BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-318L05
Chromosome8 (Build37)
Map Location 18,121,044 - 18,255,920
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040466
Upstream geneCsmd1, LOC665638
Downstream geneMcph1, Angpt2, Agpat5, LOC100040486, Xkr5, Defb40, Defb37, Defb38, Defb39, Defb12, Defb34, EG546038, Spag11, Defb14, Defb4, EG654452, Defb6, EG574081, Defb5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-318L05.bB6Ng01-318L05.g
ACCGA108520GA108521
length1,139302
definitionB6Ng01-318L05.b B6Ng01-318L05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,121,044 - 18,122,175)(18,255,619 - 18,255,920)
sequence
gaattctcaagccagagaaagaaagttatttgttcaatgtataccatgct
aagatgggaagtggctgctcatagctgctctctgcctgggaggatttcta
attacatggccatagcagccttctcctcacttccatatatggactctctt
tcctagccatggcttccatgtatacatgggtggtagtcagactagtagga
tatcttaatgttctgccttccagtagtgattaatcttatagaacatagtc
ttgtcccatacatacacactaaccatttaaaaaaaacatttatttatgtg
tgctcatgtttgactactactatggagttatagcaagaaaaatatgagtc
tagaaccttccaagtacaacttttcagatgtactgaactcatcatgtgct
gactgcttttacctgttatttttgttccagtctcaggatgatccactcaa
ccagatgttcccatgtctttgtacaagctcagatagaccttcaaaggacg
acatgggacacagcccttggtgtacctataaagatgtgtccaaaaaggat
ttaagtgaggagagaagatacacccagaattatagcaccataggctgtgg
tcccagacagaatacaaggaagggagtgaaatgaacaccagcatttatca
ctttcctctcctggacagtggactcacatgaccaggtcacattcctgccc
caaggctccttggcaggaaggattacaaccttaaaccatgagtccaaaca
aacccttacttcctcaccttgatttgtgatgtaagagcaggcacaggtac
acagagtcctctttgaagtcacacccattatatgtgatgtcaatgtctta
tcctgtctgcatcgcctcttacagatcaatagttcacgttaaagggcaga
tcaagatgaagatgaagacaaaatcacaatgttaacctacaggaatccct
caggctcaactttgaatttgctcactgatttgtgtgctatggtgatgatt
ccctctagctcacccggttgctgtttccttcactggtaagtgagatgaaa
gccagacttcagagttcattttatcattatttgttcctccattcatgtac
tagtcatggtatcttctgaaggataggaacaaataaaac
cttcatattgaaaatgaagaaaatgggtgtggcggtaccaaggctcaaag
cagcctgaaaactggaactctgggagcaggttagagagactaagatgaaa
acgaggttaaggtgatgtgcacaggaagtagctcaaggctgcctgttggg
taggaaattaaagatcctgcagcctcatatgtatcaaaagatggcctagt
cggccatcactggaaagagaggcccattgaacacgcaaactttatatgcc
ccagtacaggggaacgccagggccaaaaagggggagtgggtgggtagggg
ag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_18121044_18122175
seq2: B6Ng01-318L05.b_48_1186

seq1  GAATTCTCAAGCCAGAGAAAGAAAGTTATTTGTTCAATGTATACCATGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAAGCCAGAGAAAGAAAGTTATTTGTTCAATGTATACCATGCT  50

seq1  AAGATGGGAAGTGGCTGCTCATAGCTGCTCTCTGCCTGGGAGGATTTCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGGGAAGTGGCTGCTCATAGCTGCTCTCTGCCTGGGAGGATTTCTA  100

seq1  ATTACATGGCCATAGCAGCCTTCTCCTCACTTCCATATATGGACTCTCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACATGGCCATAGCAGCCTTCTCCTCACTTCCATATATGGACTCTCTT  150

seq1  TCCTAGCCATGGCTTCCATGTATACATGGGTGGTAGTCAGACTAGTAGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGCCATGGCTTCCATGTATACATGGGTGGTAGTCAGACTAGTAGGA  200

seq1  TATCTTAATGTTCTGCCTTCCAGTAGTGATTAATCTTATAGAACATAGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTAATGTTCTGCCTTCCAGTAGTGATTAATCTTATAGAACATAGTC  250

seq1  TTGTCCCATACATACACACTAACCATTTAAAAAAAACATTTATTTATGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCCCATACATACACACTAACCATTTAAAAAAAACATTTATTTATGTG  300

seq1  TGCTCATGTTTGACTACTACTATGGAGTTATAGCAAGAAAAATATGAGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCATGTTTGACTACTACTATGGAGTTATAGCAAGAAAAATATGAGTC  350

seq1  TAGAACCTTCCAAGTACAACTTTTCAGATGTACTGAACTCATCATGTGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAACCTTCCAAGTACAACTTTTCAGATGTACTGAACTCATCATGTGCT  400

seq1  GACTGCTTTTACCTGTTATTTTTGTTCCAGTCTCAGGATGATCCACTCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGCTTTTACCTGTTATTTTTGTTCCAGTCTCAGGATGATCCACTCAA  450

seq1  CCAGATGTTCCCATGTCTTTGTACAAGCTCAGATAGACCTTCAAAGGACG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATGTTCCCATGTCTTTGTACAAGCTCAGATAGACCTTCAAAGGACG  500

seq1  ACATGGGACACAGCCCTTGGTGTACCTATAAAGATGTGTCCAAAAAGGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGGACACAGCCCTTGGTGTACCTATAAAGATGTGTCCAAAAAGGAT  550

seq1  TTAAGTGAGGAGAGAAGATACACCCAGAATTATAGCACCATAGGCTGTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTGAGGAGAGAAGATACACCCAGAATTATAGCACCATAGGCTGTGG  600

seq1  TCCCAGACAGAATACAAGGAAGGGAGTGAAATGAACACCAGCATTTATCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGACAGAATACAAGGAAGGGAGTGAAATGAACACCAGCATTTATCA  650

seq1  CTTTCCTCTCCTGGACAGTGGACTCACATGACCAGGTCACATTCCTGCCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCTCTCCTGGACAGTGGACTCACATGACCAGGTCACATTCCTGCCC  700

seq1  CAAGGCTCCTTGGCAGGAAGGATTACAACCTTAAACCATGAGTCCAAACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCTCCTTGGCAGGAAGGATTACAACCTTAAACCATGAGTCCAAACA  750

seq1  AACCCTTACTTCCTCACCTTGATTTGTGATGTAAGAGCAGGCACAGGTAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTTACTTCCTCACCTTGATTTGTGATGTAAGAGCAGGCACAGGTAC  800

seq1  ACAGAGTCCTCTTTGAAGTCACACCCATTATATGTGATGTCAATGTCTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGTCCTCTTTGAAGTCACACCCATTATATGTGATGTCAATGTCTTA  850

seq1  TCCTGTCTGCATCGCCTCTTACAGATCAATAGTTCACGTTAAAGGGCAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTCTGCATCGCCTCTTACAGATCAATAGTTCACGTTAAAGGGCAGA  900

seq1  TCAAGATGAAGATGAAGACAAAATCACAATGTTAACCTACAGGAAT-CCT  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TCAAGATGAAGATGAAGACAAAATCACAATGTTAACCTACAGGAATCCCT  950

seq1  CAGGCTCAAC-TTGAA-TTGCTCACTGATTTGTTGTGCTATGGTGATGAT  997
      |||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CAGGCTCAACTTTGAATTTGCTCACTGATTTG-TGTGCTATGGTGATGAT  999

seq1  TCCCTCTAGCTCA-CCGGTTGCTGTTTCCTTCAACTGTAAAGTGAGATGA  1046
      ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||  |||||||||||
seq2  TCCCTCTAGCTCACCCGGTTGCTGTTTCCTTC-ACTGGTAAGTGAGATGA  1048

seq1  AAAGCAGACTTCAGAG-TCATTTTATCATTTATTTTTC--TCATCAATGT  1093
      ||  |||||||||||| |||||||||||||  || |||   |||  ||||
seq2  AAGCCAGACTTCAGAGTTCATTTTATCATTATTTGTTCCTCCATTCATGT  1098

seq1  ACTAGTCAGGGT-TC-TCTGAAGGGATA-GAACAAATAAAAC  1132
      |||||||| ||| || |||||| ||||| |||||||||||||
seq2  ACTAGTCATGGTATCTTCTGAA-GGATAGGAACAAATAAAAC  1139

seq1: chr8_18255619_18255920
seq2: B6Ng01-318L05.g_73_374 (reverse)

seq1  CTCCCCTACCCACCCACTCCCCCTTTTTGGCCCTGGCGTTCCCCTGTACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCCTACCCACCCACTCCCCCTTTTTGGCCCTGGCGTTCCCCTGTACT  50

seq1  GGGGCATATAAAGTTTGCGTGTTCAATGGGCCTCTCTTTCCAGTGATGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCATATAAAGTTTGCGTGTTCAATGGGCCTCTCTTTCCAGTGATGGC  100

seq1  CGACTAGGCCATCTTTTGATACATATGAGGCTGCAGGATCTTTAATTTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGACTAGGCCATCTTTTGATACATATGAGGCTGCAGGATCTTTAATTTCC  150

seq1  TACCCAACAGGCAGCCTTGAGCTACTTCCTGTGCACATCACCTTAACCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCAACAGGCAGCCTTGAGCTACTTCCTGTGCACATCACCTTAACCTC  200

seq1  GTTTTCATCTTAGTCTCTCTAACCTGCTCCCAGAGTTCCAGTTTTCAGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCATCTTAGTCTCTCTAACCTGCTCCCAGAGTTCCAGTTTTCAGGC  250

seq1  TGCTTTGAGCCTTGGTACCGCCACACCCATTTTCTTCATTTTCAATATGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTGAGCCTTGGTACCGCCACACCCATTTTCTTCATTTTCAATATGA  300

seq1  AG  302
      ||
seq2  AG  302