BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-287B13
Chromosome8 (Build37)
Map Location 25,314,360 - 25,414,731
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneAgpat6, Gins4, Golga7, Sfrp1, LOC100040931, Zmat4
Downstream gene1810011O10Rik, Indol1, Indo, Adam18, Adam3, Adam5, Adam32, Adam9, Tm2d2, Htra4, Plekha2, LOC100042390, Tacc1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-287B13.bB6Ng01-287B13.g
ACCGA085115GA085116
length1,120963
definitionB6Ng01-287B13.b B6Ng01-287B13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(25,413,597 - 25,414,731)(25,314,360 - 25,315,326)
sequence
gaattcttaaaagaagaaataaaaatggccaaaagtaatcttcgagtgtg
cagagaaatgcaaattaaaactactttgggatttcctttcaccccattga
taatgggagaatggttaacattggaaaagcaactgatgagaaatgtttgc
aaagataggggaggggatctcttttgactcacaggaaaggaaagatgtgg
agagactaatatgataatgttttatcaaggactatgtggacagcttatat
aatgtgactggggtcatcctcacaccagggagaccttgtgcctgttcaga
aagactgagccaacatcaaaccccttgattgccaggcttgagctatatga
tctgtgctgatacctcttgcttgatagcttcaatctctgctgttcccttt
tgggagagtcaaggcgttctgtgctttaaagaaagaatagcaggaaactg
ttacatgcctggctacagaattatcagaaagcacagactctgaactgacc
tgcttacctaaaaatgctgaacaaatgaaggagtaagtcatgtgacaaac
aaggccccctgtgacagccacacagcactccagtgttaattttgcttgca
gaacaccaaagtctttaaagcaaagaattgtttaaattggtagactgtct
tctgattttccaattatagaatggttcacgtgagcacctatcaaaattaa
agaaacaggtcatgaatccaagtttgtagccatgctaatttcatgtatgt
cttctcaccagtcatactttattaaatatttttatgacacacagagtgct
aagtttattaaggcacatgcttgttatgttgctccatcactcttggcctc
cctctccatctccatctgtcataccctttccactcccattcatcctgttt
ctgtttccatggataccttccattgtcctcacctccttcctcagctgctc
tttttgtcccctcttgtcacccatctagtaccacatgtacacacatgcat
tcatcattcatcaactctctcccccttctctctctctgtctattttctga
tgatagctatcctcctggatgagatgatctcgagtagtcatctcatccat
ctactctctttagacaggac
gaattcccatgtttgccaatgacactcaacacaaccaagattcttgggtg
gacaaacactagtcagacagacacatgtgaaatctctcataagccatcct
tcttctgtgagctttattaggtaaggctgggtgattctttgccattgaat
ctcaccaacagttattcagtttgaatccactgcccccaggagtcccaaat
actgtcattgtcccagggcaaagtgagtcagggatactgactcacacaaa
ccaaattaaaaccacagcacattggaggaatgccattagaacacaaggac
agagttgttttgttttgttttgttttttccaaagaaaagatctaccatgt
ctccagttgaggacaatttcttctcagagaggtcaaaaaaataactctaa
gctaggtagtaagtgcagaatcagatcaaaggggaatcgggagtctggga
ggatttatcctggctggccctggtgtgacatgatgaatttttcctcgccc
ttgatatgcacaccttcctggtaattaaattaaggccatcttgcagattc
agtgtctcttggcttggccttgaacaatgctaaaaaaaaaaaaaacacag
tgcctgtttttgccctgttgagctgcacttttgtgattcaacttcttgct
taggcttctacagctcagtgcatgggctgctcagggatgggctgctccta
aatggttcacattccgaccctacctttctgagacctgagtcaccttgtgc
tgaatccttgtgtgtgtgaggacagtcaaaacccttggcacacccactca
gaccattgataaaccctagatgtgggttttgctagctgaatactaggaac
caaatctcacttttccttatctccaactacttcagagaaatctccctttt
ctgcttttacctcctaggtaccatgggtgtgcaaaaggtacgtgtaggga
agtgtgtgtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_25413597_25414731
seq2: B6Ng01-287B13.b_46_1165 (reverse)

seq1  GTCCTGTTCAAAAGAGAAGTAGATGGGATGAGATGGAACTACTCTGAGAT  50
      |||||| || |||||| ||||||| ||||||||||  ||||||| |||||
seq2  GTCCTG-TCTAAAGAG-AGTAGAT-GGATGAGATG--ACTACTC-GAGAT  44

seq1  TCCATCTCAACCCAGGAAGGATAGCTATCATCAAGAAAATAGACAGGAGG  100
        |||||| | ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||    |
seq2  --CATCTC-ATCCAGG-AGGATAGCTATCATC-AGAAAATAGACA----G  85

seq1  AGGAGGAGAGGGGGAGGAGGAGTTGATGAATTGATGAATGCATGTGTGTA  150
      ||   |||| ||||  || ||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAAGGGGGAGA-GAGTTGATGAA-TGATGAATGCATGTGTGTA  133

seq1  CATGT-GTACTAGATGGGTGAACAGAGGGGACAAAAAGAGCAGCTGAGGA  199
      ||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGGTACTAGATGGGTGACAAGAGGGGACAAAAAGAGCAGCTGAGGA  183

seq1  AGGAGGTGAGGACAATGGAAGGTATCCATGGAAACAGAAACAGGATGAAT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGTGAGGACAATGGAAGGTATCCATGGAAACAGAAACAGGATGAAT  233

seq1  GGGAGTGG-AAGGGTATGACAGATGGAGATGGAGAGGGAGGCCAAGAGTG  298
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGTGGAAAGGGTATGACAGATGGAGATGGAGAGGGAGGCCAAGAGTG  283

seq1  ATGGAGCAACATAACAAGCATGTGCCTTAATAAACTTAGCACTCTGTGTG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGCAACATAACAAGCATGTGCCTTAATAAACTTAGCACTCTGTGTG  333

seq1  TCATAAAAATATTTAATAAAGTATGACTGGTGAGAAGACATACATGAAAT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAAAAATATTTAATAAAGTATGACTGGTGAGAAGACATACATGAAAT  383

seq1  TAGCATGGCTACAAACTTGGATTCATGACCTGTTTCTTTAATTTTGATAG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCATGGCTACAAACTTGGATTCATGACCTGTTTCTTTAATTTTGATAG  433

seq1  GTGCTCACGTGAACCATTCTATAATTGGAAAATCAGAAGACAGTCTACCA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTCACGTGAACCATTCTATAATTGGAAAATCAGAAGACAGTCTACCA  483

seq1  ATTTAAACAATTCTTTGCTTTAAAGACTTTGGTGTTCTGCAAGCAAAATT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAACAATTCTTTGCTTTAAAGACTTTGGTGTTCTGCAAGCAAAATT  533

seq1  AACACTGGAGTGCTGTGTGGCTGTCACAGGGGGCCTTGTTTGTCACATGA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTGGAGTGCTGTGTGGCTGTCACAGGGGGCCTTGTTTGTCACATGA  583

seq1  CTTACTCCTTCATTTGTTCAGCATTTTTAGGTAAGCAGGTCAGTTCAGAG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACTCCTTCATTTGTTCAGCATTTTTAGGTAAGCAGGTCAGTTCAGAG  633

seq1  TCTGTGCTTTCTGATAATTCTGTAGCCAGGCATGTAACAGTTTCCTGCTA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGCTTTCTGATAATTCTGTAGCCAGGCATGTAACAGTTTCCTGCTA  683

seq1  TTCTTTCTTTAAAGCACAGAACGCCTTGACTCTCCCAAAAGGGAACAGCA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTCTTTAAAGCACAGAACGCCTTGACTCTCCCAAAAGGGAACAGCA  733

seq1  GAGATTGAAGCTATCAAGCAAGAGGTATCAGCACAGATCATATAGCTCAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATTGAAGCTATCAAGCAAGAGGTATCAGCACAGATCATATAGCTCAA  783

seq1  GCCTGGCAATCAAGGGGTTTGATGTTGGCTCAGTCTTTCTGAACAGGCAC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGCAATCAAGGGGTTTGATGTTGGCTCAGTCTTTCTGAACAGGCAC  833

seq1  AAGGTCTCCCTGGTGTGAGGATGACCCCAGTCACATTATATAAGCTGTCC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTCTCCCTGGTGTGAGGATGACCCCAGTCACATTATATAAGCTGTCC  883

seq1  ACATAGTCCTTGATAAAACATTATCATATTAGTCTCTCCACATCTTTCCT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGTCCTTGATAAAACATTATCATATTAGTCTCTCCACATCTTTCCT  933

seq1  TTCCTGTGAGTCAAAAGAGATCCCCTCCCCTATCTTTGCAAACATTTCTC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGTGAGTCAAAAGAGATCCCCTCCCCTATCTTTGCAAACATTTCTC  983

seq1  ATCAGTTGCTTTTCCAATGTTAACCATTCTCCCATTATCAATGGGGTGAA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGTTGCTTTTCCAATGTTAACCATTCTCCCATTATCAATGGGGTGAA  1033

seq1  AGGAAATCCCAAAGTAGTTTTAATTTGCATTTCTCTGCACACTCGAAGAT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAATCCCAAAGTAGTTTTAATTTGCATTTCTCTGCACACTCGAAGAT  1083

seq1  TACTTTTGGCCATTTTTATTTCTTCTTTTAAGAATTC  1135
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTTGGCCATTTTTATTTCTTCTTTTAAGAATTC  1120

seq1: chr8_25314360_25315326
seq2: B6Ng01-287B13.g_67_1029

seq1  GAATTCCCATGTTTGCCAATGACACTCAACACAACCAAGATTCTTGGGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCATGTTTGCCAATGACACTCAACACAACCAAGATTCTTGGGTG  50

seq1  GACAAACACTAGTCAGACAGACACATGTGAAATCTCTCATAAGCCATCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAACACTAGTCAGACAGACACATGTGAAATCTCTCATAAGCCATCCT  100

seq1  TCTTCTGTGAGCTTTATTAGGTAAGGCTGGGTGATTCTTTGCCATTGAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTGTGAGCTTTATTAGGTAAGGCTGGGTGATTCTTTGCCATTGAAT  150

seq1  CTCACCAACAGTTATTCAGTTTGAATCCACTGCCCCCAGGAGTCCCAAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACCAACAGTTATTCAGTTTGAATCCACTGCCCCCAGGAGTCCCAAAT  200

seq1  ACTGTCATTGTCCCAGGGCAAAGTGAGTCAGGGATACTGACTCACACAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCATTGTCCCAGGGCAAAGTGAGTCAGGGATACTGACTCACACAAA  250

seq1  CCAAATTAAAACCACAGCACATTGGAGGAATGCCATTAGAACACAAGGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATTAAAACCACAGCACATTGGAGGAATGCCATTAGAACACAAGGAC  300

seq1  AGAGTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTCCAAAGAAAAGATCTACCATGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTCCAAAGAAAAGATCTACCATGT  350

seq1  CTCCAGTTGAGGACAATTTCTTCTCAGAGAGGTCAAAAAAATAACTCTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGTTGAGGACAATTTCTTCTCAGAGAGGTCAAAAAAATAACTCTAA  400

seq1  GCTAGGTAGTAAGTGCAGAATCAGATCAAAGGGGAATCGGGAGTCTGGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGGTAGTAAGTGCAGAATCAGATCAAAGGGGAATCGGGAGTCTGGGA  450

seq1  GGATTTATCCTGGCTGGCCCTGGTGTGACATGATGAATTTTTCCTCGCCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTTATCCTGGCTGGCCCTGGTGTGACATGATGAATTTTTCCTCGCCC  500

seq1  TTGATATGCACACCTTCCTGGTAATTAAATTAAGGCCATCTTGCAGATTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATATGCACACCTTCCTGGTAATTAAATTAAGGCCATCTTGCAGATTC  550

seq1  AGTGTCTCTTGGCTTGGCCTTGAACAATGCTAAAAAAAAAAAAAACACAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTCTCTTGGCTTGGCCTTGAACAATGCTAAAAAAAAAAAAAACACAG  600

seq1  TGCCTGTTTTTGCCCTGTTGAGCTGCACTTTTGTGATTCAACTTCTTGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGTTTTTGCCCTGTTGAGCTGCACTTTTGTGATTCAACTTCTTGCT  650

seq1  TAGGCTTCTACAGCTCAGTGCATGGGCTGCTCAGGGATGGGCTGCTCCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCTTCTACAGCTCAGTGCATGGGCTGCTCAGGGATGGGCTGCTCCTA  700

seq1  AATGGTTCACATTCCGACCCTACCTTTCTGAGACCTGAGTCACCTTGTGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTTCACATTCCGACCCTACCTTTCTGAGACCTGAGTCACCTTGTGC  750

seq1  TGAATCCTTGTGTGTGTGAGGACAGTCAAAACCCTTGGCACACCCACTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATCCTTGTGTGTGTGAGGACAGTCAAAACCCTTGGCACACCCACTCA  800

seq1  GACCATTGATAAACCCTAGATGTGGGTTTTGCTAGCTGAATACTAGGAAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCATTGATAAACCCTAGATGTGGGTTTTGCTAGCTGAATACTAGGAAC  850

seq1  CAAATCTCACTTTTCCTTATCTCCAACTACTTCAGAGAAATCTCCCTTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATCTCACTTTTCCTTATCTCCAACTACTTCAGAGAAATCTCCCTTTT  900

seq1  CTGCTTTTACCTCCTAGGTAACCATGGGTGTGCAAAAAGGTACGTGTTAG  950
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||
seq2  CTGCTTTTACCTCCTAGGT-ACCATGGGTGTGC-AAAAGGTACGTG-TAG  947

seq1  GGAAGTGTGTGGTGTGT  967
      |||||||||| ||||||
seq2  GGAAGTGTGT-GTGTGT  963