BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-307M06
Chromosome8 (Build37)
Map Location 12,358,528 - 12,485,738
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG434280, EG434279, Sox1
Upstream geneCol4a2, Rab20, 0710008K08Rik, Cars2, Ing1, Ankrd10, 1700016D06Rik, EG665271, LOC665363, LOC624710, LOC665373, Arhgef7, 1700018L24Rik, LOC100040155, LOC100040175
Downstream gene1700094C09Rik, Tubgcp3, Atp11a, LOC100040229, Mcf2l, F7, F10, Proz, Pcid2, Cul4a, Lamp1, Grtp1, Adprhl1, Dcun1d2, Tmco3, Tfdp1, Atp4b, Grk1, Gm687, Gas6
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-307M06.bB6Ng01-307M06.g
ACCGA100451GA100452
length1,1921,138
definitionB6Ng01-307M06.b B6Ng01-307M06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(12,484,551 - 12,485,738)(12,358,528 - 12,359,653)
sequence
gaattcttgtcttttaaggatatagaacactgcccagcaagcaaagaggg
aggcaggtaagggtttattaaacataaaagttctcagcgctaaagaagga
ccttgaagctggtgacaagaaagaagctctgcccacggatttctaagtgg
gtttcaaaagaggaagtaggttttgactggttctcttatatgctaattag
gcgagaaactaagaaccaatcaggagagagccccgcaaacccagccatgt
tctcaattaagtctgtggctccaaccataccctttgatgttaccaaggat
ggcgatggggttggggcacagtatcgggaagagcttgtccctttgggtct
taccccagagtgtctgtctactccctgcctgtctgagaggcctgcttcag
ctctgcataccgtacacttctgctgaaatattttctccgtctttgacaaa
gtaagcattttggctgtcttgattggaaccttctagaaagaaagctgcac
ctcacgtgcctgtcctgaaggcagagctgcttggggtgctccatgcttgg
gggacttttccttcaggagctgctgctgaggggttagaaccccagttggc
tctagctggtgctgggtggctaggaggggctgagaaaacctcccatcata
ctttgctctaacagaatgtaggaggggacccctgacctacctgcccatca
agggccatgctgaaggaccatagtgtgtcacatcataggaatcaatgtcc
ctgaagggacagctttactgttcttcttgtctaagctagattcatgttag
ggcctccattcttccgtgtttggcaggttcagaggaatcacgtgacgaat
gaggcaagcatgtggctgctctggaaccccagatgcaggagggcttccta
ttgcttcttcagctgtactaacaacaacacaacacagctgcctgcgcgat
ggggacaggtgactcagcgtgtcacgctctgtgtgttctctatagagggg
cacaatggaggatctcttccatgcgtttcttctattctgccgtgtctttg
gacttgccttcctcaagcaattactcagcctgggcttttttcttaacttg
gaggtgtgcgcctcccaggctacaatattgtcttgaaattggtcatagaa
atcctctagagccaaaggaacatggaaccctcctctaaaaca
gaattcttgtggatgtggacagatcttctcacctaatcaactatatccac
actgcttccaccacagaccaatgcccagtactgaggaattcactcaaaca
caactctgctacccaggctggccccagaagtctactcctcagatgaccac
acagtgagcaggactccaggtaacactggactgactgagtcagggagaag
gcctgtggcctctggagtcaagcaggccaagacacaagcagtttctagaa
cagatcaaagggaccaagaagaacacatggaccccacatggtcagcacac
aaaacctggaagacagcagacagggcccagcccagacagcagatgaaacc
tgaggcctcaggtctcagcagatgccagccagtgcctcatgggtggaaca
tccctggaagggcatcccagagagaacaaatcccagtgtatcatgctgtc
cccaatagtcactcatctaattgtgttaatgacccagaggctttctgcca
gcccctgattaagctgagataccacacacacagcaaagagctcgaatctc
tctcaaatcacaaagatgtggtcttaccaatgtacaaggagagtttgggt
attattttgctttcataagagatagacagcaaagggggagatgtgtgtga
ggaaaggagacatggagtacctggatgcatacctagtgggtggcacaggt
ggctgtggagaattgtacccatcatctatgaaacctacctgaacatagcc
tcagacatcctgcaaacttggtttacatgcccccagcccctctgggactc
tgaggtatgttcaggcccctaccatacagggtccttgagaacccagagca
gaactcgtaaatgtctgtgtaggcatgagcacaggtgaccatgctgtcac
agggcttcaggtgccagggttgcttgatacaaacgtcatgttgcttagag
atcatctttcaagggtaaaaatccctctaaggcactgacctttcctagac
acttcaagagggtccctttcagtgggtcctgcgctagtgggttgtcttca
gtgagtccttgacagagctacaagaagagagcatggccaagaaggagtct
agatgaccattgcctgtgtcgtgtttaacagaactctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_12484551_12485738
seq2: B6Ng01-307M06.b_44_1235 (reverse)

seq1  TGTTTT--AGGAG----TCATGTCCCTTT-GCTCTAGAGATTTCCTATGA  43
      ||||||  |||||     ||||| ||||| |||||||||  || ||||||
seq2  TGTTTTAGAGGAGGGTTCCATGTTCCTTTGGCTCTAGAGGATTTCTATGA  50

seq1  CAATTTCCAAGACAATATGGTAG-CTGGGAGGCGCACACCT-CAAGTTA-  90
      | | || ||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||| 
seq2  CCAATTTCAAGACAATATTGTAGCCTGGGAGGCGCACACCTCCAAGTTAA  100

seq1  -GAAAAAGCCCAGGGCTGAGGTATGGCTTGAGGAAGGGCAAGTCCAAAAG  139
        |||||||||| |||||||  || |||||||||| ||||||||||||  
seq2  GAAAAAAGCCCA-GGCTGAGTAATTGCTTGAGGAA-GGCAAGTCCAAA--  146

seq1  GACACGGGCAGAATAGAGGAAACGCATGGGAAGAGAATCCTCCATTGTGC  189
      ||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||
seq2  GACAC-GGCAGAATAGAAGAAACGCAT-GGAAGAG-ATCCTCCATTGTGC  193

seq1  CCCTCTATAGAGAACACACAGAGCGTGACACGCTGAGTCACCTGTCCCCA  239
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTATAGAGAACACACAGAGCGTGACACGCTGAGTCACCTGTCCCCA  243

seq1  TCGCGCAGGCAGCTGTGTTGTGTTGTTGTTAGTACAGCTGAAGAAGCAAT  289
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCGCAGGCAGCTGTGTTGTGTTGTTGTTAGTACAGCTGAAGAAGCAAT  293

seq1  AGGAAGCCCTCCTGCATCTGGGGTTCCAGAGCAGCCACATGCTTGCCTCA  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGCCCTCCTGCATCTGGGGTTCCAGAGCAGCCACATGCTTGCCTCA  343

seq1  TTCGTCACGTGATTCCTCTGAACCTGCCAAACACGGAAGAATGGAGGCCC  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGTCACGTGATTCCTCTGAACCTGCCAAACACGGAAGAATGGAGGCCC  393

seq1  TAACATGAATCTAGCTTAGACAAGAAGAACAGTAAAGCTGTCCCTTCAGG  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATGAATCTAGCTTAGACAAGAAGAACAGTAAAGCTGTCCCTTCAGG  443

seq1  GACATTGATTCCTATGATGTGACACACTATGGTCCTTCAGCATGGCCCTT  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTGATTCCTATGATGTGACACACTATGGTCCTTCAGCATGGCCCTT  493

seq1  GATGGGCAGGTAGGTCAGGGGTCCCCTCCTACATTCTGTTAGAGCAAAGT  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGGCAGGTAGGTCAGGGGTCCCCTCCTACATTCTGTTAGAGCAAAGT  543

seq1  ATGATGGGAGGTTTTCTCAGCCCCTCCTAGCCACCCAGCACCAGCTAGAG  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGGGAGGTTTTCTCAGCCCCTCCTAGCCACCCAGCACCAGCTAGAG  593

seq1  CCAACTGGGGTTCTAACCCCTCAGCAGCAGCTCCTGAAGGAAAAGTCCCC  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACTGGGGTTCTAACCCCTCAGCAGCAGCTCCTGAAGGAAAAGTCCCC  643

seq1  CAAGCATGGAGCACCCCAAGCAGCTCTGCCTTCAGGACAGGCACGTGAGG  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCATGGAGCACCCCAAGCAGCTCTGCCTTCAGGACAGGCACGTGAGG  693

seq1  TGCAGCTTTCTTTCTAGAAGGTTCCAATCAAGACAGCCAAAATGCTTACT  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCTTTCTTTCTAGAAGGTTCCAATCAAGACAGCCAAAATGCTTACT  743

seq1  TTGTCAAAGACGGAGAAAATATTTCAGCAGAAGTGTACGGTATGCAGAGC  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCAAAGACGGAGAAAATATTTCAGCAGAAGTGTACGGTATGCAGAGC  793

seq1  TGAAGCAGGCCTCTCAGACAGGCAGGGAGTAGACAGACACTCTGGGGTAA  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCAGGCCTCTCAGACAGGCAGGGAGTAGACAGACACTCTGGGGTAA  843

seq1  GACCCAAAGGGACAAGCTCTTCCCGATACTGTGCCCCAACCCCATCGCCA  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCAAAGGGACAAGCTCTTCCCGATACTGTGCCCCAACCCCATCGCCA  893

seq1  TCCTTGGTAACATCAAAGGGTATGGTTGGAGCCACAGACTTAATTGAGAA  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGGTAACATCAAAGGGTATGGTTGGAGCCACAGACTTAATTGAGAA  943

seq1  CATGGCTGGGTTTGCGGGGCTCTCTCCTGATTGGTTCTTAGTTTCTCGCC  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGCTGGGTTTGCGGGGCTCTCTCCTGATTGGTTCTTAGTTTCTCGCC  993

seq1  TAATTAGCATATAAGAGAACCAGTCAAAACCTACTTCCTCTTTTGAAACC  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTAGCATATAAGAGAACCAGTCAAAACCTACTTCCTCTTTTGAAACC  1043

seq1  CACTTAGAAATCCGTGGGCAGAGCTTCTTTCTTGTCACCAGCTTCAAGGT  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTAGAAATCCGTGGGCAGAGCTTCTTTCTTGTCACCAGCTTCAAGGT  1093

seq1  CCTTCTTTAGCGCTGAGAACTTTTATGTTTAATAAACCCTTACCTGCCTC  1139
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTTTAGCGCTGAGAACTTTTATGTTTAATAAACCCTTACCTGCCTC  1143

seq1  CCTCTTTGCTTGCTGGGCAGTGTTCTATATCCTTAAAAGACAAGAATTC  1188
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTTGCTTGCTGGGCAGTGTTCTATATCCTTAAAAGACAAGAATTC  1192

seq1: chr8_12358528_12359653
seq2: B6Ng01-307M06.g_65_1202

seq1  GAATTCTTGTGGATGTGGACAGATCTTCTCACCTAATCAACTATATCCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGTGGATGTGGACAGATCTTCTCACCTAATCAACTATATCCAC  50

seq1  ACTGCTTCCACCACAGACCAATGCCCAGTACTGAGGAATTCACTCAAACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTTCCACCACAGACCAATGCCCAGTACTGAGGAATTCACTCAAACA  100

seq1  CAACTCTGCTACCCAGGCTGGCCCCAGAAGTCTACTCCTCAGATGACCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTCTGCTACCCAGGCTGGCCCCAGAAGTCTACTCCTCAGATGACCAC  150

seq1  ACAGTGAGCAGGACTCCAGGTAACACTGGACTGACTGAGTCAGGGAGAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGAGCAGGACTCCAGGTAACACTGGACTGACTGAGTCAGGGAGAAG  200

seq1  GCCTGTGGCCTCTGGAGTCAAGCAGGCCAAGACACAAGCAGTTTCTAGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGTGGCCTCTGGAGTCAAGCAGGCCAAGACACAAGCAGTTTCTAGAA  250

seq1  CAGATCAAAGGGACCAAGAAGAACACATGGACCCCACATGGTCAGCACAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATCAAAGGGACCAAGAAGAACACATGGACCCCACATGGTCAGCACAC  300

seq1  AAAACCTGGAAGACAGCAGACAGGGCCCAGCCCAGACAGCAGATGAAACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCTGGAAGACAGCAGACAGGGCCCAGCCCAGACAGCAGATGAAACC  350

seq1  TGAGGCCTCAGGTCTCAGCAGATGCCAGCCAGTGCCTCATGGGTGGAACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGCCTCAGGTCTCAGCAGATGCCAGCCAGTGCCTCATGGGTGGAACA  400

seq1  TCCCTGGAAGGGCATCCCAGAGAGAACAAATCCCAGTGTATCATGCTGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGGAAGGGCATCCCAGAGAGAACAAATCCCAGTGTATCATGCTGTC  450

seq1  CCCAATAGTCACTCATCTAATTGTGTTAATGACCCAGAGGCTTTCTGCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAATAGTCACTCATCTAATTGTGTTAATGACCCAGAGGCTTTCTGCCA  500

seq1  GCCCCTGATTAAGCTGAGATACCACACACACAGCAAAGAGCTCGAATCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCTGATTAAGCTGAGATACCACACACACAGCAAAGAGCTCGAATCTC  550

seq1  TCTCAAATCACAAAGATGTGGTCTTACCAATGTACAAGGAGAGTTTGGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAATCACAAAGATGTGGTCTTACCAATGTACAAGGAGAGTTTGGGT  600

seq1  ATTATTTTGCTTTCATAAGAGATAGACAGCAAAGGGGGAGATGTGTGTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTTTGCTTTCATAAGAGATAGACAGCAAAGGGGGAGATGTGTGTGA  650

seq1  GGAAAGGAGACATGGAGTACCTGGATGCATACCTAGTGGGTGGCACAGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGGAGACATGGAGTACCTGGATGCATACCTAGTGGGTGGCACAGGT  700

seq1  GGCTGTGGAGAATTGTACCCATCATCTATGAAACCTACCTGAACATAGCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTGGAGAATTGTACCCATCATCTATGAAACCTACCTGAACATAGCC  750

seq1  TCAGACATCCTGCAAACTTGGTTTACATGCCCCCAGCCCCTCTGGGACTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGACATCCTGCAAACTTGGTTTACATGCCCCCAGCCCCTCTGGGACTC  800

seq1  TGAGGTATGTTCAGGCCCCTACCATACAGGGTCCTTGAGAACCCAGAGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTATGTTCAGGCCCCTACCATACAGGGTCCTTGAGAACCCAGAGCA  850

seq1  GAACTCGTAAATGTCTGTGTAGGCATGAGCACAGGTGACCATGCTGTCAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCGTAAATGTCTGTGTAGGCATGAGCACAGGTGACCATGCTGTCAC  900

seq1  AGGGCTTCAGGTGCCAGGG-TGCTTGATACAAACGTCATGTTGCTTAGAG  949
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTTCAGGTGCCAGGGTTGCTTGATACAAACGTCATGTTGCTTAGAG  950

seq1  ATCATC-TTCAAGGGT-AAAATCCCTCTAAGGCACTGACC-TTCTAAGAC  996
      |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||  ||||
seq2  ATCATCTTTCAAGGGTAAAAATCCCTCTAAGGCACTGACCTTTCCTAGAC  1000

seq1  AC-TCAGGAGGGT-CCTTTCAGTGGGTCCTGGGCTAGTGG--TGCCTCAG  1042
      || ||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||  || ||   
seq2  ACTTCAAGAGGGTCCCTTTCAGTGGGTCCTGCGCTAGTGGGTTGTCTTCA  1050

seq1  GTGAG-CCCTGACAGAGCTACAAGAGAGGAGCATGCCCAAAGAGGAGGTC  1091
      ||||| || ||||||||||||||||   ||||||| ||||  |||| |||
seq2  GTGAGTCCTTGACAGAGCTACAAGAAGAGAGCATGGCCAAGAAGGA-GTC  1099

seq1  TAGATGAACATGCCCTGTGTCGTGT---ACAGAA-TCTC  1126
      ||||||| |||  ||||||||||||   |||||| ||||
seq2  TAGATGACCATTGCCTGTGTCGTGTTTAACAGAACTCTC  1138