BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-311D18
Chromosome8 (Build37)
Map Location 79,358,738 - 79,531,694
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039211, LOC384847, Nr3c2
Upstream gene1700007B14Rik, LOC100039185, EG631594, LOC666226
Downstream geneArhgap10, LOC100039235, AI931714, Tmem34, Ednra
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-311D18.bB6Ng01-311D18.g
ACCGA103003GA103004
length1,1211,031
definitionB6Ng01-311D18.b B6Ng01-311D18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(79,358,738 - 79,359,869)(79,530,674 - 79,531,694)
sequence
gaattccaggatagccaggaacatatttattacattttacacattttaga
acatgaatgtgtaagttaaaaaccacttatgatctcaaaatattttctaa
cctctgatgtcagtctttataacaatttgataaactccttttaatatttc
tgatgactatttcaaaatacctgggaaagtaaattaggcaaagtatgcaa
cagagttgtaacttttactccagcataattttattattgatagtaatatg
tagagatatcctgtgtcaacccttcccccatttaaaagaaaaacaaaaaa
taatgtatgataatatacctggtccagagaacagtatgtactttcctatt
aaaaactgcacatggaaccattgtagggtccagaaatcccactattgggt
atatgttccaaggcaatgcaattactacatcaaaggaacaccctccctgt
cctcttcttgtaccactgggaccagtagacagactaagcctgaatgtcca
tacaataaaatgaatagggagaatgtggtatacctgcataatggcattct
gtacatccaggttcactctgaactccagtcattgagaaagcatagttaca
ccaagagaacgtcaccagaaataactaacaaaagacacgtgtccaataat
ctaactctcgaaaatcaaataatcgtacaaccacagtgatcaatgaaaga
aacataaacactgtttatctttgctatcagtcattctcaaacagagagaa
ttaccattacacaattatataataattagatcaagtaaaaagtaatcttt
tgaaatgttttatttcttattcccaatgcataatagcatagatacctaga
aatgtctacatgtttagaatcctgatatttgttaggatttagcatagcta
gaagccaaaagctactcatatattttccttcatagtcagtaaacaatttg
aagtgataaaaaatgacttcttatgttgtattcaagcttaaaatcaacca
aatgccaactaatatgacagtgtatttatgaacttaggataacatggtga
ccttactgtgtctggattctctgatctctctaataatggcattagttatt
ctgataagtccaccctatgac

gaattcaatggcaagaaaattgaattcaggagtggacagtgtgtcttcaa
aggctagaaagacctggaggcacagaatctagttttggatgggccaagac
tgaattgcctttcatgcaataggataatgtgtttagagtttggaaagtta
catgttaaagatgggatctggtacattttgagctttaagacctatagaat
ccaacatgatggccacagtacagttacctagggtattcaaagggggatgc
atagaagatgggtgtgcaatgtaaaagacagttgaaaagctggagagata
gctcagcgagaagaacacaggtgcttctgcagaagactcaagatcagtgc
ccagtacccatatcaggaggctcatagcaacttgtaactaaaatctcagg
gttttgatgccacttctggtctccatgggcatatatatgcatgtggtgca
catacaaacaagtaggcacttaaaaatgaaaatttaaccatttaatggta
actttcaaagatggcatgaaaaaggattgtaatcatttactgatgtgtaa
actgatggcattcccagatgatatttagataaaccaaaaagtcgggtgag
aaattcacttcttctactcattagttaatcttataatgtggctcctatta
gctgtgcagttataccgtaagttcacattgtgcctcacctatgtaggcaa
tggtgacacagagagtgacagaggtgtgtggagaagagggaagagtagaa
gtgggtgtggtctctgacaaaactgcaggctcagcaatgaattggtgttg
atgaggttctggaaaacatcaaggaagagggtggccagtcgtagggtagg
gtcatgtgtccatacccagaaaagcaaagtactggcctctcgacaacctg
atagaatgtgtgagagcattcaactgacaggaagtgaagttagaacaaga
tcatcatggatttttaagtgagaaccacgtacggaaagaaactgggtccc
tccctccaattatataaattataattttata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_79358738_79359869
seq2: B6Ng01-311D18.b_45_1165

seq1  GAATTCCAGGATAGCCAGGAACATATTTATTACATTTTACACATTTTAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGATAGCCAGGAACATATTTATTACATTTTACACATTTTAGA  50

seq1  ACATGAATGTGTAAGTTAAAAACCACTTATGATCTCAAAATATTTTCTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGAATGTGTAAGTTAAAAACCACTTATGATCTCAAAATATTTTCTAA  100

seq1  CCTCTGATGTCAGTCTTTATAACAATTTGATAAACTCCTTTTAATATTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGATGTCAGTCTTTATAACAATTTGATAAACTCCTTTTAATATTTC  150

seq1  TGATGACTATTTCAAAATACCTGGGAAAGTAAATTAGGCAAAGTATGCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGACTATTTCAAAATACCTGGGAAAGTAAATTAGGCAAAGTATGCAA  200

seq1  CAGAGTTGTAACTTTTACTCCAGCATAATTTTATTATTGATAGTAATATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTTGTAACTTTTACTCCAGCATAATTTTATTATTGATAGTAATATG  250

seq1  TAGAGATATCCTGTGTCAACCCTTCCCCCATTTAAAAGAAAAACAAAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGATATCCTGTGTCAACCCTTCCCCCATTTAAAAGAAAAACAAAAAA  300

seq1  TAATGTATGATAATATACCTGGTCCAGAGAACAGTATGTACTTTCCTATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGTATGATAATATACCTGGTCCAGAGAACAGTATGTACTTTCCTATT  350

seq1  AAAAACTGCACATGGAACCATTGTAGGGTCCAGAAATCCCACTATTGGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACTGCACATGGAACCATTGTAGGGTCCAGAAATCCCACTATTGGGT  400

seq1  ATATGTTCCAAGGCAATGCAATTACTACATCAAAGGAACACCCTCCCTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTTCCAAGGCAATGCAATTACTACATCAAAGGAACACCCTCCCTGT  450

seq1  CCTCTTCTTGTACCACTGGGACCAGTAGACAGACTAAGCCTGAATGTCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTCTTGTACCACTGGGACCAGTAGACAGACTAAGCCTGAATGTCCA  500

seq1  TACAATAAAATGAATAGGGAGAATGTGGTATACCTGCATAATGGCATTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATAAAATGAATAGGGAGAATGTGGTATACCTGCATAATGGCATTCT  550

seq1  GTACATCCAGGTTCACTCTGAACTCCAGTCATTGAGAAAGCATAGTTACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACATCCAGGTTCACTCTGAACTCCAGTCATTGAGAAAGCATAGTTACA  600

seq1  CCAAGAGAACGTCACCAGAAATAACTAACAAAAGACACGTGTCCAATAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGAGAACGTCACCAGAAATAACTAACAAAAGACACGTGTCCAATAAT  650

seq1  CTAACTCTCGAAAATCAAATAATCGTACAACCACAGTGATCAATGAAAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTCTCGAAAATCAAATAATCGTACAACCACAGTGATCAATGAAAGA  700

seq1  AACATAAACACTGTTTATCTTTGCTATCAGTCATTCTCAAACAGAGAGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATAAACACTGTTTATCTTTGCTATCAGTCATTCTCAAACAGAGAGAA  750

seq1  TTACCATTACACAATTATATAATAATTAGATCAAGTAAAAAGTAATCTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCATTACACAATTATATAATAATTAGATCAAGTAAAAAGTAATCTTT  800

seq1  TGAAATGTTTTATTTCTTATTCCCAATGCATAATAGCATAGATACCTAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATGTTTTATTTCTTATTCCCAATGCATAATAGCATAGATACCTAGA  850

seq1  AATGTCTACATGTTTAGAATCCTGATATTTGTTAGGATTTAGCATAGCTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCTACATGTTTAGAATCCTGATATTTGTTAGGATTTAGCATAGCTA  900

seq1  GAAGCCAAAAGCTACTCATATATTTTCCTTCATAGTCAGTAAACAATTTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCCAAAAGCTACTCATATATTTTCCTTCATAGTCAGTAAACAATTTG  950

seq1  AAGTGAT-AAAAATGACTTCTTATGTTGTATTCCAAGCTTAAAATCAACC  999
      ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
seq2  AAGTGATAAAAAATGACTTCTTATGTTGTATT-CAAGCTTAAAATCAA-C  998

seq1  CAAATGCCAACTAATATGACAGTGTATTTAATGAACTTAGGGATACATGG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||   ||||||
seq2  CAAATGCCAACTAATATGACAGTGTATTT-ATGAACTTAGGATAACATGG  1047

seq1  TTGACTTTACTGTGTCTGGGATTCTCTGGTTCCTCCTTCT-ATAATGGCA  1098
       |||| ||||||||||| |||||||||| |  |||  ||| |||||||||
seq2  -TGACCTTACTGTGTCT-GGATTCTCTGAT--CTC--TCTAATAATGGCA  1091

seq1  TTAGTTATTCTGGATAAGGGCCCCACCCTATGAC  1132
      ||||||||||| ||||||    ||||||||||||
seq2  TTAGTTATTCT-GATAAG---TCCACCCTATGAC  1121


seq1: chr8_79530674_79531694
seq2: B6Ng01-311D18.g_67_1097 (reverse)

seq1  TATAAA--TATAATTTA-ATAATTTGGAGGGAGGGAACCAG-TTCTCTCC  46
      ||||||  ||||||||| |||| ||||||||||||| |||| |||| |||
seq2  TATAAAATTATAATTTATATAA-TTGGAGGGAGGGACCCAGTTTCTTTCC  49

seq1  TTCTGT-GTTCTCACTT-AAAATCCTTG-TGATCTTGTTCTTACTTCACT  93
       |  || |||||||||| ||||||| || |||||||||||| ||||||||
seq2  GTACGTGGTTCTCACTTAAAAATCCATGATGATCTTGTTCTAACTTCACT  99

seq1  TCCTGTCAGTTTGATGCTCTCACACATTCTACCAGGTTGTCGAGA-GCCA  142
      |||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||
seq2  TCCTGTCAGTTGAATGCTCTCACACATTCTATCAGGTTGTCGAGAGGCCA  149

seq1  GTACTTTGCTTTTCT-GGTATGGACACATGACCCTACCCTACGACTGGCC  191
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTTTGCTTTTCTGGGTATGGACACATGACCCTACCCTACGACTGGCC  199

seq1  ACCCTCTTCCTTGATG-TTTCCAGAACCTCATC-ACACCAATTCATTGCT  239
      |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ACCCTCTTCCTTGATGTTTTCCAGAACCTCATCAACACCAATTCATTGCT  249

seq1  GAGCCTGCAGTTTTGTCAGAGACCACACCCACTTCTACTCTTCCCTCTTC  289
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCTGCAGTTTTGTCAGAGACCACACCCACTTCTACTCTTCCCTCTTC  299

seq1  TCCACACACCTCTGTCACTCTCTGTGTCACCATTGCCTACATAGGTGAGG  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACACACCTCTGTCACTCTCTGTGTCACCATTGCCTACATAGGTGAGG  349

seq1  CACAATGTGAACTTACGGTATAACTGCACAGCTAATAGGAGCCACATTAT  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAATGTGAACTTACGGTATAACTGCACAGCTAATAGGAGCCACATTAT  399

seq1  AAGATTAACTAATGAGTAGAAGAAGTGAATTTCTCACCCGACTTTTTGGT  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTAACTAATGAGTAGAAGAAGTGAATTTCTCACCCGACTTTTTGGT  449

seq1  TTATCTAAATATCATCTGGGAATGCCATCAGTTTACACATCAGTAAATGA  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTAAATATCATCTGGGAATGCCATCAGTTTACACATCAGTAAATGA  499

seq1  TTACAATCCTTTTTCATGCCATCTTTGAAAGTTACCATTAAATGGTTAAA  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAATCCTTTTTCATGCCATCTTTGAAAGTTACCATTAAATGGTTAAA  549

seq1  TTTTCATTTTTAAGTGCCTACTTGTTTGTATGTGCACCACATGCATATAT  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCATTTTTAAGTGCCTACTTGTTTGTATGTGCACCACATGCATATAT  599

seq1  ATGCCCATGGAGACCAGAAGTGGCATCAAAACCCTGAGATTTTAGTTACA  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCCATGGAGACCAGAAGTGGCATCAAAACCCTGAGATTTTAGTTACA  649

seq1  AGTTGCTATGAGCCTCCTGATATGGGTACTGGGCACTGATCTTGAGTCTT  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCTATGAGCCTCCTGATATGGGTACTGGGCACTGATCTTGAGTCTT  699

seq1  CTGCAGAAGCACCTGTGTTCTTCTCGCTGAGCTATCTCTCCAGCTTTTCA  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGAAGCACCTGTGTTCTTCTCGCTGAGCTATCTCTCCAGCTTTTCA  749

seq1  ACTGTCTTTTACATTGCACACCCATCTTCTATGCATCCCCCTTTGAATAC  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCTTTTACATTGCACACCCATCTTCTATGCATCCCCCTTTGAATAC  799

seq1  CCTAGGTAACTGTACTGTGGCCATCATGTTGGATTCTATAGGTCTTAAAG  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGGTAACTGTACTGTGGCCATCATGTTGGATTCTATAGGTCTTAAAG  849

seq1  CTCAAAATGTACCAGATCCCATCTTTAACATGTAACTTTCCAAACTCTAA  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAAATGTACCAGATCCCATCTTTAACATGTAACTTTCCAAACTCTAA  899

seq1  ACACATTATCCTATTGCATGAAAGGCAATTCAGTCTTGGCCCATCCAAAA  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATTATCCTATTGCATGAAAGGCAATTCAGTCTTGGCCCATCCAAAA  949

seq1  CTAGATTCTGTGCCTCCAGGTCTTTCTAGCCTTTGAAGACACACTGTCCA  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGATTCTGTGCCTCCAGGTCTTTCTAGCCTTTGAAGACACACTGTCCA  999

seq1  CTCCTGAATTCAATTTTCTTGCCATTGAATTC  1021
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGAATTCAATTTTCTTGCCATTGAATTC  1031


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |