241_49535193
seq2: B6Ng01-280B08.b_47_999 (reverse)

seq1  CCCCCCTCCCCGATATACTATTTGGGAAAACAGCTTTATACCCAGAGCTT  50
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCTTCCCCGATATACTATTTGGGAAAACAGCTTTATACCCAGAGCTT  50

seq1  GTTAATTTTGCAGAGGCACTGGCAGGTACCATACAGATGCAATCTTTTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAATTTTGCAGAGGCACTGGCAGGTACCATACAGATGCAATCTTTTTA  100

seq1  AATTCTAAGTGACTCTTGGCAGACTGTGTACAAAGGCAGAGCGCCCCTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTAAGTGACTCTTGGCAGACTGTGTACAAAGGCAGAGCGCCCCTGT  150

seq1  TTAGCCAAATTTGAAAGCTGATGAGAGAGCTGTGCAGTTCCGCCCATTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCCAAATTTGAAAGCTGATGAGAGAGCTGTGCAGTTCCGCCCATTTT  200

seq1  ACATGCTGTATTATGGTCTGGAAGAACGGGCCACGAGCATCACGCTGCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCTGTATTATGGTCTGGAAGAACGGGCCACGAGCATCACGCTGCTG  250

seq1  TGATAGCTTGAGACTGGGATCTGCTTGGAAGCAGTCAGGATGTGATAGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGCTTGAGACTGGGATCTGCTTGGAAGCAGTCAGGATGTGATAGTA  300

seq1  GTATGTGACTGTTTGTTCTCAGCCATTCTTCCAGTCTGCATGCTGGGTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTGACTGTTTGTTCTCAGCCATTCTTCCAGTCTGCATGCTGGGTTA  350

seq1  GCTTTGCTGGTTCCCAGGGCTGAGGGCCTGCCAGGTTAAGGGCTTCATTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGCTGGTTCCCAGGGCTGAGGGCCTGCCAGGTTAAGGGCTTCATTC  400

seq1  CATGGTTTCAAAACCACTCATGAATCCAGCAACAATAAGGCAGACCTCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTTTCAAAACCACTCATGAATCCAGCAACAATAAGGCAGACCTCAA  450

seq1  AGTAAACGAAGCTTTGAGTGGGATATACAACTCATGGCAAATGCTCTTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAACGAAGCTTTGAGTGGGATATACAACTCATGGCAAATGCTCTTCC  500

seq1  CGTCACATTACCAAAACCGGTTTCAAACGGGTGGATGGGGACCTATTTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCACATTACCAAAACCGGTTTCAAACGGGTGGATGGGGACCTATTTAT  550

seq1  TTTTCTCTATTTGTCCCGCCCCTCCCCCTATGGGCACCCAATAGGCTACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTCTATTTGTCCCGCCCCTCCCCCTATGGGCACCCAATAGGCTACT  600

seq1  CACAAAAACATCTCCAATTCAACAACATAAATGGCAAAAGCAAACTCCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAAACATCTCCAATTCAACAACATAAATGGCAAAAGCAAACTCCTA  650

seq1  AGGGCAACGGGAAGAAGCCTGGGGTATCTCAGCAGCAAGTGCTTGGTAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCAACGGGAAGAAGCCTGGGGTATCTCAGCAGCAAGTGCTTGGTAGC  700

seq1  AGAGGCTATGCTCAGAAGCATAATTAAGTCTGTCTGGCCTTTTAGCAAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCTATGCTCAGAAGCATAATTAAGTCTGTCTGGCCTTTTAGCAAAC  750

seq1  ACTGCAGAAGCTAAACAATCCAATGAGGAGTGCTTTCACTAACAATAGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCAGAAGCTAAACAATCCAATGAGGAGTGCTTTCACTAACAATAGTG  800

seq1  TATAACAGTAGCTGAGTTCCCTTTGATCAGAGTATTGGAACTAAGTAATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACAGTAGCTGAGTTCCCTTTGATCAGAGTATTGGAACTAAGTAATA  850

seq1  GGAGCCACAGCAGAGACACAGGTGAAATCTGCAGTAATTAAGGGCCCTTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCCACAGCAGAGACACAGGTGAAATCTGCAGTAATTAAGGGCCCTTC  900

seq1  AAGTTAACTTCCACAGCGGGGGAGGGCTGAAGTTGAAAAGGGAGATGGAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTAACTTCCACAGCGGGGGAGGGCTGAAGTTGAAAAGGGAGATGGAA  950

seq1  TTC  953
      |||
seq2  TTC  953


seq1: chr8_49354490_49354971
seq2: B6Ng01-280B08.g_71_552

seq1  GAATTCATAGCTTTTTCCCTACGCTGTCTAGTTCCCCCTGAAGAAGTGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAGCTTTTTCCCTACGCTGTCTAGTTCCCCCTGAAGAAGTGCC  50

seq1  TTTAGATATGTCCAAACCCTTTGTATTTCATGTGGGCAAGCAAGCAAGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGATATGTCCAAACCCTTTGTATTTCATGTGGGCAAGCAAGCAAGCA  100

seq1  GAGAGCTGGGAAACGCCATTTACTAGTAAATAATTTATTCTATCGCCCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGCTGGGAAACGCCATTTACTAGTAAATAATTTATTCTATCGCCCAA  150

seq1  TTCCATACGCCAGATTTGCTGCTGTGTGCATTCAAGTGTAAGAACTGTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATACGCCAGATTTGCTGCTGTGTGCATTCAAGTGTAAGAACTGTGG  200

seq1  CTTTACTTTGGGTATGAGCTTTTTAAATAATACATTTTTAGCAGGTGAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTACTTTGGGTATGAGCTTTTTAAATAATACATTTTTAGCAGGTGAGA  250

seq1  TCTTTGTGGTCTCTCTGGAATTACTTTAACTAAGAAATGAGAGTACAGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGTGGTCTCTCTGGAATTACTTTAACTAAGAAATGAGAGTACAGGG  300

seq1  CAATTGTTTTTAAAGATTAAGACGTGATGGTTGTCAGGTGTGGTGGTGCG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTGTTTTTAAAGATTAAGACGTGATGGTTGTCAGGTGTGGTGGTGCG  350

seq1  TCCCTTTAATCCCCCAGCACACCAGAGGCAGAGACAGGCAGATCTCTGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTTAATCCCCCAGCACACCAGAGGCAGAGACAGGCAGATCTCTGAG  400

seq1  TTTGAGGCCAACCTGCTCTGGGGAGCAAGTTCCTGCTTGGTCAGCTGGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGGCCAACCTGCTCTGGGGAGCAAGTTCCTGCTTGGTCAGCTGGAT  450

seq1  TACATAAAGAAATAATGAGAGAGAGAGAGAGA  482
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATAAAGAAATAATGAGAGAGAGAGAGAGA  482


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |