BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-301N20
Chromosome8 (Build37)
Map Location 8,912,691 - 9,076,854
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100039836, Efnb2, 9430010O03Rik
Downstream geneTmem28, Lig4, Abhd13, Tnfsf13b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-301N20.bB6Ng01-301N20.g
ACCGA096066GA096067
length1,1561,061
definitionB6Ng01-301N20.b B6Ng01-301N20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(9,075,705 - 9,076,854)(8,912,691 - 8,913,736)
sequence
gaattcactcctaagaatgatcatatgtgctcactattttcataaagtct
gagaagatactagtgtgtgctgggcctggaagatgtgtaagtcttaaata
aatgatagtttgctaaataaaaacacagtgtgtaataaagagccaatttt
cagacttagtaacaataaaacaaaacttcagaaaatattaccagcaggcc
agaagaatagctcgctgaataaaactacatatgctgagcctaatgacctg
agttagattccagactccactgtagcatagacacacacacatacacacac
acatacacacatgcacacaaacacacatacacacacatacacacacacac
acacatgcacacacacatgcacacacacacataaacacacacatacacac
acacacacacatacacatacacacacacatacatacaatggtattaaaac
aaaatactatattgctagcaattttgttctaaaaataaaatattaccaac
ttgaaaatttctcttttcctaatgcccctggcatagtaatacacatcttt
catgatatttccctcatatgatttgtgctgacttcactggattttaataa
agcatcctagtgagactcagggtcttacagagaaacctgtgtactttgta
gacacatcagtatgaaagcagctgtgtgcagctgcctcccaccaacatga
caagtacccagtgcactcctgccctgtcctgtctgctgtttctgtggtag
cagtgtactggaactcctcgggttccagtgaggatagtgccgtttccctt
cttgtccacacagagctttgtagttctttgggtctgtttttctgtcattg
ggccatctcccgagtgagtgtttcatggtgaactactagcatttcacatt
actgtgcactttcttctagattacgcttcctgaaccctcattcatcaagg
ttccagatactattttttccacccattaaagaacatcaactcattggcct
ttacatgatcttcatttatcctgcatggcctggtgttgtgtaggacactg
gacaaaattgaagaaggaagagttattttgatggaaaaaaccatgtacat
gaataaagcttcagttcataaagaaggtcttggtcgtcatgcacaaatgt
caaaat

gaattcaatgcattagtttagagctgtcacagttcccattctgcaatctg
acctgaggaatgctttccatgggtgatgccacactgctgggggctgtcat
ctcaaataccactcaccccagaatagcatcagcagtatccttagatacat
tacatactgagtgataagatatagtgagtatgtacaaggaatatttaaaa
atagaaacaaaaattaaaaattgtaattgaagcatagataacccatttca
catgttatttctaagcagcataggctatttggacacattctctgtgtgtg
tgcacttgtgtctgcctgcatgaatgtgtatgtgtacatgtgtgtgtgca
catgtacatgtgtgcttgtgtgtgcacatgtgcatgtgagagtgtatgca
tgtatgtgcacatgtgcttgtgagtgtgtgtatgtgtgtgcacatgtgca
tgtcagtgaatttgtgtgtgtacatttccatgtgagtgtgtttgtgcaca
tatgcatgtgagtgtgtgtgtgtttacatgtgcatgtgaatgtgtattta
catgtgcatatgtgtgtgtgcatgtttctctgtgagagtgtgagtgtgtg
ttgatttttctttcctggatctgtagcctgcttcccagcctgctgatctc
acgcatgcatcctactgctttatctccatcatcattcccctccaggcagg
cctagatgaccttcccacatatcgaccgttaatcattcagcaacatggct
cgggaacactgcttgaaaaatgagtttatcctgaagttcttgtacatcat
catgttttaactgaatttaagtccacattgtttagacaactctttctttc
agtaatttctatttattttttaatttatgcttcttctgaagaacaatttt
ttaaaagcaaccattccagatggaaaagccgtttatttacattttcttga
gctaaactgtcatttgtagacctccagaaagtatggcttgcttcttatta
ggatgattccagaatttctgctggatacttgcttggacaccgatgtcatc
catagagacct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_9075705_9076854
seq2: B6Ng01-301N20.b_51_1206 (reverse)

seq1  ATTTTGACATTTGTTGCATGACAGACACAAGACTTCTTTTTATGAACCTG  50
      ||||||||||||| |||||||| ||| |||||| | | |||||||||   
seq2  ATTTTGACATTTG-TGCATGAC-GAC-CAAGACCT-TCTTTATGAACTGA  46

seq1  AGTTTTA-TCATGGTACATG--TTTTTCATTCAAAATAACTCT--CTTC-  94
      || |||| |||| |||||||  ||||||  |||||||||||||  |||| 
seq2  AGCTTTATTCAT-GTACATGGTTTTTTCCATCAAAATAACTCTTCCTTCT  95

seq1  TCATTTTTGTCCAGGTGT-CTACACAACAC--AGCCATGCAGGATAAATG  141
      ||| ||||||||| |||| |||||||||||   |||||||||||||||||
seq2  TCAATTTTGTCCA-GTGTCCTACACAACACCAGGCCATGCAGGATAAATG  144

seq1  AAAGATCATGTTAAGG-CAATGAGTTGATGTTCTTTAATGGGTGG-AAAA  189
       |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  -AAGATCATGTAAAGGCCAATGAGTTGATGTTCTTTAATGGGTGGAAAAA  193

seq1  ATAGTATCTGGAA-CTTGATGAATGA-GGTTCAGGAAGCGTAATCTAGAA  237
      ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTATCTGGAACCTTGATGAATGAGGGTTCAGGAAGCGTAATCTAGAA  243

seq1  GAAAGTGCACAGTAATGTGAAATGCTAGTAGTTCACCATGAAACACTCAC  287
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTGCACAGTAATGTGAAATGCTAGTAGTTCACCATGAAACACTCAC  293

seq1  TCGGGAGATGG-CCAATGACAGAAAAACAGACCCAAAGAACTACAAAGCT  336
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGGAGATGGCCCAATGACAGAAAAACAGACCCAAAGAACTACAAAGCT  343

seq1  CTGTGTGGACAAGAAGGGAAACGGCACTATCCTCACTGGAACCCGAGGAG  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTGGACAAGAAGGGAAACGGCACTATCCTCACTGGAACCCGAGGAG  393

seq1  TTCCAGTACACCTGCTACCACAGAAACAGCAGACAGGACAGGGCAGGAGT  436
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGTACA-CTGCTACCACAGAAACAGCAGACAGGACAGGGCAGGAGT  442

seq1  GCACTGGGTACTTGTCATGTTGGTGGGAGGCAGCTGCACACAGCTGCTTT  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGGGTACTTGTCATGTTGGTGGGAGGCAGCTGCACACAGCTGCTTT  492

seq1  CATACTGATGTGTCTACAAAGTACACAGGTTTCTCTGTAAGACCCTGAGT  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACTGATGTGTCTACAAAGTACACAGGTTTCTCTGTAAGACCCTGAGT  542

seq1  CTCACTAGGATGCTTTATTAAAATCCAGTGAAGTCAGCACAAATCATATG  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTAGGATGCTTTATTAAAATCCAGTGAAGTCAGCACAAATCATATG  592

seq1  AGGGAAATATCATGAAAGATGTGTATTACTATGCCAGGGGCATTAGGAAA  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAATATCATGAAAGATGTGTATTACTATGCCAGGGGCATTAGGAAA  642

seq1  AGAGAAATTTTCAAGTTGGTAATATTTTATTTTTAGAACAAAATTGCTAG  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAATTTTCAAGTTGGTAATATTTTATTTTTAGAACAAAATTGCTAG  692

seq1  CAATATAGTATTTTGTTTTAATACCATTGTATGTATGTGTGTGTGTATGT  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATATAGTATTTTGTTTTAATACCATTGTATGTATGTGTGTGTGTATGT  742

seq1  GTATGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTTTATGTGTGTGTGTGCATGT  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTTTATGTGTGTGTGTGCATGT  792

seq1  GTGTGTGCATGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTATGTGTGTTTGTGT  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGCATGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTATGTGTGTTTGTGT  842

seq1  GCATGTGTGTATGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTCTATGCTACAGTGGAG  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTGTGTATGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTCTATGCTACAGTGGAG  892

seq1  TCTGGAATCTAACTCAGGTCATTAGGCTCAGCATATGTAGTTTTATTCAG  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAATCTAACTCAGGTCATTAGGCTCAGCATATGTAGTTTTATTCAG  942

seq1  CGAGCTATTCTTCTGGCCTGCTGGTAATATTTTCTGAAGTTTTGTTTTAT  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGCTATTCTTCTGGCCTGCTGGTAATATTTTCTGAAGTTTTGTTTTAT  992

seq1  TGTTACTAAGTCTGAAAATTGGCTCTTTATTACACACTGTGTTTTTATTT  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTACTAAGTCTGAAAATTGGCTCTTTATTACACACTGTGTTTTTATTT  1042

seq1  AGCAAACTATCATTTATTTAAGACTTACACATCTTCCAGGCCCAGCACAC  1086
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAACTATCATTTATTTAAGACTTACACATCTTCCAGGCCCAGCACAC  1092

seq1  ACTAGTATCTTCTCAGACTTTATGAAAATAGTGAGCACATATGATCATTC  1136
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGTATCTTCTCAGACTTTATGAAAATAGTGAGCACATATGATCATTC  1142

seq1  TTAGGAGTGAATTC  1150
      ||||||||||||||
seq2  TTAGGAGTGAATTC  1156


seq1: chr8_8912691_8913736
seq2: B6Ng01-301N20.g_69_1129

seq1  GAATTCAATGCATTAGTTTAGAGCTGTCACAGTTCCCATTCTGCAATCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATGCATTAGTTTAGAGCTGTCACAGTTCCCATTCTGCAATCTG  50

seq1  ACCTGAGGAATGCTTTCCATGGGTGATGCCACACTGCTGGGGGCTGTCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGAGGAATGCTTTCCATGGGTGATGCCACACTGCTGGGGGCTGTCAT  100

seq1  CTCAAATACCACTCACCCCAGAATAGCATCAGCAGTATCCTTAGATACAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAATACCACTCACCCCAGAATAGCATCAGCAGTATCCTTAGATACAT  150

seq1  TACATACTGAGTGATAAGATATAGTGAGTATGTACAAGGAATATTTAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATACTGAGTGATAAGATATAGTGAGTATGTACAAGGAATATTTAAAA  200

seq1  ATAGAAACAAAAATTAAAAATTGTAATTGAAGCATAGATAACCCATTTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAAACAAAAATTAAAAATTGTAATTGAAGCATAGATAACCCATTTCA  250

seq1  CATGTTATTTCTAAGCAGCATAGGCTATTTGGACACATTCTCTGTGTGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTATTTCTAAGCAGCATAGGCTATTTGGACACATTCTCTGTGTGTG  300

seq1  TGCACTTGTGTCTGCCTGCATGAATGTGTATGTGTACATGTGTGTGTGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACTTGTGTCTGCCTGCATGAATGTGTATGTGTACATGTGTGTGTGCA  350

seq1  CATGTACATGTGTGCTTGTGTGTGCACATGTGCATGTGAGAGTGTATGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTACATGTGTGCTTGTGTGTGCACATGTGCATGTGAGAGTGTATGCA  400

seq1  TGTATGTGCACATGTGCTTGTGAGTGTGTGTATGTGTGTGCACATGTGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTGCACATGTGCTTGTGAGTGTGTGTATGTGTGTGCACATGTGCA  450

seq1  TGTCAGTGAATTTGTGTGTGTACATTTCCATGTGAGTGTGTTTGTGCACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAGTGAATTTGTGTGTGTACATTTCCATGTGAGTGTGTTTGTGCACA  500

seq1  TATGCATGTGAGTGTGTGTGTGTTTACATGTGCATGTGAATGTGTATTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCATGTGAGTGTGTGTGTGTTTACATGTGCATGTGAATGTGTATTTA  550

seq1  CATGTGCATATGTGTGTGTGCATGTTTCTCTGTGAGAGTGTGAGTGTGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGCATATGTGTGTGTGCATGTTTCTCTGTGAGAGTGTGAGTGTGTG  600

seq1  TTGATTTTTCTTTCCTGGATCTGTAGCCTGCTTCCCAGCCTGCTGATCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTTTTCTTTCCTGGATCTGTAGCCTGCTTCCCAGCCTGCTGATCTC  650

seq1  ACGCATGCATCCTACTGCTTTATCTCCATCATCATTCCCCTCCAGGCAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCATGCATCCTACTGCTTTATCTCCATCATCATTCCCCTCCAGGCAGG  700

seq1  CCTAGATGACCTTCCCACATATCGACCGTTAATCATTCAGCAACATGGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGATGACCTTCCCACATATCGACCGTTAATCATTCAGCAACATGGCT  750

seq1  CGGGAACACTGCTTGAAAAATGAGTTTATCCTGAAGTTCTTGTACATCAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGAACACTGCTTGAAAAATGAGTTTATCCTGAAGTTCTTGTACATCAT  800

seq1  CATGTTTTAACTGAATTTAAGT-CACATTGTTTAGACAACTC-TTCTTTC  848
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CATGTTTTAACTGAATTTAAGTCCACATTGTTTAGACAACTCTTTCTTTC  850

seq1  AGTAA-TTCTATTTA-TTTTTAATTTATGC-TCTTCTGAAGAACAA-TTT  894
      ||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||
seq2  AGTAATTTCTATTTATTTTTTAATTTATGCTTCTTCTGAAGAACAATTTT  900

seq1  TTAAAAGCAA-CATTCAAGAAGG-AAAGCCGTTTA-TTACATTTTC-TGA  940
      |||||||||| ||||| ||| || ||||||||||| |||||||||| |||
seq2  TTAAAAGCAACCATTCCAGATGGAAAAGCCGTTTATTTACATTTTCTTGA  950

seq1  GCTAAACTGTCA-TTGTAGA-CTCCAGAAAGTATGGC-TGCTTCTTATTA  987
      |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GCTAAACTGTCATTTGTAGACCTCCAGAAAGTATGGCTTGCTTCTTATTA  1000

seq1  GGATGATCCCAG-ATTTCTGCTGGATACCTGC-TGGACA-CGATGCCATC  1034
      ||||||| |||| ||||||||||||||| ||| |||||| ||||| ||| 
seq2  GGATGATTCCAGAATTTCTGCTGGATACTTGCTTGGACACCGATGTCAT-  1049

seq1  CCATAGAGACCT  1046
      ||||||||||||
seq2  CCATAGAGACCT  1061


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |