BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-295O18
Chromosome8 (Build37)
Map Location 18,256,606 - 18,398,187
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040466
Upstream geneCsmd1, LOC665638
Downstream geneMcph1, Angpt2, Agpat5, LOC100040486, Xkr5, Defb40, Defb37, Defb38, Defb39, Defb12, Defb34, EG546038, Spag11, Defb14, Defb4, EG654452, Defb6, EG574081, Defb5, Defb3, Defb54-ps, LOC100040504
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-295O18.bB6Ng01-295O18.g
ACCGA091668GA091669
length1,1481,110
definitionB6Ng01-295O18.b B6Ng01-295O18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,397,043 - 18,398,187)(18,256,606 - 18,257,721)
sequence
gaattcatcctccatttctactgtgtgccctaacatgacctccagtggtg
cccactgttctctctttagacagccttgatgggtgttgccaagatatatc
caaatatatctcagcagatcaatggatcatattcatttctgaagccagaa
gaagactaccaaatgaattcaccactaaggaaaatacagggatttcataa
gttatgtggttcttcagagaaacatggatacatgtgaaagcatcacgtgc
cagccatatcctattgtgagggatttgaaatttcttctttctaatgctca
agtcaccacttatttttgttagtgggtgaagtactaaaaggttagctaac
agttcttggggagaacaaagaaaagccacagccatcaacagcagggagca
gggtggaaacaggctatgatggagccaagttacatcaggccagaggaagc
cagcatgagttagagggcagactcttgacttgttttcctttctagttcct
gtagaaaacactctgtgaaaacaacataggagctaagggttgattttggc
tcacagtttcatgctacagtccaccatagtgaggtcatcacatttataat
cacagacagagatcaatgccatgtgtaccctcagatcatcttctcctctt
tggtgcagtccaagtgatgtccacttttaggttgggtctttctacatcaa
ttgaagcaaccaagacactccgctatagacatggccacaggccaatctga
tcaagacaatccttcattgagactctattcctaggtaattcaagatcatg
ttgagttgacagttcaaactcaacatcacaactgcagaggagatggcaat
tggatacataggtagagcatttccaggtggagctaggggtgagaacttca
tgggatctggctctaagataatgagccacgtttacaagattcaagcccag
cagtgagggggtttccaaagctggaactcagaagctgatagatgagcttg
tgtacaagtatccctgttatgtctctcataagccaggttgatgtgaccac
tcactcagttctgtattaggtgaaggaaaagatagtgaatggattcctag
ggagaactttggaagattcgttagcagaattatgcacacattgcaagt
gaattccttcatattgaagataaaaatggatgtggcagtgccagggctca
gaacagttttaaaactagagctatagaagcagtttagagagacaaaggtg
aaaagggagattcaggaatgtaaaaacccacatgaggaggacctctgtcc
atttccagggcatgtcatgtccatcctctgatcataaaccactgtcggct
gccaatgccagcactcactaacttattgtttagggcctcattctcctgat
catgaatttttacgagccaagggacactgcttttgaggtactcaggaatc
atgtgatagtaagggacactctgctccatcccacattctgtttccttctt
ctgtgctatcctggcacagagccatctcctagagaacagcctgatccccc
gtcatctatgcagtgagcatcctccaactttgatagagcagacagcagca
agagtccactcctcccaggtgaagaaggcattccaaggcagggccagaca
ctatccggaaggaaaaagcaacccctagggtgtataactgtctgtcatag
cagcctaccctcctcgtgctgtcagaaggctcgtgcattggggaaaggtg
ggaaaagatgaagaaactcctacattaaaacacaggaatgattcaggttc
atgttctctgaactgcccactcccactaagagacagagtgtctgtcaagt
gatgattcaggttgcagggccaaaggacactgtcaatgcccacgttatta
aggggagagtaacaggccaatgatgatgttagcaagatgggaagctgtgt
gctctacactaatgctacgataggaagacttaccaagtagtatcggtttg
gctgcaatgaggtgacaaacacccctaaagctaagtggtttcaaagacaa
agttcttctccctcagaatgtgtagttatcttgggtctgtgaggactccc
acttcagttctttgctacagtggactacatcagaagacccttggtatcaa
ctagaatgtgttctatcccagtctatggaagaaaggacggcacggtagaa
tgcgaaagcacagttgtgctactgaaatctctggaaccgttgagtaacct
ctgccatcgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_18397043_18398187
seq2: B6Ng01-295O18.b_47_1194 (reverse)

seq1  ACTTGC-ATGTGTGCATAA-TCTGCT-ACGAATCTT-CAAAG-TCTCCCT  45
      |||||| |||||||||||| |||||| ||||||||| ||||| |||||||
seq2  ACTTGCAATGTGTGCATAATTCTGCTAACGAATCTTCCAAAGTTCTCCCT  50

seq1  A-GAATCCA-TCACTATCCTTTTCCTTCACCTAAATACAGAACTGAGTGA  93
      | ||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AGGAATCCATTCACTAT-CTTTTCCTTCACCT-AATACAGAACTGAGTGA  98

seq1  GTGGTCACATCAACCTGGCTTATGAGGAGACATAACAGGGATACTTGTAC  143
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTCACATCAACCTGGCTTATGA-GAGACATAACAGGGATACTTGTAC  147

seq1  ACAAGCTCATCTATCAGCTTCCTGAGTTCCAGCTTTGGAAACCCCCTCAC  193
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGCTCATCTATCAGCTT-CTGAGTTCCAGCTTTGGAAACCCCCTCAC  196

seq1  TGCTGGGCTTGAATCTTGTAAACGTGGCTCATTATCTTAGAGCCAGATCC  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGGCTTGAATCTTGTAAACGTGGCTCATTATCTTAGAGCCAGATCC  246

seq1  CATGAAGTTCTCACCCCTAGCTCCACCTGGAAATGCTCTACCTATGTATC  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAAGTTCTCACCCCTAGCTCCACCTGGAAATGCTCTACCTATGTATC  296

seq1  CAATTGCCATCTCCTCTGCAGTTGTGATGTTGAGTTTGAACTGTCAACTC  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTGCCATCTCCTCTGCAGTTGTGATGTTGAGTTTGAACTGTCAACTC  346

seq1  AACATGATCTTGAATTACCTAGGAATAGAGTCTCAATGAAGGATTGTCTT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGATCTTGAATTACCTAGGAATAGAGTCTCAATGAAGGATTGTCTT  396

seq1  GATCAGATTGGCCTGTGGCCATGTCTATAGCGGAGTGTCTTGGTTGCTTC  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAGATTGGCCTGTGGCCATGTCTATAGCGGAGTGTCTTGGTTGCTTC  446

seq1  AATTGATGTAGAAAGACCCAACCTAAAAGTGGACATCACTTGGACTGCAC  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGATGTAGAAAGACCCAACCTAAAAGTGGACATCACTTGGACTGCAC  496

seq1  CAAAGAGGAGAAGATGATCTGAGGGTACACATGGCATTGATCTCTGTCTG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAGGAGAAGATGATCTGAGGGTACACATGGCATTGATCTCTGTCTG  546

seq1  TGATTATAAATGTGATGACCTCACTATGGTGGACTGTAGCATGAAACTGT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTATAAATGTGATGACCTCACTATGGTGGACTGTAGCATGAAACTGT  596

seq1  GAGCCAAAATCAACCCTTAGCTCCTATGTTGTTTTCACAGAGTGTTTTCT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCAAAATCAACCCTTAGCTCCTATGTTGTTTTCACAGAGTGTTTTCT  646

seq1  ACAGGAACTAGAAAGGAAAACAAGTCAAGAGTCTGCCCTCTAACTCATGC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAACTAGAAAGGAAAACAAGTCAAGAGTCTGCCCTCTAACTCATGC  696

seq1  TGGCTTCCTCTGGCCTGATGTAACTTGGCTCCATCATAGCCTGTTTCCAC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTCCTCTGGCCTGATGTAACTTGGCTCCATCATAGCCTGTTTCCAC  746

seq1  CCTGCTCCCTGCTGTTGATGGCTGTGGCTTTTCTTTGTTCTCCCCAAGAA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTCCCTGCTGTTGATGGCTGTGGCTTTTCTTTGTTCTCCCCAAGAA  796

seq1  CTGTTAGCTAACCTTTTAGTACTTCACCCACTAACAAAAATAAGTGGTGA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTAGCTAACCTTTTAGTACTTCACCCACTAACAAAAATAAGTGGTGA  846

seq1  CTTGAGCATTAGAAAGAAGAAATTTCAAATCCCTCACAATAGGATATGGC  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGCATTAGAAAGAAGAAATTTCAAATCCCTCACAATAGGATATGGC  896

seq1  TGGCACGTGATGCTTTCACATGTATCCATGTTTCTCTGAAGAACCACATA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCACGTGATGCTTTCACATGTATCCATGTTTCTCTGAAGAACCACATA  946

seq1  ACTTATGAAATCCCTGTATTTTCCTTAGTGGTGAATTCATTTGGTAGTCT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTATGAAATCCCTGTATTTTCCTTAGTGGTGAATTCATTTGGTAGTCT  996

seq1  TCTTCTGGCTTCAGAAATGAATATGATCCATTGATCTGCTGAGATATATT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTGGCTTCAGAAATGAATATGATCCATTGATCTGCTGAGATATATT  1046

seq1  TGGATATATCTTGGCAACACCCATCAAGGCTGTCTAAAGAGAGAACAGTG  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATATATCTTGGCAACACCCATCAAGGCTGTCTAAAGAGAGAACAGTG  1096

seq1  GGCACCACTGGAGGTCATGTTAGGGCACACAGTAGAAATGGAGGATGAAT  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACCACTGGAGGTCATGTTAGGGCACACAGTAGAAATGGAGGATGAAT  1146

seq1  TC  1145
      ||
seq2  TC  1148

seq1: chr8_18256606_18257721
seq2: B6Ng01-295O18.g_67_1176

seq1  GAATTCCTTCATATTGAAGATAAAAATGGATGTGGCAGTGCCAGGGCTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTCATATTGAAGATAAAAATGGATGTGGCAGTGCCAGGGCTCA  50

seq1  GAACAGTTTTAAAACTAGAGCTATAGAAGCAGTTTAGAGAGACAAAGGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAGTTTTAAAACTAGAGCTATAGAAGCAGTTTAGAGAGACAAAGGTG  100

seq1  AAAAGGGAGATTCAGGAATGTAAAAACCCACATGAGGAGGACCTCTGTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGGAGATTCAGGAATGTAAAAACCCACATGAGGAGGACCTCTGTCC  150

seq1  ATTTCCAGGGCATGTCATGTCCATCCTCTGATCATAAACCACTGTCGGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCAGGGCATGTCATGTCCATCCTCTGATCATAAACCACTGTCGGCT  200

seq1  GCCAATGCCAGCACTCACTAACTTATTGTTTAGGGCCTCATTCTCCTGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAATGCCAGCACTCACTAACTTATTGTTTAGGGCCTCATTCTCCTGAT  250

seq1  CATGAATTTTTACGAGCCAAGGGACACTGCTTTTGAGGTACTCAGGAATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAATTTTTACGAGCCAAGGGACACTGCTTTTGAGGTACTCAGGAATC  300

seq1  ATGTGATAGTAAGGGACACTCTGCTCCATCCCACATTCTGTTTCCTTCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGATAGTAAGGGACACTCTGCTCCATCCCACATTCTGTTTCCTTCTT  350

seq1  CTGTGCTATCCTGGCACAGAGCCATCTCCTAGAGAACAGCCTGATCCCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCTATCCTGGCACAGAGCCATCTCCTAGAGAACAGCCTGATCCCCC  400

seq1  GTCATCTATGCAGTGAGCATCCTCCAACTTTGATAGAGCAGACAGCAGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATCTATGCAGTGAGCATCCTCCAACTTTGATAGAGCAGACAGCAGCA  450

seq1  AGAGTCCACTCCTCCCAGGTGAAGAAGGCATTCCAAGGCAGGGCCAGACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCCACTCCTCCCAGGTGAAGAAGGCATTCCAAGGCAGGGCCAGACA  500

seq1  CTATCCGGAAGGAAAAAGCAACCCCTAGGGTGTATAACTGTCTGTCATAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCCGGAAGGAAAAAGCAACCCCTAGGGTGTATAACTGTCTGTCATAG  550

seq1  CAGCCTACCCTCCTCGTGCTGTCAGAAGGCTCGTGCATTGGGGAAAGGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTACCCTCCTCGTGCTGTCAGAAGGCTCGTGCATTGGGGAAAGGTG  600

seq1  GGAAAAGATGAAGAAACTCCTACATTAAAACACAGGAATGATTCAGGTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAAGATGAAGAAACTCCTACATTAAAACACAGGAATGATTCAGGTTC  650

seq1  ATGTTCTCTGAACTGCCCACTCCCACTAAGAGACAGAGTGTCTGTCAAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCTCTGAACTGCCCACTCCCACTAAGAGACAGAGTGTCTGTCAAGT  700

seq1  GATGATTCAGGTTGCAGGGCCAAAGGACACTGTCAATGCCCACGTTATTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGATTCAGGTTGCAGGGCCAAAGGACACTGTCAATGCCCACGTTATTA  750

seq1  AGGGGAGAGTAACAGGCCAATGATGATGTTAGCAAGATGGGAAGCTGTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGAGAGTAACAGGCCAATGATGATGTTAGCAAGATGGGAAGCTGTGT  800

seq1  GCTCTACACTAATGCTACGATAGGAAGACTTACCAAGTAGTATCGGTTTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTACACTAATGCTACGATAGGAAGACTTACCAAGTAGTATCGGTTTG  850

seq1  GCTGCAATGAGGTGACAAACACCCCTAAAGCTAAGTGGTTTCAAAGACAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCAATGAGGTGACAAACACCCCTAAAGCTAAGTGGTTTCAAAGACAA  900

seq1  AGTTCTTCTCCCTCAGAATGTGTAGTTATCTTGGGTCTGTTGAGGACTCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AGTTCTTCTCCCTCAGAATGTGTAGTTATCTTGGGTCTG-TGAGGACTCC  949

seq1  CACTTCAGTTCTTTGCTACAGTGGGAACTACATCAGAAGACCCTTGGAAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||
seq2  CACTTCAGTTCTTTGCTACAGTGG--ACTACATCAGAAGACCCTTGGTAT  997

seq1  CAACTAGAATGTGTTCTATCCCAGTCTATGAGAGAAAGGAAGGCAC-GTA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||| |||
seq2  CAACTAGAATGTGTTCTATCCCAGTCTATGGAAGAAAGGACGGCACGGTA  1047

seq1  GAA-GCGAAAGCACCAGTTGTGCTACTGAAAATCTCTGGGAAACCCTTGA  1098
      ||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||  |||| ||||
seq2  GAATGCGAAAGCA-CAGTTGTGCTACTG-AAATCTCTGG--AACCGTTGA  1093

seq1  GTACACCTCTTCCATCGT  1116
      ||| |||||| |||||||
seq2  GTA-ACCTCTGCCATCGT  1110