BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-281J04
Chromosome8 (Build37)
Map Location 92,295,432 - 92,429,281
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC675985, Sall1, LOC100041089, EG625801, EG384862
Downstream geneTox3, LOC100041133, Chd9, LOC100041156
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-281J04.bB6Ng01-281J04.g
ACCGA081016GA081017
length8901,087
definitionB6Ng01-281J04.b B6Ng01-281J04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(92,295,432 - 92,296,321)(92,428,197 - 92,429,281)
sequence
gaattcttgcagagtttgtaagacatagacaggtccaagagaagtaggca
gctgccctgattagtgttaaaaacaagacaaaactcttccatgaaagtgc
cccagatccccttctgcaaccaaaatatgactaactcaccatgcacccag
agaacagaatgcctgcaaatgcttgaagtcggcagttgcaatgcagatcc
ttctgaaggtgagtactgcgtgccagagtgctgtttacaggaaatgagca
atttattttattatccaaattctagacccttttactatgcctcccaagaa
gatgtctgatttagaaaattgcagaggggacctttggaggagatgagggg
caatagtgaaattttaccaccatggaggtcagattgggggaaaaaataaa
agggagacgttagagatagcttgatcaaagatccatattatacagcaaag
agtaaagagatacacgagctatagtgatgagatacaaaaggaattccctg
gaggtaataagcttgcatgactttatgatcagtgcatgaacacatatata
ctgataaatgtagaacatacttcataagaagttgctggcagtagccaatg
ggagggagagtgttctttgtgtctggcctttctgtcctgctcatatcttt
tagatgagcttttagctttattgtttggaccattagattttgtgcaaatg
gcaaacttttatttataatcacttatattttagtgagcagaacttttaag
gaaagattctttttaaggctctcattttccaaaacgatcgttgcatctgc
acatgccactgtgcacaggtagaagtctgaggccagcttgtggaaatcat
ttctgtccttccttccgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatgt
gaattccacattaggaatccaacgtgcacttatgctctgctctgggggtt
aaagtgtaggctcattttgtagcatttaaagatacaaaggactacagtgg
tgctactcaggaggagaaaatgtggatctcactcttggccacttcctcct
tctttagtgtccattgtagactgctaattgcttaaatacctcttttccac
caacattggaggcagctgaatcaggttatattacacaccagtggactgaa
gaagatatcttcagcaaagctatggattgtcattttctagagtagacaga
gctaagttttattgaatgtgcttatttatttactcataaagtcaaaacaa
aaatagctgccttggtggagctaatgaagtgctagcacatgcttggatgt
gctaagtgcccaagaccaaaggtgagtattaaatccaggtggcaggttga
aatttgtatgcatgctccaacttgtgaataataccgtgttctatgtttgg
caacaggttatggtacagcggacatgaactttgagaccaaaattcattaa
caataatggatgacatctgtatgtatctgttcattttacttatttaataa
tttgatataattcagccaatagtacatgtctgcctttattgagaatccaa
actaggagaaagagaaatacattgtgttctgttttgtaatcatggagttg
cctgtagctctggcccaattagcttttaatttaaataagcagggcaagca
tccttggtgctccccagtttctttcagtctgaacttgatgtttccaggtc
ttctttctgatacccaaatgtggcagattgtcacctttaaacacagagca
tcaccctctctgttagaccgtgttagctttaagtgacaatgaggatttgt
cattgagtagatttaaaacatccctctgtgacatatgttgggcacctggt
aattatgcaggtctcttgataaatgagcagtttgaagccagatcaggaca
cagtttatttcactgttaaaagaacttccccatgtttttagctgtctggt
acttgtagaatcttgacttgaaagtcccgaaatggca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_92295432_92296321
seq2: B6Ng01-281J04.b_45_934

seq1  GAATTCTTGCAGAGTTTGTAAGACATAGACAGGTCCAAGAGAAGTAGGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGCAGAGTTTGTAAGACATAGACAGGTCCAAGAGAAGTAGGCA  50

seq1  GCTGCCCTGATTAGTGTTAAAAACAAGACAAAACTCTTCCATGAAAGTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCCCTGATTAGTGTTAAAAACAAGACAAAACTCTTCCATGAAAGTGC  100

seq1  CCCAGATCCCCTTCTGCAACCAAAATATGACTAACTCACCATGCACCCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGATCCCCTTCTGCAACCAAAATATGACTAACTCACCATGCACCCAG  150

seq1  AGAACAGAATGCCTGCAAATGCTTGAAGTCGGCAGTTGCAATGCAGATCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAGAATGCCTGCAAATGCTTGAAGTCGGCAGTTGCAATGCAGATCC  200

seq1  TTCTGAAGGTGAGTACTGCGTGCCAGAGTGCTGTTTACAGGAAATGAGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAAGGTGAGTACTGCGTGCCAGAGTGCTGTTTACAGGAAATGAGCA  250

seq1  ATTTATTTTATTATCCAAATTCTAGACCCTTTTACTATGCCTCCCAAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTTTATTATCCAAATTCTAGACCCTTTTACTATGCCTCCCAAGAA  300

seq1  GATGTCTGATTTAGAAAATTGCAGAGGGGACCTTTGGAGGAGATGAGGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTCTGATTTAGAAAATTGCAGAGGGGACCTTTGGAGGAGATGAGGGG  350

seq1  CAATAGTGAAATTTTACCACCATGGAGGTCAGATTGGGGGAAAAAATAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAGTGAAATTTTACCACCATGGAGGTCAGATTGGGGGAAAAAATAAA  400

seq1  AGGGAGACGTTAGAGATAGCTTGATCAAAGATCCATATTATACAGCAAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGACGTTAGAGATAGCTTGATCAAAGATCCATATTATACAGCAAAG  450

seq1  AGTAAAGAGATACACGAGCTATAGTGATGAGATACAAAAGGAATTCCCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAAGAGATACACGAGCTATAGTGATGAGATACAAAAGGAATTCCCTG  500

seq1  GAGGTAATAAGCTTGCATGACTTTATGATCAGTGCATGAACACATATATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTAATAAGCTTGCATGACTTTATGATCAGTGCATGAACACATATATA  550

seq1  CTGATAAATGTAGAACATACTTCATAAGAAGTTGCTGGCAGTAGCCAATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATAAATGTAGAACATACTTCATAAGAAGTTGCTGGCAGTAGCCAATG  600

seq1  GGAGGGAGAGTGTTCTTTGTGTCTGGCCTTTCTGTCCTGCTCATATCTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGAGAGTGTTCTTTGTGTCTGGCCTTTCTGTCCTGCTCATATCTTT  650

seq1  TAGATGAGCTTTTAGCTTTATTGTTTGGACCATTAGATTTTGTGCAAATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGAGCTTTTAGCTTTATTGTTTGGACCATTAGATTTTGTGCAAATG  700

seq1  GCAAACTTTTATTTATAATCACTTATATTTTAGTGAGCAGAACTTTTAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAACTTTTATTTATAATCACTTATATTTTAGTGAGCAGAACTTTTAAG  750

seq1  GAAAGATTCTTTTTAAGGCTCTCATTTTCCAAAACGATCGTTGCATCTGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGATTCTTTTTAAGGCTCTCATTTTCCAAAACGATCGTTGCATCTGC  800

seq1  ACATGCCACTGTGCACAGGTAGAAGTCTGAGGCCAGCTTGTGGAAATCAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCCACTGTGCACAGGTAGAAGTCTGAGGCCAGCTTGTGGAAATCAT  850

seq1  TTCTGTCCTTCCTTCCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGT  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTCCTTCCTTCCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGT  890

seq1: chr8_92428197_92429281
seq2: B6Ng01-281J04.g_67_1153 (reverse)

seq1  TGCCATTTGGGGACTTTC-AGTCAAGATTCTACAAGTACCAGACAGCTAA  49
      |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCATTTCGGGACTTTCAAGTCAAGATTCTACAAGTACCAGACAGCTAA  50

seq1  AACAAGGGGGAAATTCTTTTAACAGTGATATAAACTGTTGTTCTGATCTG  99
      ||  | |||||| ||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||
seq2  AAACATGGGGAAGTTCTTTTAACAGTGAAATAAACTG-TGTCCTGATCTG  99

seq1  GCTTCCAAACTGCTCATTTATCAAGAGACCTGCATAATTACCAGGTG-CC  148
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GCTT-CAAACTGCTCATTTATCAAGAGACCTGCATAATTACCAGGTGCCC  148

seq1  AACATATGTCACAGAGGGATGTTTTAAATCTACTCAATGAC-AATCCTCA  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AACATATGTCACAGAGGGATGTTTTAAATCTACTCAATGACAAATCCTCA  198

seq1  TTGTCACTTAAAGCTAACACGGTCTAACAGAGAGGGTGATGCTCTGTGTT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCACTTAAAGCTAACACGGTCTAACAGAGAGGGTGATGCTCTGTGTT  248

seq1  TAAAGGTGAC-ATCTGCCACATTTGGGTATCAGAAAGAAGACCTGGAAAC  296
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGGTGACAATCTGCCACATTTGGGTATCAGAAAGAAGACCTGGAAAC  298

seq1  ATCAAGTTCAGACTGAAAGAAACTGGGGAGCACCAAGGATGCTTGCCCTG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAGTTCAGACTGAAAGAAACTGGGGAGCACCAAGGATGCTTGCCCTG  348

seq1  CTTATTTAAATTAAAAGCTAATTGGGCCAGAGCTACAGGCAACTCCATGA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTTAAATTAAAAGCTAATTGGGCCAGAGCTACAGGCAACTCCATGA  398

seq1  TTACAAAACAGAACACAATGTATTTCTCTTTCTCCTAGTTTGGATTCTCA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAAAACAGAACACAATGTATTTCTCTTTCTCCTAGTTTGGATTCTCA  448

seq1  ATAAAGGCAGACATGTACTATTGGCTGAATTATATCAAATTATTAAATAA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGGCAGACATGTACTATTGGCTGAATTATATCAAATTATTAAATAA  498

seq1  GTAAAATGAACAGATACATACAGATGTCATCCATTATTGTTAATGAATTT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAATGAACAGATACATACAGATGTCATCCATTATTGTTAATGAATTT  548

seq1  TGGTCTCAAAGTTCATGTCCGCTGTACCATAACCTGTTGCCAAACATAGA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCTCAAAGTTCATGTCCGCTGTACCATAACCTGTTGCCAAACATAGA  598

seq1  ACACGGTATTATTCACAAGTTGGAGCATGCATACAAATTTCAACCTGCCA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACGGTATTATTCACAAGTTGGAGCATGCATACAAATTTCAACCTGCCA  648

seq1  CCTGGATTTAATACTCACCTTTGGTCTTGGGCACTTAGCACATCCAAGCA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGATTTAATACTCACCTTTGGTCTTGGGCACTTAGCACATCCAAGCA  698

seq1  TGTGCTAGCACTTCATTAGCTCCACCAAGGCAGCTATTTTTGTTTTGACT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTAGCACTTCATTAGCTCCACCAAGGCAGCTATTTTTGTTTTGACT  748

seq1  TTATGAGTAAATAAATAAGCACATTCAATAAAACTTAGCTCTGTCTACTC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGAGTAAATAAATAAGCACATTCAATAAAACTTAGCTCTGTCTACTC  798

seq1  TAGAAAATGACAATCCATAGCTTTGCTGAAGATATCTTCTTCAGTCCACT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAAATGACAATCCATAGCTTTGCTGAAGATATCTTCTTCAGTCCACT  848

seq1  GGTGTGTAATATAACCTGATTCAGCTGCCTCCAATGTTGGTGGAAAAGAG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTGTAATATAACCTGATTCAGCTGCCTCCAATGTTGGTGGAAAAGAG  898

seq1  GTATTTAAGCAATTAGCAGTCTACAATGGACACTAAAGAAGGAGGAAGTG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTAAGCAATTAGCAGTCTACAATGGACACTAAAGAAGGAGGAAGTG  948

seq1  GCCAAGAGTGAGATCCACATTTTCTCCTCCTGAGTAGCACCACTGTAGTC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAGAGTGAGATCCACATTTTCTCCTCCTGAGTAGCACCACTGTAGTC  998

seq1  CTTTGTATCTTTAAATGCTACAAAATGAGCCTACACTTTAACCCCCAGAG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTATCTTTAAATGCTACAAAATGAGCCTACACTTTAACCCCCAGAG  1048

seq1  CAGAGCATAAGTGCACGTTGGATTCCTAATGTGGAATTC  1085
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCATAAGTGCACGTTGGATTCCTAATGTGGAATTC  1087