BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-316H02
Chromosome8 (Build37)
Map Location 107,393,728 - 107,579,537
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC667754, LOC667760, Ces5, 2310038E17Rik, 2210023G05Rik, LOC436058, EG436059, Es31
Upstream geneLOC100041397, LOC667656, Cdh5, Bean, Tk2, Cklf, Cmtm2a, Cmtm2b, Cmtm3, Cmtm4, Dync1li2, Ccdc79, Appbp1, Car7, LOC628007, 4833426J09Rik, Cdh16, Rrad, 1110019N10Rik, EG637550, LOC382052, LOC100041473, Ces6, LOC628050, 4932416K20Rik, BC015286, Matr3-ps2, Ces2
Downstream geneEG13909, LOC667774, BC026374, LOC100042408, Cbfb, D230025D16Rik, C76566, Tradd, Fbxl8, Hsf4, Nol3, 4931428F04Rik, Exoc3l, E2f4, Elmo3, Lrrc29, Hspc171, Fhod1, Slc9a5, Plekhg4, Kctd19, Lrrc36, 2700055K07Rik, Zdhhc1, LOC667837, Hsd11b2, Atp6v0d1, Agrp, EG667846, 2310066E14Rik, LOC546100, Ctcf, EG546101, D130029J02Rik, Acd, Pard6a, E130303B06Rik, 4933405L10Rik, Gfod2, Ranbp10, Tsnaxip1, Cenpt, LOC100041617, Thap11, Nutf2, Edc4, Nrn1l, Pskh1, Ctrl, Psmb10, Lcat, Slc12a4, Dpep3, Dpep2, Ddx28, Dus2l
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-316H02.bB6Ng01-316H02.g
ACCGA106839GA106840
length1,0291,073
definitionB6Ng01-316H02.b B6Ng01-316H02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(107,578,519 - 107,579,537)(107,393,728 - 107,394,798)
sequence
gaattctccaacaggtcttcctggctcaaatgttccatcttatccaggat
attccagaactgtggggaataggatagctcaatcactgttcttcaccttt
aggcttgaggaaaagaacatttctaggccagtgtgcacaaaatcatgata
gagccatgttaaatccataacagagagacttttgactgctgagaattgag
gtgcttaggatagtggcattgcatacaagtgtcagaggctaactgcaata
ctgccagggaggataatatttattcaaaatatctcttctccttttgtatc
tctgtgtatatgtgtttatgtgctcatgtatttatgtgttttgtgcacat
gtatgtgttaatcttcatatgtatgtgtgtaggtaagaagttgatgctgg
ttgtttttctcaatctctttccaccttattttgagagccaggtctcttac
agaacctggagctggtcagttcggcttgaccagctgagcagtgagctcca
ggaatccttttgccttttcctcccgagcattggggttataggcatctagc
accatgcctgaatttttttgcggtatgctagtgatggatctcaagtcccc
atggttcacctcacaacctcaagtgctctacttaaagcatcacatgttgc
ctgatacattggctcctgtaaccccagcacttgagagggtgaggtgggag
gatggcttcaagtttaaaaccagcctgggttacatagtgagttttaaggt
agctggactattggaacaacaaccctgcttgtaaactagaaacaatcaaa
gaccttcaggcatttgaatcaagtgttggcttttttctgttacaggtatt
tttgtttttgagataagagatcacattgtagcccaggctccgtctcagaa
tttgagacccctcctacccctgccatctgattgtacaacaggagcatgaa
gttgcccttgctttagatgaacatatatagcaccttgatggtctgatttc
ttgagttcaaaggttaggtctactaccta
gaattcaaactgagacacaaggtgggaatggggactagaaatacattaat
aggaatactagtggccctggcagtggccaaggctctgaagtcctgagaat
ttttacatatgtctgtagctgcacagagtcccaggagttgatagtctagt
aagcagaccagagagcttggacaggctaggagcttcctggcatctctctt
gacttctccaggtgatggtgtggatccatggaggtgcactggttatagga
atggcttccatgtttgatggatctctattgacagtcaatgaggacttggt
ggttgttactatccagtatcgtctgggtgtcctgggctttttcaggtaag
atcattactgggcaatagtagctgatcagaacctagacagccctttgatc
catgtcccttccacttctcagcactggagaccagcatgccagaggcaact
ggggatacctggaccaagcagctgccctacgctgggtccagcagaacatc
gcccactttggaggcaaccctgaccgggtcactatttttggcgagtctgc
aggtggcacaagtgtgtcttcacatgttgtgtcccccatgtcccaagggc
tcttccatggtgccatcatggagagtggggtggccctgcttcctgacctt
atctctgaaacctctgagatggtctccactgtaagtgctctcagccctgc
tgtctcagcctttatactctggtactctggtgttctgttcagtggggaaa
tcaaggacagtgggaaataacttctttccaataatttctgaaaagctcag
gggttaacatctattcacttctactatactgggataagtttgctatctgt
ccacacactggtccttgaagtttctataattagcaaaaataagtgtgcat
gtgcttgggaactgattcactggtttttaaaagtgctttagagtagaagc
ctgaggccataagttcaaatcccgagaacacacaaaagggctggaaatag
taacatctatctgtaattttcatgttactctggtcaggtgaagtaaagag
aagagatcccttggatgttcgac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_107578519_107579537
seq2: B6Ng01-316H02.b_48_1076 (reverse)

seq1  TAAGTAGTAGACCTAACATTTGAACTCAAGAACTCAGA-CATCAA-GTGC  48
      || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||| ||||
seq2  TAGGTAGTAGACCTAACCTTTGAACTCAAGAAATCAGACCATCAAGGTGC  50

seq1  TATGCTATG-TCATCT-AAGCCAGG--CACCTCATGCTCCTGTTGTCCAC  94
      |||  |||| |||||| |||| |||   || ||||||||||||||| || 
seq2  TAT-ATATGTTCATCTAAAGCAAGGGCAACTTCATGCTCCTGTTGTACAA  99

seq1  TCAGATGGCAGGGGTAGGA-GGGTCTC-AAGTCTGAGAC-GAGCCTGGGC  141
      ||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||| ||||||||||
seq2  TCAGATGGCAGGGGTAGGAGGGGTCTCAAATTCTGAGACGGAGCCTGGGC  149

seq1  TACACTGTGATCTCTTATCTCAAAAACAAAAATACCTGTAACAG-AAAAA  190
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TACAATGTGATCTCTTATCTCAAAAACAAAAATACCTGTAACAGAAAAAA  199

seq1  GCCAACACTTGATTCAATTGCCTG-AGGTCTTTGATTGTTTCTAGTTTAC  239
      ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAACACTTGATTCAAATGCCTGAAGGTCTTTGATTGTTTCTAGTTTAC  249

seq1  AAGCAGGGTTGTTGTTCCAATAGTCCAGCTACCTTAAAACTCACTATGTA  289
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGGGTTGTTGTTCCAATAGTCCAGCTACCTTAAAACTCACTATGTA  299

seq1  ACCCAGGCTGGTTTTAAACTTGAAGCCATCCTCCCACCTCACCCTCTCAA  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAGGCTGGTTTTAAACTTGAAGCCATCCTCCCACCTCACCCTCTCAA  349

seq1  GTGCTGGGGTTACAGGAGCCAATGTATCAGGCAACATGTGATGCTTTAAG  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGGGGTTACAGGAGCCAATGTATCAGGCAACATGTGATGCTTTAAG  399

seq1  TAGAGCACTTGAGGTTGTGAGGTGAACCATGGGGACTTGAGATCCATCAC  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGCACTTGAGGTTGTGAGGTGAACCATGGGGACTTGAGATCCATCAC  449

seq1  TAGCATACCGCAAAAAAATTCAGGCATGGTGCTAGATGCCTATAACCCCA  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCATACCGCAAAAAAATTCAGGCATGGTGCTAGATGCCTATAACCCCA  499

seq1  ATGCTCGGGAGGAAAAGGCAAAAGGATTCCTGGAGCTCACTGCTCAGCTG  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCGGGAGGAAAAGGCAAAAGGATTCCTGGAGCTCACTGCTCAGCTG  549

seq1  GTCAAGCCGAACTGACCAGCTCCAGGTTCTGTAAGAGACCTGGCTCTCAA  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAGCCGAACTGACCAGCTCCAGGTTCTGTAAGAGACCTGGCTCTCAA  599

seq1  AATAAGGTGGAAAGAGATTGAGAAAAACAACCAGCATCAACTTCTTACCT  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGGTGGAAAGAGATTGAGAAAAACAACCAGCATCAACTTCTTACCT  649

seq1  ACACACATACATATGAAGATTAACACATACATGTGCACAAAACACATAAA  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACATACATATGAAGATTAACACATACATGTGCACAAAACACATAAA  699

seq1  TACATGAGCACATAAACACATATACACAGAGATACAAAAGGAGAAGAGAT  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGAGCACATAAACACATATACACAGAGATACAAAAGGAGAAGAGAT  749

seq1  ATTTTGAATAAATATTATCCTCCCTGGCAGTATTGCAGTTAGCCTCTGAC  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGAATAAATATTATCCTCCCTGGCAGTATTGCAGTTAGCCTCTGAC  799

seq1  ACTTGTATGCAATGCCACTATCCTAAGCACCTCAATTCTCAGCAGTCAAA  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTATGCAATGCCACTATCCTAAGCACCTCAATTCTCAGCAGTCAAA  849

seq1  AGTCTCTCTGTTATGGATTTAACATGGCTCTATCATGATTTTGTGCACAC  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTCTCTGTTATGGATTTAACATGGCTCTATCATGATTTTGTGCACAC  899

seq1  TGGCCTAGAAATGTTCTTTTCCTCAAGCCTAAAGGTGAAGAACAGTGATT  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTAGAAATGTTCTTTTCCTCAAGCCTAAAGGTGAAGAACAGTGATT  949

seq1  GAGCTATCCTATTCCCCACAGTTCTGGAATATCCTGGATAAGATGGAACA  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTATCCTATTCCCCACAGTTCTGGAATATCCTGGATAAGATGGAACA  999

seq1  TTTGAGCCAGGAAGACCTGTTGGAGAATTC  1019
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGCCAGGAAGACCTGTTGGAGAATTC  1029

seq1: chr8_107393728_107394798
seq2: B6Ng01-316H02.g_68_1140

seq1  GAATTCAAACTGAGACACAAGGTGGGAATGGGGACTAGAAATACATTAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAACTGAGACACAAGGTGGGAATGGGGACTAGAAATACATTAAT  50

seq1  AGGAATACTAGTGGCCCTGGCAGTGGCCAAGGCTCTGAAGTCCTGAGAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATACTAGTGGCCCTGGCAGTGGCCAAGGCTCTGAAGTCCTGAGAAT  100

seq1  TTTTACATATGTCTGTAGCTGCACAGAGTCCCAGGAGTTGATAGTCTAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACATATGTCTGTAGCTGCACAGAGTCCCAGGAGTTGATAGTCTAGT  150

seq1  AAGCAGACCAGAGAGCTTGGACAGGCTAGGAGCTTCCTGGCATCTCTCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGACCAGAGAGCTTGGACAGGCTAGGAGCTTCCTGGCATCTCTCTT  200

seq1  GACTTCTCCAGGTGATGGTGTGGATCCATGGAGGTGCACTGGTTATAGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCTCCAGGTGATGGTGTGGATCCATGGAGGTGCACTGGTTATAGGA  250

seq1  ATGGCTTCCATGTTTGATGGATCTCTATTGACAGTCAATGAGGACTTGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTTCCATGTTTGATGGATCTCTATTGACAGTCAATGAGGACTTGGT  300

seq1  GGTTGTTACTATCCAGTATCGTCTGGGTGTCCTGGGCTTTTTCAGGTAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGTTACTATCCAGTATCGTCTGGGTGTCCTGGGCTTTTTCAGGTAAG  350

seq1  ATCATTACTGGGCAATAGTAGCTGATCAGAACCTAGACAGCCCTTTGATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTACTGGGCAATAGTAGCTGATCAGAACCTAGACAGCCCTTTGATC  400

seq1  CATGTCCCTTCCACTTCTCAGCACTGGAGACCAGCATGCCAGAGGCAACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTCCCTTCCACTTCTCAGCACTGGAGACCAGCATGCCAGAGGCAACT  450

seq1  GGGGATACCTGGACCAAGCAGCTGCCCTACGCTGGGTCCAGCAGAACATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGATACCTGGACCAAGCAGCTGCCCTACGCTGGGTCCAGCAGAACATC  500

seq1  GCCCACTTTGGAGGCAACCCTGACCGGGTCACTATTTTTGGCGAGTCTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCACTTTGGAGGCAACCCTGACCGGGTCACTATTTTTGGCGAGTCTGC  550

seq1  AGGTGGCACAAGTGTGTCTTCACATGTTGTGTCCCCCATGTCCCAAGGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGCACAAGTGTGTCTTCACATGTTGTGTCCCCCATGTCCCAAGGGC  600

seq1  TCTTCCATGGTGCCATCATGGAGAGTGGGGTGGCCCTGCTTCCTGACCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCATGGTGCCATCATGGAGAGTGGGGTGGCCCTGCTTCCTGACCTT  650

seq1  ATCTCTGAAACCTCTGAGATGGTCTCCACTGTAAGTGCTCTCAGCCCTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTGAAACCTCTGAGATGGTCTCCACTGTAAGTGCTCTCAGCCCTGC  700

seq1  TGTCTCAGCCTTTATACTCTGGTACTCTGGTGTTCTGTTCAGTGGGGAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCAGCCTTTATACTCTGGTACTCTGGTGTTCTGTTCAGTGGGGAAA  750

seq1  TCAAGGACAGTGGGAAATAACTTCTTTCCAATAATTTCTGAAAAGCTCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGACAGTGGGAAATAACTTCTTTCCAATAATTTCTGAAAAGCTCAG  800

seq1  GGGTTAACATCTATTCACTTCTACTATACT-GGATAAGTTTGCTATCTGT  849
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GGGTTAACATCTATTCACTTCTACTATACTGGGATAAGTTTGCTATCTGT  850

seq1  CCACACACTGGTCCTTGAAGTTTCTATAATTAGCAAAAATAAGTGTGCAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACACTGGTCCTTGAAGTTTCTATAATTAGCAAAAATAAGTGTGCAT  900

seq1  GTGCTTGGGAACTGATTCACTGGTTTTTAAAAGTGC-TTAGAGTAGAAGC  948
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GTGCTTGGGAACTGATTCACTGGTTTTTAAAAGTGCTTTAGAGTAGAAGC  950

seq1  CTGAGGCCATAAGTTCAAATCCCGAGAACACAC-AAAGGGCTGGAAATAG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CTGAGGCCATAAGTTCAAATCCCGAGAACACACAAAAGGGCTGGAAATAG  1000

seq1  TAACATCTATCTGTAATTTTCATGTTACTCTGGTCAGGTGGAAGGTAAAG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||
seq2  TAACATCTATCTGTAATTTTCATGTTACTCTGGTCAGGTG--AAGTAAAG  1048

seq1  AGAAGAGAATCCTTGGATG-TCGAC  1071
      ||||||||  ||||||||| |||||
seq2  AGAAGAGATCCCTTGGATGTTCGAC  1073