BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-289B22
Chromosome8 (Build37)
Map Location 110,842,756 - 110,979,196
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneNfat5, Nqo1, Nob1, Wwp2, LOC100042812, Psmd7, LOC100041744, LOC668038
Downstream geneAtbf1, 4922502B01Rik, Gm1943, LOC100042829
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-289B22.bB6Ng01-289B22.g
ACCGA086606GA086607
length1,169274
definitionB6Ng01-289B22.b B6Ng01-289B22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(110,842,756 - 110,843,933)(110,978,923 - 110,979,196)
sequence
gaattcttacaacttggtggtattgaagcagacaaactacaaagcaggta
aataacataaacagacattcaccaaaatgggacacacatgtcagataagc
acatagaaatatgttcaatgtcattagctgttcagaaaatacaaattagg
gctatgattagctgtcctcacaaacatcttaggatggataaaatatgaaa
tttgtggcgacaccaaattctggcaagatacagagaagccaaattggatt
ttgcgggtaggattgtaaagtaatataggatgtcttaataaagaaaaatc
acatgattagagacccatctcaacttacagtggtgttacctcccaattaa
tccatcctaaattgaagatataaatcagttgtgtgtggtgatatatgctt
gtcatctcagcaagaaaaggctgaaaagggatgacttgggtattaagatc
atccttggctacataggagttcaaggccagcctaagctgtatgagatctt
gtcttacaacaagaagaatgagcaagatcatcaggaagaagagagaaaaa
aatagcatacattgaagatgtatttagtacagtcaatctatgtaatacaa
cttctgccttagtttgggtttccattgctttgaagagacaccatgatcaa
ggcaattcttacaaaggacaacatttaattggggctggctcacagattct
gaggttcagtccattactgtcatagcaggaagtatggcagtgtccagaca
ggcatggtgctggaggagctgagacttctacatcttgttctgaaggcaaa
caggaagaaactatctcagtgcaactagaaaagagggtctcaaagcccag
ccctccaatgacacacttcttccaataggtccacacttcctaatagtgca
ctccctgggccaagcatattcaaaccaccacaacttgcctcctgataacc
atatttagcacaatggtgctgtagagtggcttacccttgtgactgtgtgc
tgaaacaggtctgaatctcgctaccccttgccatcatcacacactgtaat
aaaaactacacaattcaagtcattccactgatgtgatgctttttagctcc
aattgtggaagtagaaaatcacaagtgatcactgtaagacttagcactgt
gtttcgtggtcattatacc

atgtccagatgccttgaccggccgagccagatcctcattggcatgccagc
tgctcaaagaggaacagggccccttgcatactaatcagcggaggaggcag
tgattcatcagcccatgataccgctccagcatctacaagcacttatgaca
tgtaattggtggtgcataagcaagccaggccacattaaaaaccccacaga
tagtcagagataaaaattaatgacttttgctttgtgtaatcctgcatgcc
ttggtgggtaagggaggggggttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_110842756_110843933
seq2: B6Ng01-289B22.b_46_1214

seq1  GAATTCTTACAACTTGGTGGTATTGAAGCAGACAAACTACAAAGCAGGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTACAACTTGGTGGTATTGAAGCAGACAAACTACAAAGCAGGTA  50

seq1  AATAACATAAACAGACATTCACCAAAATGGGACACACATGTCAGATAAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAACATAAACAGACATTCACCAAAATGGGACACACATGTCAGATAAGC  100

seq1  ACATAGAAATATGTTCAATGTCATTAGCTGTTCAGAAAATACAAATTAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGAAATATGTTCAATGTCATTAGCTGTTCAGAAAATACAAATTAGG  150

seq1  GCTATGATTAGCTGTCCTCACAAACATCTTAGGATGGATAAAATATGAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATGATTAGCTGTCCTCACAAACATCTTAGGATGGATAAAATATGAAA  200

seq1  TTTGTGGCGACACCAAATTCTGGCAAGATACAGAGAAGCCAAATTGGATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGGCGACACCAAATTCTGGCAAGATACAGAGAAGCCAAATTGGATT  250

seq1  TTGCGGGTAGGATTGTAAAGTAATATAGGATGTCTTAATAAAGAAAAATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCGGGTAGGATTGTAAAGTAATATAGGATGTCTTAATAAAGAAAAATC  300

seq1  ACATGATTAGAGACCCATCTCAACTTACAGTGGTGTTACCTCCCAATTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGATTAGAGACCCATCTCAACTTACAGTGGTGTTACCTCCCAATTAA  350

seq1  TCCATCCTAAATTGAAGATATAAATCAGTTGTGTGTGGTGATATATGCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCCTAAATTGAAGATATAAATCAGTTGTGTGTGGTGATATATGCTT  400

seq1  GTCATCTCAGCAAGAAAAGGCTGAAAAGGGATGACTTGGGTATTAAGATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATCTCAGCAAGAAAAGGCTGAAAAGGGATGACTTGGGTATTAAGATC  450

seq1  ATCCTTGGCTACATAGGAGTTCAAGGCCAGCCTAAGCTGTATGAGATCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTGGCTACATAGGAGTTCAAGGCCAGCCTAAGCTGTATGAGATCTT  500

seq1  GTCTTACAACAAGAAGAATGAGCAAGATCATCAGGAAGAAGAGAGAAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTACAACAAGAAGAATGAGCAAGATCATCAGGAAGAAGAGAGAAAAA  550

seq1  AATAGCATACATTGAAGATGTATTTAGTACAGTCAATCTATGTAATACAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGCATACATTGAAGATGTATTTAGTACAGTCAATCTATGTAATACAA  600

seq1  CTTCTGCCTTAGTTTGGGTTTCCATTGCTTTGAAGAGACACCATGATCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGCCTTAGTTTGGGTTTCCATTGCTTTGAAGAGACACCATGATCAA  650

seq1  GGCAATTCTTACAAAGGACAACATTTAATTGGGGCTGGCTCACAGATTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAATTCTTACAAAGGACAACATTTAATTGGGGCTGGCTCACAGATTCT  700

seq1  GAGGTTCAGTCCATTACTGTCATAGCAGGAAGTATGGCAGTGTCCAGACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTTCAGTCCATTACTGTCATAGCAGGAAGTATGGCAGTGTCCAGACA  750

seq1  GGCATGGTGCTGGAGGAGCTGAGACTTCTACATCTTGTTCTGAAGGCAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGGTGCTGGAGGAGCTGAGACTTCTACATCTTGTTCTGAAGGCAAA  800

seq1  CAGGAAGAAACTATCTCAGGTGCAACTAGAAAAGAGGGTCTCAAAGCCCA  850
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAGAAACTATCTCA-GTGCAACTAGAAAAGAGGGTCTCAAAGCCCA  849

seq1  GCCCTCCAATGACACACTTCTTCCAATAGGTCCACACTTCCTAATAGTGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTCCAATGACACACTTCTTCCAATAGGTCCACACTTCCTAATAGTGC  899

seq1  ACTCCCTGGGCCAAGCATATTCAAACCACCACAACTTGCCTCCTGATAAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCCTGGGCCAAGCATATTCAAACCACCACAACTTGCCTCCTGATAAC  949

seq1  CATATTTAGCACAATGGTGCTGTAGAGGTGGCTTACCCTTGTGACTGTGT  1000
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CATATTTAGCACAATGGTGCTGTAGA-GTGGCTTACCCTTGTGACTGTGT  998

seq1  GGCTGAAACAGGTCTGAATCTCGCTACCCCTTGCCATCATCACACAACTG  1050
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  -GCTGAAACAGGTCTGAATCTCGCTACCCCTTGCCATCATCACAC-ACTG  1046

seq1  TA--TAAAACTACACAATTCAAAGTTCATTTCCACTGAATGTGGATTGCT  1098
      ||   |||||||||||||||||   ||| |||||||| |||||   ||||
seq2  TAATAAAAACTACACAATTCAA--GTCA-TTCCACTG-ATGTG--ATGCT  1090

seq1  TTTTAGCTCC-ATTGT-GAAGTAGAAAATCACAAGGTGAACCACTGTAAG  1146
      |||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||| | |||||||||
seq2  TTTTAGCTCCAATTGTGGAAGTAGAAAATCACAA-GTG-ATCACTGTAAG  1138

seq1  ACCTAGCAACTGTG-TTCTTGGTCATTTATACC  1178
      || |||| |||||| ||| |||||| |||||||
seq2  ACTTAGC-ACTGTGTTTCGTGGTCA-TTATACC  1169


seq1: chr8_110978923_110979196
seq2: B6Ng01-289B22.g_74_347 (reverse)

seq1  CAACCCCCCTCCCTTACCCACCAAGGCATGCAGGATTACACAAAGCAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCCCCCTCCCTTACCCACCAAGGCATGCAGGATTACACAAAGCAAAA  50

seq1  GTCATTAATTTTTATCTCTGACTATCTGTGGGGTTTTTAATGTGGCCTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATTAATTTTTATCTCTGACTATCTGTGGGGTTTTTAATGTGGCCTGG  100

seq1  CTTGCTTATGCACCACCAATTACATGTCATAAGTGCTTGTAGATGCTGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTTATGCACCACCAATTACATGTCATAAGTGCTTGTAGATGCTGGA  150

seq1  GCGGTATCATGGGCTGATGAATCACTGCCTCCTCCGCTGATTAGTATGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGTATCATGGGCTGATGAATCACTGCCTCCTCCGCTGATTAGTATGCA  200

seq1  AGGGGCCCTGTTCCTCTTTGAGCAGCTGGCATGCCAATGAGGATCTGGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGCCCTGTTCCTCTTTGAGCAGCTGGCATGCCAATGAGGATCTGGCT  250

seq1  CGGCCGGTCAAGGCATCTGGACAT  274
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCCGGTCAAGGCATCTGGACAT  274


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |