BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-285J12
Chromosome8 (Build37)
Map Location 35,349,602 - 35,466,916
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC619780, LOC666718, EG234159
Upstream geneWrn, Purg, LOC666630, Hmgb1-rs17, Tex15, Ppp2cb, Ubxd6, Gsr, Gtf2e2, Rbpms, LOC100042769, Dctn6, LOC100042777, Mboat4, Leprotl1, LOC666694, Tmem66
Downstream geneLOC666746, Dusp4, LOC675578, Tnks, LOC666792, LOC666797, LOC666804, Ppp1r3b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-285J12.bB6Ng01-285J12.g
ACCGA084004GA084005
length1,069813
definitionB6Ng01-285J12.b B6Ng01-285J12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(35,349,602 - 35,350,676)(35,466,109 - 35,466,916)
sequence
gaattctgtttttactttgttatactttcaacatatgttctcggccatcg
agctatctctctagtctgtctgtctatctatctatctatctatctatcta
tctatctatctatctatctatctatctatctatctatgaatctatctatc
tttcagctacactgaagttactatctgtctacagttctcaactgtgtggt
cttggagggatgatgcttacagacatagcagggtggactctcatccagtg
tgtagtatcctcataagaggagaagagacatggcagagacaccggaagac
actgcaaggtgaatggctaggaaagctaagaaagcctgagagagacagag
agagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagag
actctgctagtcccttaattataaacttccagtccctagaaggatgaaac
acagttctgttgttctgacgtttgtttcaggcactctaggagaccatcat
gactggctttaaggtccacttgccccaaattaaaaccgactcagtaggga
gcctcaccagggaaactgttctgattgctttaatgggtgtgacaagaccc
ggcccaaacatgcatagcacttccgagtggcagcccagataaagggggca
tggcagacagaatatttgcttttcattcacttggccttccctcttgccac
agagttgtgtgccctagctgctgccctcgactgctttgcttgtatcagaa
acagcatttccttcttttccatcattggccaaggaccagcaggtctatct
ctcagagccttccaagttttggcagtagattgggacatagtcttaaggtc
taagtaactatagggctcttaaccctttctggtgtgaggttgctattgtt
actatttaaaagtaagctgatttaacaatatctctgcctgtgtctgtttg
tctgtctctctctccctcctctctctttcctctccctgcctctctttctc
cctctcttccccctttcttatctctcttcatactatttttgttttcctag
agaactcactacaacatat
gaattcttcttcctttccaaattaacaaatgtcgtaaagaatcatggcac
ccacgttgtcaaagattctcttgcaaacacatgcattgccactgctgctc
cgggcttctgagtgcacgcgtacatgtgtgcctgtatgcctgtgtgtgtg
cgtgtgtgcatgtgtgcaccacagttcatatatggaaatcagaggacaac
tcgtgggagttgattctctccttccatggtgtgggctctgagaatggaac
ccagattgtcagattagtggataagtaccttttaccgtctgagccatctc
acctgcccacatgttgaaacttaattgtcaatggggcagttttgagagat
gcagactttcagtggtgattacctcgtgggctctctgccttcaggaacaa
gttaatgtcattactgtgggagtgaagaagccagaacaggttcctgatag
acaaaggaagcgcggtcttgcactccccctctgccttgtgagtactcacg
tgtcctcacacctgcttatgatgcagcatgaggtccctcagcagataacc
acactatgcacctggtctttcccagcctgcagaaccatgaggcaaataca
tttgtattgtttataaactatcttcgtctatgacatcttgtcttagtcag
tggcagaaacagactaagatcaaaaagataatgtgaaaccaaagaaatat
ggctaccatccaaacagatagcatatctatccttcattaacattcataac
tccaacatggccccatgtgcttcctctggttgctaggtgacccacgctag
cctgttgtctccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_35349602_35350676
seq2: B6Ng01-285J12.b_44_1112

seq1  GAATTCTGTTTTTACTTTGTTATACTTTCAACATATGTTCTCGGCCATCG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTTTTTACTTTGTTATACTTTCAACATATGTTCTCGGCCATCG  50

seq1  AGCTATCTCTCTAGTCTGTCTGTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATCTCTCTAGTCTGTCTGTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTA  100

seq1  TCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATGAATCTATCTATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATGAATCTATCTATC  150

seq1  TTTCAGCTACACTGAAGTTACTATCTGTCTACAGTTCTCAACTGTGTGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGCTACACTGAAGTTACTATCTGTCTACAGTTCTCAACTGTGTGGT  200

seq1  CTTGGAGGGATGATGCTTACAGACATAGCAGGGTGGACTCTCATCCAGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGAGGGATGATGCTTACAGACATAGCAGGGTGGACTCTCATCCAGTG  250

seq1  TGTAGTATCCTCATAAGAGGAGAAGAGACATGGCAGAGACACCGGAAGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGTATCCTCATAAGAGGAGAAGAGACATGGCAGAGACACCGGAAGAC  300

seq1  ACTGCAAGGTGAATGGCTAGGAAAGCTAAGAAAGCCTGAGAGAGACAGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCAAGGTGAATGGCTAGGAAAGCTAAGAAAGCCTGAGAGAGACAGAG  350

seq1  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG  400

seq1  ACTCTGCTAGTCCCTTAATTATAAACTTCCAGTCCCTAGAAGGATGAAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGCTAGTCCCTTAATTATAAACTTCCAGTCCCTAGAAGGATGAAAC  450

seq1  ACAGTTCTGTTGTTCTGACGTTTGTTTCAGGCACTCTAGGAGACCATCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTCTGTTGTTCTGACGTTTGTTTCAGGCACTCTAGGAGACCATCAT  500

seq1  GACTGGCTTTAAGGTCCACTTGCCCCAAATTAAAACCGACTCAGTAGGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGGCTTTAAGGTCCACTTGCCCCAAATTAAAACCGACTCAGTAGGGA  550

seq1  GCCTCACCAGGGAAACTGTTCTGATTGCTTTAATGGGTGTGACAAGACCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCACCAGGGAAACTGTTCTGATTGCTTTAATGGGTGTGACAAGACCC  600

seq1  GGCCCAAACATGCATAGCACTTCCGAGTGGCAGCCCAGATAAAGGGGGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCAAACATGCATAGCACTTCCGAGTGGCAGCCCAGATAAAGGGGGCA  650

seq1  TGGCAGACAGAATATTTGCTTTTCATTCACTTGGCCTTCCCTCTTGCCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGACAGAATATTTGCTTTTCATTCACTTGGCCTTCCCTCTTGCCAC  700

seq1  AGAGTTGTGTGCCCTAGCTGCTGCCCTCGACTGCTTTGCTTGTATCAGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTGTGTGCCCTAGCTGCTGCCCTCGACTGCTTTGCTTGTATCAGAA  750

seq1  ACAGCATTTCCTTC-TTTCCATCATTGGCCAAGGACCAGCAGGTCTATCT  799
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCATTTCCTTCTTTTCCATCATTGGCCAAGGACCAGCAGGTCTATCT  800

seq1  CTCAGAGCCTTCCAAGTTTTGGCAGTAGATTGGGACATAGTCTTAAGGTC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAGCCTTCCAAGTTTTGGCAGTAGATTGGGACATAGTCTTAAGGTC  850

seq1  TAAGTAACTATAGGGCTCTTAA-CCTTTCTGGTGTGAGGTTGCTATTGTT  898
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTAACTATAGGGCTCTTAACCCTTTCTGGTGTGAGGTTGCTATTGTT  900

seq1  ACTATTTAAAAGTAAGCTGATTTAACAATATCTCTGCCTGTGTCTGTTTG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATTTAAAAGTAAGCTGATTTAACAATATCTCTGCCTGTGTCTGTTTG  950

seq1  TCTGTCTCTCTCTCCCCTCCCTCTCTCTTTCCCTCTCCCTGCCTCTCTTT  998
      ||||||||||||||||   ||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTCTCTCTCCC--TCCTCTCTCTTT-CCTCTCCCTGCCTCTCTTT  997

seq1  CTCCCTCCTCTTCCCCCTTTCTTAATCTCTCTTTCAATACTA-TTTTGTT  1047
      |||||| |||||||||||||||| |||||||||   |||||| |||||||
seq2  CTCCCT-CTCTTCCCCCTTTCTT-ATCTCTCTT--CATACTATTTTTGTT  1043

seq1  ATTCTAGAGAACTCACTAACAAACATAT  1075
       | |||||||||||||||   |||||||
seq2  TTCCTAGAGAACTCACTA--CAACATAT  1069

seq1: chr8_35466109_35466916
seq2: B6Ng01-285J12.g_72_884 (reverse)

seq1  GTGAGACAACAGGCTAGCGTGGGTCACCTAGCAACCAGAGGAAGCACATG  50
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGACAACAGGCTAGCGTGGGTCACCTAGCAACCAGAGGAAGCACATG  50

seq1  GGGCCATGTTGGAGTTATG-ATGTTAATGAAGGATAGATATGCTATCTGT  99
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCATGTTGGAGTTATGAATGTTAATGAAGGATAGATATGCTATCTGT  100

seq1  TTGGATGGTAGCCATATTTCTTTGG-TTCACATTATCTTTTTGATCTTAG  148
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGATGGTAGCCATATTTCTTTGGTTTCACATTATCTTTTTGATCTTAG  150

seq1  TCTGTTTCTGCCACTGACTAAGACAAGATGTCATAGACG-AGATAGTTTA  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TCTGTTTCTGCCACTGACTAAGACAAGATGTCATAGACGAAGATAGTTTA  200

seq1  TAAACAATACAAATGTATTTGCCTCATGGTTCTGCAGGCTGGG-AAGACC  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TAAACAATACAAATGTATTTGCCTCATGGTTCTGCAGGCTGGGAAAGACC  250

seq1  AGGTGCATAGTGTGGTTATCTGCTGAGGGACCTCATGCTGCATCATAAGC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGCATAGTGTGGTTATCTGCTGAGGGACCTCATGCTGCATCATAAGC  300

seq1  AGGTGTGAGGACACGTGAGTACTCACAAGGCAGAGGGGGAGTGCAAGACC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGTGAGGACACGTGAGTACTCACAAGGCAGAGGGGGAGTGCAAGACC  350

seq1  GCGCTTCCTTTGTCTATCAGGAACCTGTTCTGGCTTCTTCACTCCCACAG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCTTCCTTTGTCTATCAGGAACCTGTTCTGGCTTCTTCACTCCCACAG  400

seq1  TAATGACATTAACTTGTTCCTGAAGGCAGAGAGCCCACGAGGTAATCACC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGACATTAACTTGTTCCTGAAGGCAGAGAGCCCACGAGGTAATCACC  450

seq1  ACTGAAAGTCTGCATCTCTCAAAACTGCCCCATTGACAATTAAGTTTCAA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAAGTCTGCATCTCTCAAAACTGCCCCATTGACAATTAAGTTTCAA  500

seq1  CATGTGGGCAGGTGAGATGGCTCAGACGGTAAAAGGTACTTATCCACTAA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGGGCAGGTGAGATGGCTCAGACGGTAAAAGGTACTTATCCACTAA  550

seq1  TCTGACAATCTGGGTTCCATTCTCAGAGCCCACACCATGGAAGGAGAGAA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACAATCTGGGTTCCATTCTCAGAGCCCACACCATGGAAGGAGAGAA  600

seq1  TCAACTCCCACGAGTTGTCCTCTGATTTCCATATATGAACTGTGGTGCAC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACTCCCACGAGTTGTCCTCTGATTTCCATATATGAACTGTGGTGCAC  650

seq1  ACATGCACACACGCACACACACAGGCATACAGGCACACATGTACGCGTGC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCACACACGCACACACACAGGCATACAGGCACACATGTACGCGTGC  700

seq1  ACTCAGAAGCCCGGAGCAGCAGTGGCAATGCATGTGTTTGCAAGAGAATC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGAAGCCCGGAGCAGCAGTGGCAATGCATGTGTTTGCAAGAGAATC  750

seq1  TTTGACAACGTGGGTGCCATGATTCTTTACGACATTTGTTAATTTGG-AA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TTTGACAACGTGGGTGCCATGATTCTTTACGACATTTGTTAATTTGGAAA  800

seq1  GGAAGAAGAATTC  808
      |||||||||||||
seq2  GGAAGAAGAATTC  813