BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-307L06
Chromosome8 (Build37)
Map Location 77,401,481 - 77,575,611
singlet/doubletdoublet
Overlap geneIsx, Hmgb2l1, Tom1
Upstream genenone
Downstream geneLOC100039134, Hmox1, Mcm5, Rasd2, LOC675507, LOC384845, LOC666211, LOC100039229, 1700007B14Rik, LOC666036
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-307L06.bB6Ng01-307L06.g
ACCGA100405GA100406
length7141,130
definitionB6Ng01-307L06.b B6Ng01-307L06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(77,401,481 - 77,402,191)(77,574,480 - 77,575,611)
sequence
gaattcctgacataaactgcttacaggaaaaaagatttacttgagcaaac
atttttgagaggattcaattcatggacatttgtccctattctcttgggca
gaacaccatgatagtagggagtgtggagtgagtggttgttccccctcatg
ataggaagcagaggaagaagagaaatctggaaccctgtataattttcaaa
ggtatcaaaacacagtgacatactttctcttgctaggctttgcctctaaa
agttacaacttctcaaagtaacctggaaaaatagggaccaactgttcaaa
gcatgaaataacatattcacagcagagcaaatgtggagttggatgccagc
acttattccaaggggcacgtgattctgtctcctccacctgctcccatgga
gcccactcaacgtcaccagtaccacagtcactaactaatttggaaaagga
aaggattattttggttcaccatttcctggacttcaactacaatctattgg
ccacattggtctgttcaggcctatgatggcatccacatcacagcaggggt
atgtggtggagaaaactatgcttctcatatccaggaagcaaaagtgagac
agaggaagagcaggagcctcctccaaccattcaagggcacagctccagtg
aactgaatgcctgttgggtcacagctttcctaaagttttagaacttcaca
acaccattgggctg

gaattcccccaccccttgaggccaccgatacaccctaccctgccaaagag
cacacctggatgaggttcaacaccttgtcatgcacaatggtgggtggatt
gttcttcggcaggatggtcctcaccagcacattctctacaaagtcctggt
tggccaccagtacatggaagcggtgcccacagttcttaacacatgtttcc
aagacctgtaggtcaaggtgcccaagagaatgccccatcagggaagggaa
gcccagcagaagacaggaggcttccagaagggagcccctaggacataaga
atggaaacggtgatggatttggaggcttgcctcctaggggactgggacat
gacaggacagacaagactcccttcctactaggccagtgcctataacctaa
ccctggtttctagttcacatcgtctagagcagtggttctctatcttctta
atgctttgaccttttgacatagttcctcatgtggtggtgacccctcaacc
ataaaattatttttgttgctacttcataactgtaattttgctactgttat
ttttgttttgttttgttttattttattttattttttttttgtttttttga
gacagggtttctctgtgtagccctggctgtcctggatctcactttgtaga
ccaggctagcctcaaactcagaaatccgcctgcctctgcctcccgagtgc
tgggattaaaggcctgtgacaccacgcccggagctactgttatcttaatg
aatcttaatgtaaacatctgatatgcaggatatctgatatgtgaccctgg
taaaagtcatttgacccccaaaggggttgtgacccatacatttcgaaaca
ctggtatggaagcttagagattcaggaggaagcagatacaacttaggttg
gtaacatcatgacccagggaccaagcactgacctcttcccaaggcctagc
agaagctgcttgtgctttgcagggtccgcaggtcatctggatctaggcac
taccgtgtagaggctgggaatagggtgtctcctgcctattttccagtcat
gttgctctgaaggacggaatgtcggatgcttggccatgctgggcctgctt
agtactgagtcaacactgttcctagaacag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_77401481_77402191
seq2: B6Ng01-307L06.b_48_761

seq1  GAATTCCTGACATAAACTGCTTACAGGAAAAAAGATTTACTTGAGCAAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGACATAAACTGCTTACAGGAAAAAAGATTTACTTGAGCAAAC  50

seq1  ATTTTTGAGAGGATTCAATTCATGGACATTTGTCCCTATTCTCTTGGGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTGAGAGGATTCAATTCATGGACATTTGTCCCTATTCTCTTGGGCA  100

seq1  GAACACCATGATAGTAGGGAGTGTGGAGTGAGTGGTTGTTCCCCCTCATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACACCATGATAGTAGGGAGTGTGGAGTGAGTGGTTGTTCCCCCTCATG  150

seq1  ATAGGAAGCAGAGGAAGAAGAGAAATCTGGAACCCTGTATAATTTTCAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGAAGCAGAGGAAGAAGAGAAATCTGGAACCCTGTATAATTTTCAAA  200

seq1  GGTATCAAAACACAGTGACATACTTTCTCTTGCTAGGCTTTGCCTCTAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATCAAAACACAGTGACATACTTTCTCTTGCTAGGCTTTGCCTCTAAA  250

seq1  AGTTACAACTTCTCAAAGTAACCTGGAAAAATAGGGACCAACTGTTCAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTACAACTTCTCAAAGTAACCTGGAAAAATAGGGACCAACTGTTCAAA  300

seq1  GCATGAAATAACATATTCACAGCAGAGCAAATGTGGAGTTGGATGCCAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGAAATAACATATTCACAGCAGAGCAAATGTGGAGTTGGATGCCAGC  350

seq1  ACTTATTCCAAGGGGCACGTGATTCTGTCTCCTCCACCTGCTCCCATGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTATTCCAAGGGGCACGTGATTCTGTCTCCTCCACCTGCTCCCATGGA  400

seq1  GCCCACTCAACGTCACCAGTACCACAGTCACTAACTAATTTGGAAAAGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCACTCAACGTCACCAGTACCACAGTCACTAACTAATTTGGAAAAGGA  450

seq1  AAGGATTATTTTGGTTCACCATTTCCTGGACTTCAACTACAATCTATTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGATTATTTTGGTTCACCATTTCCTGGACTTCAACTACAATCTATTGG  500

seq1  CCACATTGGTCTGTTCAGGCCTATGATGGCATCCACATCACAGCAGGGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATTGGTCTGTTCAGGCCTATGATGGCATCCACATCACAGCAGGGGT  550

seq1  ATGTGGTGGAGAAAACTATGCTTCTCATATCCAGGAAGCAAAAGTGAGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGTGGAGAAAACTATGCTTCTCATATCCAGGAAGCAAAAGTGAGAC  600

seq1  AGAGGAAGAGCAGGAGCCTCCTCCAACCATTCAAGGGCACAGCTCCAGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGAAGAGCAGGAGCCTCCTCCAACCATTCAAGGGCACAGCTCCAGTG  650

seq1  AACTGAATGCCTGTT-GGTCACAGC-TTCCTAAAGTTTTAGAACTTCACA  698
      ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGAATGCCTGTTGGGTCACAGCTTTCCTAAAGTTTTAGAACTTCACA  700

seq1  ACACCA-TGGGCTG  711
      |||||| |||||||
seq2  ACACCATTGGGCTG  714


seq1: chr8_77574480_77575611
seq2: B6Ng01-307L06.g_65_1194 (reverse)

seq1  CTGTGTCTAAGAACAGTGTTGACCTCAGTACTAAGACAGG-CCAGCATGG  49
      |||| |||| |||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||| |
seq2  CTGT-TCTAGGAACAGTGTTGA-CTCAGTACTAAG-CAGGCCCAGCAT-G  46

seq1  GCCAAGCATCAGACATCCTGT-CTTCAGAGCAACATGGCTGGAAAATAGG  98
      |||||||||| ||||| | || ||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GCCAAGCATCCGACATTCCGTCCTTCAGAGCAACATGACTGGAAAATAGG  96

seq1  CAGGAGAACACCCTA-TCCCAGCCTCTACACGGTAGTGCCTAGATCCAGA  147
      |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAG-ACACCCTATTCCCAGCCTCTACACGGTAGTGCCTAGATCCAGA  145

seq1  TGGCCCTGC-GACCCTGCAAAGCACAAGCAGCTTCTGCTAGGCCTTGGGA  196
      | | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  T-GACCTGCGGACCCTGCAAAGCACAAGCAGCTTCTGCTAGGCCTTGGGA  194

seq1  AGAGGTCAGTGCTTGGTCCCTGGGTCATGATGTTACCAACCTAAGTTGTA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTCAGTGCTTGGTCCCTGGGTCATGATGTTACCAACCTAAGTTGTA  244

seq1  TCTGCTTCCTCCTGAATCTCTAAGCTTCCATACCAGTGTTTCGAAATGTA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTTCCTCCTGAATCTCTAAGCTTCCATACCAGTGTTTCGAAATGTA  294

seq1  TGGGTCACAACCCCTTTGGGGGTCAAATGACTTTTACCAGGGTCACATAT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTCACAACCCCTTTGGGGGTCAAATGACTTTTACCAGGGTCACATAT  344

seq1  CAGATATCCTGCATATCAGATGTTTACATTAAGATTCATTAAGATAACAG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATATCCTGCATATCAGATGTTTACATTAAGATTCATTAAGATAACAG  394

seq1  TAGCTCCGGGCGTGGTGTCACAGGCCTTTAATCCCAGCACTCGGGAGGCA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTCCGGGCGTGGTGTCACAGGCCTTTAATCCCAGCACTCGGGAGGCA  444

seq1  GAGGCAGGCGGATTTCTGAGTTTGAGGCTAGCCTGGTCTACAAAGTGAGA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAGGCGGATTTCTGAGTTTGAGGCTAGCCTGGTCTACAAAGTGAGA  494

seq1  TCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAAACAAAA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAAACAAAA  544

seq1  AAAAAATAAAATAAAATAAAACAAAACAAAACAAAAATAACAGTAGCAAA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAATAAAATAAAATAAAACAAAACAAAACAAAAATAACAGTAGCAAA  594

seq1  ATTACAGTTATGAAGTAGCAACAAAAATAATTTTATGGTTGAGGGGTCAC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACAGTTATGAAGTAGCAACAAAAATAATTTTATGGTTGAGGGGTCAC  644

seq1  CACCACATGAGGAACTATGTCAAAAGGTCAAAGCATTAAGAAGATAGAGA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACATGAGGAACTATGTCAAAAGGTCAAAGCATTAAGAAGATAGAGA  694

seq1  ACCACTGCTCTAGACGATGTGAACTAGAAACCAGGGTTAGGTTATAGGCA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACTGCTCTAGACGATGTGAACTAGAAACCAGGGTTAGGTTATAGGCA  744

seq1  CTGGCCTAGTAGGAAGGGAGTCTTGTCTGTCCTGTCATGTCCCAGTCCCC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCTAGTAGGAAGGGAGTCTTGTCTGTCCTGTCATGTCCCAGTCCCC  794

seq1  TAGGAGGCAAGCCTCCAAATCCATCACCGTTTCCATTCTTATGTCCTAGG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAGGCAAGCCTCCAAATCCATCACCGTTTCCATTCTTATGTCCTAGG  844

seq1  GGCTCCCTTCTGGAAGCCTCCTGTCTTCTGCTGGGCTTCCCTTCCCTGAT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCCCTTCTGGAAGCCTCCTGTCTTCTGCTGGGCTTCCCTTCCCTGAT  894

seq1  GGGGCATTCTCTTGGGCACCTTGACCTACAGGTCTTGGAAACATGTGTTA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCATTCTCTTGGGCACCTTGACCTACAGGTCTTGGAAACATGTGTTA  944

seq1  AGAACTGTGGGCACCGCTTCCATGTACTGGTGGCCAACCAGGACTTTGTA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTGTGGGCACCGCTTCCATGTACTGGTGGCCAACCAGGACTTTGTA  994

seq1  GAGAATGTGCTGGTGAGGACCATCCTGCCGAAGAACAATCCACCCACCAT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATGTGCTGGTGAGGACCATCCTGCCGAAGAACAATCCACCCACCAT  1044

seq1  TGTGCATGACAAGGTGTTGAACCTCATCCAGGTGTGCTCTTTGGCAGGGT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCATGACAAGGTGTTGAACCTCATCCAGGTGTGCTCTTTGGCAGGGT  1094

seq1  AGGGTGTATCGGTGGCCTCAAGGGGTGGGGGAATTC  1132
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTGTATCGGTGGCCTCAAGGGGTGGGGGAATTC  1130


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |