BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-296K17
Chromosome8 (Build37)
Map Location 115,719,021 - 115,887,996
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100042040, Cntnap4, LOC100042061
Downstream geneMon1b, 4930481F22Rik, Adamts18, Nudt7, AI427515
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-296K17.bB6Ng01-296K17.g
ACCGA092219GA092220
length1,1231,089
definitionB6Ng01-296K17.b B6Ng01-296K17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(115,886,877 - 115,887,996)(115,719,021 - 115,720,116)
sequence
gaattcagttgtttgagagcatgtgtttgagatctgtgtatatcaagaca
gagtcactttattgtgttttctttgtttttatgatttatttatttattta
tttatttatttttatgagtacattgtagctgccttcaggcataccagaag
agggcatctgaccctattatagatggttgtgagccaccatgtggttgcta
ggaattgaactcaggacctttggaagaatagtcagtgctcttaaccactg
agccatctctccagtcccctattgtgtttccttgaaatgtggtattttgt
ttcctaaatttgtcaagactcacctccccattttctcttgatggacattt
agtttgttttcaatagaaataagggataaaatattcaatatcatatacct
gtatgcattttgatctttgtcagacatggctaccacactatctggaatgt
ttgtatcagatgacctcagagaacagggtcaagcctcagagacacattgg
gaaaaccctgcggtgtttccttatttttaatgttactggtcacaggtcag
tacctttttctagcctgctttgctttcgtgtttctgtgaaatgtatattc
tctgcttatttgtaaatattagtgtggaatcaccatgactatggccaaag
cactcgtgaacaacccaaagtaaaggtgtgaaaaatttattttcccatta
tgtcagaatagaggagccagcttgctctggtgaggagggtgcagcagtgg
taggaaaaacagagaatagtagttcacagcatggttgcaaggagagagag
agagagagagagagagacagacagacagacagagacagacagactgcacc
agtgcatcagactaccttcatcaagggtgcccctcctaaaggtttcaaga
cctcttccaagcatcactaagaatttaggagaccaagtgttcgaatactt
gagcctattacatacatgccgcaggcgacctttttcctccagcctgaccc
cagccttaccttaccatctctgatactggtcatcatgtggatgaactcat
ctacacataatcttatccatttggatcaggagtctcgagccactaaggta
ctggaaattccctaaccaacaca

gaattctgctggcctcagcattagctatgtaaacagaacatgctgcctaa
ttgctgtagtttaagtttttgtcgtgtgtgaaatggaaatgacattggtc
tcactagatccttatgaagattaaatgcgttcttagatttaaaacgtgtt
taaatgccttgcacagtaccagcttcccatcagggactccttttcctttc
catcacctttagacattctttgggagaagataacaagtattaggtatata
ttttaaaccctagaaaagaaacaaatgaagccaaaaaaatcagtgaggtc
caccagagctagaggaatcagggatattgtgttaatgtaactgtgcataa
taaagcacacatttgttctgtggagaaaatgactagattctccttccatg
gcaggggaaaaggcacgggtatagataattctgtccaaacccagcagtgt
atgtctaggcactgtgaagatttaaagctgtcatcccaaggagacttgaa
gaaaatatagccttaccaagattcaaagggcacatatcctggtgagactc
tgtcatctgactgcttgagtttcttttgatgtccagtaatgtttttgctg
tctaagagaagagtatggaaatagcttttgtccttgatttttggttttgg
ttttggttttgtgtgctatgcaggccttgcatgtggggtcttgaactttc
taaatgaggatcctctcaccaaacttcaccctgtgttctcccttctgatc
attgcagtaagctcaacagacaggcacatggcttattacagatctatagc
cacaatttaaacatcataaaacaatgtctcctaaaatcatttgctaagca
taaaactattacaaataaatacagtttaagcacttttaatttttttttaa
aatcaccaccattgtaaatgacacttttaaaacacaaaggacaatctggg
atcaggaaggggtttatggacacctatctcaccttactgaattatgacca
ttgatagtggagttctaatgaagcatagtcatcgcttcatttgtatagca
ccagctcatggaaaatttcaacttatacccacacagatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_115886877_115887996
seq2: B6Ng01-296K17.b_47_1169 (reverse)

seq1  TGTGTTGGTAAGGGGATTTCCAGTA-CTTAGT-GCTCGAGGACT-CTGAT  47
      ||||||||| |||| |||||||||| |||||| |||||| |||| |||||
seq2  TGTGTTGGTTAGGGAATTTCCAGTACCTTAGTGGCTCGA-GACTCCTGAT  49

seq1  CCAAATGGAT-AGATTAATGTGTAGATGAGTTCAT-CACATGATGA-CAG  94
      |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||
seq2  CCAAATGGATAAGATT-ATGTGTAGATGAGTTCATCCACATGATGACCAG  98

seq1  TATCAGGAGATGGTAAAGGTAAGGCTGGGGTCAGGCTGGAGGAAAAAGGT  144
      ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCA-GAGATGGT-AAGGTAAGGCTGGGGTCAGGCTGGAGGAAAAAGGT  146

seq1  CGCCTGCGGCATGTATGTAATAGGCTCAAGTATTCGAACACTTGGTCTCC  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCCTGCGGCATGTATGTAATAGGCTCAAGTATTCGAACACTTGGTCTCC  196

seq1  TAAATTCTTAGTGATGCTTGGAAGAGGTCTTGAAACCTTTAGGAGGGGCA  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTCTTAGTGATGCTTGGAAGAGGTCTTGAAACCTTTAGGAGGGGCA  246

seq1  CCCTTGATGAAGGTAGTCTGATGCACTGGTGCAGTCTGTCTGTCTCTGTC  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTGATGAAGGTAGTCTGATGCACTGGTGCAGTCTGTCTGTCTCTGTC  296

seq1  TGTCTGTCTGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCTTGCAACCATGCT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGTCTGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCTTGCAACCATGCT  346

seq1  GTGAACTACTATTCTCTG-TTTTCCTACCACTGCTGCACCCTCCTCACCA  393
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAACTACTATTCTCTGTTTTTCCTACCACTGCTGCACCCTCCTCACCA  396

seq1  GAGCAAGCTGGCTCCTCTATTCTGACATAATGGGAAAATAAATTTTTCAC  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAAGCTGGCTCCTCTATTCTGACATAATGGGAAAATAAATTTTTCAC  446

seq1  ACCTTTACTTTGGGTTGTTCACGAGTGCTTTGGCCATAGTCATGGTGATT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTACTTTGGGTTGTTCACGAGTGCTTTGGCCATAGTCATGGTGATT  496

seq1  CCACACTAATATTTACAAATAAGCAGAGAATATACATTTCACAGAAACAC  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACTAATATTTACAAATAAGCAGAGAATATACATTTCACAGAAACAC  546

seq1  GAAAGCAAAGCAGGCTAGAAAAAGGTACTGACCTGTGACCAGTAACATTA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCAAAGCAGGCTAGAAAAAGGTACTGACCTGTGACCAGTAACATTA  596

seq1  AAAATAAGGAAACACCGCAGGGTTTTCCCAATGTGTCTCTGAGGCTTGAC  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAAGGAAACACCGCAGGGTTTTCCCAATGTGTCTCTGAGGCTTGAC  646

seq1  CCTGTTCTCTGAGGTCATCTGATACAAACATTCCAGATAGTGTGGTAGCC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTCTCTGAGGTCATCTGATACAAACATTCCAGATAGTGTGGTAGCC  696

seq1  ATGTCTGACAAAGATCAAAATGCATACAGGTATATGATATTGAATATTTT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTGACAAAGATCAAAATGCATACAGGTATATGATATTGAATATTTT  746

seq1  ATCCCTTATTTCTATTGAAAACAAACTAAATGTCCATCAAGAGAAAATGG  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTTATTTCTATTGAAAACAAACTAAATGTCCATCAAGAGAAAATGG  796

seq1  GGAGGTGAGTCTTGACAAATTTAGGAAACAAAATACCACATTTCAAGGAA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGTGAGTCTTGACAAATTTAGGAAACAAAATACCACATTTCAAGGAA  846

seq1  ACACAATAGGGGACTGGAGAGATGGCTCAGTGGTTAAGAGCACTGACTAT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAATAGGGGACTGGAGAGATGGCTCAGTGGTTAAGAGCACTGACTAT  896

seq1  TCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAATTCCTAGCAACCACATGGTGGCTCACA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAATTCCTAGCAACCACATGGTGGCTCACA  946

seq1  ACCATCTATAATAGGGTCAGATGCCCTCTTCTGGTATGCCTGAAGGCAGC  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATCTATAATAGGGTCAGATGCCCTCTTCTGGTATGCCTGAAGGCAGC  996

seq1  TACAATGTACTCATAAAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATCATAAA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATGTACTCATAAAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATCATAAA  1046

seq1  AACAAAGAAAACACAATAAAGTGACTCTGTCTTGATATACACAGATCTCA  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAGAAAACACAATAAAGTGACTCTGTCTTGATATACACAGATCTCA  1096

seq1  AACACATGCTCTCAAACAACTGAATTC  1120
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACATGCTCTCAAACAACTGAATTC  1123


seq1: chr8_115719021_115720116
seq2: B6Ng01-296K17.g_68_1156

seq1  GAATTCTGCTGGCCTCAGCATTAGCTATGTAAACAGAACATGCTGCCTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGCTGGCCTCAGCATTAGCTATGTAAACAGAACATGCTGCCTAA  50

seq1  TTGCTGTAGTTTAAGTTTTTGTCGTGTGTGAAATGGAAATGACATTGGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGTAGTTTAAGTTTTTGTCGTGTGTGAAATGGAAATGACATTGGTC  100

seq1  TCACTAGATCCTTATGAAGATTAAATGCGTTCTTAGATTTAAAACGTGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTAGATCCTTATGAAGATTAAATGCGTTCTTAGATTTAAAACGTGTT  150

seq1  TAAATGCCTTGCACAGTACCAGCTTCCCATCAGGGACTCCTTTTCCTTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGCCTTGCACAGTACCAGCTTCCCATCAGGGACTCCTTTTCCTTTC  200

seq1  CATCACCTTTAGACATTCTTTGGGAGAAGATAACAAGTATTAGGTATATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCACCTTTAGACATTCTTTGGGAGAAGATAACAAGTATTAGGTATATA  250

seq1  TTTTAAACCCTAGAAAAGAAACAAATGAAGCCAAAAAAATCAGTGAGGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAACCCTAGAAAAGAAACAAATGAAGCCAAAAAAATCAGTGAGGTC  300

seq1  CACCAGAGCTAGAGGAATCAGGGATATTGTGTTAATGTAACTGTGCATAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGAGCTAGAGGAATCAGGGATATTGTGTTAATGTAACTGTGCATAA  350

seq1  TAAAGCACACATTTGTTCTGTGGAGAAAATGACTAGATTCTCCTTCCATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGCACACATTTGTTCTGTGGAGAAAATGACTAGATTCTCCTTCCATG  400

seq1  GCAGGGGAAAAGGCACGGGTATAGATAATTCTGTCCAAACCCAGCAGTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGGGAAAAGGCACGGGTATAGATAATTCTGTCCAAACCCAGCAGTGT  450

seq1  ATGTCTAGGCACTGTGAAGATTTAAAGCTGTCATCCCAAGGAGACTTGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTAGGCACTGTGAAGATTTAAAGCTGTCATCCCAAGGAGACTTGAA  500

seq1  GAAAATATAGCCTTACCAAGATTCAAAGGGCACATATCCTGGTGAGACTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATATAGCCTTACCAAGATTCAAAGGGCACATATCCTGGTGAGACTC  550

seq1  TGTCATCTGACTGCTTGAGTTTCTTTTGATGTCCAGTAATGTTTTTGCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATCTGACTGCTTGAGTTTCTTTTGATGTCCAGTAATGTTTTTGCTG  600

seq1  TCTAAGAGAAGAGTATGGAAATAGCTTTTGTCCTTGATTTTTGGTTTTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGAGAAGAGTATGGAAATAGCTTTTGTCCTTGATTTTTGGTTTTGG  650

seq1  TTTTGGTTTTGTGTGCTATGCAGGCCTTGCATGTGGGGTCTTGAACTTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGTTTTGTGTGCTATGCAGGCCTTGCATGTGGGGTCTTGAACTTTC  700

seq1  TAAATGAGGATCCTCTCACCAAACTTCACCCTGTGTTCTCCCTTCTGATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGAGGATCCTCTCACCAAACTTCACCCTGTGTTCTCCCTTCTGATC  750

seq1  ATTGCAGTAAGCTCAACAGACAGGCACATGGCTTATTACAGATCTATAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCAGTAAGCTCAACAGACAGGCACATGGCTTATTACAGATCTATAGC  800

seq1  CACAATTTAAACATCATAAAACAATGTCTCCTAAAATCATTTGCTAAGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAATTTAAACATCATAAAACAATGTCTCCTAAAATCATTTGCTAAGCA  850

seq1  TAAAACTATTACAAATAAATACAGTTTAAGCAC-TTTAATTTTTTTTTAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TAAAACTATTACAAATAAATACAGTTTAAGCACTTTTAATTTTTTTTTAA  900

seq1  AATCACCACCATTGTAAATGACACTTTTAAAAACAC-AAGGACAATCTGG  948
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||
seq2  AATCACCACCATTGTAAATGACACTTTT-AAAACACAAAGGACAATCTGG  949

seq1  GATCAGGAAGGGGTTTATGGACACCTATCTCACCTTACTGAATTATTGAC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GATCAGGAAGGGGTTTATGGACACCTATCTCACCTTACTGAATTA-TGAC  998

seq1  CATTGATAGGTGAGTTCTAATGAAGGCATAGTCATCGCTTTCATTTGTAT  1048
      |||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||
seq2  CATTGATAGTGGAGTTCTAATGAA-GCATAGTCATCGC-TTCATTTGTAT  1046

seq1  AGCCACCAGGCTCCAATGGAAAATTTCAAACTTATACCCACACAGATG  1096
      || ||||| ||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AG-CACCA-GCTC--ATGGAAAATTTC-AACTTATACCCACACAGATG  1089


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |