BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-291D19
Chromosome8 (Build37)
Map Location 4,179,331 - 4,318,609
singlet/doubletdoublet
Overlap geneB130050I23Rik, BC068157, Lrrc8e, Map2k7, LOC100039590, Snapc2, Ctxn1, Timm44, Elavl1
Upstream geneInsr, A430078G23Rik, Arhgef18, Pex11c, 1700019B03Rik, Zfp358, Mcoln1, Pnpla6, C330021F23Rik, 2310057J16Rik, Xab2, Pcp2, Stxbp2, Retn, 1810033B17Rik, LOC664858, Trappc5, Fcer2a, Clec4g, Cd209a, LOC664870, Cd209e, Cd209d, Cd209b, Cd209c, LOC664888, EG384770, EG664905, LOC664915, LOC664922, LOC631071, Cd209f, Cd209g
Downstream geneCcl25, LOC664977, Ppia-ps8_36.1, Lass4, Vmn2r-ps89, EG633533, BC003267, LOC665021, EG623133, EG665044, EG623223, LOC100040234, Shcbp1, EG622568, LOC669393, EG631359, LOC100039687, LOC436026, Slc10a2, LOC434275
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-291D19.bB6Ng01-291D19.g
ACCGA088177GA088178
length1,141896
definitionB6Ng01-291D19.b B6Ng01-291D19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(4,317,465 - 4,318,609)(4,179,331 - 4,180,217)
sequence
gaattccacctcccaagtactgggattacagttgtgtactaccacttcca
tgtggtactggggtgggacccagggcctcatgcatggtaggcaagaagag
ctaccaacgagccccagtatttgaggcttggttttgttttgttttgtttt
aaagggtctcactatgtaattctggctggcctagaaatctgtgggctagg
atgtccttaaagccatagtggtctgtctacctgtctatgcctctgagtgc
aaggattaaaggcatgttctacttacaaatttgattcccagaacccgcat
ggtggttcgtaatcatcttaactccagttccatgggatccattgccttct
gacctctgagtgtaccaggcatgcaccctgtacgtatgtatgtacatacg
tatttatgtacatacatacatacatacatatacatacaggcaaaacattc
atacacataaaattaatcttttatttaaaatcagtttgtgtctgtctagc
tatctaaagtcacaagttagaggatcagcctggactgtaaactgatcctg
tttccatagggaaaaatttttgagatggtcatcctaagttgggttagaat
atccttaaacgtttagaagaggtagctttttttttttagattgctctcta
cccccagtaaaatgaatttgaaaatcatatatgcagtatgaattagtagt
gccttttcaattgataagtagtgttccattccatactgtaatttctccat
caatgactcattttaacttttcagacttacagtgattgtaagcaatgttg
tatagatttgtgtatatgcttttatatgagcacagattttcatttctctt
gcattgatgcaaaagtagaagacagatgtggtggcttacatctatactct
tagcatttcagaggctgaggcagtagtattgtcataggtttgggctacgt
aatgtatttttcagatttagaatatgtaaaagaaaagaacaaacagtact
aggagcatgattgccaggacatgagctagtgtcatgtcaacttaagagaa
ctgccaattgcattcatcaagtgactacaacatttttgcattctaccact
ctgtgttaatagaaaggtctaactctccagcacttggatat
gaattcagagacgcttaatgttggcttttctatccctcacaatcgttgga
caccagcaccatctttgctcggccgtgagccagacagatgtggtggctca
taattgtgaatcccagctctcaggaggctgaaggaggatcgcaagcttga
gactaacctacgtgactgtcttagtttcttttctgctgttgtgatacagt
gtcctgacaaaagcaccttcagggaaaagggtttattttggctcacaatt
ttgtgtcattccatcatgtcagggtggtcacagcagcagaaattgtgggg
acacattgagttcacaatctggaagcagagagcaataggctcactttctt
tgagtcccacagtgagtcttcccacctctattaaactagtcaagagaacc
ctaccagccatgccacaggcccacaacgctgatgagttagagtgtgaata
tcgatgaacctcaagagaatatgtttgggtgactagtacctgtgtggatg
tggtatgtctgaatgtgaaggagtacatatgtacccccaagagcataaat
ctgacaatgtgtgtatgtgttgtatatgtgtttcagaatatatgtatata
tgcccaagtaggcgtaggtgaaactgtatgtgcatgaatgtgtgtgaatg
tgtatatatcagagtatgtatgcgtatgaaagtgtatgaataaggagagg
tgggtggagtccatcctaaagctgggtcctcttcttctttatcaggtact
aggtagtcccaggctacctcattatccataaggtgccttttgccctgagc
tctcattgctcttcaaaatttcagcagaatttctggaaacccttcatccc
tgcctctactatctttttctttccatgttctccaattctggagact
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_4317465_4318609
seq2: B6Ng01-291D19.b_50_1190 (reverse)

seq1  ATAT-CAAGTGCTGGAGAAGTTAAGACTTTCTAT--ACACAGAGTGGTAG  47
      |||| |||||||||||| |||||   ||||||||  ||||||||||||| 
seq2  ATATCCAAGTGCTGGAG-AGTTAGACCTTTCTATTAACACAGAGTGGTA-  48

seq1  GAATGCAAAAATGTTGTAGTCACTTTGATGAATTGGCAATTGGCAG-TCT  96
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||| |||
seq2  GAATGCAAAAATGTTGTAGTCAC-TTGATGAAT--GCAATTGGCAGTTCT  95

seq1  C-TAAGTTGAACATGAACACTTAGCTCATGTCCTGGCAATCATGCTCCTA  145
      | ||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAGTTG-ACATG-ACAC-TAGCTCATGTCCTGGCAATCATGCTCCTA  142

seq1  GTACTGTTTTGTTCTTTTCTTTTACATATTCTAAATCTGAAAAATACATT  195
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTG-TTTGTTCTTTTCTTTTACATATTCTAAATCTGAAAAATACATT  191

seq1  ACGTAGCCCAAACCTATGACAATACTACTGCCTCAGCCTCTGAAATGCTA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTAGCCCAAACCTATGACAATACTACTGCCTCAGCCTCTGAAATGCTA  241

seq1  AGAGTATAGATGTAAGCCACCACATCTGTCTTCTACTTTTGCATCAATGC  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTATAGATGTAAGCCACCACATCTGTCTTCTACTTTTGCATCAATGC  291

seq1  AAGAGAAATGAAAATCTGTGCTCATATAAAAGCATATACACAAATCTATA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAAATGAAAATCTGTGCTCATATAAAAGCATATACACAAATCTATA  341

seq1  CAACATTGCTTACAATCACTGTAAGTCTGAAAAGTTAAAATGAGTCATTG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACATTGCTTACAATCACTGTAAGTCTGAAAAGTTAAAATGAGTCATTG  391

seq1  ATGGAGAAATTACAGTATGGAATGGAACACTACTTATCAATTGAAAAGGC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGAAATTACAGTATGGAATGGAACACTACTTATCAATTGAAAAGGC  441

seq1  ACTACTAATTCATACTGCATATATGATTTTCAAATTCATTTTACTGGGGG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACTAATTCATACTGCATATATGATTTTCAAATTCATTTTACTGGGGG  491

seq1  TAGAGAGCAATCTAAAAAAAAAAAGCTACCTCTTCTAAACGTTTAAGGAT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGAGCAATCTAAAAAAAAAAAGCTACCTCTTCTAAACGTTTAAGGAT  541

seq1  ATTCTAACCCAACTTAGGATGACCATCTCAAAAATTTTTCCCTATGGAAA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTAACCCAACTTAGGATGACCATCTCAAAAATTTTTCCCTATGGAAA  591

seq1  CAGGATCAGTTTACAGTCCAGGCTGATCCTCTAACTTGTGACTTTAGATA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGATCAGTTTACAGTCCAGGCTGATCCTCTAACTTGTGACTTTAGATA  641

seq1  GCTAGACAGACACAAACTGATTTTAAATAAAAGATTAATTTTATGTGTAT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGACAGACACAAACTGATTTTAAATAAAAGATTAATTTTATGTGTAT  691

seq1  GAATGTTTTGCCTGTATGTATATGTATGTATGTATGTATGTACATAAATA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTTTTGCCTGTATGTATATGTATGTATGTATGTATGTACATAAATA  741

seq1  CGTATGTACATACATACGTACAGGGTGCATGCCTGGTACACTCAGAGGTC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTATGTACATACATACGTACAGGGTGCATGCCTGGTACACTCAGAGGTC  791

seq1  AGAAGGCAATGGATCCCATGGAACTGGAGTTAAGATGATTACGAACCACC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGCAATGGATCCCATGGAACTGGAGTTAAGATGATTACGAACCACC  841

seq1  ATGCGGGTTCTGGGAATCAAATTTGTAAGTAGAACATGCCTTTAATCCTT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCGGGTTCTGGGAATCAAATTTGTAAGTAGAACATGCCTTTAATCCTT  891

seq1  GCACTCAGAGGCATAGACAGGTAGACAGACCACTATGGCTTTAAGGACAT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTCAGAGGCATAGACAGGTAGACAGACCACTATGGCTTTAAGGACAT  941

seq1  CCTAGCCCACAGATTTCTAGGCCAGCCAGAATTACATAGTGAGACCCTTT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGCCCACAGATTTCTAGGCCAGCCAGAATTACATAGTGAGACCCTTT  991

seq1  AAAACAAAACAAAACAAAACCAAGCCTCAAATACTGGGGCTCGTTGGTAG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAAAACAAAACAAAACCAAGCCTCAAATACTGGGGCTCGTTGGTAG  1041

seq1  CTCTTCTTGCCTACCATGCATGAGGCCCTGGGTCCCACCCCAGTACCACA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCTTGCCTACCATGCATGAGGCCCTGGGTCCCACCCCAGTACCACA  1091

seq1  TGGAAGTGGTAGTACACAACTGTAATCCCAGTACTTGGGAGGTGGAATTC  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGTGGTAGTACACAACTGTAATCCCAGTACTTGGGAGGTGGAATTC  1141

seq1: chr8_4179331_4180217
seq2: B6Ng01-291D19.g_66_961

seq1  GAATTCAGAGACGCTTAATGTTGGCTTTTCTATCCCTCACAATCGTTGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAGACGCTTAATGTTGGCTTTTCTATCCCTCACAATCGTTGGA  50

seq1  CACCAGCACCATCTTTGCTCGGCCGTGAGCCAGACAGATGTGGTGGCTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGCACCATCTTTGCTCGGCCGTGAGCCAGACAGATGTGGTGGCTCA  100

seq1  TAATTGTGAATCCCAGCTCTCAGGAGGCTGAAGGAGGATCGCAAGCTTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGTGAATCCCAGCTCTCAGGAGGCTGAAGGAGGATCGCAAGCTTGA  150

seq1  GACTAACCTACGTGACTGTCTTAGTTTCTTTTCTGCTGTTGTGATACAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAACCTACGTGACTGTCTTAGTTTCTTTTCTGCTGTTGTGATACAGT  200

seq1  GTCCTGACAAAAGCACCTTCAGGGAAAAGGGTTTATTTTGGCTCACAATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGACAAAAGCACCTTCAGGGAAAAGGGTTTATTTTGGCTCACAATT  250

seq1  TTGTGTCATTCCATCATGTCAGGGTGGTCACAGCAGCAGAAATTGTGGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTCATTCCATCATGTCAGGGTGGTCACAGCAGCAGAAATTGTGGGG  300

seq1  ACACATTGAGTTCACAATCTGGAAGCAGAGAGCAATAGGCTCACTTTCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATTGAGTTCACAATCTGGAAGCAGAGAGCAATAGGCTCACTTTCTT  350

seq1  TGAGTCCCACAGTGAGTCTTCCCACCTCTATTAAACTAGTCAAGAGAACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTCCCACAGTGAGTCTTCCCACCTCTATTAAACTAGTCAAGAGAACC  400

seq1  CTACCAGCCATGCCACAGGCCCACAACGCTGATGAGTTAGAGTGTGAATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCAGCCATGCCACAGGCCCACAACGCTGATGAGTTAGAGTGTGAATA  450

seq1  TCGATGAACCTCAAGAGAATATGTTTGGGTGACTAGTACCTGTGTGGATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGATGAACCTCAAGAGAATATGTTTGGGTGACTAGTACCTGTGTGGATG  500

seq1  TGGTATGTCTGAATGTGAAGGAGTACATATGTACCCCCAAGAGCATAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTATGTCTGAATGTGAAGGAGTACATATGTACCCCCAAGAGCATAAAT  550

seq1  CTGACAATGTGTGTATGTGTTGTATATGTGTTTCAGAATATATGTATATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACAATGTGTGTATGTGTTGTATATGTGTTTCAGAATATATGTATATA  600

seq1  TGCCCAAGTAGGCGTAGGTGAAACTGTATGTGCATGAATGTGTGTGAATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCAAGTAGGCGTAGGTGAAACTGTATGTGCATGAATGTGTGTGAATG  650

seq1  TGTATATATCAGAGTATGTATGCGTATGAAAGTGTATGAATAAGGAGAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATATATCAGAGTATGTATGCGTATGAAAGTGTATGAATAAGGAGAGG  700

seq1  TGGGTGGAGTCCATCCTAAAGCTGGGTCCTCT--CTCCTTATCAGGTACT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||   || ||||||||||||
seq2  TGGGTGGAGTCCATCCTAAAGCTGGGTCCTCTTCTTCTTTATCAGGTACT  750

seq1  AGGTAGTCCCAGGCTACCTCATTATCCAT-AGGTGCC-TTTGCCCTGAGC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||
seq2  AGGTAGTCCCAGGCTACCTCATTATCCATAAGGTGCCTTTTGCCCTGAGC  800

seq1  TCTCAATGCTCTCCAAA--TTCAGCAGTAGTTCTGGAA--CCCTCAT-CC  841
      ||||| |||||| ||||  |||||||| | ||||||||  || |||| ||
seq2  TCTCATTGCTCTTCAAAATTTCAGCAGAATTTCTGGAAACCCTTCATCCC  850

seq1  TGCCTCTACTATC-TTTTCTTTCCATGTTCTCCCAGTTCTGGAGACT  887
      ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||
seq2  TGCCTCTACTATCTTTTTCTTTCCATGTTCT-CCAATTCTGGAGACT  896