BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-305N23
Chromosome8 (Build37)
Map Location 77,101,685 - 77,228,282
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCrry-ps, LOC666146
Downstream geneIsx, Hmgb2l1, Tom1, LOC100039134, Hmox1, Mcm5, Rasd2, LOC675507, LOC384845, LOC666211, LOC100039229, 1700007B14Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-305N23.bB6Ng01-305N23.g
ACCGA099052GA099053
length336988
definitionB6Ng01-305N23.b B6Ng01-305N23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(77,227,947 - 77,228,282)(77,101,685 - 77,102,644)
sequence
caaatggtgctctgttagaggtgtgggcctacagagtgatgcttgtctct
cataaccaaggacctctctgttctcaaatagggttagagtctggccttga
acaccttgtgatgactacttcccccctctctaaaatgcacttcaaatctg
ttgtgccctgtgtcctacaaccctatggtgtgtcagcactgccaactaga
acccctgagcactgaggcagtatgtgtgtatgtgtggggagagagagaga
gagggagagggacagagatagatatatatatagagatatagagatataga
gaaggcccccccttgtactataggccattactactt

gaattcactcttccctcctagagcctagcctgggcatgacagacttgcct
agaatgagaatataatctcctctggggttctacttttcttataactcata
tccaggctcgatcattatcattttcctgcaggggataggggttgtgtctt
cccaagctgcttaaaaagccatctgacttcaccctaaggtgatgtttggt
caccctatctagatgttatctagaagtagataggtgatgttatctagaag
tagaaatagagtgttgagctgtcggtctaagtaaaaaagataaaataagc
atatctgaggaaaaatgtaatgataaaataagtatttgttaagaagcact
gaagccagacacataatgctcttgtgtcatttgttcctcacaaagatccc
ataaggtcataattatcattcctaataaaacatggaagctggagcccaga
gggaccaggtaagaaactcaaggttataagaattccagagctaacaacag
tgagatcatccaagtccaaagctccaattctttgaagtacaggacttcag
cctaagcatgcaatttaggaacagcttcccagaggtgcatatgaataggc
cttgaaagatgaatagagactctaaagatgaaagactcacagcatactca
aatccaaaagcacaaaagattgggacaccagtatgacacgtagatggagc
acaggaaggtacaaaaaccagtaatgccaaagagatgaactgaggacccc
agcacatatgtagtagatttgcagctcagtcttctcatggggtcccccaa
caacgagagcagagctgtccctaaagctgatgtttctctgtggaatctgt
tctcctaattgggcttccttatctggcctcagtggggagaggatgtgcct
agccctgcagagacttgatgtgccagggtgggaggatacccaggggtgct
ctcaccctctcagatgagagaggatgggggtgtaagaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_77227947_77228282
seq2: B6Ng01-305N23.b_54_389 (reverse)

seq1  AAGTAGTAATGGCCTATTGTACAAGTGGGGGCCTTCTCTCTCTCTCTCTC  50
      ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| | ||||| | 
seq2  AAGTAGTAATGGCCTATAGTACAAGGGGGGGCCTTCTCTATATCTCTATA  50

seq1  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCTCTCCCTCTCTCTCTCTCTCCC  100
      ||||| | | | | ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTATATATATATCTATCTCTGTCCCTCTCCCTCTCTCTCTCTCTCCC  100

seq1  CACACATACACACATACTGCCTCAGTGCTCAGGGGTTCTAGTTGGCAGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACATACACACATACTGCCTCAGTGCTCAGGGGTTCTAGTTGGCAGTG  150

seq1  CTGACACACCATAGGGTTGTAGGACACAGGGCACAACAGATTTGAAGTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACACACCATAGGGTTGTAGGACACAGGGCACAACAGATTTGAAGTGC  200

seq1  ATTTTAGAGAGGGGGGAAGTAGTCATCACAAGGTGTTCAAGGCCAGACTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAGAGAGGGGGGAAGTAGTCATCACAAGGTGTTCAAGGCCAGACTC  250

seq1  TAACCCTATTTGAGAACAGAGAGGTCCTTGGTTATGAGAGACAAGCATCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCCTATTTGAGAACAGAGAGGTCCTTGGTTATGAGAGACAAGCATCA  300

seq1  CTCTGTAGGCCCACACCTCTAACAGAGCACCATTTG  336
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTAGGCCCACACCTCTAACAGAGCACCATTTG  336


seq1: chr8_77101685_77102644
seq2: B6Ng01-305N23.g_67_1028

seq1  GAATTCACTCTTCCCTCCTAGAGCCTAGCCTGGGCATGACAGACTTGCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCTTCCCTCCTAGAGCCTAGCCTGGGCATGACAGACTTGCCT  50

seq1  AGAATGAGAATATAATCTCCTCTGGGGTTCTACTTTTCTTATAACTCATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGAGAATATAATCTCCTCTGGGGTTCTACTTTTCTTATAACTCATA  100

seq1  TCCAGGCTCGATCATTATCATTTTCCTGCAGGGGATAGGGGTTGTGTCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGCTCGATCATTATCATTTTCCTGCAGGGGATAGGGGTTGTGTCTT  150

seq1  CCCAAGCTGCTTAAAAAGCCATCTGACTTCACCCTAAGGTGATGTTTGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGCTGCTTAAAAAGCCATCTGACTTCACCCTAAGGTGATGTTTGGT  200

seq1  CACCCTATCTAGATGTTATCTAGAAGTAGATAGGTGATGTTATCTAGAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCTATCTAGATGTTATCTAGAAGTAGATAGGTGATGTTATCTAGAAG  250

seq1  TAGAAATAGAGTGTTGAGCTGTCGGTCTAAGTAAAAAAGATAAAATAAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAATAGAGTGTTGAGCTGTCGGTCTAAGTAAAAAAGATAAAATAAGC  300

seq1  ATATCTGAGGAAAAATGTAATGATAAAATAAGTATTTGTTAAGAAGCACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTGAGGAAAAATGTAATGATAAAATAAGTATTTGTTAAGAAGCACT  350

seq1  GAAGCCAGACACATAATGCTCTTGTGTCATTTGTTCCTCACAAAGATCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCCAGACACATAATGCTCTTGTGTCATTTGTTCCTCACAAAGATCCC  400

seq1  ATAAGGTCATAATTATCATTCCTAATAAAACATGGAAGCTGGAGCCCAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGGTCATAATTATCATTCCTAATAAAACATGGAAGCTGGAGCCCAGA  450

seq1  GGGACCAGGTAAGAAACTCAAGGTTATAAGAATTCCAGAGCTAACAACAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACCAGGTAAGAAACTCAAGGTTATAAGAATTCCAGAGCTAACAACAG  500

seq1  TGAGATCATCCAAGTCCAAAGCTCCAATTCTTTGAAGTACAGGACTTCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATCATCCAAGTCCAAAGCTCCAATTCTTTGAAGTACAGGACTTCAG  550

seq1  CCTAAGCATGCAATTTAGGAACAGCTTCCCAGAGGTGCATATGAATAGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAGCATGCAATTTAGGAACAGCTTCCCAGAGGTGCATATGAATAGGC  600

seq1  CTTGAAAGATGAATAGAGACTCTAAAGATGAAAGACTCACAGCATACTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAAAGATGAATAGAGACTCTAAAGATGAAAGACTCACAGCATACTCA  650

seq1  AATCCAAAAGCACAAAAGATTGGGACACCAGTATGACACGTAGATGGAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCAAAAGCACAAAAGATTGGGACACCAGTATGACACGTAGATGGAGC  700

seq1  ACAGGAAGGTACAAAAACCAGTAATGCCAAAGAGATGAACTGAGGACCCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAAGGTACAAAAACCAGTAATGCCAAAGAGATGAACTGAGGACCCC  750

seq1  AGCACATATGTAGTAGATTTGCAGCTCAGTCTTCTCAT-GGGTCCCCCAA  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AGCACATATGTAGTAGATTTGCAGCTCAGTCTTCTCATGGGGTCCCCCAA  800

seq1  CAACGAGAGCAGAGCTGTCCCTAAAGCTGATGTTTCTCTGTGGAATCTGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACGAGAGCAGAGCTGTCCCTAAAGCTGATGTTTCTCTGTGGAATCTGT  850

seq1  TCTCCTAATTGGGCTTCCTTATCTGGCCTCAGT-GGGAGAGGATGTGCCT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TCTCCTAATTGGGCTTCCTTATCTGGCCTCAGTGGGGAGAGGATGTGCCT  900

seq1  AGCCCTGCAGAGACTTGATGTGCCAGGGTGGGAGGATACCCAGGGGTGCT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTGCAGAGACTTGATGTGCCAGGGTGGGAGGATACCCAGGGGTGCT  950

seq1  CTCACCCTCTCA  960
      ||||||||||||
seq2  CTCACCCTCTCA  962


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |