BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-281J06
Chromosome8 (Build37)
Map Location 92,295,432 - 92,429,281
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC675985, Sall1, LOC100041089, EG625801, EG384862
Downstream geneTox3, LOC100041133, Chd9, LOC100041156
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-281J06.bB6Ng01-281J06.g
ACCGA081020GA081021
length8901,118
definitionB6Ng01-281J06.b B6Ng01-281J06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(92,295,432 - 92,296,360)(92,428,150 - 92,429,281)
sequence
gaattcttgcagagtttgtaagacatagacaggtccaagagaagtaggca
gctgccctgattagtgttaaaaacaagacaaaactcttccatgaaagtgc
cccagatccccttctgcaaccaaaatatgactaactcaccatgcacccag
agaacagaatgcctgcaaatgcttgaagtcggcagttgcaatgcagatcc
ttctgaaggtgagtactgcgtgccagagtgctgtttacaggaaatgagca
atttattttattatccaaattctagacccttttactatgcctcccaagaa
gatgtctgatttagaaaattgcagaggggacctttggaggagatgagggg
caatagtgaaattttaccaccatggaggtcagattgggggaaaaaataaa
agggagacgttagagatagcttgatcaaagatccatattatacagcaaag
agtaaagagatacacgagctatagtgatgagatacaaaaggaattccctg
gaggtaataagcttgcatgactttatgatcagtgcatgaacacatatata
ctgataaatgtagaacatacttcataagaagttgctggcagtagccaatg
ggagggagagtgttctttgtgtctggcctttctgtcctgctcatatcttt
tagatgagcttttagctttattgtttggaccattagattttgtgcaaatg
gcaaacttttatttataatcacttatattttagtgagcagaacttttaag
gaaagattctttttaaggctctcattttccaaaacgatcgttgcatctgc
acatgccactgtgcacaggtagaagtctgaggccagcttgtggaaatcat
ttctgtccttccttccgtgtgtgtgtgtgtgtgttgtatg

gaattccacattaggaatccaacgtgcacttatgctctgctctgggggtt
aaagtgtaggctcattttgtagcatttaaagatacaaaggactacagtgg
tgctactcaggaggagaaaatgtggatctcactcttggccacttcctcct
tctttagtgtccattgtagactgctaattgcttaaatacctcttttccac
caacattggaggcagctgaatcaggttatattacacaccagtggactgaa
gaagatatcttcagcaaagctatggattgtcattttctagagtagacaga
gctaagttttattgaatgtgcttatttatttactcataaagtcaaaacaa
aaatagctgccttggtggagctaatgaagtgctagcacatgcttggatgt
gctaagtgcccaagaccaaaggtgagtattaaatccaggtggcaggttga
aatttgtatgcatgctccaacttgtgaataataccgtgttctatgtttgg
caacaggttatggtacagcggacatgaactttgagaccaaaattcattaa
caataatggatgacatctgtatgtatctgttcattttacttatttaataa
tttgatataattcagccaatagtacatgtctgcctttattgagaatccaa
actaggagaaagagaaatacattgtgttctgttttgtaatcatggagttg
cctgtagctctggcccaattagcttttaatttaaataagcagggcaagca
tccttggtgctccccagtttctttcagtctgaacttgatgtttccaggtc
ttctttctgatacccaaatgtggcagatgtcacctttaaacacagagcat
caccctctctgttagaccgtgttagctttaagtgacaatgaggattgtca
ttgagtagatttaaaacatccctctgtgacatatgttggcacctggtaat
tatgcaggtctctgataaatgagcagtttggaagccagatcagacacagt
ttatatcactgtaaagattccccctgtttagctgtctggtactgtagatc
tgactgaaagtcccaaatggccactgaaattcttttgtggtgtgtgatca
tgcctgctgtcagtcctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_92295432_92296360
seq2: B6Ng01-281J06.b_47_936

seq1  GAATTCTTGCAGAGTTTGTAAGACATAGACAGGTCCAAGAGAAGTAGGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGCAGAGTTTGTAAGACATAGACAGGTCCAAGAGAAGTAGGCA  50

seq1  GCTGCCCTGATTAGTGTTAAAAACAAGACAAAACTCTTCCATGAAAGTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCCCTGATTAGTGTTAAAAACAAGACAAAACTCTTCCATGAAAGTGC  100

seq1  CCCAGATCCCCTTCTGCAACCAAAATATGACTAACTCACCATGCACCCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGATCCCCTTCTGCAACCAAAATATGACTAACTCACCATGCACCCAG  150

seq1  AGAACAGAATGCCTGCAAATGCTTGAAGTCGGCAGTTGCAATGCAGATCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAGAATGCCTGCAAATGCTTGAAGTCGGCAGTTGCAATGCAGATCC  200

seq1  TTCTGAAGGTGAGTACTGCGTGCCAGAGTGCTGTTTACAGGAAATGAGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAAGGTGAGTACTGCGTGCCAGAGTGCTGTTTACAGGAAATGAGCA  250

seq1  ATTTATTTTATTATCCAAATTCTAGACCCTTTTACTATGCCTCCCAAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTTTATTATCCAAATTCTAGACCCTTTTACTATGCCTCCCAAGAA  300

seq1  GATGTCTGATTTAGAAAATTGCAGAGGGGACCTTTGGAGGAGATGAGGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTCTGATTTAGAAAATTGCAGAGGGGACCTTTGGAGGAGATGAGGGG  350

seq1  CAATAGTGAAATTTTACCACCATGGAGGTCAGATTGGGGGAAAAAATAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAGTGAAATTTTACCACCATGGAGGTCAGATTGGGGGAAAAAATAAA  400

seq1  AGGGAGACGTTAGAGATAGCTTGATCAAAGATCCATATTATACAGCAAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGACGTTAGAGATAGCTTGATCAAAGATCCATATTATACAGCAAAG  450

seq1  AGTAAAGAGATACACGAGCTATAGTGATGAGATACAAAAGGAATTCCCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAAGAGATACACGAGCTATAGTGATGAGATACAAAAGGAATTCCCTG  500

seq1  GAGGTAATAAGCTTGCATGACTTTATGATCAGTGCATGAACACATATATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTAATAAGCTTGCATGACTTTATGATCAGTGCATGAACACATATATA  550

seq1  CTGATAAATGTAGAACATACTTCATAAGAAGTTGCTGGCAGTAGCCAATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATAAATGTAGAACATACTTCATAAGAAGTTGCTGGCAGTAGCCAATG  600

seq1  GGAGGGAGAGTGTTCTTTGTGTCTGGCCTTTCTGTCCTGCTCATATCTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGAGAGTGTTCTTTGTGTCTGGCCTTTCTGTCCTGCTCATATCTTT  650

seq1  TAGATGAGCTTTTAGCTTTATTGTTTGGACCATTAGATTTTGTGCAAATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGAGCTTTTAGCTTTATTGTTTGGACCATTAGATTTTGTGCAAATG  700

seq1  GCAAACTTTTATTTATAATCACTTATATTTTAGTGAGCAGAACTTTTAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAACTTTTATTTATAATCACTTATATTTTAGTGAGCAGAACTTTTAAG  750

seq1  GAAAGATTCTTTTTAAGGCTCTCATTTTCCAAAACGATCGTTGCATCTGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGATTCTTTTTAAGGCTCTCATTTTCCAAAACGATCGTTGCATCTGC  800

seq1  ACATGCCACTGTGCACAGGTAGAAGTCTGAGGCCAGCTTGTGGAAATCAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCCACTGTGCACAGGTAGAAGTCTGAGGCCAGCTTGTGGAAATCAT  850

seq1  TTCTGTCCTTCCTTCCGTGTGTGTGTGTGTGTG-TGTATGTGTGTGTGTG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||          
seq2  TTCTGTCCTTCCTTCCGTGTGTGTGTGTGTGTGTTGTATG----------  890

seq1  TCTGTGTGTGTCTGTGTGTGTCTGTGTATG  929
                                    
seq2  ------------------------------  890


seq1: chr8_92428150_92429281
seq2: B6Ng01-281J06.g_66_1183 (reverse)

seq1  GAGGGCTGACAGCAGGGGCATGATCACACA-CACAAAAGGAATTTCAGT-  48
      |||| |||||||||  |||||||||||||| ||||||| |||||||||| 
seq2  GAGGACTGACAGCA--GGCATGATCACACACCACAAAA-GAATTTCAGTG  47

seq1  GCCATTTGGGGACTTTCAGTCAAGATTCTACAAGTACCAGACAGCTAAAA  98
      ||||||| ||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||| 
seq2  GCCATTT-GGGACTTTCAGTC-AGA-TCTAC-AGTACCAGACAGCTAAA-  92

seq1  CAAGGGGGAAATTCTTTTAACAGTGATATAAACTGTTGTTCTGATCTGGC  148
        ||||||||  |||||  |||||||||||||||||   |||||||||||
seq2  -CAGGGGGAA--TCTTT--ACAGTGATATAAACTGT--GTCTGATCTGGC  135

seq1  TTCCAAACTGCTCATTTATCAAGAGACCTGCATAATTACCAGGTGCCAAC  198
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAAACTGCTCATTTATC-AGAGACCTGCATAATTACCAGGTGCCAAC  184

seq1  ATATGTCACAGAGGGATGTTTTAAATCTACTCAATGACAATCCTCATTGT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTCACAGAGGGATGTTTTAAATCTACTCAATGACAATCCTCATTGT  234

seq1  CACTTAAAGCTAACACGGTCTAACAGAGAGGGTGATGCTCTGTGTTTAAA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTAAAGCTAACACGGTCTAACAGAGAGGGTGATGCTCTGTGTTTAAA  284

seq1  GGTGACATCTGCCACATTTGGGTATCAGAAAGAAGACCTGGAAACATCAA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGACATCTGCCACATTTGGGTATCAGAAAGAAGACCTGGAAACATCAA  334

seq1  GTTCAGACTGAAAGAAACTGGGGAGCACCAAGGATGCTTGCCCTGCTTAT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGACTGAAAGAAACTGGGGAGCACCAAGGATGCTTGCCCTGCTTAT  384

seq1  TTAAATTAAAAGCTAATTGGGCCAGAGCTACAGGCAACTCCATGATTACA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATTAAAAGCTAATTGGGCCAGAGCTACAGGCAACTCCATGATTACA  434

seq1  AAACAGAACACAATGTATTTCTCTTTCTCCTAGTTTGGATTCTCAATAAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGAACACAATGTATTTCTCTTTCTCCTAGTTTGGATTCTCAATAAA  484

seq1  GGCAGACATGTACTATTGGCTGAATTATATCAAATTATTAAATAAGTAAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGACATGTACTATTGGCTGAATTATATCAAATTATTAAATAAGTAAA  534

seq1  ATGAACAGATACATACAGATGTCATCCATTATTGTTAATGAATTTTGGTC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAACAGATACATACAGATGTCATCCATTATTGTTAATGAATTTTGGTC  584

seq1  TCAAAGTTCATGTCCGCTGTACCATAACCTGTTGCCAAACATAGAACACG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGTTCATGTCCGCTGTACCATAACCTGTTGCCAAACATAGAACACG  634

seq1  GTATTATTCACAAGTTGGAGCATGCATACAAATTTCAACCTGCCACCTGG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTATTCACAAGTTGGAGCATGCATACAAATTTCAACCTGCCACCTGG  684

seq1  ATTTAATACTCACCTTTGGTCTTGGGCACTTAGCACATCCAAGCATGTGC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAATACTCACCTTTGGTCTTGGGCACTTAGCACATCCAAGCATGTGC  734

seq1  TAGCACTTCATTAGCTCCACCAAGGCAGCTATTTTTGTTTTGACTTTATG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCACTTCATTAGCTCCACCAAGGCAGCTATTTTTGTTTTGACTTTATG  784

seq1  AGTAAATAAATAAGCACATTCAATAAAACTTAGCTCTGTCTACTCTAGAA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAATAAATAAGCACATTCAATAAAACTTAGCTCTGTCTACTCTAGAA  834

seq1  AATGACAATCCATAGCTTTGCTGAAGATATCTTCTTCAGTCCACTGGTGT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACAATCCATAGCTTTGCTGAAGATATCTTCTTCAGTCCACTGGTGT  884

seq1  GTAATATAACCTGATTCAGCTGCCTCCAATGTTGGTGGAAAAGAGGTATT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATATAACCTGATTCAGCTGCCTCCAATGTTGGTGGAAAAGAGGTATT  934

seq1  TAAGCAATTAGCAGTCTACAATGGACACTAAAGAAGGAGGAAGTGGCCAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCAATTAGCAGTCTACAATGGACACTAAAGAAGGAGGAAGTGGCCAA  984

seq1  GAGTGAGATCCACATTTTCTCCTCCTGAGTAGCACCACTGTAGTCCTTTG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGAGATCCACATTTTCTCCTCCTGAGTAGCACCACTGTAGTCCTTTG  1034

seq1  TATCTTTAAATGCTACAAAATGAGCCTACACTTTAACCCCCAGAGCAGAG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTTAAATGCTACAAAATGAGCCTACACTTTAACCCCCAGAGCAGAG  1084

seq1  CATAAGTGCACGTTGGATTCCTAATGTGGAATTC  1132
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAGTGCACGTTGGATTCCTAATGTGGAATTC  1118


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |