BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-315P10
Chromosome8 (Build37)
Map Location 107,568,936 - 107,694,194
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEs31, EG13909, LOC667774, BC026374, LOC100042408
Upstream geneLOC667656, Cdh5, Bean, Tk2, Cklf, Cmtm2a, Cmtm2b, Cmtm3, Cmtm4, Dync1li2, Ccdc79, Appbp1, Car7, LOC628007, 4833426J09Rik, Cdh16, Rrad, 1110019N10Rik, EG637550, LOC382052, LOC100041473, Ces6, LOC628050, 4932416K20Rik, BC015286, Matr3-ps2, Ces2, LOC667754, LOC667760, Ces5, 2310038E17Rik, 2210023G05Rik, LOC436058, EG436059
Downstream geneCbfb, D230025D16Rik, C76566, Tradd, Fbxl8, Hsf4, Nol3, 4931428F04Rik, Exoc3l, E2f4, Elmo3, Lrrc29, Hspc171, Fhod1, Slc9a5, Plekhg4, Kctd19, Lrrc36, 2700055K07Rik, Zdhhc1, LOC667837, Hsd11b2, Atp6v0d1, Agrp, EG667846, 2310066E14Rik, LOC546100, Ctcf, EG546101, D130029J02Rik, Acd, Pard6a, E130303B06Rik, 4933405L10Rik, Gfod2, Ranbp10, Tsnaxip1, Cenpt, LOC100041617, Thap11, Nutf2, Edc4, Nrn1l, Pskh1, Ctrl, Psmb10, Lcat, Slc12a4, Dpep3, Dpep2, Ddx28, Dus2l, Nfatc3, Rbm35b, Lypla3, Slc7a6
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-315P10.bB6Ng01-315P10.g
ACCGA106477GA106478
length8641,015
definitionB6Ng01-315P10.b B6Ng01-315P10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(107,693,332 - 107,694,194)(107,568,936 - 107,569,949)
sequence
gaattcaaggaaacctaaatcttagaggactttgcatacagggagggatg
tggactgtgcactgaaaggtggaagtaagcatctaaccaaatcatggtgt
aaaaaggtggtggctattgaaacggggttggccttaggattccgtgtagc
tctgcctgcagacaaggtttagacaagtaccagaccagtaagtctcagat
tagtaatttctaaaatgcacactcataagttcatggcgttagtaggagag
tgtttatgtagatctagcacatcatttaaaggaaaactatcttaattata
tgtaaccggttgccagtccatatttttacccaaatgtgcaatcaaacaag
aaaaaaaaaaaaaaatccaagatctgcaagttctagagaacttaccagag
cagaagaaaaccagactcggggtttgcagcagagcttgagctaaagctga
ccctcaataaactctgatccttaaaaatcgcagtttgttaaaagttcagt
tcaaggatggcaggtaagtgccaactcttggcagcagctggccagatgct
aaggattgtgaaaagatactcataagtcactggaatcagttctgaggtca
gttgttaatgcctgcttgaatacagattttggcagaatttcactgctagt
ccagcccaatctcatttattagatagggacctaaacgtgggtaaggaact
gtcctagtttgccatagacagctctcatttttagcaatgacctccccccg
ccccccaagccttctgaagctgctcagtccctaacaaactaggagggtta
atcatcttaactgaagtctggagagttgattacccaaaattaagggtttg
ttgggtgggagtgg
gaattcaggctcctgggcacaacatgaattatttatatacttctaaacta
agaagtgaaattgtaaagatttcccaagtaaggagataagtgaccttgag
ctagatttcaaggtcatggggctgctcagagctgaacgggaagctcactg
gcatggccttctatgttcctacccccaatgtatccattgtggatctgaca
agccacctggagaaacctgccaagtttcataacatcaagaaggtggtgaa
acaggcatctgagggcccacttaagggcatcctgggctacactgaggacc
aggttgtctcctgtgacttcaacagcaattcccacacttccacctttgat
gctgggtctggcattgccctcaatgacaacttcatatagctcatttcctg
atatgacaatgaatacagctacagcaacagagtggtggacctcatggcct
acatggcttccaaggagtaagaaaccctggccagccaccccagcaaggac
actgaaagcaagagagaggccctcagttgctgaggagtccctatcccaac
ttggcccccaacactgagcatctccctcacaattcccatcccagaccccc
ataataacaggagggccctagggagccctccctactctcttgaaatacca
tcaataaagtttgctgcacccaccaaaaaaaattcagttcacatattttt
ctgtttgcctggagtgctttcaatcagcgaatgtttccagcctaaagatt
aggctgtcctatatcaaatgggactgctttggactagacattctttatac
tctttaaattagagttacagggttaatagaataactactgctatgtttgt
atttctaattgactgaacttgcaactctgggcatgtaataagaagtcaaa
tatgtaatctgtatgacttggataatcattaatctgtcctgcaaaacttg
taatacagctgtgcctggctgctagaacattcacagcagttgcctagggc
taggaaatcagagct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_107693332_107694194
seq2: B6Ng01-315P10.b_48_911 (reverse)

seq1  CCACTCCCA-CCAACAAACCTTTAATTTTGGGTAATCAACTCTCCAGACT  49
      ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCCCACCCAACAAACCCTTAATTTTGGGTAATCAACTCTCCAGACT  50

seq1  TCAGTTAAGATGATTAACCCTCCTAGTTTGTTAGGGACTGAGCAGCTTCA  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTAAGATGATTAACCCTCCTAGTTTGTTAGGGACTGAGCAGCTTCA  100

seq1  GAAGGCTTGGGGGGCGGGGGGAGGTCATTGCTAAAAATGAGAGCTGTCTA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCTTGGGGGGCGGGGGGAGGTCATTGCTAAAAATGAGAGCTGTCTA  150

seq1  TGGCAAACTAGGACAGTTCCTTACCCACGTTTAGGTCCCTATCTAATAAA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAAACTAGGACAGTTCCTTACCCACGTTTAGGTCCCTATCTAATAAA  200

seq1  TGAGATTGGGCTGGACTAGCAGTGAAATTCTGCCAAAATCTGTATTCAAG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATTGGGCTGGACTAGCAGTGAAATTCTGCCAAAATCTGTATTCAAG  250

seq1  CAGGCATTAACAACTGACCTCAGAACTGATTCCAGTGACTTATGAGTATC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCATTAACAACTGACCTCAGAACTGATTCCAGTGACTTATGAGTATC  300

seq1  TTTTCACAATCCTTAGCATCTGGCCAGCTGCTGCCAAGAGTTGGCACTTA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCACAATCCTTAGCATCTGGCCAGCTGCTGCCAAGAGTTGGCACTTA  350

seq1  CCTGCCATCCTTGAACTGAACTTTTAACAAACTGCGATTTTTAAGGATCA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCATCCTTGAACTGAACTTTTAACAAACTGCGATTTTTAAGGATCA  400

seq1  GAGTTTATTGAGGGTCAGCTTTAGCTCAAGCTCTGCTGCAAACCCCGAGT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTTATTGAGGGTCAGCTTTAGCTCAAGCTCTGCTGCAAACCCCGAGT  450

seq1  CTGGTTTTCTTCTGCTCTGGTAAGTTCTCTAGAACTTGCAGATCTTGGAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTTTCTTCTGCTCTGGTAAGTTCTCTAGAACTTGCAGATCTTGGAT  500

seq1  TTTTTTTTTTTTTTCTTGTTTGATTGCACATTTGGGTAAAAATATGGACT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTTTTTTCTTGTTTGATTGCACATTTGGGTAAAAATATGGACT  550

seq1  GGCAACCGGTTACATATAATTAAGATAGTTTTCCTTTAAATGATGTGCTA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAACCGGTTACATATAATTAAGATAGTTTTCCTTTAAATGATGTGCTA  600

seq1  GATCTACATAAACACTCTCCTACTAACGCCATGAACTTATGAGTGTGCAT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTACATAAACACTCTCCTACTAACGCCATGAACTTATGAGTGTGCAT  650

seq1  TTTAGAAATTACTAATCTGAGACTTACTGGTCTGGTACTTGTCTAAACCT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGAAATTACTAATCTGAGACTTACTGGTCTGGTACTTGTCTAAACCT  700

seq1  TGTCTGCAGGCAGAGCTACACGGAATCCTAAGGCCAACCCCGTTTCAATA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGCAGGCAGAGCTACACGGAATCCTAAGGCCAACCCCGTTTCAATA  750

seq1  GCCACCACCTTTTTACACCATGATTTGGTTAGATGCTTACTTCCACCTTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACCACCTTTTTACACCATGATTTGGTTAGATGCTTACTTCCACCTTT  800

seq1  CAGTGCACAGTCCACATCCCTCCCTGTATGCAAAGTCCTCTAAGATTTAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGCACAGTCCACATCCCTCCCTGTATGCAAAGTCCTCTAAGATTTAG  850

seq1  GTTTCCTTGAATTC  863
      ||||||||||||||
seq2  GTTTCCTTGAATTC  864

seq1: chr8_107568936_107569949
seq2: B6Ng01-315P10.g_70_1084

seq1  GAATTCAGGCTCCTGGGCACAACATGAATTATTTATATACTTCTAAACTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGCTCCTGGGCACAACATGAATTATTTATATACTTCTAAACTA  50

seq1  AGAAGTGAAATTGTAAAGATTTCCCAAGTAAGGAGATAAGTGACCTTGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTGAAATTGTAAAGATTTCCCAAGTAAGGAGATAAGTGACCTTGAG  100

seq1  CTAGATTTCAAGGTCATGGGGCTGCTCAGAGCTGAACGGGAAGCTCACTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGATTTCAAGGTCATGGGGCTGCTCAGAGCTGAACGGGAAGCTCACTG  150

seq1  GCATGGCCTTCTATGTTCCTACCCCCAATGTATCCATTGTGGATCTGACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGGCCTTCTATGTTCCTACCCCCAATGTATCCATTGTGGATCTGACA  200

seq1  AGCCACCTGGAGAAACCTGCCAAGTTTCATAACATCAAGAAGGTGGTGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACCTGGAGAAACCTGCCAAGTTTCATAACATCAAGAAGGTGGTGAA  250

seq1  ACAGGCATCTGAGGGCCCACTTAAGGGCATCCTGGGCTACACTGAGGACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCATCTGAGGGCCCACTTAAGGGCATCCTGGGCTACACTGAGGACC  300

seq1  AGGTTGTCTCCTGTGACTTCAACAGCAATTCCCACACTTCCACCTTTGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTGTCTCCTGTGACTTCAACAGCAATTCCCACACTTCCACCTTTGAT  350

seq1  GCTGGGTCTGGCATTGCCCTCAATGACAACTTCATATAGCTCATTTCCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGTCTGGCATTGCCCTCAATGACAACTTCATATAGCTCATTTCCTG  400

seq1  ATATGACAATGAATACAGCTACAGCAACAGAGTGGTGGACCTCATGGCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGACAATGAATACAGCTACAGCAACAGAGTGGTGGACCTCATGGCCT  450

seq1  ACATGGCTTCCAAGGAGTAAGAAACCCTGGCCAGCCACCCCAGCAAGGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGCTTCCAAGGAGTAAGAAACCCTGGCCAGCCACCCCAGCAAGGAC  500

seq1  ACTGAAAGCAAGAGAGAGGCCCTCAGTTGCTGAGGAGTCCCTATCCCAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAAGCAAGAGAGAGGCCCTCAGTTGCTGAGGAGTCCCTATCCCAAC  550

seq1  TTGGCCCCCAACACTGAGCATCTCCCTCACAATTCCCATCCCAGACCCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCCCCCAACACTGAGCATCTCCCTCACAATTCCCATCCCAGACCCCC  600

seq1  ATAATAACAGGAGGGCCCTAGGGAGCCCTCCCTACTCTCTTGAAATACCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATAACAGGAGGGCCCTAGGGAGCCCTCCCTACTCTCTTGAAATACCA  650

seq1  TCAATAAAGTTTGCTGCACCCACCAAAAAAAATTCAGTTCACATATTTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATAAAGTTTGCTGCACCCACCAAAAAAAATTCAGTTCACATATTTTT  700

seq1  CTGTTTGCCTGGAGTGCTTTCAATCAGCGAATGTTTCCAGCCTAAAGATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTGCCTGGAGTGCTTTCAATCAGCGAATGTTTCCAGCCTAAAGATT  750

seq1  AGGCTGTCCTATATCAAATGGGACTGCTTTGGACTAGACATTCTTTATAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGTCCTATATCAAATGGGACTGCTTTGGACTAGACATTCTTTATAC  800

seq1  TCTTTAAATTAGAGTTACAGGGTTAATAGAATAACTACTGCTATGTTTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTAAATTAGAGTTACAGGGTTAATAGAATAACTACTGCTATGTTTGT  850

seq1  ATTTCTAATTGACTGAACTTGCAACTCTGGGCATGTAATAAGAAGTCAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTAATTGACTGAACTTGCAACTCTGGGCATGTAATAAGAAGTCAAA  900

seq1  TATGTAATCTGTATGACTTGGATAATCATTAATCTGTCCTGCAAAACTTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTAATCTGTATGACTTGGATAATCATTAATCTGTCCTGCAAAACTTG  950

seq1  T-ATACAGCTGTGCCTGGCTGCTAG-ACATTCACAGCAGTGGCCTAGGGG  998
      | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||
seq2  TAATACAGCTGTGCCTGGCTGCTAGAACATTCACAGCAGTTGCCTA-GGG  999

seq1  CTAGGAAATCAGAGCT  1014
      ||||||||||||||||
seq2  CTAGGAAATCAGAGCT  1015