BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-281F13
Chromosome8 (Build37)
Map Location 90,569,192 - 90,714,718
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040328, 5033428A16Rik, Heatr3
Upstream geneEG625298, EG330819, Cbln1, LOC100040294, 4933402J07Rik, Zfp423
Downstream genePapd5, Adcy7, Brd7, LOC100040369, Nkd1, 9130017C17Rik, Nod2, Cyld, LOC675985, Sall1, LOC100041089, EG625801, EG384862
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-281F13.bB6Ng01-281F13.g
ACCGA080850GA080851
length1,129693
definitionB6Ng01-281F13.b B6Ng01-281F13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(90,569,192 - 90,570,331)(90,714,028 - 90,714,718)
sequence
gaattctccaaaagactgaagtgttctcattactcactagatccttgcga
cagccttcctcttactgaagggtaacacggagcagcttcctcacctctat
ctccagggagttacacatatgacctatagtccccttcctaaaagatcaga
atgtctgtccctgccaggctcccaacaactgacctcctcttgggtccacc
tagatctgtgctacccacatccacgcctcccctctgactctctgtagctc
tcacaactgtggctgacatgagagtccttttggcctctaaggtaggctgt
ggatgagaggacataattgaaatctggtaaaacccatggcttcccctgaa
atcaacaccactaactaagatgtatgtgtcactttgggtcacaaggtgat
gaggaacacaggtgtgggggtcacatgttccacagtcttgtccacagtca
agtccacaatgtgcagtctttgctccacaggtactgagtatgccttcagc
aattcatttagaaagcggaggtgaccataatgccaaggtcacaaaaatgt
tagagaactgagagcagagctgaagcaatggctcagccattaggagtact
tcctgcccttgcagaggacccaggttcaatccctaacacccacatggtgg
ctcacaaccatctataactatacttccaggggatccactccagcctgaca
aacagacatgtcaaacgttgttcatgctatcggggtgctcaggagggttc
acactttctgctatttcataaaaatgtatcacagccacagcaccatctct
gtatgttggagcaggcctgccttcctcccacaaaaggggtgcctgccgcc
tgtttctttgatctcaacagaatcctaaagaggcttttagagattcaagt
gccatagttgaacgaaagtctcctgagaagacattccttttgcctacctc
ttctggccttccaaatagtcaacagagagtgtggctgtgttggcagcacc
tctttggttcctataatcctcatttagccagaagccaagcaagcaagcag
caagcttcagcttagcaaattggaggcaagcagaacatctacagacacca
ataaccactgtcatgtgcggattgcctat
gaattctgctgccttccttccccttcctttcttcctcctcttcctctttc
ttatttaaaaaaaaattggggggggggggattgagacagggtttctctgt
atagctctggctgtcctggaactcaccctgtagaccaggctggcctccaa
ttcagaaatccgcctgtccctgcctccgaagtgctgggattaaaggcgtg
tgccaccacacctggctctcctcttcctctttctttgtaggcatgcatga
atgtatgtacagatgtattagacattggatccagaaccttacaattacta
gaaaagttctctgccacccatgtctgcccttcaaccccattctgcctata
gttgttacagtttgcgtggggggcttaaacgtggaccaaaatgagaccca
gttggagcaagctttaaaaaaagccatgcctcggtttaactgtaaaggaa
agcaccagccacaaagcctagagagattggaatgttggcccaacatggga
tttctgtaagggcaccaaggagtatgccctaaaagggatatatctattgg
gaacagcccagcagcatccttgaaggactctatttgctcttcactgtaga
ccagagcctctaaacagggggctgtcatcactgaactgagaatcccaatg
atgtgcaaatgcagctgaattccctcctcctacccaggtggca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_90569192_90570331
seq2: B6Ng01-281F13.b_45_1173

seq1  GAATTCTCCAAAAGACTGAAGTGTTCTCATTACTCACTAGATCCTTGCGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCAAAAGACTGAAGTGTTCTCATTACTCACTAGATCCTTGCGA  50

seq1  CAGCCTTCCTCTTACTGAAGGGTAACACGGAGCAGCTTCCTCACCTCTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTTCCTCTTACTGAAGGGTAACACGGAGCAGCTTCCTCACCTCTAT  100

