BAC Information

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BAC

Clone NameB6Ng01-301M06
Chromosome8 (Build37)
Map Location 53,033,378 - 53,157,527
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC667517, LOC623872
Downstream geneLOC100040220, LOC623935, 1190028D05Rik, LOC676688
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-301M06.bB6Ng01-301M06.g
ACCGA095993GA095994
length1,0971,112
definitionB6Ng01-301M06.b B6Ng01-301M06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(53,156,433 - 53,157,527)(53,033,378 - 53,034,490)
sequence
gaattcatcacactaccatttagaaaaaaaaaaaacactttttggaagat
ggggtttattgaactgctaaataataaatttatgagacacaaatccaata
attatcagtaccaatacttttcttatattgattaatattatttttcattg
aaaatttctgaaagtacattaatacatattcccaacttacacttaaccat
tgaaataaggagccaataaccagtatttgcaggattgaggcaaataaaaa
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taatacatactgcttagattattttagaaattataatacccctttaagat
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ttgtaaccaaagaccatattaaattagaacactacaagatagtatctgga
tctagcatgtagatgagtagtacacctaacctttgtgtgattttctcaat
cttgaaatatta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_53156433_53157527
seq2: B6Ng01-301M06.b_48_1144 (reverse)

seq1  TTATTCTT-AACTTCTGA-GCATATTTATTAAATAAAA--TGTCATAAAT  46
      |||||||| |||| |||| ||||||||| |||||||||  ||||||||||
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      ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGAAAATAGCAAAAG-TGATATTTGAAATGTATAATAATTCACAAA  98

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      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGA-TATATCCTCAGTTCATATAGTCTCTCTGGGTGAATAGATGTGCA  147

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATATACATATATATATATATATATACATGTATATATATGTATATTTT  197

seq1  CTTTAACTACTATACATATAGTAGGTAAGTAAGCATGCTTTTAAAGCAGA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAACTACTATACATATAGTAGGTAAGTAAGCATGCTTTTAAAGCAGA  247

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATGTAATATATACAATATTCCATCATTACATGATGAATAATGAATA  347

seq1  TGAAAGTCACAATAAGCTCTCCAAGAAAATACAAGTAAAAACGTTGAAAT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGTCACAATAAGCTCTCCAAGAAAATACAAGTAAAAACGTTGAAAT  397

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTTTCAAGGGAATTGAATTCCACTCATCATAAGGTTCTTGCAATTG  447

seq1  ACTTCCTGAGTATGGGCTGTGACTTTATTGCTGACAGGTCTGTGGTTACA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCTGAGTATGGGCTGTGACTTTATTGCTGACAGGTCTGTGGTTACA  497

seq1  TGTTAAGATGACAAAGGCAAGCATTAAATCATTAGCTCTGATGGCCAGCA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAAGATGACAAAGGCAAGCATTAAATCATTAGCTCTGATGGCCAGCA  547

seq1  GATGAACATCCTTTACTTAGATCCTCAGCACTTCATGTAATCCCATTTGA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAACATCCTTTACTTAGATCCTCAGCACTTCATGTAATCCCATTTGA  597

seq1  CAAACGCTGCTTCCATTTAGATACTATCTTGATAAAATAACTTTGATTTT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACGCTGCTTCCATTTAGATACTATCTTGATAAAATAACTTTGATTTT  647

seq1  TAAAGCACATGGATTATATGAATGTTACAGTCTAAAGCTTTCTCTTTGTA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGCACATGGATTATATGAATGTTACAGTCTAAAGCTTTCTCTTTGTA  697

seq1  CTTGTAAAACAGTAATACATGAAGGAAAAATGTGTTTACTTCAGACTTAA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTAAAACAGTAATACATGAAGGAAAAATGTGTTTACTTCAGACTTAA  747

seq1  GTATTATCAAATTGAAGCATTTTAGAACTTATCATTTAAATTGTGATAAT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTATCAAATTGAAGCATTTTAGAACTTATCATTTAAATTGTGATAAT  797

seq1  ATTGCTGTTTTTATAATTTTTACTTAAAGTAGTTTCCTAGATATAAAATA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTGTTTTTATAATTTTTACTTAAAGTAGTTTCCTAGATATAAAATA  847

seq1  TTTTTATTTGCCTCAATCCTGCAAATACTGGTTATTGGCTCCTTATTTCA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTATTTGCCTCAATCCTGCAAATACTGGTTATTGGCTCCTTATTTCA  897

seq1  ATGGTTAAGTGTAAGTTGGGAATATGTATTAATGTACTTTCAGAAATTTT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTTAAGTGTAAGTTGGGAATATGTATTAATGTACTTTCAGAAATTTT  947

seq1  CAATGAAAAATAATATTAATCAATATAAGAAAAGTATTGGTACTGATAAT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGAAAAATAATATTAATCAATATAAGAAAAGTATTGGTACTGATAAT  997

seq1  TATTGGATTTGTGTCTCATAAATTTATTATTTAGCAGTTCAATAAACCCC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGGATTTGTGTCTCATAAATTTATTATTTAGCAGTTCAATAAACCCC  1047

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCCAAAAAGTGTTTTTTTTTTTTCTAAATGGTAGTGTGATGAATTC  1097


seq1: chr8_53033378_53034490
seq2: B6Ng01-301M06.g_68_1179

seq1  GAATTCTTTCATCAATTCTTTCAAACTTTACTCATATAAAGTTTAATATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCATCAATTCTTTCAAACTTTACTCATATAAAGTTTAATATT  50

seq1  ATTTCTCTCCTCTTTTTTCTTTGGCTTTGATACATACATATCAAATAAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTCTCCTCTTTTTTCTTTGGCTTTGATACATACATATCAAATAAAC  100

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGTTGCTTACCTGTCACAGCCATCAATTAATTCATATATATGCATA  150

seq1  GTATGGTGTTTAGACTTGCATAAATAGAGCACATTAAAAAAAAAAAAACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGGTGTTTAGACTTGCATAAATAGAGCACATTAAAAAAAAAAAAACT  200

seq1  CAAAGAAAACTATGGGGAAAACTCCAGGAGTAAAGGAAACCTTAATATTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAAAACTATGGGGAAAACTCCAGGAGTAAAGGAAACCTTAATATTT  250

seq1  AGGCAAAGCCAAGAGAAGTTCACCTAAAACTATGTATAATAAATGGATAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAAAGCCAAGAGAAGTTCACCTAAAACTATGTATAATAAATGGATAA  300

seq1  TAAATGTATTTTATACATATAAAACTATGTGTAATAAATGATGACTTCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGTATTTTATACATATAAAACTATGTGTAATAAATGATGACTTCAT  350

seq1  AAGGTCATCAATTTATACATGTTTCATCCTATTTAGGACATATATCTTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTCATCAATTTATACATGTTTCATCCTATTTAGGACATATATCTTGG  400

seq1  AGTTCTCATTCATATATCTATAAACAATGTTGAATACACATAAGAAATCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTCATTCATATATCTATAAACAATGTTGAATACACATAAGAAATCA  450

seq1  TAATACATACTGCTTAGATTATTTTAGAAATTATAATACCCCTTTAAGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATACATACTGCTTAGATTATTTTAGAAATTATAATACCCCTTTAAGAT  500

seq1  TATTATGAATATAATAAGATTATTATGAATATTATAATAGGATTGTGAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATGAATATAATAAGATTATTATGAATATTATAATAGGATTGTGAAT  550

seq1  ATATTTAAAAAGAGATGCACATACATATTGTGGTTACTCTACTTTTTTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTAAAAAGAGATGCACATACATATTGTGGTTACTCTACTTTTTTTG  600

seq1  TAAATATATGCTCTTTCATTTCTACCATTTTGATAGACATATTGTATGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATATATGCTCTTTCATTTCTACCATTTTGATAGACATATTGTATGAT  650

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTGAATGTTTTTTCTTTGAATTAAAGGAATAAAATATTTCTTTACA  700

seq1  TACACAGAAGTTTATTAGTAGCAATTCACTGTGATTTTCATCACCAAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACAGAAGTTTATTAGTAGCAATTCACTGTGATTTTCATCACCAAAAA  750

seq1  ACTCATAACACCAGTATAATCAGAGGAAAATATTTGAAACTTCAGTAGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATAACACCAGTATAATCAGAGGAAAATATTTGAAACTTCAGTAGTT  800

seq1  TAAAAATTGTTTCATCTAAAGTCTTCAAACTTT-AAAGGCATCAGAGAAC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TAAAAATTGTTTCATCTAAAGTCTTCAAACTTTAAAAGGCATCAGAGAAC  850

seq1  TGGAAGTTTGGAGTAGCATAAATGGCTATGTGCTGCAGTGAGCAAAAACA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  AAACCAGCTGGACAACCAGATCTAATCTGTTATCTATGTTAGAATAGAGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCAGCTGGACAACCAGATCTAATCTGTTATCTATGTTAGAATAGAGA  950

seq1  GACAAGTAACTCTGAACAAAGTCCAGA-TTTTTATAAATATTGACATACA  998
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAGTAACTCTGAACAAAGTCCAGATTTTTTATAAATATTGACATACA  1000

seq1  TTGTAACCCAAAGACCATATTAATTTAGGACACTAACAAGATAGTAATCT  1048
      |||||| |||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||| ||||
seq2  TTGTAA-CCAAAGACCATATTAAATTAGAACACT-ACAAGATAGT-ATCT  1047

seq1  GAATCTAGCATGTAGATGAGTTAAGTACA-CTAA-CTTTGTGATATTTTC  1096
      | |||||||||||||||||||  |||||| |||| |||||||  ||||||
seq2  GGATCTAGCATGTAGATGAGT--AGTACACCTAACCTTTGTGTGATTTTC  1095

seq1  TCAATCTGAAATTATTA  1113
      |||||||  || |||||
seq2  TCAATCTTGAAATATTA  1112


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