BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-292P22
Chromosome8 (Build37)
Map Location 17,822,155 - 17,934,388
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCsmd1
Downstream geneLOC665638, LOC100040466, Mcph1, Angpt2, Agpat5, LOC100040486, Xkr5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-292P22.bB6Ng01-292P22.g
ACCGA089487GA089488
length1,1141,043
definitionB6Ng01-292P22.b B6Ng01-292P22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,933,270 - 17,934,388)(17,822,155 - 17,823,204)
sequence
gaattctttcctgaattctgttagtaaaataatatctggcttacaggtgc
attttttaagagtacacattcatacacttattttattctttctttaaaac
tatagaatgcatctacctgtggcactatgttgtgaacaccatgtgggaca
gttaattgatcaatggggtgtaatgaatctttgctggaacctcatttacc
atgacacatggccactgaatctatttaagacagcactgttgttctaggtt
gccctagatgaagcagggaaaggaccaggacatttaatttgctaacaact
catatttcaactgacctttgaagaactataggtctggtagaatgggatgc
aatgttaaatagggcttaggtatgtttgttcccttgaaaaaaattaaaga
gaattaagcagataaacatggacaatgttacaaaatccattggtacacga
ccaaagcacatgaaaaattgccacttgtatacatcagcagtgaattgtaa
gttactacagtaagtcatcacttcctacttctgggtctgcaggaatgtac
agagtgttcacaggtctgcagaaatcacctgcacacattcaacctgtgtg
tctttacctaactgatcccagtcctgtgtggtctaagaaacaacatttaa
atattcattttaaaggtacatggagaacacttgagagtcaaaaattgcta
gaatccaaacattcctggtaagctttgaaacaaagaggactccaaaggta
aaaggcagtttaaggcggagggaagacaggacagtgaccgaggaatgata
aaacccaggtgcttcttaagatcacacactcctgcttgctgtcaatcaga
gaaagggaggaaggactgggaactcagctttaagaagagtctcccccacc
atatctgattctgtcaagtatggggatgggggacaggagaagaagtctag
tcaagcccacccaggcagtcaacagagtctcaaggaaggagtgagattaa
agcaaataaataaatacactagacaacatttattagtatgactcagcagt
gctggagcagctataatttctcagtttgcttttatatcaattcttagtac
atgcaagaatatgg

gaattcactctaacaacaaaaaaaatatgtccagttcctaagattatgcc
aacaccatttttagttcatttcctctttatactgccaaccaccatcactc
cagatgtggtaaaggaagtcttgctggtacatctaattagataaaatcta
agcctgtagtttgtgctagctacactttgtcatggagataaacatctttg
ttcatcggctctcttatcttcatatggagattaattttaatttctcatga
acctaattcctagaagaaatttggaggttatgaaatggatctaccatttc
catagttaaataattttgagtttagtgaatattaaatagaagcttaggac
taggtagtgagaaaaaaaaaatctgaatctacctgactgacctccattgt
tgtgcaggggacgcattggttctcagaatgatgtcctcaccaagccacga
aaagttgtgtctgccaggagagctggttctcccaactactcctgggttcc
ctggtcacttgactttcatggttgttgctaccttgagaaacctcttaaca
acttgagttcaacccttcatctgcacaccattgacatgtgactagataca
acatactgcagggtttagagtgctatgcgaatggcactctctgcaatgca
tgagtccctttacatattatgttttcttataatgaaatatagtaaatttt
aatgtaatcttgtatcaaattttaagaatttggcgatgagttccataagg
aaatgaatatagatcaataatactactcagctttaagaatgaggacattc
tgagttttgcaggcaaatggatggaactggaaaatattatcctgaatgag
gtaatagacccaaaaggacatgcatggtatgtattcactaataagtggag
attagcccaaaaataaagtaaagaatacccaagatagagtccacagaact
caacaagctaaggtcccagagaggacacctttagtcccacttggaggaaa
gagaagcatcacagggggaaggagggacctggaggaaagtgta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_17933270_17934388
seq2: B6Ng01-292P22.b_48_1161 (reverse)

seq1  CCATATTCTTTGCATGTACCTAGAA-TGATATAAAAGCCAACTTGGAGAA  49
      |||||||| ||||||||||  |||| |||||||||||| ||||  |||||
seq2  CCATATTC-TTGCATGTACTAAGAATTGATATAAAAGCAAACT--GAGAA  47

seq1  ATTATAGCTGCTCCAGCACTTGCTTGAGTCATACTA--TAATGTTGTCTA  97
      ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||   |||||||||||
seq2  ATTATAGCTGCTCCAGCAC-TGC-TGAGTCATACTAATAAATGTTGTCTA  95

seq1  GTTGTATTTATTTTATTTTGCTTTAATCCTCACTCCCTTCTTGAGACTCT  147
      | |||||||||||   ||||||||||| |||||||| | |||||||||||
seq2  G-TGTATTTATTT--ATTTGCTTTAAT-CTCACTCCTTCCTTGAGACTCT  141

seq1  GTTGACTGCCTGGGTGGGCTTGACTAGACTTC-TCTCCTGTCCCCCATCC  196
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GTTGACTGCCTGGGTGGGCTTGACTAGACTTCTTCTCCTGTCCCCCATCC  191

seq1  CCATACTTGACAGAATCAGATATGGTGGGGGAGACTCTTCTTAAAGCCTG  246
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CCATACTTGACAGAATCAGATATGGTGGGGGAGACTCTTCTTAAAG-CTG  240

seq1  AGTTCCCAGTCCTTCCTCCC-TTCTCTGATTGACAGCAAGCAGGAGTGTG  295
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCCCAGTCCTTCCTCCCTTTCTCTGATTGACAGCAAGCAGGAGTGTG  290

seq1  TGATCTTAAGAAGCACCTGGGTTTTATCATTCCTCGGTCACTGTCCTGTC  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCTTAAGAAGCACCTGGGTTTTATCATTCCTCGGTCACTGTCCTGTC  340

seq1  TTCCCTCCGCCTTAAACTGCCTTTTACCTTTGGAGTCCTCTTTGTTTCAA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTCCGCCTTAAACTGCCTTTTACCTTTGGAGTCCTCTTTGTTTCAA  390

seq1  AGCTTACCAGGAATGTTTGGATTCTAGCAATTTTTGACTCTCAAGTGTTC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTACCAGGAATGTTTGGATTCTAGCAATTTTTGACTCTCAAGTGTTC  440

seq1  TCCATGTACCTTTAAAATGAATATTTAAATGTTGTTTCTTAGACCACACA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGTACCTTTAAAATGAATATTTAAATGTTGTTTCTTAGACCACACA  490

seq1  GGACTGGGATCAGTTAGGTAAAGACACACAGGTTGAATGTGTGCAGGTGA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTGGGATCAGTTAGGTAAAGACACACAGGTTGAATGTGTGCAGGTGA  540

seq1  TTTCTGCAGACCTGTGAACACTCTGTACATTCCTGCAGACCCAGAAGTAG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGCAGACCTGTGAACACTCTGTACATTCCTGCAGACCCAGAAGTAG  590

seq1  GAAGTGATGACTTACTGTAGTAACTTACAATTCACTGCTGATGTATACAA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGATGACTTACTGTAGTAACTTACAATTCACTGCTGATGTATACAA  640

seq1  GTGGCAATTTTTCATGTGCTTTGGTCGTGTACCAATGGATTTTGTAACAT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCAATTTTTCATGTGCTTTGGTCGTGTACCAATGGATTTTGTAACAT  690

seq1  TGTCCATGTTTATCTGCTTAATTCTCTTTAATTTTTTTCAAGGGAACAAA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCATGTTTATCTGCTTAATTCTCTTTAATTTTTTTCAAGGGAACAAA  740

seq1  CATACCTAAGCCCTATTTAACATTGCATCCCATTCTACCAGACCTATAGT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACCTAAGCCCTATTTAACATTGCATCCCATTCTACCAGACCTATAGT  790

seq1  TCTTCAAAGGTCAGTTGAAATATGAGTTGTTAGCAAATTAAATGTCCTGG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAAAGGTCAGTTGAAATATGAGTTGTTAGCAAATTAAATGTCCTGG  840

seq1  TCCTTTCCCTGCTTCATCTAGGGCAACCTAGAACAACAGTGCTGTCTTAA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTCCCTGCTTCATCTAGGGCAACCTAGAACAACAGTGCTGTCTTAA  890

seq1  ATAGATTCAGTGGCCATGTGTCATGGTAAATGAGGTTCCAGCAAAGATTC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATTCAGTGGCCATGTGTCATGGTAAATGAGGTTCCAGCAAAGATTC  940

seq1  ATTACACCCCATTGATCAATTAACTGTCCCACATGGTGTTCACAACATAG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACACCCCATTGATCAATTAACTGTCCCACATGGTGTTCACAACATAG  990

seq1  TGCCACAGGTAGATGCATTCTATAGTTTTAAAGAAAGAATAAAATAAGTG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACAGGTAGATGCATTCTATAGTTTTAAAGAAAGAATAAAATAAGTG  1040

seq1  TATGAATGTGTACTCTTAAAAAATGCACCTGTAAGCCAGATATTATTTTA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAATGTGTACTCTTAAAAAATGCACCTGTAAGCCAGATATTATTTTA  1090

seq1  CTAACAGAATTCAGGAAAGAATTC  1119
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACAGAATTCAGGAAAGAATTC  1114


seq1: chr8_17822155_17823204
seq2: B6Ng01-292P22.g_66_1108

seq1  GAATTCACTCTAACAACAAAAAAAATATGTCCAGTTCCTAAGATTATGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCTAACAACAAAAAAAATATGTCCAGTTCCTAAGATTATGCC  50

seq1  AACACCATTTTTAGTTCATTTCCTCTTTATACTGCCAACCACCATCACTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACCATTTTTAGTTCATTTCCTCTTTATACTGCCAACCACCATCACTC  100

seq1  CAGATGTGGTAAAGGAAGTCTTGCTGGTACATCTAATTAGATAAAATCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGTGGTAAAGGAAGTCTTGCTGGTACATCTAATTAGATAAAATCTA  150

seq1  AGCCTGTAGTTTGTGCTAGCTACACTTTGTCATGGAGATAAACATCTTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGTAGTTTGTGCTAGCTACACTTTGTCATGGAGATAAACATCTTTG  200

seq1  TTCATCGGCTCTCTTATCTTCATATGGAGATTAATTTTAATTTCTCATGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATCGGCTCTCTTATCTTCATATGGAGATTAATTTTAATTTCTCATGA  250

seq1  ACCTAATTCCTAGAAGAAATTTGGAGGTTATGAAATGGATCTACCATTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAATTCCTAGAAGAAATTTGGAGGTTATGAAATGGATCTACCATTTC  300

seq1  CATAGTTAAATAATTTTGAGTTTAGTGAATATTAAATAGAAGCTTAGGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGTTAAATAATTTTGAGTTTAGTGAATATTAAATAGAAGCTTAGGAC  350

seq1  TAGGTAGTGAGAAAAAAAAAATCTGAATCTACCTGACTGACCTCCATTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTAGTGAGAAAAAAAAAATCTGAATCTACCTGACTGACCTCCATTGT  400

seq1  TGTGCAGGGGACGCATTGGTTCTCAGAATGATGTCCTCACCAAGCCACGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCAGGGGACGCATTGGTTCTCAGAATGATGTCCTCACCAAGCCACGA  450

seq1  AAAGTTGTGTCTGCCAGGAGAGCTGGTTCTCCCAACTACTCCTGGGTTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTGTGTCTGCCAGGAGAGCTGGTTCTCCCAACTACTCCTGGGTTCC  500

seq1  CTGGTCACTTGACTTTCATGGTTGTTGCTACCTTGAGAAACCTCTTAACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCACTTGACTTTCATGGTTGTTGCTACCTTGAGAAACCTCTTAACA  550

seq1  ACTTGAGTTCAACCCTTCATCTGCACACCATTGACATGTGACTAGATACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGAGTTCAACCCTTCATCTGCACACCATTGACATGTGACTAGATACA  600

seq1  ACATACTGCAGGGTTTAGAGTGCTATGCGAATGGCACTCTCTGCAATGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACTGCAGGGTTTAGAGTGCTATGCGAATGGCACTCTCTGCAATGCA  650

seq1  TGAGTCCCTTTACATATTATGTTTTCTTATAATGAAATATAGTAAATTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTCCCTTTACATATTATGTTTTCTTATAATGAAATATAGTAAATTTT  700

seq1  AATGTAATCTTGTATCAAATTTTAAGAATTTGGCGATGAGTTCCATAAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTAATCTTGTATCAAATTTTAAGAATTTGGCGATGAGTTCCATAAGG  750

seq1  AAATGAATATAGATCAATAATACTACTCAGCTTTAAGAATGAGGACATTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAATATAGATCAATAATACTACTCAGCTTTAAGAATGAGGACATTC  800

seq1  TGAGTTTTGCAGGCAAATGGATGGAACTGGAAAATATTATCCTGAATGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTTTGCAGGCAAATGGATGGAACTGGAAAATATTATCCTGAATGAG  850

seq1  GTAATAGACCCAAAAGGACATGCATGGTATGTATTCACTAATAAGTGGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATAGACCCAAAAGGACATGCATGGTATGTATTCACTAATAAGTGGAG  900

seq1  ATTAG-CCAAAAATAAAGTAAAGAATACCCAAGATAGAGTCCACAGAACT  949
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGCCCAAAAATAAAGTAAAGAATACCCAAGATAGAGTCCACAGAACT  950

seq1  CAACAAGCTAAAGGTCCCAAGAGAGGACACC-TTAGTCCCACTTGGAGGA  998
      ||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CAACAAGCT-AAGGTCCC-AGAGAGGACACCTTTAGTCCCACTTGGAGGA  998

seq1  AAGAAGAAAGCAATCACAAGGGGGAAGGGAGGGACCTGGGAAGGAAAGTG  1048
      ||||   |||| ||||| |||||||| ||||||||||||  |||||||||
seq2  AAGA--GAAGC-ATCAC-AGGGGGAA-GGAGGGACCTGG--AGGAAAGTG  1041

seq1  TA  1050
      ||
seq2  TA  1043


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |