BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-284I08
Chromosome8 (Build37)
Map Location 61,144,788 - 61,296,184
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4930431L04Rik
Upstream geneLOC100040711
Downstream geneBC030500, LOC665116, LOC436042
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-284I08.bB6Ng01-284I08.g
ACCGA083200GA083201
length1,182417
definitionB6Ng01-284I08.b B6Ng01-284I08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(61,295,009 - 61,296,184)(61,144,788 - 61,145,210)
sequence
gaattctgctctcttttgacccatttgagcaacaatgtattttgaggttt
atctccacaaaagctaaacttgtcacacttgacaaagtggaacgacaaat
caatggaaaggaaaaaactacactggtcaatttttttttttttaaaagat
aattgttgcacttaggaactcacagaagccattataattgcagaagatct
gcatgggatcaagcgattacaattctaccatgatggagaggtgctcacat
tgccctgcatcatatggagggacaatcgacagctggttacttactggcat
gaaaatatggtaccaatatatgtcccatgctgcacagaatggccgcagct
ccaaatacatgtaggcagcactaactggacacggtggtctatttaaaatt
ggggcaaagatcatgaattaggttggaggatattctggggtcccctaggg
acttaaagtgcattaaaaaaaccaggtagatatgtacattgtacacatgt
atgatatcctcagagacacatgaaaatattttaaaagacaaaattatagt
tataaataaaatgcacataatatatctttattcttttaagacaaaattgt
ggctcacaaaatgtggattagtaactgcttggaagtgttgcttttgaagt
cattgaaatactcaatgaacacatggacatttgaatagctgtaaaaatct
tgtaaaatcaactgttaacagatcaaggtacatacctgtgttctaaattc
acatatacatgcatgtgcacacgcacacatacacacacacacacacacac
tcacactcacatacatacacactcacacacatgcatataagtacacagat
tcacccacaccacactcaagcatatacacatgcaaacatatgtacataac
cacatacacacaaatgcacatacacacatccatgtcatatagctaatgca
aagaatggaagaaagacatctgttgtaaatattaatacattaatttttat
cacctattcaccatttcttttatttctaataagtatcaagaacagatcac
atcgaaagagtatatatatgtgggtgtgtatacatataggtgagaaagag
agaagatgggaaagaggcttttaacggagtaagaaaactactgataccgt
gacttcatggccagtcaattttatattaacac

actgaaaacagagtggggatagctggggatgaataagaactgaacaaaaa
aataaagtgagactttcatttatcatatatgttttgaagtacaggagtta
tgatactttgtaatttaaagagagaatgttttggatatgtgaatcaaagc
tgtactatccaggaaacagaatagagagataaggttatgttgaatagtac
atgcagtaaggaaattatggtaccatgggcagagattttactggtagaaa
gataaagatacattttccaaaataacatgttttttttattatttgagaat
tttacataaggcactaaactcatttcccagtatgactcctaatccttctg
acctccaactatcaaaatgaagaggaggaagaggaggaggaagagaagga
gggagaggaggagtagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_61295009_61296184
seq2: B6Ng01-284I08.b_45_1226 (reverse)

seq1  GTGTTAATATAAAA-TGACTG--CATGAAATTAAAGTATCAGTAAATTTT  47
      |||||||||||||| ||||||  |||||| | |  |||||||| | ||||
seq2  GTGTTAATATAAAATTGACTGGCCATGAAGTCACGGTATCAGT-AGTTTT  49

seq1  CTTACT-CGT--AAAACCTCTCTCCTTCTTTCTCTCTTTCTCA-CTATAT  93
      |||||| |||  ||| ||||| |||    |||||||||||||| ||||||
seq2  CTTACTCCGTTAAAAGCCTCTTTCCCATCTTCTCTCTTTCTCACCTATAT  99

seq1  GTATACACACACATATATATATTTCTTTTTTTGATGTGATCTG-TCTTGA  142
      |||||||||| || |||||||  |  | ||| ||||||||||| ||||||
seq2  GTATACACACCCACATATATA--TACTCTTTCGATGTGATCTGTTCTTGA  147

seq1  TTAACTTATTAGAAAT-AAAGAAATGGTGAATAGGTGAATAAAATTAATG  191
      |  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||
seq2  T--ACTTATTAGAAATAAAAGAAATGGTGAATAGGTGATAAAAATTAATG  195

seq1  TATTAATATTTAC-ACAGATGTCTTTCTT-CATTCTTTGCATTAGCTATA  239
      ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TATTAATATTTACAACAGATGTCTTTCTTCCATTCTTTGCATTAGCTATA  245

seq1  TGACATGGATGTGTGTATGTGCATTTGTGTGTATGTGGTTATGTACATAT  289
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATGGATGTGTGTATGTGCATTTGTGTGTATGTGGTTATGTACATAT  295

seq1  GTTTGCATGTGTATATGCTTGAGTGTGGTGTGGGTGAATCTGTGTACTTA  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGCATGTGTATATGCTTGAGTGTGGTGTGGGTGAATCTGTGTACTTA  345

seq1  TATGCATGTGTGTGAGTGTGTATGTATGTGAGTGTGAGTGTGTGTGTGTG  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCATGTGTGTGAGTGTGTATGTATGTGAGTGTGAGTGTGTGTGTGTG  395

seq1  TGTGTGTATGTGTGCGTGTGCACATGCATGTATATGTGAATTTAGAACAC  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTATGTGTGCGTGTGCACATGCATGTATATGTGAATTTAGAACAC  445

seq1  AGGTATGTACCTTGATCTGTTAACAGTTGATTTTACAAGATTTTTACAGC  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTATGTACCTTGATCTGTTAACAGTTGATTTTACAAGATTTTTACAGC  495

seq1  TATTCAAATGTCCATGTGTTCATTGAGTATTTCAATGACTTCAAAAGCAA  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCAAATGTCCATGTGTTCATTGAGTATTTCAATGACTTCAAAAGCAA  545

seq1  CACTTCCAAGCAGTTACTAATCCACATTTTGTGAGCCACAATTTTGTCTT  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCCAAGCAGTTACTAATCCACATTTTGTGAGCCACAATTTTGTCTT  595

seq1  AAAAGAATAAAGATATATTATGTGCATTTTATTTATAACTATAATTTTGT  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAATAAAGATATATTATGTGCATTTTATTTATAACTATAATTTTGT  645

seq1  CTTTTAAAATATTTTCATGTGTCTCTGAGGATATCATACATGTGTACAAT  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTAAAATATTTTCATGTGTCTCTGAGGATATCATACATGTGTACAAT  695

seq1  GTACATATCTACCTGGTTTTTTTAATGCACTTTAAGTCCCTAGGGGACCC  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACATATCTACCTGGTTTTTTTAATGCACTTTAAGTCCCTAGGGGACCC  745

seq1  CAGAATATCCTCCAACCTAATTCATGATCTTTGCCCCAATTTTAAATAGA  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATATCCTCCAACCTAATTCATGATCTTTGCCCCAATTTTAAATAGA  795

seq1  CCACCGTGTCCAGTTAGTGCTGCCTACATGTATTTGGAGCTGCGGCCATT  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCGTGTCCAGTTAGTGCTGCCTACATGTATTTGGAGCTGCGGCCATT  845

seq1  CTGTGCAGCATGGGACATATATTGGTACCATATTTTCATGCCAGTAAGTA  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCAGCATGGGACATATATTGGTACCATATTTTCATGCCAGTAAGTA  895

seq1  ACCAGCTGTCGATTGTCCCTCCATATGATGCAGGGCAATGTGAGCACCTC  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGCTGTCGATTGTCCCTCCATATGATGCAGGGCAATGTGAGCACCTC  945

seq1  TCCATCATGGTAGAATTGTAATCGCTTGATCCCATGCAGATCTTCTGCAA  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCATGGTAGAATTGTAATCGCTTGATCCCATGCAGATCTTCTGCAA  995

seq1  TTATAATGGCTTCTGTGAGTTCCTAAGTGCAACAATTATCTTTTAAAAAA  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAATGGCTTCTGTGAGTTCCTAAGTGCAACAATTATCTTTTAAAAAA  1045

seq1  AAAAAAATTGACCAGTGTAGTTTTTTCCTTTCCATTGATTTGTCGTTCCA  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAATTGACCAGTGTAGTTTTTTCCTTTCCATTGATTTGTCGTTCCA  1095

seq1  CTTTGTCAAGTGTGACAAGTTTAGCTTTTGTGGAGATAAACCTCAAAATA  1139
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTCAAGTGTGACAAGTTTAGCTTTTGTGGAGATAAACCTCAAAATA  1145

seq1  CATTGTTGCTCAAATGGGTCAAAAGAGAGCAGAATTC  1176
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTTGCTCAAATGGGTCAAAAGAGAGCAGAATTC  1182


seq1: chr8_61144788_61145210
seq2: B6Ng01-284I08.g_68_490

seq1  GAATTCACTGAAAACAGAGTGGGGATAGCTGGGGATGAATAAGAACTGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGAAAACAGAGTGGGGATAGCTGGGGATGAATAAGAACTGAA  50

seq1  CAAAAAAATAAAGTGAGACTTTCATTTATCATATATGTTTTGAAGTACAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAAAATAAAGTGAGACTTTCATTTATCATATATGTTTTGAAGTACAG  100

seq1  GAGTTATGATACTTTGTAATTTAAAGAGAGAATGTTTTGGATATGTGAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTATGATACTTTGTAATTTAAAGAGAGAATGTTTTGGATATGTGAAT  150

seq1  CAAAGCTGTACTATCCAGGAAACAGAATAGAGAGATAAGGTTATGTTGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCTGTACTATCCAGGAAACAGAATAGAGAGATAAGGTTATGTTGAA  200

seq1  TAGTACATGCAGTAAGGAAATTATGGTACCATGGGCAGAGATTTTACTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTACATGCAGTAAGGAAATTATGGTACCATGGGCAGAGATTTTACTGG  250

seq1  TAGAAAGATAAAGATACATTTTCCAAAATAACATGTTTTTTTTATTATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAAGATAAAGATACATTTTCCAAAATAACATGTTTTTTTTATTATTT  300

seq1  GAGAATTTTACATAAGGCACTAAACTCATTTCCCAGTATGACTCCTAATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATTTTACATAAGGCACTAAACTCATTTCCCAGTATGACTCCTAATC  350

seq1  CTTCTGACCTCCAACTATCAAAATGAAGAGGAGGAAGAGGAGGAGGAAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGACCTCCAACTATCAAAATGAAGAGGAGGAAGAGGAGGAGGAAGA  400

seq1  GAAGGAGGGAGAGGAGGAGTAGG  423
      |||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGAGGGAGAGGAGGAGTAGG  423


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |