BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-281D12
Chromosome8 (Build37)
Map Location 88,457,490 - 88,603,116
singlet/doubletdoublet
Overlap genePhkb
Upstream geneMast1, Rtbdn, Rnaseh2a, LOC666841, Prdx2, Junb, Hook2, Best2, Asna1, 2310036O22Rik, Tnpo2, Fbxw9, EG436049, Dhps, 1500041N16Rik, BC056474, Man2b1, EG244556, EG624855, Olfr371, Vps35, Orc6l, D830007F02Rik, 4921524J17Rik, Gpt2, Dnaja2, Neto2, Itfg1, LOC100040798
Downstream geneLOC671665, LOC100040165, Abcc12, Lonp2, Siah1a, ENSMUSG00000074178, BC004022, LOC666960, EG625298
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-281D12.bB6Ng01-281D12.g
ACCGA080752GA080753
length1251,130
definitionB6Ng01-281D12.b B6Ng01-281D12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(88,602,992 - 88,603,116)(88,457,490 - 88,458,610)
sequence
gaattcacttctgaatggtaattatgtggcttttccctccctcggactga
ctgctgctcctttggaattactttactgttacatataacatcaggatgat
cgtgatggggtgggggtggggcgat
gaattctttcttgatcaccaggctttaagacccagtagacaacttttgat
tgccatcagatactattatacctttaagcctgctcatcattgctgtgatt
cataggtgtgagtctcagctaggtaggactattgattgtgttcttccctt
agcaacttgtatagcatcttctgggactatgaaggctagtccacaggaag
ggagagtttgggtcagatcaaccttgaatcttccaattcctgtttccaaa
gtcactctcccagccacatagattttaatgtgtcttaccacttataatcc
tatagtaaattagtgagaacagtttgtttaaacctctcaagatgttgatg
aggcagtaattaatagtttagtgtggtggttctaatttattctttcactt
gttcagtttctgatgggtcttggcagagtccagggctttatgaatggtca
gaagcatcccaccacagagcttgttgggttaattcttcctgggaaaagat
gtgaataagtactggtttacccaggcagggccctgacaacagagcaaggg
aacagctgcatccacgtttaacctggtaaaacagtgaccttgctgtactt
acagcaagctacagagtgcttagagcaacattggtgagcacagaaactgt
tttaccagaccataccaccccagtgttgacgatgacttcaatgctgcata
gttggattgattcttctcagcccacttcacctcagcttctacactccata
cttgagcacctccacagaccacatgcagtcgattaaaacaagatctgctg
ggaggatagctggaatttcaaatgagggtacagtgaccctcatccctcct
tttctaaagggaggagcggaagcccctttgaacatgctgtgattaagata
gtaactaccatgctgtaccctgaggacagtgtcctacaacacggctacac
attcagctaatgattctgaaatgtacattcatgcaaacaccttgtttatc
cagacctcctcccaagagaaagagtgaaaactggcatttccttaacatgt
ttcctagtgctgctgctgcttcttgggactgcattgaggacatacctgaa
tgtgatgtcatggttctgaaggtttcagtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_88602992_88603116
seq2: B6Ng01-281D12.b_40_164 (reverse)

seq1  ATCGCCCCACCCCCACCCCATCACGATCATCCTGATGTTATATGTAACAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGCCCCACCCCCACCCCATCACGATCATCCTGATGTTATATGTAACAG  50

seq1  TAAAGTAATTCCAAAGGAGCAGCAGTCAGTCCGAGGGAGGGAAAAGCCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTAATTCCAAAGGAGCAGCAGTCAGTCCGAGGGAGGGAAAAGCCAC  100

seq1  ATAATTACCATTCAGAAGTGAATTC  125
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTACCATTCAGAAGTGAATTC  125

seq1: chr8_88457490_88458610
seq2: B6Ng01-281D12.g_68_1197

seq1  GAATTCTTTCTTGATCACCAGGCTTTAAGACCCAGTAGACAACTTTTGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCTTGATCACCAGGCTTTAAGACCCAGTAGACAACTTTTGAT  50

seq1  TGCCATCAGATACTATTATACCTTTAAGCCTGCTCATCATTGCTGTGATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCATCAGATACTATTATACCTTTAAGCCTGCTCATCATTGCTGTGATT  100

seq1  CATAGGTGTGAGTCTCAGCTAGGTAGGACTATTGATTGTGTTCTTCCCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGGTGTGAGTCTCAGCTAGGTAGGACTATTGATTGTGTTCTTCCCTT  150

seq1  AGCAACTTGTATAGCATCTTCTGGGACTATGAAGGCTAGTCCACAGGAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACTTGTATAGCATCTTCTGGGACTATGAAGGCTAGTCCACAGGAAG  200

seq1  GGAGAGTTTGGGTCAGATCAACCTTGAATCTTCCAATTCCTGTTTCCAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGTTTGGGTCAGATCAACCTTGAATCTTCCAATTCCTGTTTCCAAA  250

seq1  GTCACTCTCCCAGCCACATAGATTTTAATGTGTCTTACCACTTATAATCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTCTCCCAGCCACATAGATTTTAATGTGTCTTACCACTTATAATCC  300

seq1  TATAGTAAATTAGTGAGAACAGTTTGTTTAAACCTCTCAAGATGTTGATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGTAAATTAGTGAGAACAGTTTGTTTAAACCTCTCAAGATGTTGATG  350

seq1  AGGCAGTAATTAATAGTTTAGTGTGGTGGTTCTAATTTATTCTTTCACTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGTAATTAATAGTTTAGTGTGGTGGTTCTAATTTATTCTTTCACTT  400

seq1  GTTCAGTTTCTGATGGGTCTTGGCAGAGTCCAGGGCTTTATGAATGGTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGTTTCTGATGGGTCTTGGCAGAGTCCAGGGCTTTATGAATGGTCA  450

seq1  GAAGCATCCCACCACAGAGCTTGTTGGGTTAATTCTTCCTGGGAAAAGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCATCCCACCACAGAGCTTGTTGGGTTAATTCTTCCTGGGAAAAGAT  500

seq1  GTGAATAAGTACTGGTTTACCCAGGCAGGGCCCTGACAACAGAGCAAGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAATAAGTACTGGTTTACCCAGGCAGGGCCCTGACAACAGAGCAAGGG  550

seq1  AACAGCTGCATCCACGTTTAACCTGGTAAAACAGTGACCTTGCTGTACTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCTGCATCCACGTTTAACCTGGTAAAACAGTGACCTTGCTGTACTT  600

seq1  ACAGCAAGCTACAGAGTGCTTAGAGCAACATTGGTGAGCACAGAAACTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCAAGCTACAGAGTGCTTAGAGCAACATTGGTGAGCACAGAAACTGT  650

seq1  TTTACCAGACCATACCACCCCAGTGTTGACGATGACTTCAATGCTGCATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACCAGACCATACCACCCCAGTGTTGACGATGACTTCAATGCTGCATA  700

seq1  GTTGGATTGATTCTTCTCAGCCCACTTCACCTCAGCTTCTACACTCCATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGATTGATTCTTCTCAGCCCACTTCACCTCAGCTTCTACACTCCATA  750

seq1  CTTGAGCACCTCCACAGACCACATGCAGTCGATTAAAACAAGATCTGCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGCACCTCCACAGACCACATGCAGTCGATTAAAACAAGATCTGCTG  800

seq1  GGAGGATAGCTGGAATTTCAAATGAGGGTACAGTGACCCTCATCCCTCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGATAGCTGGAATTTCAAATGAGGGTACAGTGACCCTCATCCCTCCT  850

seq1  TTTCT-AAGGGAAGAGCGGAAGCCCCTTTGAACATGCTGTGATTAAGATA  899
      ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTAAAGGGAGGAGCGGAAGCCCCTTTGAACATGCTGTGATTAAGATA  900

seq1  GTAACTACCATGCTGTACCCTGAGGACAGTGTCCTACAACACGGCTACAC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACTACCATGCTGTACCCTGAGGACAGTGTCCTACAACACGGCTACAC  950

seq1  ATTCAGCTAATGATTCTGAAATGTAACATTCATGCAAACA-CTTGTTTAT  998
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||
seq2  ATTCAGCTAATGATTCTGAAATGT-ACATTCATGCAAACACCTTGTTTAT  999

seq1  CCAGACCTCCTCCC-AGAG-AAGAGTGAAAACTGGCATT--CCTAACATG  1044
      |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||  | |||||||
seq2  CCAGACCTCCTCCCAAGAGAAAGAGTGAAAACTGGCATTTCCTTAACATG  1049

seq1  -TTCCTAGTGCTGCTGCTGCTTCTTTGGGACTGCATTTGAGACATA-CTG  1092
       |||||||||||||||||||||| |||||||||||||   |||||| |||
seq2  TTTCCTAGTGCTGCTGCTGCTTC-TTGGGACTGCATTGAGGACATACCTG  1098

seq1  -ATGTGATGTCATGTTCTTGA--GTTTCAGTG  1121
       ||||||||||||| |  |||  |||||||||
seq2  AATGTGATGTCATGGTTCTGAAGGTTTCAGTG  1130