seq1  CTCCAGGGAGTTACACATATGACCTATAGTCCCCTTCCTAAAAGATCAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGGGAGTTACACATATGACCTATAGTCCCCTTCCTAAAAGATCAGA  150

seq1  ATGTCTGTCCCTGCCAGGCTCCCAACAACTGACCTCCTCTTGGGTCCACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTGTCCCTGCCAGGCTCCCAACAACTGACCTCCTCTTGGGTCCACC  200

seq1  TAGATCTGTGCTACCCACATCCACGCCTCCCCTCTGACTCTCTGTAGCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATCTGTGCTACCCACATCCACGCCTCCCCTCTGACTCTCTGTAGCTC  250

seq1  TCACAACTGTGGCTGACATGAGAGTCCTTTTGGCCTCTAAGGTAGGCTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAACTGTGGCTGACATGAGAGTCCTTTTGGCCTCTAAGGTAGGCTGT  300

seq1  GGATGAGAGGACATAATTGAAATCTGGTAAAACCCATGGCTTCCCCTGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGAGAGGACATAATTGAAATCTGGTAAAACCCATGGCTTCCCCTGAA  350

seq1  ATCAACACCACTAACTAAGATGTATGTGTCACTTTGGGTCACAAGGTGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAACACCACTAACTAAGATGTATGTGTCACTTTGGGTCACAAGGTGAT  400

seq1  GAGGAACACAGGTGTGGGGGTCACATGTTCCACAGTCTTGTCCACAGTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAACACAGGTGTGGGGGTCACATGTTCCACAGTCTTGTCCACAGTCA  450

seq1  AGTCCACAATGTGCAGTCTTTGCTCCACAGGTACTGAGTATGCCTTCAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCACAATGTGCAGTCTTTGCTCCACAGGTACTGAGTATGCCTTCAGC  500

seq1  AATTCATTTAGAAAGCGGAGGTGACCATAATGCCAAGGTCACAAAAATGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCATTTAGAAAGCGGAGGTGACCATAATGCCAAGGTCACAAAAATGT  550

seq1  TAGAGAACTGAGAGCAGAGCTGAAGCAATGGCTCAGCCATTAGGAGTACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGAACTGAGAGCAGAGCTGAAGCAATGGCTCAGCCATTAGGAGTACT  600

seq1  TCCTGCCCTTGCAGAGGACCCAGGTTCAATCCCTAACACCCACATGGTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCCCTTGCAGAGGACCCAGGTTCAATCCCTAACACCCACATGGTGG  650

seq1  CTCACAACCATCTATAACTATACTTCCAGGGGATCCACTCCAGCCTGACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAACCATCTATAACTATACTTCCAGGGGATCCACTCCAGCCTGACA  700

seq1  AACAGACATGTCAAACGTTGTTCATGCTATCGGGGTGCTCAGGAGGGTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGACATGTCAAACGTTGTTCATGCTATCGGGGTGCTCAGGAGGGTTC  750

seq1  ACACTTTCTGCTATTTCATAAAAATGTATCACAGCCACAGCACCATCTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTTCTGCTATTTCATAAAAATGTATCACAGCCACAGCACCATCTCT  800

seq1  GTATGTTGGAGCAGGCCTGCCTTCCTCCCACAAAAGGGGTGCCTGCCGCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTTGGAGCAGGCCTGCCTTCCTCCCACAAAAGGGGTGCCTGCCGCC  850

seq1  TGTTTCTTTGATCTCAACAGAATCCTAAAGAGGCTTTTAGAGATTCAAGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCTTTGATCTCAACAGAATCCTAAAGAGGCTTTTAGAGATTCAAGT  900

seq1  GCCATAGTTGAACGAAAGTCTCCTGAGAAGACATTCCTTTTGCCTACCTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATAGTTGAACGAAAGTCTCCTGAGAAGACATTCCTTTTGCCTACCTC  950

seq1  TTCTGGCCTTTCCAAATAAGTCAACAAGAGAAGTGTGGCTGTGTTGGCAG  1000
      |||||||| |||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGCC-TTCCAAAT-AGTCAAC-AGAG-AGTGTGGCTGTGTTGGCAG  996

seq1  CACCTCTTTGGTTCCTAATAATCCTCATTTTAGCCAGAAG-CAAGCAAGC  1049
      |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||
seq2  CACCTCTTTGGTTCCT-ATAATCCTCA-TTTAGCCAGAAGCCAAGCAAGC  1044

seq1  AAGCAAGCAAGCTTTAAGCTTAAGCAAA-TGGAGGCAGGCAAGAACATCT  1098
      |||| ||||||| || ||||| |||||| |||||||| || |||||||||
seq2  AAGC-AGCAAGC-TTCAGCTT-AGCAAATTGGAGGCAAGC-AGAACATCT  1090

seq1  AACAGGAACACAATAA-CACTGTCATGTGCGGATTTTGCCTAT  1140
       ||||  || |||||| ||||||||||||||||  ||||||||
seq2  -ACAGACAC-CAATAACCACTGTCATGTGCGGA--TTGCCTAT  1129

seq1: chr8_90714028_90714718
seq2: B6Ng01-281F13.g_64_756 (reverse)

seq1  TGCCACCTGGGTAGGAGGGGGGAATTCAGCTGCATTTGCACATCATTGGG  50
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACCTGGGTAGGAGGAGGGAATTCAGCTGCATTTGCACATCATTGGG  50

seq1  ATTCTCAGTTCAGTGATGACAG-CCCCTGTTTAGAGGCTCTGGTCTACAG  99
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTCAGTTCAGTGATGACAGCCCCCTGTTTAGAGGCTCTGGTCTACAG  100

seq1  TGAAGAGCAAATAGAGTCCTTCAAGGATGCTGCTGGGCTGTTCCC-ATAG  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TGAAGAGCAAATAGAGTCCTTCAAGGATGCTGCTGGGCTGTTCCCAATAG  150

seq1  ATTTATCCCTTTTAGGGCATACTCCTTGGTGCCCTTACAGAAATCCCATG  198
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATCCCTTTTAGGGCATACTCCTTGGTGCCCTTACAGAAATCCCATG  200

seq1  TTGGGCCAACATTCCAATCTCTCTAGGCTTTGTGGCTGGTGCTTTCCTTT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGCCAACATTCCAATCTCTCTAGGCTTTGTGGCTGGTGCTTTCCTTT  250

seq1  ACAGTTAAACCGAGGCATGGCTTTTTTTAAAGCTTGCTCCAACTGGGTCT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTAAACCGAGGCATGGCTTTTTTTAAAGCTTGCTCCAACTGGGTCT  300

seq1  CATTTTGGTCCACGTTTAAGCCCCCCACGCAAACTGTAACAACTATAGGC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTGGTCCACGTTTAAGCCCCCCACGCAAACTGTAACAACTATAGGC  350

seq1  AGAATGGGGTTGAAGGGCAGACATGGGTGGCAGAGAACTTTTCTAGTAAT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGGGGTTGAAGGGCAGACATGGGTGGCAGAGAACTTTTCTAGTAAT  400

seq1  TGTAAGGTTCTGGATCCAATGTCTAATACATCTGTACATACATTCATGCA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGGTTCTGGATCCAATGTCTAATACATCTGTACATACATTCATGCA  450

seq1  TGCCTACAAAGAAAGAGGAAGAGGAGAGCCAGGTGTGGTGGCACACGCCT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTACAAAGAAAGAGGAAGAGGAGAGCCAGGTGTGGTGGCACACGCCT  500

seq1  TTAATCCCAGCACTTCGGAGGCAGGGACAGGCGGATTTCTGAATTGGAGG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCCCAGCACTTCGGAGGCAGGGACAGGCGGATTTCTGAATTGGAGG  550

seq1  CCAGCCTGGTCTACAGGGTGAGTTCCAGGACAGCCAGAGCTATACAGAGA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCTGGTCTACAGGGTGAGTTCCAGGACAGCCAGAGCTATACAGAGA  600

seq1  AACCCTGTCTCAATCCCCCCCCCCCCAATTTTTTTTTAAATAAGAAAGAG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTGTCTCAATCCCCCCCCCCCCAATTTTTTTTTAAATAAGAAAGAG  650

seq1  GAAGAGGAGGAAGAAAGGAAGGGGAAGGAAGGCAGCAGAATTC  691
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGGAGGAAGAAAGGAAGGGGAAGGAAGGCAGCAGAATTC  693