BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-292L07
Chromosome8 (Build37)
Map Location 49,341,146 - 49,495,985
singlet/doubletdoublet
Overlap geneOdz3
Upstream geneStox2, 4930448N21Rik, D030016E14Rik, Rwdd4a, LOC384819, LOC667422, Ing2, LOC546058, Cdkn2aip, LOC100039801, Cldn22, Wwc2, LOC100040113, Dctd
Downstream gene2900073C17Rik, LOC100039866, 4930555F03Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-292L07.bB6Ng01-292L07.g
ACCGA089274GA089275
length1,029665
definitionB6Ng01-292L07.b B6Ng01-292L07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(49,494,949 - 49,495,985)(49,341,146 - 49,341,810)
sequence
gaattcactcctgtcctgtgggtcacaaatccaatcagagtatttggttg
cccacatgacagtggtaccactattgctgtagtgcacacacctttgccta
gctggttagtgttgtagttcaaacggatcactgacgggttagacaattgg
tgtcctttctcgactccagcttgcatagcatccttgactttaggaaagtt
ttccagcaggaagaagctgccagctcacttctagcttaacttcttggttt
cttccagtcacggtgtgtgacatcttcagcggtgaggtcttaccatctag
ttcttgtgggaaaccaagaggaatggtggcagcctaccttgatggagcct
ctgaggacaattttcaaaggactcatagtatctactcagaataatgttgt
cttcaggatataatgtgaatcaagctcccgtgagttttctcgttttttag
gtaatgaccaaatgacagtagtgagcatggacagaggataaggacaccta
attggttaacaattgaacagaggcaatatgtaacaaagcatctcttttgc
ttccccagaagttgggaaatgtatttgtcttacctgaggtagtcatggct
cactttatgtgtgaggtaggccaagcataaaattaaaccctgattcattt
agcagaataaaatctctgggttcctttcttgttattgctcaagaaatatg
gggatttgttttagacaggaaccccaagtgttttaactttgtacttaaga
aagtaatcttccagtaagaatgaaaggtattcatatgctcaaaacattta
attaagtaaaacggtaaatgttaggagtgaaacagtaaaagccttcgtgc
accatcaaatgtctccacatcatctagaagttagaacacagttgtgagat
ttgtttaagatgtgagaggcttttgatgggctttgcctgatgaagctact
ctagcagagtggtatgttatttatattaactggagtgaaccaggttttgt
ttgttgggtttggttgttgggtttttttg

gaattcactttgtagaccaggctggtctcaaactcagaaatccacctgcc
tctgcctcctgagtgctgggattaaaggcgtgcaccaccacgcctggctc
caaaactaactcttaagaaaagagatccacccagtgttttgtctaagaaa
aacctttcatattaatagactagtgcctctgtctctgtggaaggctttgg
aatgatataggaccatttgatgcttgcagaggttgcctgatgggtaagtt
tttaaaaagaaaaaaaaaaaacaatcaatcaggcacaagtaatccaaacc
aaacccaagcaaagtaagagaggcttaacgcaggactagcaattattcca
agctgtgaaagagttcagatattatataaatagcgtcttgggatgtgagg
gtaaaattaccatcatatgtggcttcgaataccacatcacagtggattac
agcaccccacacctcaagtcactgtagtgaggtgtcagaggggagggcag
gttctcagaaactgctgagtgacaccaaaatggtgggcttacacatatca
agagctgaaattaagttgctgtattaaattagaattgaaaagggcatttt
caaggttactattatttgcatgtgtgagagtgtatgtgtatgagtgtgtg
taagtgtgtatgtac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_49494949_49495985
seq2: B6Ng01-292L07.b_50_1078 (reverse)

seq1  CAAAAAAACCCAAACAACCAAAACCAAAACAAAACAAAAACCTGGTTCAC  50
      ||||||||||| |||||||||| ||  ||||||   ||||||||||||||
seq2  CAAAAAAACCC-AACAACCAAACCC--AACAAA--CAAAACCTGGTTCAC  45

seq1  TCCAGTTAATATAAATAACAATACCACTCCTGCTTAGAGTAGCTTCATCA  100
      ||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||
seq2  TCCAGTTAATATAAATAAC-ATACCACT-CTGC-TAGAGTAGCTTCATCA  92

seq1  GGCAAAGCCCATCAAAAGCCTCTCACATCTTAAACAAATCTCACAACTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAAGCCCATCAAAAGCCTCTCACATCTTAAACAAATCTCACAACTGT  142

seq1  GTTCTAACTTCTAGATGATGTGGAGACATTTGATGGTGCACGAAGGCTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTAACTTCTAGATGATGTGGAGACATTTGATGGTGCACGAAGGCTTT  192

seq1  TACTGTTTCACTCCTAACATTTACCGTTTTACTTAATTAAATGTTTTGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTTTCACTCCTAACATTTACCGTTTTACTTAATTAAATGTTTTGAG  242

seq1  CATATGAATACCTTTCATTCTTACTGGAAGATTACTTTCTTAAGTACAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGAATACCTTTCATTCTTACTGGAAGATTACTTTCTTAAGTACAAA  292

seq1  GTTAAAACACTTGGGGTTCCTGTCTAAAACAAATCCCCATATTTCTTGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAAACACTTGGGGTTCCTGTCTAAAACAAATCCCCATATTTCTTGAG  342

seq1  CAATAACAAGAAAGGAACCCAGAGATTTTATTCTGCTAAATGAATCAGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAACAAGAAAGGAACCCAGAGATTTTATTCTGCTAAATGAATCAGGG  392

seq1  TTTAATTTTATGCTTGGCCTACCTCACACATAAAGTGAGCCATGACTACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATTTTATGCTTGGCCTACCTCACACATAAAGTGAGCCATGACTACC  442

seq1  TCAGGTAAGACAAATACATTTCCCAACTTCTGGGGAAGCAAAAGAGATGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTAAGACAAATACATTTCCCAACTTCTGGGGAAGCAAAAGAGATGC  492

seq1  TTTGTTACATATTGCCTCTGTTCAATTGTTAACCAATTAGGTGTCCTTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTACATATTGCCTCTGTTCAATTGTTAACCAATTAGGTGTCCTTAT  542

seq1  CCTCTGTCCATGCTCACTACTGTCATTTGGTCATTACCTAAAAAACGAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGTCCATGCTCACTACTGTCATTTGGTCATTACCTAAAAAACGAGA  592

seq1  AAACTCACGGGAGCTTGATTCACATTATATCCTGAAGACAACATTATTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTCACGGGAGCTTGATTCACATTATATCCTGAAGACAACATTATTCT  642

seq1  GAGTAGATACTATGAGTCCTTTGAAAATTGTCCTCAGAGGCTCCATCAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAGATACTATGAGTCCTTTGAAAATTGTCCTCAGAGGCTCCATCAAG  692

seq1  GTAGGCTGCCACCATTCCTCTTGGTTTCCCACAAGAACTAGATGGTAAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGCTGCCACCATTCCTCTTGGTTTCCCACAAGAACTAGATGGTAAGA  742

seq1  CCTCACCGCTGAAGATGTCACACACCGTGACTGGAAGAAACCAAGAAGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCACCGCTGAAGATGTCACACACCGTGACTGGAAGAAACCAAGAAGTT  792

seq1  AAGCTAGAAGTGAGCTGGCAGCTTCTTCCTGCTGGAAAACTTTCCTAAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTAGAAGTGAGCTGGCAGCTTCTTCCTGCTGGAAAACTTTCCTAAAG  842

seq1  TCAAGGATGCTATGCAAGCTGGAGTCGAGAAAGGACACCAATTGTCTAAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGATGCTATGCAAGCTGGAGTCGAGAAAGGACACCAATTGTCTAAC  892

seq1  CCGTCAGTGATCCGTTTGAACTACAACACTAACCAGCTAGGCAAAGGTGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTCAGTGATCCGTTTGAACTACAACACTAACCAGCTAGGCAAAGGTGT  942

seq1  GTGCACTACAGCAATAGTGGTACCACTGTCATGTGGGCAACCAAATACTC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCACTACAGCAATAGTGGTACCACTGTCATGTGGGCAACCAAATACTC  992

seq1  TGATTGGATTTGTGACCCACAGGACAGGAGTGAATTC  1037
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTGGATTTGTGACCCACAGGACAGGAGTGAATTC  1029


seq1: chr8_49341146_49341810
seq2: B6Ng01-292L07.g_66_730

seq1  GAATTCACTTTGTAGACCAGGCTGGTCTCAAACTCAGAAATCCACCTGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTTGTAGACCAGGCTGGTCTCAAACTCAGAAATCCACCTGCC  50

seq1  TCTGCCTCCTGAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGCACCACCACGCCTGGCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTCCTGAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGCACCACCACGCCTGGCTC  100

seq1  CAAAACTAACTCTTAAGAAAAGAGATCCACCCAGTGTTTTGTCTAAGAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACTAACTCTTAAGAAAAGAGATCCACCCAGTGTTTTGTCTAAGAAA  150

seq1  AACCTTTCATATTAATAGACTAGTGCCTCTGTCTCTGTGGAAGGCTTTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTTTCATATTAATAGACTAGTGCCTCTGTCTCTGTGGAAGGCTTTGG  200

seq1  AATGATATAGGACCATTTGATGCTTGCAGAGGTTGCCTGATGGGTAAGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATATAGGACCATTTGATGCTTGCAGAGGTTGCCTGATGGGTAAGTT  250

seq1  TTTAAAAAGAAAAAAAAAAAACAATCAATCAGGCACAAGTAATCCAAACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAAGAAAAAAAAAAAACAATCAATCAGGCACAAGTAATCCAAACC  300

seq1  AAACCCAAGCAAAGTAAGAGAGGCTTAACGCAGGACTAGCAATTATTCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCCAAGCAAAGTAAGAGAGGCTTAACGCAGGACTAGCAATTATTCCA  350

seq1  AGCTGTGAAAGAGTTCAGATATTATATAAATAGCGTCTTGGGATGTGAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTGAAAGAGTTCAGATATTATATAAATAGCGTCTTGGGATGTGAGG  400

seq1  GTAAAATTACCATCATATGTGGCTTCGAATACCACATCACAGTGGATTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAATTACCATCATATGTGGCTTCGAATACCACATCACAGTGGATTAC  450

seq1  AGCACCCCACACCTCAAGTCACTGTAGTGAGGTGTCAGAGGGGAGGGCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACCCCACACCTCAAGTCACTGTAGTGAGGTGTCAGAGGGGAGGGCAG  500

seq1  GTTCTCAGAAACTGCTGAGTGACACCAAAATGGTGGGCTTACACATATCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTCAGAAACTGCTGAGTGACACCAAAATGGTGGGCTTACACATATCA  550

seq1  AGAGCTGAAATTAAGTTGCTGTATTAAATTAGAATTGAAAAGGGCATTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTGAAATTAAGTTGCTGTATTAAATTAGAATTGAAAAGGGCATTTT  600

seq1  CAAGGTTACTATTATTTGCATGTGTGAGAGTGTATGTGTATGAGTGTGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTTACTATTATTTGCATGTGTGAGAGTGTATGTGTATGAGTGTGTG  650

seq1  TAAGTGTGTATGTAC  665
      |||||||||||||||
seq2  TAAGTGTGTATGTAC  665


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |