BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-284C02
Chromosome8 (Build37)
Map Location 120,265,249 - 120,385,415
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHsd17b2, Mphosph6
Upstream geneLOC100043053, 2310061C15Rik, 2610510J17Rik, BC060631, 1700030J22Rik, Gcsh, Pkd1l2, Bcmo1, Gan, 4933407C03Rik, Plcg2, 4632417N05Rik
Downstream geneCdh13
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-284C02.bB6Ng01-284C02.g
ACCGA082910GA082911
length1,0861,087
definitionB6Ng01-284C02.b B6Ng01-284C02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(120,384,357 - 120,385,415)(120,265,249 - 120,266,321)
sequence
gaattctaagggaatggccccttcttttaacaacacagcctctctgtgac
actctccttgccccaacgttgagcaggacaagtgatggttatatatttgt
attgtcaaccatatgctgagaaataacacttctcagatgctgcagttaag
tacagcatcataaagtataattgacttatgaatacatcttagaagcaagc
agactcctctattgctaataagattgttcgcttattcccatagccctggc
ctgccttacccaaagaaactcctttgccaagtgagcatctgtcagtggag
aaatgtgtacctggtcggggtgtatgtcagaatagtaagagagtgagtcc
ttggccctaggtagggcacctatatcaatcccacccctgccaaggctcga
ggagtattataggaaaggagatggaaggaatatgcaacccagaggaagga
gagagaactaaacagctgtcttccatacaggccaaggctaccgtaaccag
gaactcagggcaggtgtggccacttacacaagaccaagccagccaaaatt
ccactgtccatggagtagacagcctccaggtctcatctaatctgagggct
actggtagtgggtatttgctggggaactatgggggaatgtagccattggc
gaatgtcccacactgcagaggatggacacacagccacgtacatacaggca
gcagctaattggatctgacagatcatcaaacaaggcatgaagttgggagg
gtgtgtgttaaagggacacggaggaaataggaggggtgaaatggagggta
gacaagaacgtatttcactgtgtacatgcgttgaattctcagcaatgaag
aaaagtttaaaataaaatgcgttaatgagaaacgaggggggggagcggat
ttcacccatgactcaaccctgagcattgcctccaggaaagcctttgcaat
cgtatattcttgtgattattgaatcgactggcctagatgtcctgccctca
gcctaccaccacatcatcatcacgaccagctataacacgatcttcatcag
tcacaacaacagtcatcaatcacgacaccaccatca

gaattcccagtggttgggccaggtgtatgtctgaaccagctgtgctgtga
ttctgttgttcatcagggcgacacactgtcctagccaggaagcagggctc
atggtgttaggacatcacagtcacccagctgttgagactttgcttcttgt
tgctaggcttttagagatgaggaaaggatgcaggcatgtcatcctgaagt
gttaatgatgtctttctatactccttggaggaggtactaggcagtggccc
tcaatcttcctaatgccgagacattttaatactgttccttgtgttgtggt
gactccctaaccataaaattacttcagtgctacttcataactgtaatttg
gctactgttatgaataataaagcaaaaaaaatctgatatgcaggatatct
gatgcacggcccccgtgggagtcaagacccacaagttgagaactgctggt
ttaaaacctggcacactgtggcactatgactctcatcctgaagtcccact
ggtttccataaatagtgactatccagcttccttcctataggaaaggggct
accaggcaagagaaggactggactgccagttcatctcagtgaataatggt
agctgcaggaaaggctaatgatctgagtgcagttaataccatccacaagg
tggaagggcaggatcaactcctataagatgtcctctgacctggacatacc
taccgtgacatgcatgctcttctctcccacacagaataaacatactttaa
aggtacaggatctctgaaatcattgtttaatactatacacatttgttctc
ttcacgttgccccaccatggggggtggtttgcggtacataggaagagacc
aaggtttgggaaagtttgtattgtgcctgaaatctacttttaaagaggtt
tgggtgggctccagaactcgatgtgtgaagctagcacatgttccagcttt
ctcccatcctcacagaatactttttttttttttctgtccccaggactggt
ggggccgtgtttacaatggccggggtcttcacttacttattcggacgggg
gactcatacccatgagcattctacaggaaatgcatgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_120384357_120385415
seq2: B6Ng01-284C02.b_46_1131 (reverse)

seq1  ------------------TGATG---GTGGTGGTGA-TGATGAAGATGGT  28
                        |||||   || || |||| |||||||||| ||
seq2  TGATGGTGGTGTCGTGATTGATGACTGTTGTTGTGACTGATGAAGATCGT  50

seq1  GGTTAT-GGTGGTGGTGATGATGATGGTGGTGGTA-GCTGAGGGCAGGAC  76
       ||||| | |||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||
seq2  -GTTATAGCTGGTCGTGATGATGAT-GTGGTGGTAGGCTGAGGGCAGGAC  98

seq1  ATCTA-GCCAGTCCGATCAATAATCAC-AGAATATACGATTTGCAAAGGC  124
      ||||| |||||||   ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
seq2  ATCTAGGCCAGTCGATTCAATAATCACAAGAATATACGA-TTGCAAAGGC  147

seq1  TTT-CTGGAGGC-ATGCTCA-GGTTGAGTCATGGGTGAAATCCGCT-CCC  170
      ||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TTTCCTGGAGGCAATGCTCAGGGTTGAGTCATGGGTGAAATCCGCTCCCC  197

seq1  CCCCTCGTTTCTCATTAACGCATTTTATTTTAAACTTTTCTTCATTGCTG  220
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTCGTTTCTCATTAACGCATTTTATTTTAAACTTTTCTTCATTGCTG  247

seq1  AGAATTCAACGCATGTACACAGTGAAATACGTTCTTGTCTACCCTCCATT  270
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTCAACGCATGTACACAGTGAAATACGTTCTTGTCTACCCTCCATT  297

seq1  TCACCCCTCCTATTTCCTCCGTGTCCCTTTAACACACACCCTCCCAACTT  320
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCCCTCCTATTTCCTCCGTGTCCCTTTAACACACACCCTCCCAACTT  347

seq1  CATGCCTTGTTTGATGATCTGTCAGATCCAATTAGCTGCTGCCTGTATGT  370
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCTTGTTTGATGATCTGTCAGATCCAATTAGCTGCTGCCTGTATGT  397

seq1  ACGTGGCTGTGTGTCCATCCTCTGCAGTGTGGGACATTCGCCAATGGCTA  420
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTGGCTGTGTGTCCATCCTCTGCAGTGTGGGACATTCGCCAATGGCTA  447

seq1  CATTCCCCCATAGTTCCCCAGCAAATACCCACTACCAGTAGCCCTCAGAT  470
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCCCCCATAGTTCCCCAGCAAATACCCACTACCAGTAGCCCTCAGAT  497

seq1  TAGATGAGACCTGGAGGCTGTCTACTCCATGGACAGTGGAATTTTGGCTG  520
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGAGACCTGGAGGCTGTCTACTCCATGGACAGTGGAATTTTGGCTG  547

seq1  GCTTGGTCTTGTGTAAGTGGCCACACCTGCCCTGAGTTCCTGGTTACGGT  570
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGGTCTTGTGTAAGTGGCCACACCTGCCCTGAGTTCCTGGTTACGGT  597

seq1  AGCCTTGGCCTGTATGGAAGACAGCTGTTTAGTTCTCTCTCCTTCCTCTG  620
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTGGCCTGTATGGAAGACAGCTGTTTAGTTCTCTCTCCTTCCTCTG  647

seq1  GGTTGCATATTCCTTCCATCTCCTTTCCTATAATACTCCTCGAGCCTTGG  670
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGCATATTCCTTCCATCTCCTTTCCTATAATACTCCTCGAGCCTTGG  697

seq1  CAGGGGTGGGATTGATATAGGTGCCCTACCTAGGGCCAAGGACTCACTCT  720
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGGTGGGATTGATATAGGTGCCCTACCTAGGGCCAAGGACTCACTCT  747

seq1  CTTACTATTCTGACATACACCCCGACCAGGTACACATTTCTCCACTGACA  770
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACTATTCTGACATACACCCCGACCAGGTACACATTTCTCCACTGACA  797

seq1  GATGCTCACTTGGCAAAGGAGTTTCTTTGGGTAAGGCAGGCCAGGGCTAT  820
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTCACTTGGCAAAGGAGTTTCTTTGGGTAAGGCAGGCCAGGGCTAT  847

seq1  GGGAATAAGCGAACAATCTTATTAGCAATAGAGGAGTCTGCTTGCTTCTA  870
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATAAGCGAACAATCTTATTAGCAATAGAGGAGTCTGCTTGCTTCTA  897

seq1  AGATGTATTCATAAGTCAATTATACTTTATGATGCTGTACTTAACTGCAG  920
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTATTCATAAGTCAATTATACTTTATGATGCTGTACTTAACTGCAG  947

seq1  CATCTGAGAAGTGTTATTTCTCAGCATATGGTTGACAATACAAATATATA  970
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGAGAAGTGTTATTTCTCAGCATATGGTTGACAATACAAATATATA  997

seq1  ACCATCACTTGTCCTGCTCAACGTTGGGGCAAGGAGAGTGTCACAGAGAG  1020
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATCACTTGTCCTGCTCAACGTTGGGGCAAGGAGAGTGTCACAGAGAG  1047

seq1  GCTGTGTTGTTAAAAGAAGGGGCCATTCCCTTAGAATTC  1059
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGTTGTTAAAAGAAGGGGCCATTCCCTTAGAATTC  1086


seq1: chr8_120265249_120266321
seq2: B6Ng01-284C02.g_70_1156

seq1  GAATTCCCAGTGGTTGGGCCAGGTGTATGTCTGAACCAGCTGTGCTGTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAGTGGTTGGGCCAGGTGTATGTCTGAACCAGCTGTGCTGTGA  50

seq1  TTCTGTTGTTCATCAGGGCGACACACTGTCCTAGCCAGGAAGCAGGGCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTTGTTCATCAGGGCGACACACTGTCCTAGCCAGGAAGCAGGGCTC  100

seq1  ATGGTGTTAGGACATCACAGTCACCCAGCTGTTGAGACTTTGCTTCTTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGTTAGGACATCACAGTCACCCAGCTGTTGAGACTTTGCTTCTTGT  150

seq1  TGCTAGGCTTTTAGAGATGAGGAAAGGATGCAGGCATGTCATCCTGAAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAGGCTTTTAGAGATGAGGAAAGGATGCAGGCATGTCATCCTGAAGT  200

seq1  GTTAATGATGTCTTTCTATACTCCTTGGAGGAGGTACTAGGCAGTGGCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAATGATGTCTTTCTATACTCCTTGGAGGAGGTACTAGGCAGTGGCCC  250

seq1  TCAATCTTCCTAATGCCGAGACATTTTAATACTGTTCCTTGTGTTGTGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATCTTCCTAATGCCGAGACATTTTAATACTGTTCCTTGTGTTGTGGT  300

seq1  GACTCCCTAACCATAAAATTACTTCAGTGCTACTTCATAACTGTAATTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCCCTAACCATAAAATTACTTCAGTGCTACTTCATAACTGTAATTTG  350

seq1  GCTACTGTTATGAATAATAAAGCAAAAAAAATCTGATATGCAGGATATCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACTGTTATGAATAATAAAGCAAAAAAAATCTGATATGCAGGATATCT  400

seq1  GATGCACGGCCCCCGTGGGAGTCAAGACCCACAAGTTGAGAACTGCTGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCACGGCCCCCGTGGGAGTCAAGACCCACAAGTTGAGAACTGCTGGT  450

seq1  TTAAAACCTGGCACACTGTGGCACTATGACTCTCATCCTGAAGTCCCACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAACCTGGCACACTGTGGCACTATGACTCTCATCCTGAAGTCCCACT  500

seq1  GGTTTCCATAAATAGTGACTATCCAGCTTCCTTCCTATAGGAAAGGGGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTCCATAAATAGTGACTATCCAGCTTCCTTCCTATAGGAAAGGGGCT  550

seq1  ACCAGGCAAGAGAAGGACTGGACTGCCAGTTCATCTCAGTGAATAATGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGGCAAGAGAAGGACTGGACTGCCAGTTCATCTCAGTGAATAATGGT  600

seq1  AGCTGCAGGAAAGGCTAATGATCTGAGTGCAGTTAATACCATCCACAAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCAGGAAAGGCTAATGATCTGAGTGCAGTTAATACCATCCACAAGG  650

seq1  TGGAAGGGCAGGATCAACTCCTATAAGATGTCCTCTGACCTGGACATACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGGGCAGGATCAACTCCTATAAGATGTCCTCTGACCTGGACATACC  700

seq1  TACCGTGACATGCATGCTCTTCTCTCCCACACAGAATAAACATACTTTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCGTGACATGCATGCTCTTCTCTCCCACACAGAATAAACATACTTTAA  750

seq1  AGGTACAGGATCTCTGAAATCATTGTTTAATACTATACACATTTGTTCTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTACAGGATCTCTGAAATCATTGTTTAATACTATACACATTTGTTCTC  800

seq1  TTCACGTTGCCCCACCAT-GGGGGTGGTTTGC-GTACATAGGAAGAGACC  848
      |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TTCACGTTGCCCCACCATGGGGGGTGGTTTGCGGTACATAGGAAGAGACC  850

seq1  AAG--TTTGGAAAGTTTGTATTGTGCCTGAAATCTACTTTTAAAGAGGTT  896
      |||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTTTGGGAAAGTTTGTATTGTGCCTGAAATCTACTTTTAAAGAGGTT  900

seq1  TGG--TGGCTCCAGAACTCGATGTGTGAAGCTAGCCACATGTTCCAGC-T  943
      |||   |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
seq2  TGGGTGGGCTCCAGAACTCGATGTGTGAAGCTAG-CACATGTTCCAGCTT  949

seq1  TCTCCCATCCTCACAG-ATAC---TTTTTTTTTTCTGTCCCCAGGACTG-  988
      |||||||||||||||| ||||   ||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TCTCCCATCCTCACAGAATACTTTTTTTTTTTTTCTGTCCCCAGGACTGG  999

seq1  -TGGGCCGTGGTTAACAAT-GCCGGGGTCTTCCACTTACCTAT--CGACG  1034
        ||||||| ||| ||||| ||||||||||| ||||||| |||   ||||
seq2  TGGGGCCGT-GTTTACAATGGCCGGGGTCTT-CACTTACTTATTCGGACG  1047

seq1  GGGAACTCATACCCATGAGCA-TCTACAGAAAATGCATGG  1073
      ||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||
seq2  GGGGACTCATACCCATGAGCATTCTACAGGAAATGCATGG  1087


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |