BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-321C06
Chromosome8 (Build37)
Map Location 65,600,621 - 65,625,528
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSpock3
Upstream geneAnxa10, LOC100040775, LOC384830, LOC100040804, LOC665267
Downstream geneLOC384831, EG244495, Tll1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-321C06.bB6Ng01-321C06.g
ACCGA110329GA110330
length1,120894
definitionB6Ng01-321C06.b B6Ng01-321C06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,624,418 - 65,625,528)(65,600,621 - 65,601,513)
sequence
gaattcaatgaaggtcaccaagcttattgataagtgccttgagtcatctt
caggggatatagctaagtcatcacggtgacatagcatggatatggataag
cttaaatgtcaatctcagcaaatagagttgtggattcagtgtctacacag
gccagaaaggggcatcaaaaccccttgcaatggagttaccagtagcagct
gtcccatgtagccactgagaacaaaacctggtttcactaacagagcagaa
aactctctaactactgaaaagtctctctagtcctaattcttgcttataaa
taaattatttggtccaagctctgcaacgtaggtgatgaatctcatttgaa
agcaatttgacaccatttgcttacttattgttcaagtcaaactctttatt
ccacatttcacacatgaaataacaccatttaaatctgtgacgattaaggg
taaaagctttagaaaattcagaaatctttaggatcctaggaaactaggtg
aataacaaaatgtctagactacagaatatccactgctttatttacaaaag
atagtcatgagtgaaagataattgacaccggcaactctggtctgtcattt
tgtgaatttttctagaacactaatatcataacttgtgatttaaaatattt
aaatgctactctttaaggtctgcagtcactgtatcaacataacatacata
tatctcaaaaccatgaagttttcagattgttttcccatctgtcttgcatc
taactatttggcaccataaaactggcatcataaaatagaatttctaatac
aagcagagtattaaaggaggcattatacacacacacacacacacacacac
acacacacacacacacacgtgtgtgtgtataaatatatacatgtatatac
atatccatcaaaaagcaaatatttatgtttaagtaatgttcatatgtttg
tatatatatgtacatgttcatatatatatatatatatatactcattttat
tccttaatattcatttttctcccatcctctggttttcatggtggcctagt
tacatatccctacctatttctaccttaccagccaagcctctctggaatct
agttcatgttttatgtttta

gaattctggatatataagatattcacaaggttgccttaccttttacccct
tccaggttcaaaaatatagacaagtgtctggctaacttcaggtcaaatat
tgacctcattttgcatgggtagggtaaaggatttattcaccttgcagctt
ataatctccatcaatgcagaaagtcaggacaaggattcagaacagaaatc
tggaagcaagaattgatgctaaggccatagaaacatactacttactagct
tgctctttgcagcttactcagcctgctttctagtagtgaccaggatcatt
agctaaggggtgacactgcccacagtgggcttgcccatcccacaacaatc
atcaatcaagaaaatgcattgcaggcttgcccacagaccaatcttgtagt
atcattttctcaattgagggttctattccaaaatgattctacattgtatg
aaattgacataaacctagctagtaaaatttaactatcatcttgacaaata
catacaacaccatgaaaccaaaccctcccttatattaatatcataaaaca
ttcccacatctaaaagtttcacagcctttatattttaagcactttaaaag
ttcaatctctttaaacacttaaaattttcttttgaagttcaaatattttt
aaaaactttgctttatacctaggcacttcaattcaaattattggaactta
tgttattcagctcttttcttattatgacaaaatatctgaagaacataaaa
gcttaataagggaaggttgtgacctcactttctgtccatgaatatttgtt
gagttggcacatcatagaaagataagtattattaaggaaagaaaaattgc
tgcttatctcctgctgtgtgtgttgggtgtgtgtgtgtgtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_65624418_65625528
seq2: B6Ng01-321C06.b_46_1165 (reverse)

seq1  TAAAACATAAAACAATGACTAGA-TCCAGA---GCTT-GCTGGTAAGGTA  45
      ||||||||||||||   |||||| ||||||   |||| ||||||||||||
seq2  TAAAACATAAAACATGAACTAGATTCCAGAGAGGCTTGGCTGGTAAGGTA  50

seq1  G-AATAGGTA-GGATATGTAACTA-GCCACCATGAAAACCAAGAGAT-GG  91
      | |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||   ||| ||
seq2  GAAATAGGTAGGGATATGTAACTAGGCCACCATGAAAACCAGAGGATGGG  100

seq1  AG-AAAATGAATATTAAGGAATAAAAATGAGTATATATATATATATATAT  140
      || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAATGAATATTAAGGAAT-AAAATGAGTATATATATATATATATAT  149

seq1  ATGAACATGTACATATATATACAAACATATGAACATTACTTAAACATAAA  190
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAACATGTACATATATATACAAACATATGAACATTACTTAAACATAAA  199

seq1  TATTTGCTTTTTGATGGATATGTATATACATGTATATATTTATACACACA  240
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGCTTTTTGATGGATATGTATATACATGTATATATTTATACACACA  249

seq1  CACGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATAAT  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATAAT  299

seq1  GCCTCCTTTAATACTCTGCTTGTATTAGAAATTCTATTTTATGATGCCAG  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCCTTTAATACTCTGCTTGTATTAGAAATTCTATTTTATGATGCCAG  349

seq1  TTTTATGGTGCCAAATAGTTAGATGCAAGACAGATGGGAAAACAATCTGA  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATGGTGCCAAATAGTTAGATGCAAGACAGATGGGAAAACAATCTGA  399

seq1  AAACTTCATGGTTTTGAGATATATGTATGTTATGTTGATACAGTGACTGC  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTCATGGTTTTGAGATATATGTATGTTATGTTGATACAGTGACTGC  449

seq1  AGACCTTAAAGAGTAGCATTTAAATATTTTAAATCACAAGTTATGATATT  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCTTAAAGAGTAGCATTTAAATATTTTAAATCACAAGTTATGATATT  499

seq1  AGTGTTCTAGAAAAATTCACAAAATGACAGACCAGAGTTGCCGGTGTCAA  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTCTAGAAAAATTCACAAAATGACAGACCAGAGTTGCCGGTGTCAA  549

seq1  TTATCTTTCACTCATGACTATCTTTTGTAAATAAAGCAGTGGATATTCTG  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTTTCACTCATGACTATCTTTTGTAAATAAAGCAGTGGATATTCTG  599

seq1  TAGTCTAGACATTTTGTTATTCACCTAGTTTCCTAGGATCCTAAAGATTT  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCTAGACATTTTGTTATTCACCTAGTTTCCTAGGATCCTAAAGATTT  649

seq1  CTGAATTTTCTAAAGCTTTTACCCTTAATCGTCACAGATTTAAATGGTGT  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATTTTCTAAAGCTTTTACCCTTAATCGTCACAGATTTAAATGGTGT  699

seq1  TATTTCATGTGTGAAATGTGGAATAAAGAGTTTGACTTGAACAATAAGTA  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCATGTGTGAAATGTGGAATAAAGAGTTTGACTTGAACAATAAGTA  749

seq1  AGCAAATGGTGTCAAATTGCTTTCAAATGAGATTCATCACCTACGTTGCA  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAATGGTGTCAAATTGCTTTCAAATGAGATTCATCACCTACGTTGCA  799

seq1  GAGCTTGGACCAAATAATTTATTTATAAGCAAGAATTAGGACTAGAGAGA  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTGGACCAAATAATTTATTTATAAGCAAGAATTAGGACTAGAGAGA  849

seq1  CTTTTCAGTAGTTAGAGAGTTTTCTGCTCTGTTAGTGAAACCAGGTTTTG  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCAGTAGTTAGAGAGTTTTCTGCTCTGTTAGTGAAACCAGGTTTTG  899

seq1  TTCTCAGTGGCTACATGGGACAGCTGCTACTGGTAACTCCATTGCAAGGG  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCAGTGGCTACATGGGACAGCTGCTACTGGTAACTCCATTGCAAGGG  949

seq1  GTTTTGATGCCCCTTTCTGGCCTGTGTAGACACTGAATCCACAACTCTAT  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGATGCCCCTTTCTGGCCTGTGTAGACACTGAATCCACAACTCTAT  999

seq1  TTGCTGAGATTGACATTTAAGCTTATCCATATCCATGCTATGTCACCGTG  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGAGATTGACATTTAAGCTTATCCATATCCATGCTATGTCACCGTG  1049

seq1  ATGACTTAGCTATATCCCCTGAAGATGACTCAAGGCACTTATCAATAAGC  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTTAGCTATATCCCCTGAAGATGACTCAAGGCACTTATCAATAAGC  1099

seq1  TTGGTGACCTTCATTGAATTC  1111
      |||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGACCTTCATTGAATTC  1120


seq1: chr8_65600621_65601513
seq2: B6Ng01-321C06.g_67_960

seq1  GAATTCTGGATATATAAGATATTCACAAGGTTGCCTTACCTTTTACCCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGATATATAAGATATTCACAAGGTTGCCTTACCTTTTACCCCT  50

seq1  TCCAGGTTCAAAAATATAGACAAGTGTCTGGCTAACTTCAGGTCAAATAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGTTCAAAAATATAGACAAGTGTCTGGCTAACTTCAGGTCAAATAT  100

seq1  TGACCTCATTTTGCATGGGTAGGGTAAAGGATTTATTCACCTTGCAGCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTCATTTTGCATGGGTAGGGTAAAGGATTTATTCACCTTGCAGCTT  150

seq1  ATAATCTCCATCAATGCAGAAAGTCAGGACAAGGATTCAGAACAGAAATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATCTCCATCAATGCAGAAAGTCAGGACAAGGATTCAGAACAGAAATC  200

seq1  TGGAAGCAAGAATTGATGCTAAGGCCATAGAAACATACTACTTACTAGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGCAAGAATTGATGCTAAGGCCATAGAAACATACTACTTACTAGCT  250

seq1  TGCTCTTTGCAGCTTACTCAGCCTGCTTTCTAGTAGTGACCAGGATCATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTTTGCAGCTTACTCAGCCTGCTTTCTAGTAGTGACCAGGATCATT  300

seq1  AGCTAAGGGGTGACACTGCCCACAGTGGGCTTGCCCATCCCACAACAATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAAGGGGTGACACTGCCCACAGTGGGCTTGCCCATCCCACAACAATC  350

seq1  ATCAATCAAGAAAATGCATTGCAGGCTTGCCCACAGACCAATCTTGTAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATCAAGAAAATGCATTGCAGGCTTGCCCACAGACCAATCTTGTAGT  400

seq1  ATCATTTTCTCAATTGAGGGTTCTATTCCAAAATGATTCTACATTGTATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTTTCTCAATTGAGGGTTCTATTCCAAAATGATTCTACATTGTATG  450

seq1  AAATTGACATAAACCTAGCTAGTAAAATTTAACTATCATCTTGACAAATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGACATAAACCTAGCTAGTAAAATTTAACTATCATCTTGACAAATA  500

seq1  CATACAACACCATGAAACCAAACCCTCCCTTATATTAATATCATAAAACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACAACACCATGAAACCAAACCCTCCCTTATATTAATATCATAAAACA  550

seq1  TTCCCACATCTAAAAGTTTCACAGCCTTTATATTTTAAGCACTTTAAAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCACATCTAAAAGTTTCACAGCCTTTATATTTTAAGCACTTTAAAAG  600

seq1  TTCAATCTCTTTAAACACTTAAAATTTTCTTTTGAAGTTCAAATATTTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATCTCTTTAAACACTTAAAATTTTCTTTTGAAGTTCAAATATTTTT  650

seq1  AAAAACTTTGCTTTATACCTAGGCACTTCAATTCAAATTATTGGAACTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACTTTGCTTTATACCTAGGCACTTCAATTCAAATTATTGGAACTTA  700

seq1  TGTTATTCAGCTCTTTTCTTATTATGACAAAATATCTGAAGAACATAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTATTCAGCTCTTTTCTTATTATGACAAAATATCTGAAGAACATAAAA  750

seq1  GCTTAATAAGGGAAGGTTGTGACCTCACTTTCTGTCCATGAATATTTGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAATAAGGGAAGGTTGTGACCTCACTTTCTGTCCATGAATATTTGTT  800

seq1  GAGTTGGCACATCATAG-AAGATAAGTATTATTAAGGAAAGAAAAATTGC  849
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTGGCACATCATAGAAAGATAAGTATTATTAAGGAAAGAAAAATTGC  850

seq1  TGCTTATCTCCTGCTGTGTGTGTTGGGTGTGTGTGTGTGTGTGT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTATCTCCTGCTGTGTGTGTTGGGTGTGTGTGTGTGTGTGT  894


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |