BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-293I13
Chromosome8 (Build37)
Map Location 30,199,654 - 30,345,653
singlet/doubletdoublet
Overlap geneUnc5d
Upstream geneEG666422, LOC666430, EG666446, LOC100042598
Downstream geneLOC100041237, EG628189
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-293I13.bB6Ng01-293I13.g
ACCGA089890GA089891
length1,2041,074
definitionB6Ng01-293I13.b B6Ng01-293I13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(30,199,654 - 30,200,882)(30,344,569 - 30,345,653)
sequence
gaattctttgttcatttatggagtcaccatttgttccactaaacctaata
aaagcttcctataatattgactgcatgagaaaaccacaatatagcccttg
taccagcccctataattttataacagagaagcatgaatggctagcagtgg
gcatagtaatgcaaatagaagaacatttcatagaagagaaggtaagagag
agatgggcaagggtaatggtactatttcctcactatttccctaagtattg
tacacttagggctttgtacatcctaagcgaatattctaccataaactata
accgttgttctcttgtctgtctgggactctgtgtttgtgtatgtgtctgt
ctctgtctccctctgtctgtgtctttctgttctgtggggtgagtgaggat
agtagaaattctgcttatgtgtttgtgtacatgtgtatgtaccaggagac
aaccactgatgttattcttaagaaccatcctccttgttttattgaaacag
gggattgtcttagttacttttatactgctatgaagagtcactatgaccaa
gggagcttattaaacaaaaattcagttggggtcttgctaactatttctga
tggtgagcccatggccatcatggtagagagtatggcagcacccatgcaat
gccatggcacttagaaaagtagctgagaggctacactgtatctgaaagtt
ggaggcaggcaaagagggataaaatggtatgctccactagtatggtattg
ggttctaaaaccgcagaactgtcccaaatagttctgcccactatggaaca
accagcacaatatatgagcctctgggagctattctcattcactccaccac
agggactttcaatgaaactgagatttactgattctgggtggccaatgacc
ttacaagctctgccttgtctttgccaccacagagctggcagtacaagcaa
gcaccactaggcttgacatttacacattctggggaccaatccaaatctca
tgcatgtttggcaagcattcatccaactaagccactttagaagacctcct
tacatttttatattcaaattctcacacgttgctcaggcagccttgaaggg
tgatctatctgtaaagttctaaacactgaaatgactatggttaccctcag
agtctggttaatcctaaggtacgaatggcattagaacgtgataaacatgt
aaga

gaattcactcatacataaagcacttacagacaagacagacactaacagtc
tcattgtatcattttctctctgatagccttttcttattcaaattcatagt
tttgttctttccctggaatagagttcctcctttaaaatgcccaatatcct
ttgcttttaaaaacatatatttttgagtaaattcacaaatttcactgata
gcctactctgataagtaaagccctgggtgcatctccattggcttgctttt
attattgtagagcatgactttctgtttgttttcctgagtttcatgagttt
gagtaaaaatggatatttatgtaacagtaatgttatttctagattctgga
gtttccgccacatgttatgttttgctcaatgcctcgcctagaattatgct
atggcatctgtcctctacacagtacaggtgaggtctgctcacttcattca
tctggttccctggggtttgcctttggtctgcatttccattcattcctgtc
acgttttccacttaacagctgataaggctctggatttcactgttgggaca
aagctgtcaatatattcaatggttctcctgcagataaaattattatcctc
acaaataaagcgcacacgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgttgtgagagc
agtgtcaggcgaggacaaactttctagcgtttacccttacacacatctca
gtttttcttcatctgttatctctcctttcctgtttcagttccctgaaatg
actcattttatctaattttaagctttgctttttaaaggcaggactcacag
acacttagtgaccacataggcagaagtttgccttctgcagcaatgggaga
attctctgaaatactttttgcttcttacagcccaacaaggtaagttagat
aagacattcctggcacaggttgtagtctgtttatttcctaatgcacttta
gaaagtgttgcttggcagcatgttaactattttattctgagaacacgagt
gtgtggattgagtaagaaatcctggcctagtaatggttctagattctgag
atcaatgtaagcatagggatctcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_30199654_30200882
seq2: B6Ng01-293I13.b_45_1248

seq1  GAATTCTTTGTTCATTTATGGAGTCACCATTTGTTCCACTAAACCTAATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGTTCATTTATGGAGTCACCATTTGTTCCACTAAACCTAATA  50

seq1  AAAGCTTCCTATAATATTGACTGCATGAGAAAACCACAATATAGCCCTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTTCCTATAATATTGACTGCATGAGAAAACCACAATATAGCCCTTG  100

seq1  TACCAGCCCCTATAATTTTATAACAGAGAAGCATGAATGGCTAGCAGTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAGCCCCTATAATTTTATAACAGAGAAGCATGAATGGCTAGCAGTGG  150

seq1  GCATAGTAATGCAAATAGAAGAACATTTCATAGAAGAGAAGGTAAGAGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAGTAATGCAAATAGAAGAACATTTCATAGAAGAGAAGGTAAGAGAG  200

seq1  AGATGGGCAAGGGTAATGGTACTATTTCCTCACTATTTCCCTAAGTATTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGGCAAGGGTAATGGTACTATTTCCTCACTATTTCCCTAAGTATTG  250

seq1  TACACTTAGGGCTTTGTACATCCTAAGCGAATATTCTACCATAAACTATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTTAGGGCTTTGTACATCCTAAGCGAATATTCTACCATAAACTATA  300

seq1  ACCGTTGTTCTCTTGTCTGTCTGGGACTCTGTGTTTGTGTATGTGTCTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGTTGTTCTCTTGTCTGTCTGGGACTCTGTGTTTGTGTATGTGTCTGT  350

seq1  CTCTGTCTCCCTCTGTCTGTGTCTTTCTGTTCTGTGGGGTGAGTGAGGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTCTCCCTCTGTCTGTGTCTTTCTGTTCTGTGGGGTGAGTGAGGAT  400

seq1  AGTAGAAATTCTGCTTATGTGTTTGTGTACATGTGTATGTACCAGGAGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGAAATTCTGCTTATGTGTTTGTGTACATGTGTATGTACCAGGAGAC  450

seq1  AACCACTGATGTTATTCTTAAGAACCATCCTCCTTGTTTTATTGAAACAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCACTGATGTTATTCTTAAGAACCATCCTCCTTGTTTTATTGAAACAG  500

seq1  GGGATTGTCTTAGTTACTTTTATACTGCTATGAAGAGTCACTATGACCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATTGTCTTAGTTACTTTTATACTGCTATGAAGAGTCACTATGACCAA  550

seq1  GGGAGCTTATTAAACAAAAATTCAGTTGGGGTCTTGCTAACTATTTCTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGCTTATTAAACAAAAATTCAGTTGGGGTCTTGCTAACTATTTCTGA  600

seq1  TGGTGAGCCCATGGCCATCATGGTAGAGAGTATGGCAGCACCCATGCAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGAGCCCATGGCCATCATGGTAGAGAGTATGGCAGCACCCATGCAAT  650

seq1  GCCATGGCACTTAGAAAAGTAGCTGAGAGGCTACACTGTATCTGAAAGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGGCACTTAGAAAAGTAGCTGAGAGGCTACACTGTATCTGAAAGTT  700

seq1  GGAGGCAGGCAAAGAGGGATAAAATGGTATGCTCCACTAGTATGGTATTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGCAGGCAAAGAGGGATAAAATGGTATGCTCCACTAGTATGGTATTG  750

seq1  GGTTCTAAAACCGCAGAACTGTCCCAAATAGTTCTGCCCACTATGGAACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTAAAACCGCAGAACTGTCCCAAATAGTTCTGCCCACTATGGAACA  800

seq1  ACCAGCACAATATATGAGCCTCTGGGAGCTATTCTCATTCACTCCACCAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGCACAATATATGAGCCTCTGGGAGCTATTCTCATTCACTCCACCAC  850

seq1  AGGGACTTTCAAATGAAACTGAGATTTACTGATTCTGGGTGGCCAATGAC  900
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGACTTTC-AATGAAACTGAGATTTACTGATTCTGGGTGGCCAATGAC  899

seq1  CTTACAAGCTCTGCC-TGTCTTTGCCACCACAGAGCTGGCAGTACAAGCA  949
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACAAGCTCTGCCTTGTCTTTGCCACCACAGAGCTGGCAGTACAAGCA  949

seq1  AGCACCACTAGGCTTGACATTTTACACAATTTCTGGGGACCAAATCCAAA  999
      ||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| ||||||||
seq2  AGCACCACTAGGCTTGACA-TTTACACA--TTCTGGGGACC-AATCCAAA  995

seq1  TCTCCATGCATGTTTGGCAAGCATTCATCCAACTAAGCCACTTTAGAAGA  1049
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TCT-CATGCATGTTTGGCAAGCATTCATCCAACTAAGCCACTTTAGAAG-  1043

seq1  ACCTCCTTTTACATTTTTA-ATATCAATTCTCAACACGTTGCCCAAGCAG  1098
      ||||||  ||||||||||| ||   ||||||| ||||||||| || ||||
seq2  ACCTCC--TTACATTTTTATATTCAAATTCTC-ACACGTTGCTCAGGCAG  1090

seq1  CCTTTGAAGGTGATCTATCTGTTAGAGTTTTCTAAACAGCTGAAATGACT  1148
      ||||  | ||||||||||||| || ||  ||||||||| |||||||||||
seq2  CCTTGAAGGGTGATCTATCTG-TAAAG--TTCTAAACA-CTGAAATGACT  1136

seq1  ATGTTTACACCTCAAGAATTCTTGGTATAAAATTTCTTAAGGTACAGGAT  1198
      ||| |||| |||| ||| |   |||| |||    || ||||||||  || 
seq2  ATGGTTAC-CCTC-AGAGT--CTGGT-TAA----TCCTAAGGTAC--GAA  1175

seq1  AGGCATTAGACTGTGATTTAAACATGTAAGA  1229
       |||||||||  ||||  |||||||||||||
seq2  TGGCATTAGAACGTGA--TAAACATGTAAGA  1204


seq1: chr8_30344569_30345653
seq2: B6Ng01-293I13.g_66_1139 (reverse)

seq1  GGAGATCCCCTATGCTTTACAATGATCTCAGAATTCTAGACACATTTACT  50
      |||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||| ||  |||||
seq2  GGAGAT-CCCTATGC-TTACATTGATCTCAGAA-TCTAGA-ACCATTACT  46

seq1  ACG-CAGGATTTCTTACTCAAACCACCACACTCGTGTTCTTCAGAATAAA  99
      | | ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||
seq2  AGGCCAGGATTTCTTACTCAATCCA-CACACTCGTGTTC-TCAGAATAAA  94

seq1  ATAGTTAACATGGCTGCCCAAAGCAACACTTTCTAAAAGTGCAATTAGGA  149
      ||||||||||| ||||||  |||||||||||||| ||||||| |||||||
seq2  ATAGTTAACAT-GCTGCC--AAGCAACACTTTCT-AAAGTGC-ATTAGGA  139

seq1  AATAAAACAGACTACAACCTGTGCCAGGAATGTCTTATCTAACTTACCTT  199
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAT-AAACAGACTACAACCTGTGCCAGGAATGTCTTATCTAACTTACCTT  188

seq1  GTTGGGCTGTAAGAAGCAAAAAGTATTTCAGAGAATTCTCCCATTGCTGC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGGCTGTAAGAAGCAAAAAGTATTTCAGAGAATTCTCCCATTGCTGC  238

seq1  AGAAGGCAAACTTCTGCCTATGTGGTCACTAAGTGTCTGTGAGTCCTGCC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGCAAACTTCTGCCTATGTGGTCACTAAGTGTCTGTGAGTCCTGCC  288

seq1  TTTAAAAAGCAAAGCTTAAAATTAGATAAAATGAGTCATTTCAGGGAACT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAAGCAAAGCTTAAAATTAGATAAAATGAGTCATTTCAGGGAACT  338

seq1  GAAACAGGAAAGGAGAGATAACAGATGAAGAAAAACTGAGATGTGTGTAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACAGGAAAGGAGAGATAACAGATGAAGAAAAACTGAGATGTGTGTAA  388

seq1  GGGTAAACGCTAGAAAGTTTGTCCTCGCCTGACACTGCTCTCACAACACA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAAACGCTAGAAAGTTTGTCCTCGCCTGACACTGCTCTCACAACACA  438

seq1  CACACACACACACACACACGTGTGCGCTTTATTTGTGAGGATAATAATTT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACGTGTGCGCTTTATTTGTGAGGATAATAATTT  488

seq1  TATCTGCAGGAGAACCATTGAATATATTGACAGCTTTGTCCCAACAGTGA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTGCAGGAGAACCATTGAATATATTGACAGCTTTGTCCCAACAGTGA  538

seq1  AATCCAGAGCCTTATCAGCTGTTAAGTGGAAAACGTGACAGGAATGAATG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCAGAGCCTTATCAGCTGTTAAGTGGAAAACGTGACAGGAATGAATG  588

seq1  GAAATGCAGACCAAAGGCAAACCCCAGGGAACCAGATGAATGAAGTGAGC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGCAGACCAAAGGCAAACCCCAGGGAACCAGATGAATGAAGTGAGC  638

seq1  AGACCTCACCTGTACTGTGTAGAGGACAGATGCCATAGCATAATTCTAGG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCTCACCTGTACTGTGTAGAGGACAGATGCCATAGCATAATTCTAGG  688

seq1  CGAGGCATTGAGCAAAACATAACATGTGGCGGAAACTCCAGAATCTAGAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGGCATTGAGCAAAACATAACATGTGGCGGAAACTCCAGAATCTAGAA  738

seq1  ATAACATTACTGTTACATAAATATCCATTTTTACTCAAACTCATGAAACT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACATTACTGTTACATAAATATCCATTTTTACTCAAACTCATGAAACT  788

seq1  CAGGAAAACAAACAGAAAGTCATGCTCTACAATAATAAAAGCAAGCCAAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAAACAAACAGAAAGTCATGCTCTACAATAATAAAAGCAAGCCAAT  838

seq1  GGAGATGCACCCAGGGCTTTACTTATCAGAGTAGGCTATCAGTGAAATTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATGCACCCAGGGCTTTACTTATCAGAGTAGGCTATCAGTGAAATTT  888

seq1  GTGAATTTACTCAAAAATATATGTTTTTAAAAGCAAAGGATATTGGGCAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAATTTACTCAAAAATATATGTTTTTAAAAGCAAAGGATATTGGGCAT  938

seq1  TTTAAAGGAGGAACTCTATTCCAGGGAAAGAACAAAACTATGAATTTGAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAGGAGGAACTCTATTCCAGGGAAAGAACAAAACTATGAATTTGAA  988

seq1  TAAGAAAAGGCTATCAGAGAGAAAATGATACAATGAGACTGTTAGTGTCT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAAAAGGCTATCAGAGAGAAAATGATACAATGAGACTGTTAGTGTCT  1038

seq1  GTCTTGTCTGTAAGTGCTTTATGTATGAGTGAATTC  1085
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGTCTGTAAGTGCTTTATGTATGAGTGAATTC  1074


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |