BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-320J04
Chromosome8 (Build37)
Map Location 37,256,977 - 37,422,867
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLonrf1
Upstream genePpp1r3b, Thex1, Mfhas1, LOC100041572, Gm501, Cldn23, LOC671641, D8Ertd82e
Downstream geneEG544878, 6430573F11Rik, Dlc1, LOC100042892, A730069N07Rik, AI429214, LOC666877, LOC100041616, 1700016D18Rik, LOC641121
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-320J04.bB6Ng01-320J04.g
ACCGA109907GA109908
length1,189684
definitionB6Ng01-320J04.b B6Ng01-320J04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(37,421,674 - 37,422,867)(37,256,977 - 37,257,660)
sequence
gaattcaagagcatcctgagattcctagtgagttctagccaggctgggct
acaatagcaagactctgttgtaatccaccatcactagcagcagcagcagc
aacaacaaccacaaccacaaattgacctttgtaaagtatattattctaca
cagtgtatttacaatggtatacaagccatgcttctattattttactctaa
tcttcccaaaaggagcccactgcccattattaagcatctgctctctatct
cctttcccctaaacccacaagaaccactaatctgcttctgtttctataga
ctcatttattttgactattttgaagaaaaggaacgtctctcactcaacat
actgtcaaagcctcatactctggtgggacacgcctttaatcccagcactc
aggaagcagaggcaagcagatctcagtgagttcatggccagcttggtcta
cagagaaagtcccaggacagccaggatgacacagagaaaccttgtttaaa
aaagaaacagcctaaagttaaagcctattgtttccctgagcagaggacct
gagttgacaggtgttttcccgtagattctgcagtctcagctttttcaaag
tttttttcaaacataaccatacacttcagggtaaagggtccggaagcttc
aggcaagcccatgagtcatttcccagctagtctctctagaactttatcag
aagactcccagctatggaggtagcctcactcagctcagatgtaggatggt
tttctgtatactttgtttctttgtaacattaatcccactgcaagaatcaa
gctctgtttgggaacagcagacggtcgacattttctctccactggagatg
ccagtagatcactaaaacgtgtttatctctaaagtggtaaattcaaaaac
attttcaacttcctctgcataacaagttgtgttgaaactattccaataaa
acgcatacaacacttgcctaactttgggccctggccagcttttaatggga
atgcccctcatggtgacggtagagtattgagggatccattttgaccaggt
atgcagatatgatcgtattattattatacaccatgtcagtgaaaacccta
acacatgaatatttctgcaagcaattggtctttcaatccaatgtgctgcc
tgttttatttatgatggaacctccaaagctttttccccc
gaattcactctgtagtccaggctggcctctgatgcacacagatctgcctg
cctctgtcttcctagtgctgggatgaaaggcatgtgccactatgcctggc
ttagtagttgtctatttttaaagacgtccacatatgtagtcttggagaca
aacacaatttctgaaaggattcatgtgacagttaaccctgtcaattggac
taagttagagatacctagaggattagcaacctagtgtgtctgtgagggta
tctctagagaggcctgatacatgagagagagacgtgtgtgacatggcacc
atccaataggcaagggccaagatgaggtgaaggtgaacacaggaaatgac
ttagctctttcaagtttcactcttcctgatagatatcctccatctgatct
tatctctgggagacatcacttcttacaagatctggtttgtgggtacatca
cagtttacttcttcatgactcaagagtcccagcatgactgtcataaaaga
accagacaatgttttcatgttctccctaccctgcaagtctcacatcatca
tttgcaaagaaatgcacggattcaaaaggagggcatatatgagacacttc
ttaatggatggtccagagattcacagacatgtttgtagagacaccacaaa
ggcctatgtatggtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_37421674_37422867
seq2: B6Ng01-320J04.b_44_1232 (reverse)

seq1  GGGGGGAAAA--CTTTGGAAGTCTCAATCATAATATAAAAAAGAGCAGCA  48
       |||||||||  ||||||| || || ||||||| |||||| || ||||||
seq2  -GGGGGAAAAAGCTTTGGAGGT-TCCATCATAA-ATAAAACAG-GCAGCA  46

seq1  CATAGGATTTAAAGACCATATTGCTTTGCAG-AATATCATTGTGTTAGGT  97
      ||| ||||| |||||||| ||||| |||||| |||||   ||||||||| 
seq2  CATTGGATTGAAAGACCA-ATTGC-TTGCAGAAATATTCATGTGTTAGGG  94

seq1  TTTTCACTGACATGGTGTAT-ATAATATTACGATTCATATTCTTGCATAC  146
      |||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||   |||||| 
seq2  TTTTCACTGACATGGTGTATAATAATAATACGA-TCATAT--CTGCATA-  140

seq1  CCTGTTCAAAATGGATCCCTCAAATACTCTACCGTCACCATGA-GGGCAT  195
      |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CCTGGTCAAAATGGATCCCTC-AATACTCTACCGTCACCATGAGGGGCAT  189

seq1  TCCCATTAAAAGCTGGCCAGGG-CCAAAGTTAGGCAAGTGTTGTATGCGT  244
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCATTAAAAGCTGGCCAGGGCCCAAAGTTAGGCAAGTGTTGTATGCGT  239

seq1  TTTATTGGAATAGTTTCAACACAACTTGTTATGCAGAGGAAGTTGAAAAT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTGGAATAGTTTCAACACAACTTGTTATGCAGAGGAAGTTGAAAAT  289

seq1  GTTTTTGAATTTACCACTTTAGAGATAAACACGTTTTAGTGATCTACTGG  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTGAATTTACCACTTTAGAGATAAACACGTTTTAGTGATCTACTGG  339

seq1  CATCTCCAGTGGAGAGAAAATGTCGACCGTCTGCTGTTCCCAAACAGAGC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCCAGTGGAGAGAAAATGTCGACCGTCTGCTGTTCCCAAACAGAGC  389

seq1  TTGATTCTTGCAGTGGGATTAATGTTACAAAGAAACAAAGTATACAGAAA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTCTTGCAGTGGGATTAATGTTACAAAGAAACAAAGTATACAGAAA  439

seq1  ACCATCCTACATCTGAGCTGAGTGAGGCTACCTCCATAGCTGGGAGTCTT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATCCTACATCTGAGCTGAGTGAGGCTACCTCCATAGCTGGGAGTCTT  489

seq1  CTGATAAAGTTCTAGAGAGACTAGCTGGGAAATGACTCATGGGCTTGCCT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATAAAGTTCTAGAGAGACTAGCTGGGAAATGACTCATGGGCTTGCCT  539

seq1  GAAGCTTCCGGACCCTTTACCCTGAAGTGTATGGTTATGTTTGAAAAAAA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTTCCGGACCCTTTACCCTGAAGTGTATGGTTATGTTTGAAAAAAA  589

seq1  CTTTGAAAAAGCTGAGACTGCAGAATCTACGGGAAAACACCTGTCAACTC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGAAAAAGCTGAGACTGCAGAATCTACGGGAAAACACCTGTCAACTC  639

seq1  AGGTCCTCTGCTCAGGGAAACAATAGGCTTTAACTTTAGGCTGTTTCTTT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCCTCTGCTCAGGGAAACAATAGGCTTTAACTTTAGGCTGTTTCTTT  689

seq1  TTTAAACAAGGTTTCTCTGTGTCATCCTGGCTGTCCTGGGACTTTCTCTG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAACAAGGTTTCTCTGTGTCATCCTGGCTGTCCTGGGACTTTCTCTG  739

seq1  TAGACCAAGCTGGCCATGAACTCACTGAGATCTGCTTGCCTCTGCTTCCT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACCAAGCTGGCCATGAACTCACTGAGATCTGCTTGCCTCTGCTTCCT  789

seq1  GAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGTCCCACCAGAGTATGAGGCTTTGACAGT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGTCCCACCAGAGTATGAGGCTTTGACAGT  839

seq1  ATGTTGAGTGAGAGACGTTCCTTTTCTTCAAAATAGTCAAAATAAATGAG  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGAGTGAGAGACGTTCCTTTTCTTCAAAATAGTCAAAATAAATGAG  889

seq1  TCTATAGAAACAGAAGCAGATTAGTGGTTCTTGTGGGTTTAGGGGAAAGG  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATAGAAACAGAAGCAGATTAGTGGTTCTTGTGGGTTTAGGGGAAAGG  939

seq1  AGATAGAGAGCAGATGCTTAATAATGGGCAGTGGGCTCCTTTTGGGAAGA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGAGAGCAGATGCTTAATAATGGGCAGTGGGCTCCTTTTGGGAAGA  989

seq1  TTAGAGTAAAATAATAGAAGCATGGCTTGTATACCATTGTAAATACACTG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGTAAAATAATAGAAGCATGGCTTGTATACCATTGTAAATACACTG  1039

seq1  TGTAGAATAATATACTTTACAAAGGTCAATTTGTGGTTGTGGTTGTTGTT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGAATAATATACTTTACAAAGGTCAATTTGTGGTTGTGGTTGTTGTT  1089

seq1  GCTGCTGCTGCTGCTAGTGATGGTGGATTACAACAGAGTCTTGCTATTGT  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTGCTGCTGCTAGTGATGGTGGATTACAACAGAGTCTTGCTATTGT  1139

seq1  AGCCCAGCCTGGCTAGAACTCACTAGGAATCTCAGGATGCTCTTGAATTC  1194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCAGCCTGGCTAGAACTCACTAGGAATCTCAGGATGCTCTTGAATTC  1189

seq1: chr8_37256977_37257660
seq2: B6Ng01-320J04.g_67_750

seq1  GAATTCACTCTGTAGTCCAGGCTGGCCTCTGATGCACACAGATCTGCCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCTGTAGTCCAGGCTGGCCTCTGATGCACACAGATCTGCCTG  50

seq1  CCTCTGTCTTCCTAGTGCTGGGATGAAAGGCATGTGCCACTATGCCTGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGTCTTCCTAGTGCTGGGATGAAAGGCATGTGCCACTATGCCTGGC  100

seq1  TTAGTAGTTGTCTATTTTTAAAGACGTCCACATATGTAGTCTTGGAGACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTAGTTGTCTATTTTTAAAGACGTCCACATATGTAGTCTTGGAGACA  150

seq1  AACACAATTTCTGAAAGGATTCATGTGACAGTTAACCCTGTCAATTGGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACAATTTCTGAAAGGATTCATGTGACAGTTAACCCTGTCAATTGGAC  200

seq1  TAAGTTAGAGATACCTAGAGGATTAGCAACCTAGTGTGTCTGTGAGGGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTTAGAGATACCTAGAGGATTAGCAACCTAGTGTGTCTGTGAGGGTA  250

seq1  TCTCTAGAGAGGCCTGATACATGAGAGAGAGACGTGTGTGACATGGCACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTAGAGAGGCCTGATACATGAGAGAGAGACGTGTGTGACATGGCACC  300

seq1  ATCCAATAGGCAAGGGCCAAGATGAGGTGAAGGTGAACACAGGAAATGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAATAGGCAAGGGCCAAGATGAGGTGAAGGTGAACACAGGAAATGAC  350

seq1  TTAGCTCTTTCAAGTTTCACTCTTCCTGATAGATATCCTCCATCTGATCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTCTTTCAAGTTTCACTCTTCCTGATAGATATCCTCCATCTGATCT  400

seq1  TATCTCTGGGAGACATCACTTCTTACAAGATCTGGTTTGTGGGTACATCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTCTGGGAGACATCACTTCTTACAAGATCTGGTTTGTGGGTACATCA  450

seq1  CAGTTTACTTCTTCATGACTCAAGAGTCCCAGCATGACTGTCATAAAAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTACTTCTTCATGACTCAAGAGTCCCAGCATGACTGTCATAAAAGA  500

seq1  ACCAGACAATGTTTTCATGTTCTCCCTACCCTGCAAGTCTCACATCATCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGACAATGTTTTCATGTTCTCCCTACCCTGCAAGTCTCACATCATCA  550

seq1  TTTGCAAAGAAATGCACGGATTCAAAAGGAGGGCATATATGAGACACTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCAAAGAAATGCACGGATTCAAAAGGAGGGCATATATGAGACACTTC  600

seq1  TTAATGGATGGTCCAGAGATTCACAGACATGTTTGTAGAGACACCACAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGGATGGTCCAGAGATTCACAGACATGTTTGTAGAGACACCACAAA  650

seq1  GGCCTATGTATGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  684
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTATGTATGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  684