BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-309P04
Chromosome8 (Build37)
Map Location 104,003,413 - 104,116,848
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100042086, LOC100042092, LOC384895
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-309P04.bB6Ng01-309P04.g
ACCGA102062GA102063
length1,1481,075
definitionB6Ng01-309P04.b B6Ng01-309P04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(104,115,707 - 104,116,848)(104,003,413 - 104,004,483)
sequence
gaattcactttttacataaagtgggggacaggcagcattcttgatatgct
acaagagcaaagtgcacagcagatatgggatataagagtggcagtgttgt
ttgtcggaagaggggatagttggcatcaattccctttggttagagtgact
tattgtggaaatccatccatgcaaatgagagaatttgtaacttttccatg
tttactttaggtaaaagttttgtttagaaggcaacaactctgtgtgctca
tgtctgggttaattgtgatgtctgttctcagaaatgccattttgtccatc
atgtatctgcccataaagcaacctgtgtgtcccattgcagaaacatttct
gcattagatgtgtattataaaggtgctagatgcagacctaactctcttct
taatctctcagttatggcatgttctctatcagaatcagttagcaagaggg
tctactcagggggaagaactgtatggaatactcaacagtctgaaagaaag
ccatcattggaggaaaggtttgtgcaaggatgcaatgtaccaagagacct
cgtatttgattctgactttgttactacataggatgggtcatgcagtaccc
acatagcatgtaatttgtgacaaggtctctctctatagttcaggctggtt
tgtgagtaactatatagcccaggctcttttctctgttttagactacccaa
agttgagcacatagatcctttattagcccttatccttactttatatctca
tagtttctttgcaagaccaagtgaaaaagtaaaataaaatttgaaaatta
ttcatagcagatggcacataaacaatatttaagcctgaaaattaaaaata
tatataaaattaatagattaaatatttactttagaaacacctaatattta
agaaaatattttgtcattacaatgctacaactactattttcccttgggct
acaattgctaacatttttttccttcttgtcattacaatagaaataaatac
atatatctttataaaagaccatgcctgatagtataataacactagtttac
tctaaataatatgtaaattatatgcaataataaaaacaatgtagcatatg
cctctgagctgtctttttgttctcaactgaatcatgtcaacttggttt

gaattcattcctatgctaaaggatgaatttatgttaattgttcatttaga
gtggataaaattgtcttctattttagaaggcactgacctcatccgggaat
ggagagggtagaagttgaaataaaatgtgagtcttatttttttaaagcct
agaataatgaataaaacaaacacgtagtaaaaacacagacctcggagtca
gatgctgtgatggatatagacaaatatcagaaatgcatatgagagatcta
tctctaaggctggacccaggtttcttaagatacaaatgtagtgtttggat
ctgacaaacattatctaattccactatggggaattcaatgggagctactg
tggatttttgttaggctatactattttcctaacagatccataaatcactt
ttctggtataagtgcaaactaaaaagctagtccgagggttctggttaaag
atatccctagaaatatattccagctccaatgtcccctgaggtggaaactt
aagggttctttggaaagtcagttgtgttggaaagctgtctctgttcaatt
tgatgagtacattcaaacagggttggaaaaagatgaacataaactgaatt
aaataacagttccactttcaagacagcgaacaatgtctatttatgataga
cataaaacgttaacttttcttaaaatgaaacttttgaacattttagtgga
actatctattggaagtgctccagtgaatagcattgttgacaacataaata
aggcaagggggtaagcatccttagtctctttattccattgtttccaaagg
gcaatgtgtctttaatttttttaatggtggttcttaaatgctttaatctc
ccttttagtctaccacccaacacaggtagtaggaaaaaaagatataagga
gaagttgacattgttttatgaaggttctttagaacaacacttctctatgt
ttttctgaaaatttgacagttcagttcacaaggtcaaccagactgctcca
atctactgaaaacactcaatacatacactacatttcagtttgatagagtt
cgagataaccaaaattcaacaatgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_104115707_104116848
seq2: B6Ng01-309P04.b_47_1194 (reverse)

seq1  AAACCAAG-TGACATGATTCAGTTGAGGAACAAAAGACAGCTCAGA-GCA  48
      |||||||| |||||||||||||||||| |  ||||||||||||||| |||
seq2  AAACCAAGTTGACATGATTCAGTTGAGAACAAAAAGACAGCTCAGAGGCA  50

seq1  TATGCTACATGTTTTATA----TGCATATAATTTACATA-TATTAAGAGT  93
      ||||||||||  ||| ||    ||||||||||||||||| |||| |||||
seq2  TATGCTACATTGTTTTTATTATTGCATATAATTTACATATTATTTAGAGT  100

seq1  AAACTAGTGTTA-TATACTTATCAGGCATGGTCTTTTATAAAGATATATG  142
      |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTAGTGTTATTATAC-TATCAGGCATGGTCTTTTATAAAGATATATG  149

seq1  TATTTATTTCTATTGTAATGACAAGAAGGAAAAAAATTGTTAGCAATTGT  192
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TATTTATTTCTATTGTAATGACAAGAAGGAAAAAAA-TGTTAGCAATTGT  198

seq1  AGCCAAAGGGAAAATAGTAGTTGTAGCATTGTAATGACAAAATATTTTCT  242
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCAAGGGAAAATAGTAGTTGTAGCATTGTAATGACAAAATATTTTCT  248

seq1  TAAATATTAGGTGTTTCTAAAGTAAATATTTAATCTATTAATTTTATATA  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATATTAGGTGTTTCTAAAGTAAATATTTAATCTATTAATTTTATATA  298

seq1  TATTTTTAATTTTCAGGCTTAAATATTGTTTATGTGCCATCTGCTATGAA  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTTAATTTTCAGGCTTAAATATTGTTTATGTGCCATCTGCTATGAA  348

seq1  TAATTTTCAAATTTTATTTTACTTTTTCACTTGGTCTTGCAAAGAAACTA  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTTCAAATTTTATTTTACTTTTTCACTTGGTCTTGCAAAGAAACTA  398

seq1  TGAGATATAAAGTAAGGATAAGGGCTAATAAAGGATCTATGTGCTCAACT  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATATAAAGTAAGGATAAGGGCTAATAAAGGATCTATGTGCTCAACT  448

seq1  TTGGGTAGTCTAAAACAGAGAAAAGAGCCTGGGCTATATAGTTACTCACA  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTAGTCTAAAACAGAGAAAAGAGCCTGGGCTATATAGTTACTCACA  498

seq1  AACCAGCCTGAACTATAGAGAGAGACCTTGTCACAAATTACATGCTATGT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAGCCTGAACTATAGAGAGAGACCTTGTCACAAATTACATGCTATGT  548

seq1  GGGTACTGCATGACCCATCCTATGTAGTAACAAAGTCAGAATCAAATACG  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTACTGCATGACCCATCCTATGTAGTAACAAAGTCAGAATCAAATACG  598

seq1  AGGTCTCTTGGTACATTGCATCCTTGCACAAACCTTTCCTCCAATGATGG  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCTCTTGGTACATTGCATCCTTGCACAAACCTTTCCTCCAATGATGG  648

seq1  CTTTCTTTCAGACTGTTGAGTATTCCATACAGTTCTTCCCCCTGAGTAGA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTTTCAGACTGTTGAGTATTCCATACAGTTCTTCCCCCTGAGTAGA  698

seq1  CCCTCTTGCTAACTGATTCTGATAGAGAACATGCCATAACTGAGAGATTA  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTTGCTAACTGATTCTGATAGAGAACATGCCATAACTGAGAGATTA  748

seq1  AGAAGAGAGTTAGGTCTGCATCTAGCACCTTTATAATACACATCTAATGC  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAGAGTTAGGTCTGCATCTAGCACCTTTATAATACACATCTAATGC  798

seq1  AGAAATGTTTCTGCAATGGGACACACAGGTTGCTTTATGGGCAGATACAT  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATGTTTCTGCAATGGGACACACAGGTTGCTTTATGGGCAGATACAT  848

seq1  GATGGACAAAATGGCATTTCTGAGAACAGACATCACAATTAACCCAGACA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGACAAAATGGCATTTCTGAGAACAGACATCACAATTAACCCAGACA  898

seq1  TGAGCACACAGAGTTGTTGCCTTCTAAACAAAACTTTTACCTAAAGTAAA  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCACACAGAGTTGTTGCCTTCTAAACAAAACTTTTACCTAAAGTAAA  948

seq1  CATGGAAAAGTTACAAATTCTCTCATTTGCATGGATGGATTTCCACAATA  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGAAAAGTTACAAATTCTCTCATTTGCATGGATGGATTTCCACAATA  998

seq1  AGTCACTCTAACCAAAGGGAATTGATGCCAACTATCCCCTCTTCCGACAA  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACTCTAACCAAAGGGAATTGATGCCAACTATCCCCTCTTCCGACAA  1048

seq1  ACAACACTGCCACTCTTATATCCCATATCTGCTGTGCACTTTGCTCTTGT  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACACTGCCACTCTTATATCCCATATCTGCTGTGCACTTTGCTCTTGT  1098

seq1  AGCATATCAAGAATGCTGCCTGTCCCCCACTTTATGTAAAAAGTGAATTC  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATATCAAGAATGCTGCCTGTCCCCCACTTTATGTAAAAAGTGAATTC  1148


seq1: chr8_104003413_104004483
seq2: B6Ng01-309P04.g_67_1141

seq1  GAATTCATTCCTATGCTAAAGGATGAATTTATGTTAATTGTTCATTTAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTCCTATGCTAAAGGATGAATTTATGTTAATTGTTCATTTAGA  50

seq1  GTGGATAAAATTGTCTTCTATTTTAGAAGGCACTGACCTCATCCGGGAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGATAAAATTGTCTTCTATTTTAGAAGGCACTGACCTCATCCGGGAAT  100

seq1  GGAGAGGGTAGAAGTTGAAATAAAATGTGAGTCTTATTTTTTTAAAGCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGGGTAGAAGTTGAAATAAAATGTGAGTCTTATTTTTTTAAAGCCT  150

seq1  AGAATAATGAATAAAACAAACACGTAGTAAAAACACAGACCTCGGAGTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATAATGAATAAAACAAACACGTAGTAAAAACACAGACCTCGGAGTCA  200

seq1  GATGCTGTGATGGATATAGACAAATATCAGAAATGCATATGAGAGATCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTGTGATGGATATAGACAAATATCAGAAATGCATATGAGAGATCTA  250

seq1  TCTCTAAGGCTGGACCCAGGTTTCTTAAGATACAAATGTAGTGTTTGGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTAAGGCTGGACCCAGGTTTCTTAAGATACAAATGTAGTGTTTGGAT  300

seq1  CTGACAAACATTATCTAATTCCACTATGGGGAATTCAATGGGAGCTACTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACAAACATTATCTAATTCCACTATGGGGAATTCAATGGGAGCTACTG  350

seq1  TGGATTTTTGTTAGGCTATACTATTTTCCTAACAGATCCATAAATCACTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTTTTGTTAGGCTATACTATTTTCCTAACAGATCCATAAATCACTT  400

seq1  TTCTGGTATAAGTGCAAACTAAAAAGCTAGTCCGAGGGTTCTGGTTAAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGTATAAGTGCAAACTAAAAAGCTAGTCCGAGGGTTCTGGTTAAAG  450

seq1  ATATCCCTAGAAATATATTCCAGCTCCAATGTCCCCTGAGGTGGAAACTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCCCTAGAAATATATTCCAGCTCCAATGTCCCCTGAGGTGGAAACTT  500

seq1  AAGGGTTCTTTGGAAAGTCAGTTGTGTTGGAAAGCTGTCTCTGTTCAATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGTTCTTTGGAAAGTCAGTTGTGTTGGAAAGCTGTCTCTGTTCAATT  550

seq1  TGATGAGTACATTCAAACAGGGTTGGAAAAAGATGAACATAAACTGAATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGAGTACATTCAAACAGGGTTGGAAAAAGATGAACATAAACTGAATT  600

seq1  AAATAACAGTTCCACTTTCAAGACAGCGAACAATGTCTATTTATGATAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAACAGTTCCACTTTCAAGACAGCGAACAATGTCTATTTATGATAGA  650

seq1  CATAAAACGTTAACTTTTCTTAAAATGAAACTTTTGAACATTTTAGTGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAAACGTTAACTTTTCTTAAAATGAAACTTTTGAACATTTTAGTGGA  700

seq1  ACTATCTATTGGAAGTGCTCCAGTGAATAGCATTGTTGACAACATAAATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATCTATTGGAAGTGCTCCAGTGAATAGCATTGTTGACAACATAAATA  750

seq1  AGGCAAGGGGGTAAGCATCCTTAGTCTCTTTATTCCATTGTTTCCAAAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAAGGGGGTAAGCATCCTTAGTCTCTTTATTCCATTGTTTCCAAAGG  800

seq1  GCAATGTGTCTTTAATTTTTTTAATGGTGGTTCTTAAATGCTTTAATCTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATGTGTCTTTAATTTTTTTAATGGTGGTTCTTAAATGCTTTAATCTC  850

seq1  CCTTTTAGTCTACCACCCAACACAGGTAGTAGGAAAAAAAGATATAAGGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTAGTCTACCACCCAACACAGGTAGTAGGAAAAAAAGATATAAGGA  900

seq1  GAAGTTGACAT--GTTTATGAAGGTTCTTTAGAACAACACTTCTCTATG-  947
      |||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GAAGTTGACATTGTTTTATGAAGGTTCTTTAGAACAACACTTCTCTATGT  950

seq1  TTTTCTGAAAA-TTGACAGTTCAGTTCAC-AGGTCAACCAAGACTGCTCC  995
      ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||
seq2  TTTTCTGAAAATTTGACAGTTCAGTTCACAAGGTCAACC-AGACTGCTCC  999

seq1  -ATCTACTTGAAAACACCTCATACATACACCAACATTTCAGTTTGATAGA  1044
       |||||| |||||||||   ||||||||| | ||||||||||||||||||
seq2  AATCTAC-TGAAAACACTCAATACATACA-CTACATTTCAGTTTGATAGA  1047

seq1  G-TCGAGATAAACAAAAATCAACAATGT  1071
      | ||||||||| ||||| ||||||||||
seq2  GTTCGAGATAACCAAAATTCAACAATGT  1075


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |