BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-321D17
Chromosome8 (Build37)
Map Location 68,607,316 - 68,742,321
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMarch1
Upstream geneLOC665388, LOC665396, LOC100040949, LOC665405, Vaultrc-ps1, LOC100040967, LOC100040986
Downstream gene1810029B16Rik, Tktl2, Npy5r, Npy1r, BC053440, LOC665453
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-321D17.bB6Ng01-321D17.g
ACCGA110395GA110396
length1,1271,105
definitionB6Ng01-321D17.b B6Ng01-321D17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(68,741,177 - 68,742,321)(68,607,316 - 68,608,423)
sequence
gaattccatttccttgttaaaaaccagaacttacattttaaaactaatgt
aggaattcactgtggtcttattttactgcatactcatttttaaaatgtct
cttatttagttattgtaaattagccaatattctattttataattttacct
tccttcttatttttctttaaaaagtagagactttttcatcaggtaagcat
gttaaaaattataaaacataataatttataaaattataaaaataaacaag
gagctaaattttacttttgaagattgtagcttctcaattattgttaacca
aattctcaactccagaatctatggagaacatgtaacagtaattctgtgac
gcttctgcaattacaaacacactggatgggggaaccatgaagctttactc
ttggagtactgacagagtaacaacaaaattactcacattaatacagcagt
tacttaactttataattatgtttatattatactttatatataaaaattat
atatatgtatatattatataactttatagttatacttaaaattctaaaaa
tatatgattttggtagtgtcaattggatatttaaaccatacatacatcaa
gtttcaatcataattttagtaccttcaaatatatattaacacgtaagacc
tgttaaatagatttcatctgacacagttacaggtaatcagattctagtaa
ttttgtgcttgatgctcaaagtcagccaatcaggaagtgggcagaggaag
aaggatgcaagaaacatggttataagaggatccagataagctgagtttaa
gcccaggagaacataatggcacccaagccattcttgatgattctggcttt
gaaaatgttgctgcacgtcagaaatgaagtgcatgagtattgagtctaga
aatcaggagagttccagggaagcagatttaccaaatgggtgtggtcctcc
gccacaggccagtgatacatgcttgagagagtaagtggagccactcactt
ctacatcagagactctgtacagtgtcgtgtacagaaacacacagtgatga
aattcagaaatacacagttagacccacagcatattttaagtcacccacac
agcatgagaacatttatgatatagaaa

gaattcaaggaacatgataatgactttaaagatacttgcaggcatgaagt
ctaagttataaatggacaaatatactaagggaagtcaaacaaggagtaga
aaatgatggtgaattcactaattgtatattcaaattgagctaaagaatat
ttgacacgatctatttaatggaatgagctggaaaggtaggaagaattgat
cagtaagtatgaccaagcatgtgatattgtcactgataataactaagtta
taatgcaactctaaggagattgaccatgaatggacaatgaaagctgaaca
agaaacttataagtaatagtgttggaacatttccaggaataacctggaaa
attatatttatataaaatgtactatatataattgtatataaatgatatat
aatttatatgtaacatataaattataatttatatgtaatgtatatgatat
ataattaatgtatataaaattatatatataattcttgatgatttaagcat
atataccctaaaattatcaagaattattcagtggtattgaacaataaggt
aagagtgtgaatattcaagaaatggaaagaagaggaacaagggtgagttg
actatactttcattaacaaagataatagattttattgacaaaaaaaattc
atactgaggtattttaaagagtatagatttaaaattaattagaaacatct
ttaaggagtctaaataactcctgaaacccagctctatgatacaatgacta
taagacatcattatacacaggcataagggactgataattttgtttgtctt
gttttcaactacttcagaaaattaattatttttcataaggtatcaaaggg
ctcaagaggtcagtgtcagaaaaattgacatgccaattttttctttaatc
aatttagagctgaagagagggaaccaaaacacaacctagagaagttacaa
aatcctagagagaaaaaaagtgcatgatagactgttgaataaaaccaaga
aaatcctccatttactgaatggatttaaaaaaaaaagattccaaggaatt
agaatatttgtttctttttccttaaaaaacaataggatgttcttgttttg
gctat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_68741177_68742321
seq2: B6Ng01-321D17.b_44_1170 (reverse)

seq1  TTTCTTATATCATAAATGTTCTCATGCTGTGT-GGTGACTTTAAAATATG  49
      |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||
seq2  TTTC-TATATCATAAATGTTCTCATGCTGTGTGGGTGAC-TTAAAATATG  48

seq1  CCTGTGTGTCTAAACTGTGTATTTCCTGGAATTTCCATCACTGTGTGTTT  99
       ||||| |||| |||||||||||||   |||||| |||||||||||||||
seq2  -CTGTGGGTCT-AACTGTGTATTTC--TGAATTT-CATCACTGTGTGTTT  93

seq1  CTGGTTACAACGAACACTGGTTACAGAGTCTCTGATGGTAGAAGTGAGTG  149
      |||  ||| ||| ||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CTG--TAC-ACG-ACACTG--TACAGAGTCTCTGAT-GTAGAAGTGAGTG  136

seq1  GCTCCCACTTACTCTCTCAAGCATGTTATCACTGGCCTGTTGGCGGAGGG  199
      ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||
seq2  GCT-CCACTTACTCTCTCAAGCATG-TATCACTGGCCTG-TGGCGGA-GG  182

seq1  ACCACACCCATTTGGTAAATCCTGCTTCCCTGGAACTCTCCTGATTTCTA  249
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACACCCATTTGGTAAAT-CTGCTTCCCTGGAACTCTCCTGATTTCTA  231

seq1  GACTCAATACTCATGCACTTCATTTCTGACGTGCAGCAACATTTTCAAAG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCAATACTCATGCACTTCATTTCTGACGTGCAGCAACATTTTCAAAG  281

seq1  CCAGAATCATCAAGAATGGCTTGGGTGCCATTATGTTCTCCTGGGCTTAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAATCATCAAGAATGGCTTGGGTGCCATTATGTTCTCCTGGGCTTAA  331

seq1  ACTCAGCTTATCTGGATCCTCTTATAACCATGTTTCTTGCATCCTTCTTC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGCTTATCTGGATCCTCTTATAACCATGTTTCTTGCATCCTTCTTC  381

seq1  CTCTGCCCACTTCCTGATTGGCTGACTTTGAGCATCAAGCACAAAATTAC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCCCACTTCCTGATTGGCTGACTTTGAGCATCAAGCACAAAATTAC  431

seq1  TAGAATCTGATTACCTGTAACTGTGTCAGATGAAATCTATTTAACAGGTC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATCTGATTACCTGTAACTGTGTCAGATGAAATCTATTTAACAGGTC  481

seq1  TTACGTGTTAATATATATTTGAAGGTACTAAAATTATGATTGAAACTTGA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACGTGTTAATATATATTTGAAGGTACTAAAATTATGATTGAAACTTGA  531

seq1  TGTATGTATGGTTTAAATATCCAATTGACACTACCAAAATCATATATTTT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTATGGTTTAAATATCCAATTGACACTACCAAAATCATATATTTT  581

seq1  TAGAATTTTAAGTATAACTATAAAGTTATATAATATATACATATATATAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATTTTAAGTATAACTATAAAGTTATATAATATATACATATATATAA  631

seq1  TTTTTATATATAAAGTATAATATAAACATAATTATAAAGTTAAGTAACTG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTATATATAAAGTATAATATAAACATAATTATAAAGTTAAGTAACTG  681

seq1  CTGTATTAATGTGAGTAATTTTGTTGTTACTCTGTCAGTACTCCAAGAGT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTATTAATGTGAGTAATTTTGTTGTTACTCTGTCAGTACTCCAAGAGT  731

seq1  AAAGCTTCATGGTTCCCCCATCCAGTGTGTTTGTAATTGCAGAAGCGTCA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTTCATGGTTCCCCCATCCAGTGTGTTTGTAATTGCAGAAGCGTCA  781

seq1  CAGAATTACTGTTACATGTTCTCCATAGATTCTGGAGTTGAGAATTTGGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATTACTGTTACATGTTCTCCATAGATTCTGGAGTTGAGAATTTGGT  831

seq1  TAACAATAATTGAGAAGCTACAATCTTCAAAAGTAAAATTTAGCTCCTTG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAATAATTGAGAAGCTACAATCTTCAAAAGTAAAATTTAGCTCCTTG  881

seq1  TTTATTTTTATAATTTTATAAATTATTATGTTTTATAATTTTTAACATGC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTTTATAATTTTATAAATTATTATGTTTTATAATTTTTAACATGC  931

seq1  TTACCTGATGAAAAAGTCTCTACTTTTTAAAGAAAAATAAGAAGGAAGGT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTGATGAAAAAGTCTCTACTTTTTAAAGAAAAATAAGAAGGAAGGT  981

seq1  AAAATTATAAAATAGAATATTGGCTAATTTACAATAACTAAATAAGAGAC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTATAAAATAGAATATTGGCTAATTTACAATAACTAAATAAGAGAC  1031

seq1  ATTTTAAAAATGAGTATGCAGTAAAATAAGACCACAGTGAATTCCTACAT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAAAAATGAGTATGCAGTAAAATAAGACCACAGTGAATTCCTACAT  1081

seq1  TAGTTTTAAAATGTAAGTTCTGGTTTTTAACAAGGAAATGGAATTC  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTTAAAATGTAAGTTCTGGTTTTTAACAAGGAAATGGAATTC  1127


seq1: chr8_68607316_68608423
seq2: B6Ng01-321D17.g_67_1171

seq1  GAATTCAAGGAACATGATAATGACTTTAAAGATACTTGCAGGCATGAAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGAACATGATAATGACTTTAAAGATACTTGCAGGCATGAAGT  50

seq1  CTAAGTTATAAATGGACAAATATACTAAGGGAAGTCAAACAAGGAGTAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGTTATAAATGGACAAATATACTAAGGGAAGTCAAACAAGGAGTAGA  100

seq1  AAATGATGGTGAATTCACTAATTGTATATTCAAATTGAGCTAAAGAATAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGATGGTGAATTCACTAATTGTATATTCAAATTGAGCTAAAGAATAT  150

seq1  TTGACACGATCTATTTAATGGAATGAGCTGGAAAGGTAGGAAGAATTGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACACGATCTATTTAATGGAATGAGCTGGAAAGGTAGGAAGAATTGAT  200

seq1  CAGTAAGTATGACCAAGCATGTGATATTGTCACTGATAATAACTAAGTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAAGTATGACCAAGCATGTGATATTGTCACTGATAATAACTAAGTTA  250

seq1  TAATGCAACTCTAAGGAGATTGACCATGAATGGACAATGAAAGCTGAACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCAACTCTAAGGAGATTGACCATGAATGGACAATGAAAGCTGAACA  300

seq1  AGAAACTTATAAGTAATAGTGTTGGAACATTTCCAGGAATAACCTGGAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACTTATAAGTAATAGTGTTGGAACATTTCCAGGAATAACCTGGAAA  350

seq1  ATTATATTTATATAAAATGTACTATATATAATTGTATATAAATGATATAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATATTTATATAAAATGTACTATATATAATTGTATATAAATGATATAT  400

seq1  AATTTATATGTAACATATAAATTATAATTTATATGTAATGTATATGATAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTATATGTAACATATAAATTATAATTTATATGTAATGTATATGATAT  450

seq1  ATAATTAATGTATATAAAATTATATATATAATTCTTGATGATTTAAGCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTAATGTATATAAAATTATATATATAATTCTTGATGATTTAAGCAT  500

seq1  ATATACCCTAAAATTATCAAGAATTATTCAGTGGTATTGAACAATAAGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACCCTAAAATTATCAAGAATTATTCAGTGGTATTGAACAATAAGGT  550

seq1  AAGAGTGTGAATATTCAAGAAATGGAAAGAAGAGGAACAAGGGTGAGTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTGTGAATATTCAAGAAATGGAAAGAAGAGGAACAAGGGTGAGTTG  600

seq1  ACTATACTTTCATTAACAAAGATAATAGATTTTATTGACAAAAAAAATTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATACTTTCATTAACAAAGATAATAGATTTTATTGACAAAAAAAATTC  650

seq1  ATACTGAGGTATTTTAAAGAGTATAGATTTAAAATTAATTAGAAACATCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTGAGGTATTTTAAAGAGTATAGATTTAAAATTAATTAGAAACATCT  700

seq1  TTAAGGAGTCTAAATAACTCCTGAAACCCAGCTCTATGATACAATGACTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGAGTCTAAATAACTCCTGAAACCCAGCTCTATGATACAATGACTA  750

seq1  TAAGACATCATTATACACAGGCATAAGGGACTGATAATTTTGTTTGTCTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGACATCATTATACACAGGCATAAGGGACTGATAATTTTGTTTGTCTT  800

seq1  GTTTTCAACTACTTCAGAAAATTAATTATTTTTCATAAGGTATCAAAGGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCAACTACTTCAGAAAATTAATTATTTTTCATAAGGTATCAAAGGG  850

seq1  CTCAAGAGGTCAGTGTCAGAAAAATTGACATGCCAA-TTTTTCTTTAATC  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CTCAAGAGGTCAGTGTCAGAAAAATTGACATGCCAATTTTTTCTTTAATC  900

seq1  AATTTAGAGCTGAAGAGAGGGAACCAAAACACAAACCTAGAGAAGTTACA  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AATTTAGAGCTGAAGAGAGGGAACCAAAACAC-AACCTAGAGAAGTTACA  949

seq1  AAAT-CTAGAGAGAAAAAAAAGTGGCATGGATAGACTGTTGAATAAAAAC  998
      |||| |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||
seq2  AAATCCTAGAGAG-AAAAAAAGT-GCAT-GATAGACTGTTGAAT-AAAAC  995

seq1  CAAGAAAATCCTCCATTTACTGAATGGATTTAAAAAAAAAAAGATTCCCA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
seq2  CAAGAAAATCCTCCATTTACTGAATGGATTT-AAAAAAAAAAGATT-CCA  1043

seq1  AGGAATTAGGAATA-TTGTT--CTATTCCTTAAAAAACAATAAGAATGTC  1095
      |||||||| ||||| |||||   | ||||||||||||||||| ||   ||
seq2  AGGAATTA-GAATATTTGTTTCTTTTTCCTTAAAAAACAATAGGATGTTC  1092

seq1  TTGTTTTGGCTAT  1108
      |||||||||||||
seq2  TTGTTTTGGCTAT  1105


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |