BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-307H03
Chromosome8 (Build37)
Map Location 106,576,934 - 106,611,866
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC667656
Upstream gene1600027J07Rik, LOC100041397
Downstream geneCdh5, Bean, Tk2, Cklf, Cmtm2a, Cmtm2b, Cmtm3, Cmtm4, Dync1li2, Ccdc79, Appbp1, Car7, LOC628007, 4833426J09Rik, Cdh16, Rrad, 1110019N10Rik, EG637550, LOC382052, LOC100041473, Ces6, LOC628050, 4932416K20Rik, BC015286, Matr3-ps2, Ces2, LOC667754, LOC667760, Ces5, 2310038E17Rik, 2210023G05Rik, LOC436058, EG436059, Es31, EG13909
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-307H03.bB6Ng01-307H03.g
ACCGA100216GA100217
length564657
definitionB6Ng01-307H03.b B6Ng01-307H03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(106,611,322 - 106,611,866)(106,576,934 - 106,577,590)
sequence
accaacttgcttctattatgcaatgtagtctgccatacctgactgtagtg
aagattctaagtatactctgctaagcttgccctgagatttctaactctta
gccagtaaaatactataagaaagcatgcaagaccctccacaatatttcag
ggacaaatctggggcattcgagctatgggaatgccaaggttccaagaggc
tgagtttccttgaaattctttgcctcaggactgcttccaggtttccaaac
ctgtaatgcgagtcactactggagtggatgtagcaccccaccacccatgt
cagtatgaaatctagaccaattaagccctatgcctccatcttaacatctg
tggagaaagcacacttccctcaggcattccttgtgcaagatgctgggaca
gcatgctccgcagccagtgtccctgcatgtggcagctgtgacagtgacta
tccctttacaagtgaaaggagaaactgtcttcaaggttttcagactgtag
aaggcattgaataagggtttctgctatctgcagatacatcaaggggtttt
ggggggtggggtgg
gaattcttggagactgagccccacccaacctgccagactacctgggtccc
ttatgtagactaagagcattgcctcctactgatgatggtggggctcagcc
ctctgctgagtcactagacacctagacctggcttaacaccatcaaacata
ttggaagggcctcctcctccacaaactacactaattaatttgtgatcccc
ggcagggggtcctcagcatcctgcatctgccaacctaattatgaaatagc
cctggcaggcagcttcatggccttgggtgatcccagcacaggcaccaaca
gctggaggggacaacaactaccacctacaaccagatgataaaatgaagtc
atcagcactgctaatgacaaaaatgataaccacaccagccagcatgtatt
gagctcctaggaggtggcacatacttagagaactatctcccacatttcta
cgagctcagaaggtatcaagagcatcctgtttctcaacaggaaatgaagg
ctcagagaggatggagaatttgtcaagcctgtaatagatctaaggtacaa
atgcaagaatgccttcctccaaggcttgttatcatcatagtctacattcc
atagcagggagagggcttgtaccactgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
gtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_106611322_106611866
seq2: B6Ng01-307H03.b_72_616 (reverse)

seq1  CCACCCCACCCCCCAAAACCCCTTGATGTATCTGCAGATAGCAGAAACCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCCCACCCCCCAAAACCCCTTGATGTATCTGCAGATAGCAGAAACCC  50

seq1  TTATTCAATGCCTTCTACAGTCTGAAAACCTTGAAGACAGTTTCTCCTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCAATGCCTTCTACAGTCTGAAAACCTTGAAGACAGTTTCTCCTTT  100

seq1  CACTTGTAAAGGGATAGTCACTGTCACAGCTGCCACATGCAGGGACACTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGTAAAGGGATAGTCACTGTCACAGCTGCCACATGCAGGGACACTG  150

seq1  GCTGCGGAGCATGCTGTCCCAGCATCTTGCACAAGGAATGCCTGAGGGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCGGAGCATGCTGTCCCAGCATCTTGCACAAGGAATGCCTGAGGGAA  200

seq1  GTGTGCTTTCTCCACAGATGTTAAGATGGAGGCATAGGGCTTAATTGGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCTTTCTCCACAGATGTTAAGATGGAGGCATAGGGCTTAATTGGTC  250

seq1  TAGATTTCATACTGACATGGGTGGTGGGGTGCTACATCCACTCCAGTAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTTCATACTGACATGGGTGGTGGGGTGCTACATCCACTCCAGTAGT  300

seq1  GACTCGCATTACAGGTTTGGAAACCTGGAAGCAGTCCTGAGGCAAAGAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCGCATTACAGGTTTGGAAACCTGGAAGCAGTCCTGAGGCAAAGAAT  350

seq1  TTCAAGGAAACTCAGCCTCTTGGAACCTTGGCATTCCCATAGCTCGAATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGGAAACTCAGCCTCTTGGAACCTTGGCATTCCCATAGCTCGAATG  400

seq1  CCCCAGATTTGTCCCTGAAATATTGTGGAGGGTCTTGCATGCTTTCTTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGATTTGTCCCTGAAATATTGTGGAGGGTCTTGCATGCTTTCTTAT  450

seq1  AGTATTTTACTGGCTAAGAGTTAGAAATCTCAGGGCAAGCTTAGCAGAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATTTTACTGGCTAAGAGTTAGAAATCTCAGGGCAAGCTTAGCAGAGT  500

seq1  ATACTTAGAATCTTCACTACAGTCAGGTATGGCAGACTACATTGC  545
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTAGAATCTTCACTACAGTCAGGTATGGCAGACTACATTGC  545

seq1: chr8_106576934_106577590
seq2: B6Ng01-307H03.g_64_720

seq1  GAATTCTTGGAGACTGAGCCCCACCCAACCTGCCAGACTACCTGGGTCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGGAGACTGAGCCCCACCCAACCTGCCAGACTACCTGGGTCCC  50

seq1  TTATGTAGACTAAGAGCATTGCCTCCTACTGATGATGGTGGGGCTCAGCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTAGACTAAGAGCATTGCCTCCTACTGATGATGGTGGGGCTCAGCC  100

seq1  CTCTGCTGAGTCACTAGACACCTAGACCTGGCTTAACACCATCAAACATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCTGAGTCACTAGACACCTAGACCTGGCTTAACACCATCAAACATA  150

seq1  TTGGAAGGGCCTCCTCCTCCACAAACTACACTAATTAATTTGTGATCCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAAGGGCCTCCTCCTCCACAAACTACACTAATTAATTTGTGATCCCC  200

seq1  GGCAGGGGGTCCTCAGCATCCTGCATCTGCCAACCTAATTATGAAATAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGGGGTCCTCAGCATCCTGCATCTGCCAACCTAATTATGAAATAGC  250

seq1  CCTGGCAGGCAGCTTCATGGCCTTGGGTGATCCCAGCACAGGCACCAACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCAGGCAGCTTCATGGCCTTGGGTGATCCCAGCACAGGCACCAACA  300

seq1  GCTGGAGGGGACAACAACTACCACCTACAACCAGATGATAAAATGAAGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAGGGGACAACAACTACCACCTACAACCAGATGATAAAATGAAGTC  350

seq1  ATCAGCACTGCTAATGACAAAAATGATAACCACACCAGCCAGCATGTATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGCACTGCTAATGACAAAAATGATAACCACACCAGCCAGCATGTATT  400

seq1  GAGCTCCTAGGAGGTGGCACATACTTAGAGAACTATCTCCCACATTTCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTCCTAGGAGGTGGCACATACTTAGAGAACTATCTCCCACATTTCTA  450

seq1  CGAGCTCAGAAGGTATCAAGAGCATCCTGTTTCTCAACAGGAAATGAAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGCTCAGAAGGTATCAAGAGCATCCTGTTTCTCAACAGGAAATGAAGG  500

seq1  CTCAGAGAGGATGGAGAATTTGTCAAGCCTGTAATAGATCTAAGGTACAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAGAGGATGGAGAATTTGTCAAGCCTGTAATAGATCTAAGGTACAA  550

seq1  ATGCAAGAATGCCTTCCTCCAAGGCTTGTTATCATCATAGTCTACATTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAAGAATGCCTTCCTCCAAGGCTTGTTATCATCATAGTCTACATTCC  600

seq1  ATAGCAGGGAGAGGGCTTGTACCACTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCAGGGAGAGGGCTTGTACCACTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  650

seq1  GTGTGTG  657
      |||||||
seq2  GTGTGTG  657