BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-301M18
Chromosome8 (Build37)
Map Location 13,999,283 - 14,113,362
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG546036, Erich1, Dlgap2
Upstream geneMcf2l, F7, F10, Proz, Pcid2, Cul4a, Lamp1, Grtp1, Adprhl1, Dcun1d2, Tmco3, Tfdp1, Atp4b, Grk1, Gm687, Gas6, LOC434282, 1700029H14Rik, Rasa3, 4932443I19Rik, LOC665516, Cdc16, Upf3a, AF366264, D8Ertd457e, 2410022L05Rik, EG665536, Fbxo25, LOC100041103, 2610019F03Rik
Downstream geneLOC100041140, C030037F17Rik, Cln8, Arhgef10, 2900016B01Rik, 5830468F06Rik, Kbtbd11, BB014433, Myom2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-301M18.bB6Ng01-301M18.g
ACCGA096017GA096018
length1,0701,146
definitionB6Ng01-301M18.b B6Ng01-301M18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(13,999,283 - 14,000,350)(14,112,210 - 14,113,362)
sequence
gaattcaggcatggaggacaatgctcagaaggggtaaagggtgaggagtg
agatccatggctggtgctgagccaacagagtccactgatgaagcagccta
actcagttccaagcatctcctgctgccctgctgccacacagcccggctct
ttaagtccacacaagtcctgtctgtctgtgcaaatggggagacagaaagt
gacctcagaaggaggagagaggtttcctcggatgaggtcagtgaggccta
ggatgcacaagggctgagcatcaaaccagggtggcattcttgggttggtg
gatgctgaggaagggctctgccaagccacaggcctccaggcctctcggtg
cagtggaagtaggttttccctgacggtcacgaagacactacattgtgtga
acgaaactcaatctgtttaaatggctaataccaagagatgtacaaaacga
gccacttttcttaaagtggaaactcattccttcttagaaatttatccctt
ccctcccacactgcccccacccctcttctaacttagtttgtttcagtcag
gaaagggggcagggcagggctgggctggaaggatgggccaggtttagcct
cctcaatccacgagaggtataaactttatgctcatgacattcaggataaa
aacacacacacaagaggtttcagtacttgctttcaggacagcagggtgag
cacccggataaaaggaacttggatgtgaaccaactgccacgggtgacacc
cgacatcaccccagggtgtcacccggatcctctgccctgctcccacaggt
gaatgaaatattcgatgattgttgtgtgtccctagtacccagctataact
cagttaaacgatttgttttttatttcatctctagtttttgttcaaagtga
ggtgacaaggggtgaaatccgaagcacttttatatgttaactgatgcata
atttatgcattacttagaggaacctgtgtttgaagttcaacattacgcca
aaatgataaaagccattgtcatttagccatagtaataaagtaggtaggtg
cacaatatgttagtcttctt
gaattctgggacccgacctcagtttccctgcctgtaaaatgtgaggcttg
accctgcaaggactcagcttgtactttttgacccagcagaagtccatcct
gaggcctcggtaagatccaatcagggagaagaaacacaaagtctcaacct
cacacccggctttggcaaactgaagttcatgcatttttattacatcttaa
aatctcagatatacaagattgcaccgtgctaaataaaaacattagagaac
attctcaaggagtgggttggtggctgcccaccctgctctggcaggcagag
gccagaaagccttggagtgatcccccacccccacccagtgcctcttcccc
atctcagtgcaaccacgtcatttcctaaatggtgctcatccatcaccctc
tcccacctcattcacaagcatcacccactgaaggtgccactcatcctctg
gacctcggtgtccccgcccacctgtccccgcccacttgctcctcacacgc
ccactagcatgtgagtccagccgaaccagcaagaatgcttcacgatcctc
aacgtgaagccgcatcagaagcgcctgttgggccagggagatggctcgat
ccatgaagtatttgctatgcaagcctgagaacctgagttcagattcgcac
caccatacaaagtcagtcatggtggtgtgtgcctgtaggatagccagtgt
tgtgctgggacagggcagatccatggagatgaaccaccagctagcccagt
caagtcatgagctgcatgttcagtgagagcacctgttgttaaaaaaaaaa
agaaagaaaaagaaaactaaaatagggtagacaagatggctcagcaggta
aaagctcttgctgcctagcctgatgacctgagtttagccctcaaggtcct
atgttataggagaagaagtgattctcatattgttctctgacatccacaca
tgtacctacccatgcatgcatatgcacacacacataataatagatacaac
acataataataaggagtgagaggcatccacattgactctggcttctccat
gcccatttaactaacatacacatacagggtaacacacagaatatgcaact
caccgttgtgcaacctcaaggcctctccagtccagcatcagcctta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_13999283_14000350
seq2: B6Ng01-301M18.b_47_1116

seq1  GAATTCAGGCATGGAGGACAATGCTCAGAAGGGGTAAAGGGTGAGGAGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGCATGGAGGACAATGCTCAGAAGGGGTAAAGGGTGAGGAGTG  50

seq1  AGATCCATGGCTGGTGCTGAGCCAACAGAGTCCACTGATGAAGCAGCCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCCATGGCTGGTGCTGAGCCAACAGAGTCCACTGATGAAGCAGCCTA  100

seq1  ACTCAGTTCCAAGCATCTCCTGCTGCCCTGCTGCCACACAGCCCGGCTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGTTCCAAGCATCTCCTGCTGCCCTGCTGCCACACAGCCCGGCTCT  150

seq1  TTAAGTCCACACAAGTCCTGTCTGTCTGTGCAAATGGGGAGACAGAAAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTCCACACAAGTCCTGTCTGTCTGTGCAAATGGGGAGACAGAAAGT  200

seq1  GACCTCAGAAGGAGGAGAGAGGTTTCCTCGGATGAGGTCAGTGAGGCCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTCAGAAGGAGGAGAGAGGTTTCCTCGGATGAGGTCAGTGAGGCCTA  250

seq1  GGATGCACAAGGGCTGAGCATCAAACCAGGGTGGCATTCTTGGGTTGGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGCACAAGGGCTGAGCATCAAACCAGGGTGGCATTCTTGGGTTGGTG  300

seq1  GATGCTGAGGAAGGGCTCTGCCAAGCCACAGGCCTCCAGGCCTCTCGGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTGAGGAAGGGCTCTGCCAAGCCACAGGCCTCCAGGCCTCTCGGTG  350

seq1  CAGTGGAAGTAGGTTTTCCCTGACGGTCACGAAGACACTACATTGTGTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGAAGTAGGTTTTCCCTGACGGTCACGAAGACACTACATTGTGTGA  400

seq1  ACGAAACTCAATCTGTTTAAATGGCTAATACCAAGAGATGTACAAAACGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGAAACTCAATCTGTTTAAATGGCTAATACCAAGAGATGTACAAAACGA  450

seq1  GCCACTTTTCTTAAAGTGGAAACTCATTCCTTCTTAGAAATTTATCCCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACTTTTCTTAAAGTGGAAACTCATTCCTTCTTAGAAATTTATCCCTT  500

seq1  CCCTCCCACACTGCCCCCACCCCTCTTCTAACTTAGTTTGTTTCAGTCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCCACACTGCCCCCACCCCTCTTCTAACTTAGTTTGTTTCAGTCAG  550

seq1  GAAAGGGGGCAGGGCAGGGCTGGGCTGGAAGGATGGGCCAGGTTTAGCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGGGGCAGGGCAGGGCTGGGCTGGAAGGATGGGCCAGGTTTAGCCT  600

seq1  CCTCAATCCACGAGAGGTATAAACTTTATGCTCATGACATTCAGGATAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAATCCACGAGAGGTATAAACTTTATGCTCATGACATTCAGGATAAA  650

seq1  AACACACACACAAGAGGTTTCAGTACTTGCTTTCAGGACAGCAGGGTGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACACACACAAGAGGTTTCAGTACTTGCTTTCAGGACAGCAGGGTGAG  700

seq1  CACCCGGATAAAAGGAACTTGGATGTGAACCAACTGCCACGGGTGACACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCGGATAAAAGGAACTTGGATGTGAACCAACTGCCACGGGTGACACC  750

seq1  CGACATCACCCCAGGGTGTCACCCGGATCCTCTGCCCTGCTCCCACAGGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGACATCACCCCAGGGTGTCACCCGGATCCTCTGCCCTGCTCCCACAGGT  800

seq1  GAATGAAATATTCGATGATTGTTGTGTGTCCCTAGTACCCAGCTATAACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGAAATATTCGATGATTGTTGTGTGTCCCTAGTACCCAGCTATAACT  850

seq1  CAGTTAAACGATTTG-TTTTTATTTCATCTCTAGTTTTTGTTCAAAGTGA  899
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTAAACGATTTGTTTTTTATTTCATCTCTAGTTTTTGTTCAAAGTGA  900

seq1  GGTGACAAGGGGTGAAATCCGAAGCCACTTTTATATGTTAACTGATGCAT  949
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGACAAGGGGTGAAATCCGAAG-CACTTTTATATGTTAACTGATGCAT  949

seq1  AATTAATGCATTACTTAGA-GAACCTGTGTTTGAAGTTCAAAATACCCCC  998
      |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||  | ||
seq2  AATTTATGCATTACTTAGAGGAACCTGTGTTTGAAGTTCAACATTACGCC  999

seq1  AAAATGAT-AGAGCATTTTTCA-TTAGGCATAGTAATAAAATAAGGTAGG  1046
      |||||||| | |||  || ||| |||| |||||||||||| | |||||||
seq2  AAAATGATAAAAGCCATTGTCATTTAGCCATAGTAATAAAGT-AGGTAGG  1048

seq1  TGCCACATATGTTAGTCTTCTT  1068
      |||   ||||||||||||||||
seq2  TGCACAATATGTTAGTCTTCTT  1070

seq1: chr8_14112210_14113362
seq2: B6Ng01-301M18.g_70_1215 (reverse)

seq1  TAAGGTTGATGCTGGGCTTGGGAGAGCCTTTGAGGTTGCACA--CGTGAG  48
      ||||| ||||||||| ||  |||||| | |||||||||||||   |||||
seq2  TAAGGCTGATGCTGGACT--GGAGAGGCCTTGAGGTTGCACAACGGTGAG  48

seq1  TTTGGCATA-TCTGTGTGTACCTGTTTATGTGTATGTTTAGTTTAATGTG  97
      ||  ||||| |||||||||  |  | |||||||||| |||||| |||| |
seq2  TT--GCATATTCTGTGTGTTACCCTGTATGTGTATG-TTAGTTAAATGGG  95

seq1  CATGGAGAAGCCAGAAGTCAATGTTGGATGCCTTCTTCACTCTTTATTAT  147
      |||||||||||||| |||||||| |||||||||   |||||| |||||| 
seq2  CATGGAGAAGCCAG-AGTCAATG-TGGATGCCT--CTCACTCCTTATTA-  140

seq1  TTATGTGTTTGTATCTATTTATTATGTGTGTGTGCATATGCATGCATGGG  197
      ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTG-TTGTATCTA-TTATTATGTGTGTGTGCATATGCATGCATGGG  188

seq1  TGGGTACATGTGTGGATGTCAGAGAACAATATGAGAATCACTTC-TCTCC  246
      | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TAGGTACATGTGTGGATGTCAGAGAACAATATGAGAATCACTTCTTCTCC  238

seq1  TATAACATAGGACC-TGAGGGCTAAACTCAGGTCATCAGGCTAGGCAGCA  295
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACATAGGACCTTGAGGGCTAAACTCAGGTCATCAGGCTAGGCAGCA  288

seq1  AGAGCTTTTACCTGCTGAGCCATCTTGTCTACCCTATTTTAGTTTTCTTT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTTTTACCTGCTGAGCCATCTTGTCTACCCTATTTTAGTTTTCTTT  338

seq1  TTCTTTCTTTTTTTTTTTAACAACAGGTGCTCTCACTGAACATGCAGCTC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTCTTTTTTTTTTTAACAACAGGTGCTCTCACTGAACATGCAGCTC  388

seq1  ATGACTTGACTGGGCTAGCTGGTGGTTCATCTCCATGGATCTGCCCTGTC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTTGACTGGGCTAGCTGGTGGTTCATCTCCATGGATCTGCCCTGTC  438

seq1  CCAGCACAACACTGGCTATCCTACAGGCACACACCACCATGACTGACTTT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCACAACACTGGCTATCCTACAGGCACACACCACCATGACTGACTTT  488

seq1  GTATGGTGGTGCGAATCTGAACTCAGGTTCTCAGGCTTGCATAGCAAATA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGGTGGTGCGAATCTGAACTCAGGTTCTCAGGCTTGCATAGCAAATA  538

seq1  CTTCATGGATCGAGCCATCTCCCTGGCCCAACAGGCGCTTCTGATGCGGC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATGGATCGAGCCATCTCCCTGGCCCAACAGGCGCTTCTGATGCGGC  588

seq1  TTCACGTTGAGGATCGTGAAGCATTCTTGCTGGTTCGGCTGGACTCACAT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACGTTGAGGATCGTGAAGCATTCTTGCTGGTTCGGCTGGACTCACAT  638

seq1  GCTAGTGGGCGTGTGAGGAGCAAGTGGGCGGGGACAGGTGGGCGGGGACA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGTGGGCGTGTGAGGAGCAAGTGGGCGGGGACAGGTGGGCGGGGACA  688

seq1  CCGAGGTCCAGAGGATGAGTGGCACCTTCAGTGGGTGATGCTTGTGAATG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGAGGTCCAGAGGATGAGTGGCACCTTCAGTGGGTGATGCTTGTGAATG  738

seq1  AGGTGGGAGAGGGTGATGGATGAGCACCATTTAGGAAATGACGTGGTTGC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGGAGAGGGTGATGGATGAGCACCATTTAGGAAATGACGTGGTTGC  788

seq1  ACTGAGATGGGGAAGAGGCACTGGGTGGGGGTGGGGGATCACTCCAAGGC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGATGGGGAAGAGGCACTGGGTGGGGGTGGGGGATCACTCCAAGGC  838

seq1  TTTCTGGCCTCTGCCTGCCAGAGCAGGGTGGGCAGCCACCAACCCACTCC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGGCCTCTGCCTGCCAGAGCAGGGTGGGCAGCCACCAACCCACTCC  888

seq1  TTGAGAATGTTCTCTAATGTTTTTATTTAGCACGGTGCAATCTTGTATAT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGAATGTTCTCTAATGTTTTTATTTAGCACGGTGCAATCTTGTATAT  938

seq1  CTGAGATTTTAAGATGTAATAAAAATGCATGAACTTCAGTTTGCCAAAGC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGATTTTAAGATGTAATAAAAATGCATGAACTTCAGTTTGCCAAAGC  988

seq1  CGGGTGTGAGGTTGAGACTTTGTGTTTCTTCTCCCTGATTGGATCTTACC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGTGTGAGGTTGAGACTTTGTGTTTCTTCTCCCTGATTGGATCTTACC  1038

seq1  GAGGCCTCAGGATGGACTTCTGCTGGGTCAAAAAGTACAAGCTGAGTCCT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCCTCAGGATGGACTTCTGCTGGGTCAAAAAGTACAAGCTGAGTCCT  1088

seq1  TGCAGGGTCAAGCCTCACATTTTACAGGCAGGGAAACTGAGGTCGGGTCC  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGGTCAAGCCTCACATTTTACAGGCAGGGAAACTGAGGTCGGGTCC  1138

seq1  CAGAATTC  1153
      ||||||||
seq2  CAGAATTC  1146