BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-319A05
Chromosome8 (Build37)
Map Location 122,646,503 - 122,818,950
singlet/doubletdoublet
Overlap gene6430548M08Rik, 1700120B06Rik
Upstream geneCdh13, Hsbp1, Mlycd, Osgin1, Efcbp2, Gm587, Mbtps1, Hsdl1, Lrrc50, Taf1c, EG628061, 4930403J07Rik, Kcng4, Wfdc1, Atp2c2, 4632415K11Rik, Cotl1, BC025816, Usp10, Crispld2, Zdhhc7
Downstream geneGse1, 4833427B12Rik, LOC668301, 1190005I06Rik, Cox4nb, Cox4i1, Irf8, LOC100042333, Foxf1a, Mthfsd, Foxc2, Foxl1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-319A05.bB6Ng01-319A05.g
ACCGA108753GA108754
length1,1351,107
definitionB6Ng01-319A05.b B6Ng01-319A05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(122,646,503 - 122,647,632)(122,817,838 - 122,818,950)
sequence
gaattctgctcggtaacccagtgggcatgtggccaagcacataaagaatc
cactaagcatgtcgaggcagctcagtagtcagtgcctattggtgactttt
ctaacagggctgcttaatgtccaggcttccttgccaccaaaaaaataata
cccactttacccaacagttgtatcaaggaccatcctgattattctactga
tggggttttggggaacagcaaaacaagggaagaattcaacgtgaaacaac
tcaaagggtcggggttctttggagtttctgttgcttaggtctaatgtaga
tgaggcatgtgtagtgtcacagtggctctaagcacccgacactagacagg
gaagctcttgctctacagatctatagtgagaaacctggctgtgatcaaag
gagagtgatagacagcctaaagatccaatgtgcagtggagagatgccctg
ctctgttgtaatccatggtgcctggtctgtcacctctggtgacattggga
aagtccttatctaggagcttggcaactccatacagacccacactctcact
ccctcttgtcccaggttggaggctcccaacctaatgtttcttcctctcag
aggactgagcaatgggagcagtctccactgagagcagttgatctgagaga
agggaagacacctgtacagtgaactagagctctgctgtaggcagcagagg
ggctgcgtctgtgcacacagagtggtcctcgcactggttaggtgtcctga
gtgctgggttggagggagccttcttccccattcactagccagtgtcacac
gcggactcttcgcctccatgattctgaagaacgtgtttatgttccaaagt
aagagaaggctggggaccgagcgggtttacctcctgttgtatgtgactgc
ctgtaagggagttccaagctgattttattatggtttaaacagttgtcagt
tattatacacgctgacatgtacagtttggggaaatacttgcaatgtaagc
tgaagctttgctaggcttcagtgtctttatccctcccagtttccagctta
ggtctggagtagtcttgcattagcgaatatagggaacatcaagttccaac
tcgatcttctgccaccttttatggctatctgcttt
gaattctgagtcactgtcagaggtgggggctgacagaggagatcatgccc
tgtggccctaacactcatccctcactctttaggcctcagtttccccagta
agctccgcattatggtgtgacacacacccggggcctccgttggatcagga
agggatcatacagccccagggtgctaggtagccaacagttccctcctcct
acaaggaactcctggcataggtgggctgcgtctccctccccacagtagcc
acctacttcttccctcggagccagtgccacagcctggaatccttcattcc
caacagccagagttcacattataaaccctcccaacacagcaaagactagg
cctccaaatgccacggccggggtgcagagactcagcccttcactgtcacc
ctgagactggctgacgcctcttggcttggccccagtggctcctcacttat
atgacatgaccctcaaggcctctgggatttggtgaccctcagacacctgt
tttctgtgcttagctgtgtgctccaggcccaatacgagcttatcttctgc
agaaattcaggactctctatggattgtggtctttcagctctgtcctcatt
gcagaggaacttggcggtctagaacctgccatttacaggcccagtggggt
tcaggccctggttgatctgaccttgctcgcctctgaccaacaagggtctg
atggactggccctgagctggcttgccactgcctacttcctcagaggcctt
tacagactacctcacatcaacaagcctgccacaccagaggctggtgcaga
gacgtgcgctaattagctgtcatgagcgaagcacaggcctgtcccccccc
ctccccagcaatctcacccggtcaccctctgccaccgtgtgtcaccatgc
gataaaaggagttgtgttcaaagacggctcactgacaagaggctgggcag
cccgtggaggcagaggacgcctgtctgcactcgctcgtcaggagggcaga
cacaggagagcacaaagcacaattagctctgcagttttttcagaggcaga
ctctgcactggctcttctgagtgacagggggggctaggggcacagttgaa
ctctgga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_122646503_122647632
seq2: B6Ng01-319A05.b_44_1178

seq1  GAATTCTGCTCGGTAACCCAGTGGGCATGTGGCCAAGCACATAAAGAATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGCTCGGTAACCCAGTGGGCATGTGGCCAAGCACATAAAGAATC  50

seq1  CACTAAGCATGTCGAGGCAGCTCAGTAGTCAGTGCCTATTGGTGACTTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAAGCATGTCGAGGCAGCTCAGTAGTCAGTGCCTATTGGTGACTTTT  100

seq1  CTAACAGGGCTGCTTAATGTCCAGGCTTCCTTGCCACCAAAAAAATAATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACAGGGCTGCTTAATGTCCAGGCTTCCTTGCCACCAAAAAAATAATA  150

seq1  CCCACTTTACCCAACAGTTGTATCAAGGACCATCCTGATTATTCTACTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTTTACCCAACAGTTGTATCAAGGACCATCCTGATTATTCTACTGA  200

seq1  TGGGGTTTTGGGGAACAGCAAAACAAGGGAAGAATTCAACGTGAAACAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGTTTTGGGGAACAGCAAAACAAGGGAAGAATTCAACGTGAAACAAC  250

seq1  TCAAAGGGTCGGGGTTCTTTGGAGTTTCTGTTGCTTAGGTCTAATGTAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGGGTCGGGGTTCTTTGGAGTTTCTGTTGCTTAGGTCTAATGTAGA  300

seq1  TGAGGCATGTGTAGTGTCACAGTGGCTCTAAGCACCCGACACTAGACAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGCATGTGTAGTGTCACAGTGGCTCTAAGCACCCGACACTAGACAGG  350

seq1  GAAGCTCTTGCTCTACAGATCTATAGTGAGAAACCTGGCTGTGATCAAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTCTTGCTCTACAGATCTATAGTGAGAAACCTGGCTGTGATCAAAG  400

seq1  GAGAGTGATAGACAGCCTAAAGATCCAATGTGCAGTGGAGAGATGCCCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGTGATAGACAGCCTAAAGATCCAATGTGCAGTGGAGAGATGCCCTG  450

seq1  CTCTGTTGTAATCCATGGTGCCTGGTCTGTCACCTCTGGTGACATTGGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTTGTAATCCATGGTGCCTGGTCTGTCACCTCTGGTGACATTGGGA  500

seq1  AAGTCCTTATCTAGGAGCTTGGCAACTCCATACAGACCCACACTCTCACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCCTTATCTAGGAGCTTGGCAACTCCATACAGACCCACACTCTCACT  550

seq1  CCCTCTTGTCCCAGGTTGGAGGCTCCCAACCTAATGTTTCTTCCTCTCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTTGTCCCAGGTTGGAGGCTCCCAACCTAATGTTTCTTCCTCTCAG  600

seq1  AGGACTGAGCAATGGGAGCAGTCTCCACTGAGAGCAGTTGATCTGAGAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACTGAGCAATGGGAGCAGTCTCCACTGAGAGCAGTTGATCTGAGAGA  650

seq1  AGGGAAGACACCTGTACAGTGAACTAGAGCTCTGCTGTAGGCAGCAGAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAGACACCTGTACAGTGAACTAGAGCTCTGCTGTAGGCAGCAGAGG  700

seq1  GGCTGCGTCTGTGCACACAGAGTGGTCCTCGCACTGGTTAGGTGTCCTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGCGTCTGTGCACACAGAGTGGTCCTCGCACTGGTTAGGTGTCCTGA  750

seq1  GTGCTGGGTTGGAGGGAGCCTTCTTCCCCATTCACTAGCCAGTGTCACAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGGGTTGGAGGGAGCCTTCTTCCCCATTCACTAGCCAGTGTCACAC  800

seq1  GCGGACTCTTCGCCTCCATGATTCTGAAGAACGTGTTTATGTTCCAAAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGACTCTTCGCCTCCATGATTCTGAAGAACGTGTTTATGTTCCAAAGT  850

seq1  AAGAGAAGGCTGGGGACCGAGCGGGTTTACCTCCTGTTGTATGTGACTGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAAGGCTGGGGACCGAGCGGGTTTACCTCCTGTTGTATGTGACTGC  900

seq1  CTGTAAGGGAGTTCCAAGCTGATTTTATTATGGTTAAAACAGTTGTCAGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CTGTAAGGGAGTTCCAAGCTGATTTTATTATGGTTTAAACAGTTGTCAGT  950

seq1  TA-TATACACGCTGACATGTACAGTTTGGGGAAATACTTGCAAATGTAAG  999
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TATTATACACGCTGACATGTACAGTTTGGGGAAATACTTGC-AATGTAAG  999

seq1  CTGAAGCTTTGCTAGGCTTCCAGTGTTCTTTATCCCTCCCAGTTTTCCAG  1049
      ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||
seq2  CTGAAGCTTTGCTAGGCTT-CAGTG-TCTTTATCCCTCCCAG-TTTCCAG  1046

seq1  C-TAAGTCT-GAGTAAGTC-TGCATTAGCG-ATATAGGGAACATC-AGT-  1093
      | || |||| |||| |||| |||||||||| |||||||||||||| ||| 
seq2  CTTAGGTCTGGAGT-AGTCTTGCATTAGCGAATATAGGGAACATCAAGTT  1095

seq1  -CCACTCGATCTTCTTGCCAC--TTTAT-GCTATCTGCTTT  1130
       | ||||||||||| ||||||  ||||| ||||||||||||
seq2  CCAACTCGATCTTC-TGCCACCTTTTATGGCTATCTGCTTT  1135

seq1: chr8_122817838_122818950
seq2: B6Ng01-319A05.g_70_1176 (reverse)

seq1  TCCAGAG--CCACTGTGCCCCCTACCCCCCACTGTCACTCAGAAGAGCCC  48
      |||||||  | |||||| |||||| ||||| |||||||||||||||| ||
seq2  TCCAGAGTTCAACTGTG-CCCCTAGCCCCCCCTGTCACTCAGAAGAG-CC  48

seq1  AGTGCAGAGTCTGCCCTTCTGAAAAAACTGGCAGAGGCTAATTGTGCTTT  98
      |||||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||||||||||||||
seq2  AGTGCAGAGTCTGCC--TCTGAAAAAACT-GCAGA-GCTAATTGTGCTTT  94

seq1  GTGGCTCTCCTGTGTCTGCCCTCCCTGACGAGCGAGTGGCAGACAGGCGT  148
      || ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GT-GCTCTCCTGTGTCTGCCCT-CCTGACGAGCGAGT-GCAGACAGGCGT  141

seq1  CCTCTGCCTCCACGGGCTGCCCAGCCTCTTGTCAGTGAGCCGTCTTTGAA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGCCTCCACGGGCTGCCCAGCCTCTTGTCAGTGAGCCGTCTTTGAA  191

seq1  CACAACTCCTTTTATCGCATGGTGACACACGGTGGCAGAGGGTGACCGGG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACTCCTTTTATCGCATGGTGACACACGGTGGCAGAGGGTGACCGGG  241

seq1  TGAGATTGCTGGGGA-GGGGGGGGACAGGCCTGTGCTTCGCTCATGACAG  297
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATTGCTGGGGAGGGGGGGGGACAGGCCTGTGCTTCGCTCATGACAG  291

seq1  CTAATTAGCGCACGTCTCTGCACCAGCCTCTGGTGTGGCAGGCTTGTTGA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTAGCGCACGTCTCTGCACCAGCCTCTGGTGTGGCAGGCTTGTTGA  341

seq1  TGTGAGGTAGTCTGTAAAGGCCTCTGAGGAAGTAGGCAGTGGCAAGCCAG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGGTAGTCTGTAAAGGCCTCTGAGGAAGTAGGCAGTGGCAAGCCAG  391

seq1  CTCAGGGCCAGTCCATCAGACCCTTGTTGGTCAGAGGCGAGCAAGGTCAG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGGCCAGTCCATCAGACCCTTGTTGGTCAGAGGCGAGCAAGGTCAG  441

seq1  ATCAACCAGGGCCTGAACCCCACTGGGCCTGTAAATGGCAGGTTCTAGAC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAACCAGGGCCTGAACCCCACTGGGCCTGTAAATGGCAGGTTCTAGAC  491

seq1  CGCCAAGTTCCTCTGCAATGAGGACAGAGCTGAAAGACCACAATCCATAG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCCAAGTTCCTCTGCAATGAGGACAGAGCTGAAAGACCACAATCCATAG  541

seq1  AGAGTCCTGAATTTCTGCAGAAGATAAGCTCGTATTGGGCCTGGAGCACA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCCTGAATTTCTGCAGAAGATAAGCTCGTATTGGGCCTGGAGCACA  591

seq1  CAGCTAAGCACAGAAAACAGGTGTCTGAGGGTCACCAAATCCCAGAGGCC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTAAGCACAGAAAACAGGTGTCTGAGGGTCACCAAATCCCAGAGGCC  641

seq1  TTGAGGGTCATGTCATATAAGTGAGGAGCCACTGGGGCCAAGCCAAGAGG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGGTCATGTCATATAAGTGAGGAGCCACTGGGGCCAAGCCAAGAGG  691

seq1  CGTCAGCCAGTCTCAGGGTGACAGTGAAGGGCTGAGTCTCTGCACCCCGG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCAGCCAGTCTCAGGGTGACAGTGAAGGGCTGAGTCTCTGCACCCCGG  741

seq1  CCGTGGCATTTGGAGGCCTAGTCTTTGCTGTGTTGGGAGGGTTTATAATG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTGGCATTTGGAGGCCTAGTCTTTGCTGTGTTGGGAGGGTTTATAATG  791

seq1  TGAACTCTGGCTGTTGGGAATGAAGGATTCCAGGCTGTGGCACTGGCTCC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTCTGGCTGTTGGGAATGAAGGATTCCAGGCTGTGGCACTGGCTCC  841

seq1  GAGGGAAGAAGTAGGTGGCTACTGTGGGGAGGGAGACGCAGCCCACCTAT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGAAGAAGTAGGTGGCTACTGTGGGGAGGGAGACGCAGCCCACCTAT  891

seq1  GCCAGGAGTTCCTTGTAGGAGGAGGGAACTGTTGGCTACCTAGCACCCTG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGAGTTCCTTGTAGGAGGAGGGAACTGTTGGCTACCTAGCACCCTG  941

seq1  GGGCTGTATGATCCCTTCCTGATCCAACGGAGGCCCCGGGTGTGTGTCAC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTGTATGATCCCTTCCTGATCCAACGGAGGCCCCGGGTGTGTGTCAC  991

seq1  ACCATAATGCGGAGCTTACTGGGGAAACTGAGGCCTAAAGAGTGAGGGAT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATAATGCGGAGCTTACTGGGGAAACTGAGGCCTAAAGAGTGAGGGAT  1041

seq1  GAGTGTTAGGGCCACAGGGCATGATCTCCTCTGTCAGCCCCCACCTCTGA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGTTAGGGCCACAGGGCATGATCTCCTCTGTCAGCCCCCACCTCTGA  1091

seq1  CAGTGACTCAGAATTC  1113
      ||||||||||||||||
seq2  CAGTGACTCAGAATTC  1107