BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-297H07
Chromosome8 (Build37)
Map Location 12,901,738 - 13,031,021
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMcf2l, F7
Upstream geneLOC100040155, LOC100040175, EG434280, EG434279, Sox1, 1700094C09Rik, Tubgcp3, Atp11a, LOC100040229
Downstream geneF10, Proz, Pcid2, Cul4a, Lamp1, Grtp1, Adprhl1, Dcun1d2, Tmco3, Tfdp1, Atp4b, Grk1, Gm687, Gas6, LOC434282, 1700029H14Rik, Rasa3, 4932443I19Rik, LOC665516, Cdc16, Upf3a, AF366264, D8Ertd457e, 2410022L05Rik, EG665536, Fbxo25, LOC100041103, 2610019F03Rik, EG546036, Erich1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-297H07.bB6Ng01-297H07.g
ACCGA092808GA092809
length1,1551,110
definitionB6Ng01-297H07.b B6Ng01-297H07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(12,901,738 - 12,902,881)(13,029,904 - 13,031,021)
sequence
gaattctggtatatctgtcccagcaccagggaaactggaccagcagtagt
gggctcctgtccacctcttggtggtgacagcagcaggtcctgctcctgct
ctgcccactgcagggagcctcccttctctgggagtgaaaatcctgcaaag
ctgccattctcctcaggccccttgtcccctctggatcctgcatttcatca
ctcattgctacaaactacaggggtttctgcttgctgttttgcacaaggag
aggagctatcctgactgttcagagctggcttactataccagccacaggaa
catgtctagggagcccgccatctattcactgtgagaactgcctccttagg
tgcctccagagccatggagagccagcatcatcagggtaagccagctgtgg
tgctattcaggatcttatgatgtgtttgtccggcctcagtttgtctggct
tgtgaaagatgtcatagctagatgattcacccctctccccaaggtagccc
aggagactcagggaatgtgggtaattgagggtggcgtgggaaaaagtgtg
tctggggtgtgaggaaggcggcctccctcgtggtgggctctgtccaatca
ctcagcactgtctcgtatctcatgagctgtcaaagttcgcacacattgga
tagatgcttctgcagcagagcagagcagggactgccagcttcagtcacgt
gtcccgcaggatagaagccgagggtctcccagaccccacagaacgtggcc
acgaggtcagaacaagacaagcggtccacagctaggtttggggtgtttcc
atggctcgtctcacatcgacgctgtgacattagctgatgttgactgaata
ctctctgctgtggagctgatggacttttctggtttggagcttaagtttcc
caaggctgtgtgctaagggctctgtcccagcgcagcaatgttcagatgtg
ttctaatgggaagttgactggattacaagggctcaaacctcatctctgga
attagtccttggatggcttcgttctgataggctacaagaagtgacttaga
gggtcttctgtttgaacgggagtgggtctcatagggctgttgtctcttgc
cttcggcactaataaggtggaatgctagaccagttaagcaatgtgtttcc
aggtg
gaattctcagggcaaggagtcaaaagggacagacagcgagtctgagaccc
agaatcttagactcataaatcaaaggccatgggtttaaaagaaatactta
atgtctcccagatcaatttccttcaggggccgaggctggcctggacaccc
tctccttactcgatgaggctgttattctctggaaccagtcacccaggccc
ttccctcccgactccatccattgcaaacggaggcaagaagttggtctcac
ttttctcacagttccgaccctcaaagtctaggaggcagaagcagacgtaa
gacttgagatgatcctggcaggtacctccgttctgacatggattcgaggc
acactggtccccatctgtgggtgagctgacattagtgtgctgcaaagaag
gggtgtgggggaggggcacagatggctttcacctactcaccactgtaaac
aatccagaactgcttctgagagggaagaagaagccatgtgaggcacggtc
atgagaagtagcacttagtgtccacggagggagctcaggagctatggctg
gggctcctgacctgggcatctgtgtggggcttgggaagatagcgttcctc
tggagacgaggagggattatctgaggttgatgtttctctacgccctttct
agagatatttaagtcgccacacaattgcctttcccaagtgagcgcaccag
agttctgaccctgatcctgctttctccagttctgggctggacctctaaat
gtgggaggtgtcatcccatgggagttctggtctgaataaagaggagatag
tgagctcaacaccagcatcccttactctctacctcctgactggatgcgct
gtgactgtcacgccttccctgactcctgaacgaccaaccagaataaacct
gtctttcctccagttatttctgtcagtggttgctccagtcagtgaggaaa
gcagcttctccaagcctcctgtgtgagttgctctgagtgagtgtgaggca
cttgtgagagagtgtgcggtgtaatttcctgtgtgaacatcttgggtttg
tgagctatcctgtgggaatgaaggctctctgtgaggtgtctgtggggtgt
caatctccag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_12901738_12902881
seq2: B6Ng01-297H07.b_48_1202

seq1  GAATTCTGGTATATCTGTCCCAGCACCAGGGAAACTGGACCAGCAGTAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGTATATCTGTCCCAGCACCAGGGAAACTGGACCAGCAGTAGT  50

seq1  GGGCTCCTGTCCACCTCTTGGTGGTGACAGCAGCAGGTCCTGCTCCTGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTCCTGTCCACCTCTTGGTGGTGACAGCAGCAGGTCCTGCTCCTGCT  100

seq1  CTGCCCACTGCAGGGAGCCTCCCTTCTCTGGGAGTGAAAATCCTGCAAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCCACTGCAGGGAGCCTCCCTTCTCTGGGAGTGAAAATCCTGCAAAG  150

seq1  CTGCCATTCTCCTCAGGCCCCTTGTCCCCTCTGGATCCTGCATTTCATCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCATTCTCCTCAGGCCCCTTGTCCCCTCTGGATCCTGCATTTCATCA  200

seq1  CTCATTGCTACAAACTACAGGGGTTTCTGCTTGCTGTTTTGCACAAGGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTGCTACAAACTACAGGGGTTTCTGCTTGCTGTTTTGCACAAGGAG  250

seq1  AGGAGCTATCCTGACTGTTCAGAGCTGGCTTACTATACCAGCCACAGGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCTATCCTGACTGTTCAGAGCTGGCTTACTATACCAGCCACAGGAA  300

seq1  CATGTCTAGGGAGCCCGCCATCTATTCACTGTGAGAACTGCCTCCTTAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTCTAGGGAGCCCGCCATCTATTCACTGTGAGAACTGCCTCCTTAGG  350

seq1  TGCCTCCAGAGCCATGGAGAGCCAGCATCATCAGGGTAAGCCAGCTGTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCCAGAGCCATGGAGAGCCAGCATCATCAGGGTAAGCCAGCTGTGG  400

seq1  TGCTATTCAGGATCTTATGATGTGTTTGTCCGGCCTCAGTTTGTCTGGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATTCAGGATCTTATGATGTGTTTGTCCGGCCTCAGTTTGTCTGGCT  450

seq1  TGTGAAAGATGTCATAGCTAGATGATTCACCCCTCTCCCCAAGGTAGCCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAAAGATGTCATAGCTAGATGATTCACCCCTCTCCCCAAGGTAGCCC  500

seq1  AGGAGACTCAGGGAATGTGGGTAATTGAGGGTGGCGTGGGAAAAAGTGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGACTCAGGGAATGTGGGTAATTGAGGGTGGCGTGGGAAAAAGTGTG  550

seq1  TCTGGGGTGTGAGGAAGGCGGCCTCCCTCGTGGTGGGCTCTGTCCAATCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGGTGTGAGGAAGGCGGCCTCCCTCGTGGTGGGCTCTGTCCAATCA  600

seq1  CTCAGCACTGTCTCGTATCTCATGAGCTGTCAAAGTTCGCACACATTGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCACTGTCTCGTATCTCATGAGCTGTCAAAGTTCGCACACATTGGA  650

seq1  TAGATGCTTCTGCAGCAGAGCAGAGCAGGGACTGCCAGCTTCAGTCACGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGCTTCTGCAGCAGAGCAGAGCAGGGACTGCCAGCTTCAGTCACGT  700

seq1  GTCCCGCAGGATAGAAGCCGAGGGTCTCCCAGACCCCACAGAACGTGGCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCGCAGGATAGAAGCCGAGGGTCTCCCAGACCCCACAGAACGTGGCC  750

seq1  ACGAGGTCAGAACAAGACAAGCGGTCCACAGCTAGGTTTGGGGTGTTTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGAGGTCAGAACAAGACAAGCGGTCCACAGCTAGGTTTGGGGTGTTTCC  800

seq1  ATGGCTCGTCTCACATCGACGCTGTGACATTAGCTGATGTTGACTGAATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTCGTCTCACATCGACGCTGTGACATTAGCTGATGTTGACTGAATA  850

seq1  CTCTCTGCTGTGGAGCTGATGGACTTTTCTGGTTTGGAGCTTAAGTTTCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTGCTGTGGAGCTGATGGACTTTTCTGGTTTGGAGCTTAAGTTTCC  900

seq1  CAAGGCTGTGTGCTAAGGGCTCTGTCCCAGCGCAGCAATGTTCAGATGTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCTGTGTGCTAAGGGCTCTGTCCCAGCGCAGCAATGTTCAGATGTG  950

seq1  -TCT-ATGGGAAG-TGACTGGATTACGAGGGCTCAGACCTCATCTCTGG-  996
       ||| |||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||| 
seq2  TTCTAATGGGAAGTTGACTGGATTACAAGGGCTCAAACCTCATCTCTGGA  1000

seq1  ATTAGTCCTTGGATGGCTTCGTTCTGATAGGCTACAGGAAGTGACTTAGA  1046
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| 
seq2  ATTAGTCCTTGGATGGCTTCGTTCTGATAGGCTACAAGAAGTGACTTAG-  1049

seq1  AGGGTC-TCTGTTTGAA-GGGAGTGGGTC-CATAGGGGCTG-TGTCTC-T  1091
      |||||| |||||||||| ||||||||||| |||| |||||| |||||| |
seq2  AGGGTCTTCTGTTTGAACGGGAGTGGGTCTCATA-GGGCTGTTGTCTCTT  1098

seq1  GCCTCCCGGCACT-ATGAGGTG--ATGCTAGACCAGTTAAGCAATGGG--  1136
      ||||  ||||||| || |||||  |||||||||||||||||||||| |  
seq2  GCCT-TCGGCACTAATAAGGTGGAATGCTAGACCAGTTAAGCAATGTGTT  1147

seq1  TCCAGGTG  1144
      ||||||||
seq2  TCCAGGTG  1155

seq1: chr8_13029904_13031021
seq2: B6Ng01-297H07.g_67_1176 (reverse)

seq1  CTGGAGAATTTACA-CCCACAGAACACCTCACAGAGGAACCCTCATTCCC  49
      |||||| ||| ||| ||||||| |||||||||||| || || ||||||||
seq2  CTGGAG-ATTGACACCCCACAG-ACACCTCACAGA-GAGCCTTCATTCCC  47

seq1  ACAGGATAGCTCACAAACCCAAAGAATGTTCCACACAGGAAATTACACCG  99
      ||||||||||||||||||||||   ||||| |||||||||||||||||||
seq2  ACAGGATAGCTCACAAACCCAA--GATGTT-CACACAGGAAATTACACCG  94

seq1  CACACTTCTCTCACAAGTGCCCTCACACTCACTCAGAGCAACTCACACAG  149
      ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAC-TCTCTCACAAGTG-CCTCACACTCACTCAGAGCAACTCACACAG  142

seq1  GGAGCCTGGAGAAGCTGCTTTCCTCACTGACTGGAGCAACCACCTGACAG  199
      |  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GAGGCTTGGAGAAGCTGCTTTCCTCACTGACTGGAGCAACCA-CTGACAG  191

seq1  AAATAACTGGAGGAAAGACAGGTTTATTCTGGTTGGTCGTTCAGGAGTCA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAACTGGAGGAAAGACAGGTTTATTCTGGTTGGTCGTTCAGGAGTCA  241

seq1  GGGAAGGCGTGACAGTCACAGCGCATCCAGTCAGGAGGTAGAGAGTAAGG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGGCGTGACAGTCACAGCGCATCCAGTCAGGAGGTAGAGAGTAAGG  291

seq1  GATGCTGGTGTTGAGCTCACTATCTCCTCTTTATTCAGACCAGAACTCCC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTGGTGTTGAGCTCACTATCTCCTCTTTATTCAGACCAGAACTCCC  341

seq1  ATGGGATGACACCTCCCACATTTAGAGGTCCAGCCCAGAACTGGAGAAAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGATGACACCTCCCACATTTAGAGGTCCAGCCCAGAACTGGAGAAAG  391

seq1  CAGGATCAGGGTCAGAACTCTGGTGCGCTCACTTGGGAAAGGCAATTGTG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGATCAGGGTCAGAACTCTGGTGCGCTCACTTGGGAAAGGCAATTGTG  441

seq1  TGGCGACTTAAATATCTCTAGAAAGGGCGTAGAGAAACATCAACCTCAGA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCGACTTAAATATCTCTAGAAAGGGCGTAGAGAAACATCAACCTCAGA  491

seq1  TAATCCCTCCTCGTCTCCAGAGGAACGCTATCTTCCCAAGCCCCACACAG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCCCTCCTCGTCTCCAGAGGAACGCTATCTTCCCAAGCCCCACACAG  541

seq1  ATGCCCAGGTCAGGAGCCCCAGCCATAGCTCCTGAGCTCCCTCCGTGGAC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCCAGGTCAGGAGCCCCAGCCATAGCTCCTGAGCTCCCTCCGTGGAC  591

seq1  ACTAAGTGCTACTTCTCATGACCGTGCCTCACATGGCTTCTTCTTCCCTC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAGTGCTACTTCTCATGACCGTGCCTCACATGGCTTCTTCTTCCCTC  641

seq1  TCAGAAGCAGTTCTGGATTGTTTACAGTGGTGAGTAGGTGAAAGCCATCT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAAGCAGTTCTGGATTGTTTACAGTGGTGAGTAGGTGAAAGCCATCT  691

seq1  GTGCCCCTCCCCCACACCCCTTCTTTGCAGCACACTAATGTCAGCTCACC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCCCTCCCCCACACCCCTTCTTTGCAGCACACTAATGTCAGCTCACC  741

seq1  CACAGATGGGGACCAGTGTGCCTCGAATCCATGTCAGAACGGAGGTACCT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGATGGGGACCAGTGTGCCTCGAATCCATGTCAGAACGGAGGTACCT  791

seq1  GCCAGGATCATCTCAAGTCTTACGTCTGCTTCTGCCTCCTAGACTTTGAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGATCATCTCAAGTCTTACGTCTGCTTCTGCCTCCTAGACTTTGAG  841

seq1  GGTCGGAACTGTGAGAAAAGTGAGACCAACTTCTTGCCTCCGTTTGCAAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCGGAACTGTGAGAAAAGTGAGACCAACTTCTTGCCTCCGTTTGCAAT  891

seq1  GGATGGAGTCGGGAGGGAAGGGCCTGGGTGACTGGTTCCAGAGAATAACA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGAGTCGGGAGGGAAGGGCCTGGGTGACTGGTTCCAGAGAATAACA  941

seq1  GCCTCATCGAGTAAGGAGAGGGTGTCCAGGCCAGCCTCGGCCCCTGAAGG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCATCGAGTAAGGAGAGGGTGTCCAGGCCAGCCTCGGCCCCTGAAGG  991

seq1  AAATTGATCTGGGAGACATTAAGTATTTCTTTTAAACCCATGGCCTTTGA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGATCTGGGAGACATTAAGTATTTCTTTTAAACCCATGGCCTTTGA  1041

seq1  TTTATGAGTCTAAGATTCTGGGTCTCAGACTCGCTGTCTGTCCCTTTTGA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGAGTCTAAGATTCTGGGTCTCAGACTCGCTGTCTGTCCCTTTTGA  1091

seq1  CTCCTTGCCCTGAGAATTC  1118
      |||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTGCCCTGAGAATTC  1110