BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-302J06
Chromosome8 (Build37)
Map Location 52,886,775 - 52,981,848
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC623872
Upstream geneLOC667517
Downstream geneLOC100040220, LOC623935, 1190028D05Rik, LOC676688
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-302J06.bB6Ng01-302J06.g
ACCGA096591GA096592
length1,1291,079
definitionB6Ng01-302J06.b B6Ng01-302J06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,980,731 - 52,981,848)(52,886,775 - 52,887,826)
sequence
gaattcttttgcattgattaggtatgctttctcctgtatttaagtacttg
gtgctttgctggtttatatgtaagtagaacaccctatgatgattttcttt
tcaacaacatggtagggaaatatgttaaagattgatttaagctgaatgta
agggggtacacctgtaataccagcgcttgggacccaaaggatgtcaggcc
tctgttaattagaggccagcctgatctgtatagtgagttacaggacatat
agagctacagagtgaggccatacctcagaacaaaaactataagggtaaca
aaaaatgttaatttaaagtagaaaacactgacaatgtatttttcccagaa
gttcagcattggtaggtcaagctaaatccccatatccttcacagtacatg
gtggaaattatatgtttattgtttgactctatccaaaaacttagcctgct
tataaaagaatagtatacttcaaatataagaattttgtaatgtatcatgt
gagtaattttcaaatctgaagagcataatagcaagaaaagtctctgaaaa
ttcagtcaggagtgtgctaacgagatacaacaactacatataataaaata
gaatcctcaaacagggaatttaagaaaaatttaccagtctatgccctgac
ctgcagaacctaaacaacaggattctcgagggaagggagcaggagtgaca
catttgagaccaggacacacgaaggaaggagacaaacaagacaaaaatcc
tgttcaagtatcagttcctcttgggaaattgagggtttataaatctgaaa
accacagacagtatttgctctggtgcacaggccaaaccagtgcgtagtca
cacattgatgccaaaggaatgtctccattgtaaaatgtccagagagcccc
cctatcgtaaagtgtccagagtcaagagaagcaagatagaagaaaacaaa
aagtgttagtagataattggcccagggataggatggagacttgaggtgcc
agggggtttctggaccccaacaagtctaactctgtatagcatagtaatgt
tattttaaatccaatcatagtaatattccctttctaatggagagcacttc
agtctggatggtatctcaagcacttgaat

gaattcaggcttgtgagaagacaggaggggattttagaaccagccctatg
gagagtagaaaactaggagcaacatcaagggctctgttgaggttgctaga
catataaattcacagtagcaccaattatcagatgatgtgatttcttccta
cagtgtgtgcatctgggaataaacattgagaatgctgatgagataaagaa
cacattgaaaaagaggctgagaccaaagacaagggaatgattcatttgtt
taataatgaatttgtatatacatacaataattaggtgagttacatagatg
gaaaattgttatttttgcccttaaagatttttaacaaaatctcaaacaat
ctacatgatgaataattttcattattacagaactactttgggttcatata
atctaaaataaaataaatacctgatactcagagagaggctgatacccgtt
tatttagtcaataaactgactgctcagtattaaagtagaaggaagtgaac
actttctgaatgtctttaataggtggagtgtgtattacttttcatttatc
tagttcaatgagaacggttgcatagttctgcttatagcttatataagcaa
tgaaatggtagaatgctacagtttaggtaggctgtgtttcataaatgaaa
aagtatgaaggatgtgtgtgtgtgtgtgtttgtgtgtgtacatgtacata
caaatatacatatgggtatataaatttatacacacatgagcaaatacaca
tgatatatattattagaatgagagacatatttaggacaatattttacata
tattatgatgaaacaaaatttacatagtaaagataattatagaaattgcc
aaacaatcagtctggatgaatttaatttatttatttgatatttttgaact
gtcattttaaactttcaaattaaattggttaatggggaaatgaaatgtaa
ttacaaattttgaatcaaaatatggttcattaccctccttctaagaagaa
ttgtttagaacaaattgctagacaaaatcccaggttatcctgttgagaca
cagagtaaaccacagagttaaatgacatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_52980731_52981848
seq2: B6Ng01-302J06.b_43_1171 (reverse)

seq1  ATTC-AGTGC-TGAGATA-CAT-CAGACTG-AGTGCTCTCCATTAG-AAG  44
      |||| ||||| ||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||| |||
seq2  ATTCAAGTGCTTGAGATACCATCCAGACTGAAGTGCTCTCCATTAGAAAG  50

seq1  GGAATATTTACTATGA-TGGATT--AAATAACATTACTATGCTATTACAG  91
      |||||| ||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||| |||||
seq2  GGAATA-TTACTATGATTGGATTTAAAATAACATTACTATGCTA-TACAG  98

seq1  AGTTAGACTTGTTGGGGTCCAGAAA-CCCCTGGCACCTCAAGTCTCCATC  140
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGACTTGTTGGGGTCCAGAAACCCCCTGGCACCTCAAGTCTCCATC  148

seq1  CTATCCCTGGGCC-ATTATCTACTAACACTTTTTG-TTTCTTCTATCTTG  188
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CTATCCCTGGGCCAATTATCTACTAACACTTTTTGTTTTCTTCTATCTTG  198

seq1  CTTCTCTTGACTCTGGACACTTTACGATA-GGGGGCTCTCTGGACATTTT  237
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCTTGACTCTGGACACTTTACGATAGGGGGGCTCTCTGGACATTTT  248

seq1  ACAATGGAGACATTCCTTTGGCATCAATGTGTGACTACGCACTGGTTTGG  287
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGGAGACATTCCTTTGGCATCAATGTGTGACTACGCACTGGTTTGG  298

seq1  CCTGTGCACCAGAGCAAATACTGTCTGTGGTTTTCAGATTTATAAACCCT  337
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGCACCAGAGCAAATACTGTCTGTGGTTTTCAGATTTATAAACCCT  348

seq1  CAATTTCCCAAGAGGAACTGATACTTGAACAGGATTTTTGTCTTGTTTGT  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTCCCAAGAGGAACTGATACTTGAACAGGATTTTTGTCTTGTTTGT  398

seq1  CTCCTTCCTTCGTGTGTCCTGGTCTCAAATGTGTCACTCCTGCTCCCTTC  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTCCTTCGTGTGTCCTGGTCTCAAATGTGTCACTCCTGCTCCCTTC  448

seq1  CCTCGAGAATCCTGTTGTTTAGGTTCTGCAGGTCAGGGCATAGACTGGTA  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCGAGAATCCTGTTGTTTAGGTTCTGCAGGTCAGGGCATAGACTGGTA  498

seq1  AATTTTTCTTAAATTCCCTGTTTGAGGATTCTATTTTATTATATGTAGTT  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTTCTTAAATTCCCTGTTTGAGGATTCTATTTTATTATATGTAGTT  548

seq1  GTTGTATCTCGTTAGCACACTCCTGACTGAATTTTCAGAGACTTTTCTTG  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTATCTCGTTAGCACACTCCTGACTGAATTTTCAGAGACTTTTCTTG  598

seq1  CTATTATGCTCTTCAGATTTGAAAATTACTCACATGATACATTACAAAAT  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTATGCTCTTCAGATTTGAAAATTACTCACATGATACATTACAAAAT  648

seq1  TCTTATATTTGAAGTATACTATTCTTTTATAAGCAGGCTAAGTTTTTGGA  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATATTTGAAGTATACTATTCTTTTATAAGCAGGCTAAGTTTTTGGA  698

seq1  TAGAGTCAAACAATAAACATATAATTTCCACCATGTACTGTGAAGGATAT  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTCAAACAATAAACATATAATTTCCACCATGTACTGTGAAGGATAT  748

seq1  GGGGATTTAGCTTGACCTACCAATGCTGAACTTCTGGGAAAAATACATTG  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGATTTAGCTTGACCTACCAATGCTGAACTTCTGGGAAAAATACATTG  798

seq1  TCAGTGTTTTCTACTTTAAATTAACATTTTTTGTTACCCTTATAGTTTTT  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGTTTTCTACTTTAAATTAACATTTTTTGTTACCCTTATAGTTTTT  848

seq1  GTTCTGAGGTATGGCCTCACTCTGTAGCTCTATATGTCCTGTAACTCACT  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGAGGTATGGCCTCACTCTGTAGCTCTATATGTCCTGTAACTCACT  898

seq1  ATACAGATCAGGCTGGCCTCTAATTAACAGAGGCCTGACATCCTTTGGGT  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGATCAGGCTGGCCTCTAATTAACAGAGGCCTGACATCCTTTGGGT  948

seq1  CCCAAGCGCTGGTATTACAGGTGTACCCCCTTACATTCAGCTTAAATCAA  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGCGCTGGTATTACAGGTGTACCCCCTTACATTCAGCTTAAATCAA  998

seq1  TCTTTAACATATTTCCCTACCATGTTGTTGAAAAGAAAATCATCATAGGG  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTAACATATTTCCCTACCATGTTGTTGAAAAGAAAATCATCATAGGG  1048

seq1  TGTTCTACTTACATATAAACCAGCAAAGCACCAAGTACTTAAATACAGGA  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTACTTACATATAAACCAGCAAAGCACCAAGTACTTAAATACAGGA  1098

seq1  GAAAGCATACCTAATCAATGCAAAAGAATTC  1118
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCATACCTAATCAATGCAAAAGAATTC  1129


seq1: chr8_52886775_52887826
seq2: B6Ng01-302J06.g_67_1145

seq1  GAATTCAGGCTTGTGAGAAGACAGGAGGGGATTTTAGAACCAGCCCTATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGCTTGTGAGAAGACAGGAGGGGATTTTAGAACCAGCCCTATG  50

seq1  GAGAGTAGAAAACTAGGAGCAACATCAAGGGCTCTGTTGAGGTTGCTAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGTAGAAAACTAGGAGCAACATCAAGGGCTCTGTTGAGGTTGCTAGA  100

seq1  CATATAAATTCACAGTAGCACCAATTATCAGATGATGTGATTTCTTCCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATAAATTCACAGTAGCACCAATTATCAGATGATGTGATTTCTTCCTA  150

seq1  CAGTGTGTGCATCTGGGAATAAACATTGAGAATGCTGATGAGATAAAGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTGTGCATCTGGGAATAAACATTGAGAATGCTGATGAGATAAAGAA  200

seq1  CACATTGAAAAAGAGGCTGAGACCAAAGACAAGGGAATGATTCATTTGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTGAAAAAGAGGCTGAGACCAAAGACAAGGGAATGATTCATTTGTT  250

seq1  TAATAATGAATTTGTATATACATACAATAATTAGGTGAGTTACATAGATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAATGAATTTGTATATACATACAATAATTAGGTGAGTTACATAGATG  300

seq1  GAAAATTGTTATTTTTGCCCTTAAAGATTTTTAACAAAATCTCAAACAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATTGTTATTTTTGCCCTTAAAGATTTTTAACAAAATCTCAAACAAT  350

seq1  CTACATGATGAATAATTTTCATTATTACAGAACTACTTTGGGTTCATATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACATGATGAATAATTTTCATTATTACAGAACTACTTTGGGTTCATATA  400

seq1  ATCTAAAATAAAATAAATACCTGATACTCAGAGAGAGGCTGATACCCGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAAAATAAAATAAATACCTGATACTCAGAGAGAGGCTGATACCCGTT  450

seq1  TATTTAGTCAATAAACTGACTGCTCAGTATTAAAGTAGAAGGAAGTGAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTAGTCAATAAACTGACTGCTCAGTATTAAAGTAGAAGGAAGTGAAC  500

seq1  ACTTTCTGAATGTCTTTAATAGGTGGAGTGTGTATTACTTTTCATTTATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCTGAATGTCTTTAATAGGTGGAGTGTGTATTACTTTTCATTTATC  550

seq1  TAGTTCAATGAGAACGGTTGCATAGTTCTGCTTATAGCTTATATAAGCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTCAATGAGAACGGTTGCATAGTTCTGCTTATAGCTTATATAAGCAA  600

seq1  TGAAATGGTAGAATGCTACAGTTTAGGTAGGCTGTGTTTCATAAATGAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATGGTAGAATGCTACAGTTTAGGTAGGCTGTGTTTCATAAATGAAA  650

seq1  AAGTATGAAGGATGTGTGTGTGTGTGTGTTTGTGTGTGTACATGTACATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTATGAAGGATGTGTGTGTGTGTGTGTTTGTGTGTGTACATGTACATA  700

seq1  CAAATATACATATGGGTATATAAATTTATACACACATGAGCAAATACACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATATACATATGGGTATATAAATTTATACACACATGAGCAAATACACA  750

seq1  TGATATATATTATTAGAATGAGAGACATATTTAGGACAATATTTTACATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATATATTATTAGAATGAGAGACATATTTAGGACAATATTTTACATA  800

seq1  TATTATGATGAAACAAAATTTACATAGTAAAGATAATTATAGAAATTGCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATGATGAAACAAAATTTACATAGTAAAGATAATTATAGAAATTGCC  850

seq1  AAACAATCAGTCTGGATGAA-TTAATTTATT--ATTGATA-TTTTGAACT  896
      |||||||||||||||||||| ||||||||||   |||||| |||||||||
seq2  AAACAATCAGTCTGGATGAATTTAATTTATTTATTTGATATTTTTGAACT  900

seq1  GTCATTTTAAAC-TTCAAA-TAAATTGG-TAAT-GGGAAATG-AATGTAA  941
      |||||||||||| |||||| |||||||| |||| |||||||| |||||||
seq2  GTCATTTTAAACTTTCAAATTAAATTGGTTAATGGGGAAATGAAATGTAA  950

seq1  TTACAA--TTTG-ATCAAAATAT-GTTCA-TACC--TCTTCT-AGA--GA  981
      ||||||  |||| |||||||||| ||||| ||||   ||||| |||   |
seq2  TTACAAATTTTGAATCAAAATATGGTTCATTACCCTCCTTCTAAGAAGAA  1000

seq1  TTG-TTAGAACAAA-TGCTAGAACAAATCC--AGTTAT-CTG-TGAGACA  1025
      ||| |||||||||| |||||||  ||||||   ||||| ||| |||||||
seq2  TTGTTTAGAACAAATTGCTAGACAAAATCCCAGGTTATCCTGTTGAGACA  1050

seq1  CAGAGTAAA-CACAGAG-TAAATGACATG  1052
      ||||||||| ||||||| |||||||||||
seq2  CAGAGTAAACCACAGAGTTAAATGACATG  1079


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |