BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-321D24
Chromosome8 (Build37)
Map Location 18,464,338 - 18,559,087
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040466
Upstream geneCsmd1, LOC665638
Downstream geneMcph1, Angpt2, Agpat5, LOC100040486, Xkr5, Defb40, Defb37, Defb38, Defb39, Defb12, Defb34, EG546038, Spag11, Defb14, Defb4, EG654452, Defb6, EG574081, Defb5, Defb3, Defb54-ps, LOC100040504, LOC100040514, Defb8, LOC100040528, LOC100041511, Defb7, LOC670326
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-321D24.bB6Ng01-321D24.g
ACCGA110409GA110410
length1,154859
definitionB6Ng01-321D24.b B6Ng01-321D24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,557,939 - 18,559,087)(18,464,338 - 18,465,196)
sequence
gaattctacgtcttcatctgaaggtggctagtggaagactgacttccagg
cagttaaggtgagggtcttcagcccacgcccacagtgacacacccactcc
aacaaggccacaccacctaatagaaccactccctgggccaagcatattca
aaccatcacaatacttattgcctataagaatacacccaggagcaggatta
gtctgtgtcttcaactgctctatgaggggagtgaggttgagctgtgacta
gaaagaaaccttgtctatggttactcacctgctcaccacttttaattcat
ttactcattcacgtatcgaccgtgtgctgtttgccagacccaggatgagg
ctcagtacagaaaaaacatttctcttcttgagaagctcacagattgaaga
aggatactaacatccaacacacagtagaggaacagggaaagagaaagcat
gacagccggactcccagtgtgcagaccacaggatagtgagaggagagctt
gcccagagacacctgcaagaaccaggtgctcctctaagccgtggttactc
actgcatcctcacatgatccctgggatgaagtaccaatgttagtttccct
tataatcaaggaaaccaagatacccctggcttagtggttggcagtctcag
gaatgcaaatccaagtggcctggctgcagagtctgcatatctgtgatcac
cgtctgctgtccagagagatggaaagaggaatgtgcagagtgtgactgca
gtgaatgctgcagaagacaggctgaaggcgacacagtggggtgctgagca
tggggaggagttggggaccgaactgagaaaggtgcagcagagacagcagt
gactgacttggtgagaacacctggaatccacaaaacgtttcctcctgcat
cagtcttgttctcctctttcctgacagctgtgcaagaaggtgacgtcaga
tcctgtcacaggtgcagctaggctcttttggggagacctgtctctgcctt
gaacattccacagacagatcccaccactgaaatcccacgcctccatgtcg
tctcttggttctgcacccagtgcagacagatgagactttctcctgtttag
ctaaatgctggctctgtccctttactacactatcacaatctgcttcctcg
aagt
gaattccaactttgggggaccacatcccaccatagaagcaaaaggctttg
ttgttactgaaatgaatgctaagagcagaaaggcctttgagaaagtaatg
cactggtcccttgtgaggctatcagaaaggggctgtccacacgtattgct
ttaagagcttcataaactgtagatgcaggtgactgctgagtgttctttta
aagtttggcagttatacttaccaggagcattaatggtaagagaatatgga
ggaacagttgggcctatgcatgggaggctgagaagggattgtgtcttaca
taagggggaaagagcttccctgtgacttctaagaatacatctttaaacag
ctgtgctatcagcccccagtcaaaggatggggccaccctctcagctctaa
ggtgttaacccaaaaatcttcctgtccaaaggaaagacagggacaaaaaa
tggagcagcgactgaaggaaagatcatctcaggaccaccccacctggaat
ccatcctgtgtgcagacactaagcctcaacactgttgccaagcggtgctt
gctaacaggagcctggtatgactgttcctgggagattctaccagcaatgc
agatgcggatgcttgcagccaaccatcagactgggtttggggaccccagt
gagggagctggcagaaaaactggagaagcagagggggactgcaatcccat
aggaagaacaatgttgactgggcagaccacccagtgttcccagggactag
accaacaaaggagtgtacagggaaggatccatggctccaaatatatatgt
agcagaggatggacttgtctgacatcactgggaggggaggcccttggtcc
tgtgaaggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_18557939_18559087
seq2: B6Ng01-321D24.b_46_1199 (reverse)

seq1  ACTTCGAGG-AGCAGATTGTGTATGTGGAGGTAGAGAACAG-GGCAGCAA  48
      ||||||||| |||||||||||   ||| ||  |  | |||| | ||||| 
seq2  ACTTCGAGGAAGCAGATTGTGATAGTGTAGTAAAGGGACAGAGCCAGCAT  50

seq1  TTAGCCAAACAGGAGAAAGTTCTTAAACTGTCCTGCACTGGGTGCAGACA  98
      ||||| ||||||||||||||   | | |||| ||||||||||||||||  
seq2  TTAGCTAAACAGGAGAAAGT--CTCATCTGT-CTGCACTGGGTGCAGAAC  97

seq1  CAAG-GACGACATG--AGCGTGTGA-TTCAGTG--TGGATCTGTCTGTGA  142
      |||| |||||||||   ||||| || |||||||   ||||||||||||| 
seq2  CAAGAGACGACATGGAGGCGTGGGATTTCAGTGGTGGGATCTGTCTGTGG  147

seq1  AATGTTCAAGGCAGAGACAGGTCTCCCC-AAAGAGCCCTAGCTGCACCTG  191
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||
seq2  AATGTTCAAGGCAGAGACAGGTCTCCCCAAAAGAG-CCTAGCTGCACCTG  196

seq1  TGACAGGATCCTGACGTCACCTTCTTGCACAGCTGTCAGGGAAGAGGAGA  241
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TGACAGGAT-CTGACGTCACCTTCTTGCACAGCTGTCAGGAAAGAGGAGA  245

seq1  ACAAGACTGATGCAGGAGGAAACGTTTTGTGGATTCCAGGTGTTCTCACC  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGACTGATGCAGGAGGAAACGTTTTGTGGATTCCAGGTGTTCTCACC  295

seq1  AAGTCAGTCACTGCTGTCTCTGCTGCACC-TTCTCAGTTCGGTCCCCAAC  340
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCAGTCACTGCTGTCTCTGCTGCACCTTTCTCAGTTCGGTCCCCAAC  345

seq1  TCCTCCCCATGCTCAGCACCCCACTGTGTCGCCTTCAGCCTGTCTTCTGC  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCCCATGCTCAGCACCCCACTGTGTCGCCTTCAGCCTGTCTTCTGC  395

seq1  AGCATTCACTGCAGTCACACTCTGCACATTCCTCTTTCCATCTCTCTGGA  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTCACTGCAGTCACACTCTGCACATTCCTCTTTCCATCTCTCTGGA  445

seq1  CAGCAGACGGTGATCACAGATATGCAGACTCTGCAGCCAGGCCACTTGGA  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGACGGTGATCACAGATATGCAGACTCTGCAGCCAGGCCACTTGGA  495

seq1  TTTGCATTCCTGAGACTGCCAACCACTAAGCCAGGGGTATCTTGGTTTCC  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCATTCCTGAGACTGCCAACCACTAAGCCAGGGGTATCTTGGTTTCC  545

seq1  TTGATTATAAGGGAAACTAACATTGGTACTTCATCCCAGGGATCATGTGA  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTATAAGGGAAACTAACATTGGTACTTCATCCCAGGGATCATGTGA  595

seq1  GGATGCAGTGAGTAACCACGGCTTAGAGGAGCACCTGGTTCTTGCAGGTG  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGCAGTGAGTAACCACGGCTTAGAGGAGCACCTGGTTCTTGCAGGTG  645

seq1  TCTCTGGGCAAGCTCTCCTCTCACTATCCTGTGGTCTGCACACTGGGAGT  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGGGCAAGCTCTCCTCTCACTATCCTGTGGTCTGCACACTGGGAGT  695

seq1  CCGGCTGTCATGCTTTCTCTTTCCCTGTTCCTCTACTGTGTGTTGGATGT  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGCTGTCATGCTTTCTCTTTCCCTGTTCCTCTACTGTGTGTTGGATGT  745

seq1  TAGTATCCTTCTTCAATCTGTGAGCTTCTCAAGAAGAGAAATGTTTTTTC  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTATCCTTCTTCAATCTGTGAGCTTCTCAAGAAGAGAAATGTTTTTTC  795

seq1  TGTACTGAGCCTCATCCTGGGTCTGGCAAACAGCACACGGTCGATACGTG  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACTGAGCCTCATCCTGGGTCTGGCAAACAGCACACGGTCGATACGTG  845

seq1  AATGAGTAAATGAATTAAAAGTGGTGAGCAGGTGAGTAACCATAGACAAG  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGTAAATGAATTAAAAGTGGTGAGCAGGTGAGTAACCATAGACAAG  895

seq1  GTTTCTTTCTAGTCACAGCTCAACCTCACTCCCCTCATAGAGCAGTTGAA  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTTTCTAGTCACAGCTCAACCTCACTCCCCTCATAGAGCAGTTGAA  945

seq1  GACACAGACTAATCCTGCTCCTGGGTGTATTCTTATAGGCAATAAGTATT  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACAGACTAATCCTGCTCCTGGGTGTATTCTTATAGGCAATAAGTATT  995

seq1  GTGATGGTTTGAATATGCTTGGCCCAGGGAGTGGTTCTATTAGGTGGTGT  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATGGTTTGAATATGCTTGGCCCAGGGAGTGGTTCTATTAGGTGGTGT  1045

seq1  GGCCTTGTTGGAGTGGGTGTGTCACTGTGGGCGTGGGCTGAAGACCCTCA  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTGTTGGAGTGGGTGTGTCACTGTGGGCGTGGGCTGAAGACCCTCA  1095

seq1  CCTTAACTGCCTGGAAGTCAGTCTTCCACTAGCCACCTTCAGATGAAGAC  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAACTGCCTGGAAGTCAGTCTTCCACTAGCCACCTTCAGATGAAGAC  1145

seq1  GTAGAATTC  1149
      |||||||||
seq2  GTAGAATTC  1154

seq1: chr8_18464338_18465196
seq2: B6Ng01-321D24.g_67_925

seq1  GAATTCCAACTTTGGGGGACCACATCCCACCATAGAAGCAAAAGGCTTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAACTTTGGGGGACCACATCCCACCATAGAAGCAAAAGGCTTTG  50

seq1  TTGTTACTGAAATGAATGCTAAGAGCAGAAAGGCCTTTGAGAAAGTAATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTACTGAAATGAATGCTAAGAGCAGAAAGGCCTTTGAGAAAGTAATG  100

seq1  CACTGGTCCCTTGTGAGGCTATCAGAAAGGGGCTGTCCACACGTATTGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGTCCCTTGTGAGGCTATCAGAAAGGGGCTGTCCACACGTATTGCT  150

seq1  TTAAGAGCTTCATAAACTGTAGATGCAGGTGACTGCTGAGTGTTCTTTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGAGCTTCATAAACTGTAGATGCAGGTGACTGCTGAGTGTTCTTTTA  200

seq1  AAGTTTGGCAGTTATACTTACCAGGAGCATTAATGGTAAGAGAATATGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTGGCAGTTATACTTACCAGGAGCATTAATGGTAAGAGAATATGGA  250

seq1  GGAACAGTTGGGCCTATGCATGGGAGGCTGAGAAGGGATTGTGTCTTACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACAGTTGGGCCTATGCATGGGAGGCTGAGAAGGGATTGTGTCTTACA  300

seq1  TAAGGGGGAAAGAGCTTCCCTGTGACTTCTAAGAATACATCTTTAAACAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGGGGAAAGAGCTTCCCTGTGACTTCTAAGAATACATCTTTAAACAG  350

seq1  CTGTGCTATCAGCCCCCAGTCAAAGGATGGGGCCACCCTCTCAGCTCTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCTATCAGCCCCCAGTCAAAGGATGGGGCCACCCTCTCAGCTCTAA  400

seq1  GGTGTTAACCCAAAAATCTTCCTGTCCAAAGGAAAGACAGGGACAAAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTTAACCCAAAAATCTTCCTGTCCAAAGGAAAGACAGGGACAAAAAA  450

seq1  TGGAGCAGCGACTGAAGGAAAGATCATCTCAGGACCACCCCACCTGGAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGCAGCGACTGAAGGAAAGATCATCTCAGGACCACCCCACCTGGAAT  500

seq1  CCATCCTGTGTGCAGACACTAAGCCTCAACACTGTTGCCAAGCGGTGCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCTGTGTGCAGACACTAAGCCTCAACACTGTTGCCAAGCGGTGCTT  550

seq1  GCTAACAGGAGCCTGGTATGACTGTTCCTGGGAGATTCTACCAGCAATGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAACAGGAGCCTGGTATGACTGTTCCTGGGAGATTCTACCAGCAATGC  600

seq1  AGATGCGGATGCTTGCAGCCAACCATCAGACTGGGTTTGGGGACCCCAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCGGATGCTTGCAGCCAACCATCAGACTGGGTTTGGGGACCCCAGT  650

seq1  GAGGGAGCTGGCAGAAAAACTGGAGAAGCAGAGGGGGACTGCAATCCCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGAGCTGGCAGAAAAACTGGAGAAGCAGAGGGGGACTGCAATCCCAT  700

seq1  AGGAAGAACAATGTTGACTGGGCAGACCACCCAGTGTTCCCAGGGACTAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGAACAATGTTGACTGGGCAGACCACCCAGTGTTCCCAGGGACTAG  750

seq1  ACCAACAAAGGAGTGTACAGGGAAGGATCCATGGCTCCAAATATATATGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAACAAAGGAGTGTACAGGGAAGGATCCATGGCTCCAAATATATATGT  800

seq1  AGCAGAGGATGGACTTGTCTGACATCACTGGGAGGGGAGGCCCTTGGTCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAGGATGGACTTGTCTGACATCACTGGGAGGGGAGGCCCTTGGTCC  850

seq1  TGTGAAGGT  859
      |||||||||
seq2  TGTGAAGGT  859