BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-321K07
Chromosome8 (Build37)
Map Location 116,005,064 - 116,179,672
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMon1b, 4930481F22Rik
Upstream geneCntnap4, LOC100042061
Downstream geneAdamts18, Nudt7, AI427515, Clec3a, Wwox
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-321K07.bB6Ng01-321K07.g
ACCGA110694GA110695
length1,0831,128
definitionB6Ng01-321K07.b B6Ng01-321K07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(116,178,586 - 116,179,672)(116,005,064 - 116,006,184)
sequence
gaattcactctgtagaccaggctggccttgaactcagaaatctgcctgcc
tctacctcccaagtgctgggattaaaggtgtgtaccaccacgcccggctc
ataaatctgttacatgtctgtggttcggctgatgagctgtgatcagctgc
tgctccacctagagataccctggacacctccccacctcatggctggggcc
tctcttacttccagagacctgatatgcacagactcaggagactcttggaa
tcatctttatttcttggtagtccttgaaggaatgtgagcactggtaggtc
cttgtggtttagcagagcgttcctgtccttggcaactcttctgatgtctc
caaatgatgctgttcctcttggctagcctaaggttagtgggagtgggttg
caggtccagaaccttggacactttcaactagacactcccttctctgcatc
tgctggctccttgtggctccctcagtgtgtcccagaggcttggaaaacct
ctgatccctcttctcagtggacctctgagtccccccacccccaccctact
cccactcccacctcatttctctttggtctctgcttctgttcaccaggtac
ctacctcccctttatcattctgagcttctgggctgcgctgggactgcccc
tccaattcctccagctctgtcttcagcctataagaaacgcaggtgagcag
tggtccagggcaccgggcagaaaagtcaagacagagaggccacagatctg
acaccaaggccatgctcctcctcttacccacagttccctgggctgtccca
ggtctctctggcctcctgcagccgctgctccaccttctccagcctggctc
gcagcagagtccctgcagcggtagtgggacatcaaggtgggcccctgaag
ccatgggtcccaccacccatcactgcctgagcctcactctctgcagaagc
tgatctttcctgtgctccatcgtgctgatctcctgggccagtcgctgctg
caggacctgtcaggatgaagcttgtctttctgttcctctccctggaaaga
cccccagcccaccctcctttgcacttttgacaa

gaattcatctttagaaactgacttatttttattttttaatgtatgtatgt
gtataattgggtgtggatatgtgcatgtgggtacctgcagaggtcagagg
agggtgtcaggtcttttggagctggatttacagatggttgtgagccacac
aacatggttgctgaaaaccgaactcaggtcttctgcaggagcaccaaata
tccttagctgctgggccatctctctggctccttaaagcatgatttttttt
taaaaaaattataattaaatgacatagatattaattgtagaaaactgggg
ggggggtaactaaaccaaaataatatcaaacctaggtgtgatagctcatg
cctataatctcaaaacatgagagaataaggcaggaggatttctatgagtg
agaaaccatcatgagctctctggggagttccacagcagcctgggctatag
aaggagtaaataagcagaaaagaacacaaatcagaggaaaaaagcaagca
agaataattaaaaatgattattaaaataactgctctgcagccatggccag
cctctgttcatatcagccatgtgctattctatctaacgtgctgtaatttt
tcttagaacttatggaaatttccccctactgtagtaaatttccttgagac
ccaaatcaaaagaggtaactcattaaagtgggctctctgtgtctctgtcc
ccaagcagggagccagctgtttaagcaggtgtgggaatgaagtgcagttt
catacagcaggtgtttaataatcttctccttgtaacttctgtatcctcca
gcggtgctcccagccacacaaacttctgagagcccactctgtgggaaggg
aaagattaagcaagaatgatttacacctgtgagaaagattgttgccttta
aaactctctctaaagtatggtggagatgcatttgcctcgcgcatgccgtg
ggcttggcactaaggtagggctaaagcaagaaggctaatgatgagaatta
tctctgccttatttgctttagtgtcagtcagctccgacttcaccagcatc
gaaatgtgttagctacagtacccacccacccacacaccgagaggagtttc
cgggggcaggttttaaaattttaaaaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_116178586_116179672
seq2: B6Ng01-321K07.b_48_1130 (reverse)

seq1  TTGTCAAAAGTGCAAAGGAGGGTGGGCTGGGGGTTCTTTCAGGGAAGAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  || |||||
seq2  TTGTCAAAAGTGCAAAGGAGGGTGGGCTGGGGG-TCTTTCCAGGGAGAGG  49

seq1  AACAGAAAGACCAGCCTTCATCCTGACAGGTCCTGCAGCAGCGACTGGCC  100
      ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAAAGACAAG-CTTCATCCTGACAGGTCCTGCAGCAGCGACTGGCC  98

seq1  CAGGAGATCAGCACGATGGAGCACAGGAAAGATCAGCTTCTTGCAGAGAG  150
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CAGGAGATCAGCACGATGGAGCACAGGAAAGATCAGCTTC-TGCAGAGAG  147

seq1  TGAGGCTCAGGCAGTGATGGGTGGTGGGACCCATGGCTTCAGGGGCCCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGCTCAGGCAGTGATGGGTGGTGGGACCCATGGCTTCAGGGGCCCAC  197

seq1  CTTGATGTCCCACTACCGCCTGCAGGGACTCTGCTGCGAGCCAGGCTGGA  250
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGATGTCCCACTACCG-CTGCAGGGACTCTGCTGCGAGCCAGGCTGGA  246

seq1  GAAGGTGGAGCAGCGGCTGCAGGAGGCCAGAGAGACCTGGGACAGCCCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTGGAGCAGCGGCTGCAGGAGGCCAGAGAGACCTGGGACAGCCCAG  296

seq1  GGAACTGTGGGTAAGAGGAGGAGCATGGCCTTGGTGTCAGATCTGTGGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTGTGGGTAAGAGGAGGAGCATGGCCTTGGTGTCAGATCTGTGGCC  346

seq1  TCTCTGTCTTGACTTTTCTGCCCGGTGCCCTGGACCACTGCTCACCTGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TCTCTGTCTTGACTTTTCTGCCCGGTGCCCTGGACCACTGCTCACCTGCG  396

seq1  TTTCTTATAGGCTGAAGACAGAGCTGGAGGAATTGGAGGGGCAGTCCCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTATAGGCTGAAGACAGAGCTGGAGGAATTGGAGGGGCAGTCCCAG  446

seq1  CGCAGCCCAGAAGCTCAGAATGATAAAGGGGAGGTAGGTACCTGGTGAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCAGCCCAGAAGCTCAGAATGATAAAGGGGAGGTAGGTACCTGGTGAAC  496

seq1  AGAAGCAGAGACCAAAGAGAAATGAGGTGGGAGTGGGAGTAGGGTGGGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCAGAGACCAAAGAGAAATGAGGTGGGAGTGGGAGTAGGGTGGGGG  546

seq1  TGGGGGGACTCAGAGGTCCACTGAGAAGAGGGATCAGAGGTTTTCCAAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGGGACTCAGAGGTCCACTGAGAAGAGGGATCAGAGGTTTTCCAAGC  596

seq1  CTCTGGGACACACTGAGGGAGCCACAAGGAGCCAGCAGATGCAGAGAAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGGACACACTGAGGGAGCCACAAGGAGCCAGCAGATGCAGAGAAGG  646

seq1  GAGTGTCTAGTTGAAAGTGTCCAAGGTTCTGGACCTGCAACCCACTCCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGTCTAGTTGAAAGTGTCCAAGGTTCTGGACCTGCAACCCACTCCCA  696

seq1  CTAACCTTAGGCTAGCCAAGAGGAACAGCATCATTTGGAGACATCAGAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACCTTAGGCTAGCCAAGAGGAACAGCATCATTTGGAGACATCAGAAG  746

seq1  AGTTGCCAAGGACAGGAACGCTCTGCTAAACCACAAGGACCTACCAGTGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCCAAGGACAGGAACGCTCTGCTAAACCACAAGGACCTACCAGTGC  796

seq1  TCACATTCCTTCAAGGACTACCAAGAAATAAAGATGATTCCAAGAGTCTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATTCCTTCAAGGACTACCAAGAAATAAAGATGATTCCAAGAGTCTC  846

seq1  CTGAGTCTGTGCATATCAGGTCTCTGGAAGTAAGAGAGGCCCCAGCCATG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTCTGTGCATATCAGGTCTCTGGAAGTAAGAGAGGCCCCAGCCATG  896

seq1  AGGTGGGGAGGTGTCCAGGGTATCTCTAGGTGGAGCAGCAGCTGATCACA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGGGAGGTGTCCAGGGTATCTCTAGGTGGAGCAGCAGCTGATCACA  946

seq1  GCTCATCAGCCGAACCACAGACATGTAACAGATTTATGAGCCGGGCGTGG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCATCAGCCGAACCACAGACATGTAACAGATTTATGAGCCGGGCGTGG  996

seq1  TGGTACACACCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGTAGAGGCAGGCAGATTT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTACACACCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGTAGAGGCAGGCAGATTT  1046

seq1  CTGAGTTCAAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAATTC  1087
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTTCAAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAATTC  1083


seq1: chr8_116005064_116006184
seq2: B6Ng01-321K07.g_65_1192

seq1  GAATTCATCTTTAGAAACTGACTTATTTTTATTTTTTAATGTATGTATGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCTTTAGAAACTGACTTATTTTTATTTTTTAATGTATGTATGT  50

seq1  GTATAATTGGGTGTGGATATGTGCATGTGGGTACCTGCAGAGGTCAGAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAATTGGGTGTGGATATGTGCATGTGGGTACCTGCAGAGGTCAGAGG  100

seq1  AGGGTGTCAGGTCTTTTGGAGCTGGATTTACAGATGGTTGTGAGCCACAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTGTCAGGTCTTTTGGAGCTGGATTTACAGATGGTTGTGAGCCACAC  150

seq1  AACATGGTTGCTGAAAACCGAACTCAGGTCTTCTGCAGGAGCACCAAATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGGTTGCTGAAAACCGAACTCAGGTCTTCTGCAGGAGCACCAAATA  200

seq1  TCCTTAGCTGCTGGGCCATCTCTCTGGCTCCTTAAAGCATGATTTTTTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTAGCTGCTGGGCCATCTCTCTGGCTCCTTAAAGCATGATTTTTTTT  250

seq1  TAAAAAAATTATAATTAAATGACATAGATATTAATTGTAGAAAACTGGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAAATTATAATTAAATGACATAGATATTAATTGTAGAAAACTGGGG  300

seq1  GGGGGGTAACTAAACCAAAATAATATCAAACCTAGGTGTGATAGCTCATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGGTAACTAAACCAAAATAATATCAAACCTAGGTGTGATAGCTCATG  350

seq1  CCTATAATCTCAAAACATGAGAGAATAAGGCAGGAGGATTTCTATGAGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATAATCTCAAAACATGAGAGAATAAGGCAGGAGGATTTCTATGAGTG  400

seq1  AGAAACCATCATGAGCTCTCTGGGGAGTTCCACAGCAGCCTGGGCTATAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACCATCATGAGCTCTCTGGGGAGTTCCACAGCAGCCTGGGCTATAG  450

seq1  AAGGAGTAAATAAGCAGAAAAGAACACAAATCAGAGGAAAAAAGCAAGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGTAAATAAGCAGAAAAGAACACAAATCAGAGGAAAAAAGCAAGCA  500

seq1  AGAATAATTAAAAATGATTATTAAAATAACTGCTCTGCAGCCATGGCCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATAATTAAAAATGATTATTAAAATAACTGCTCTGCAGCCATGGCCAG  550

seq1  CCTCTGTTCATATCAGCCATGTGCTATTCTATCTAACGTGCTGTAATTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGTTCATATCAGCCATGTGCTATTCTATCTAACGTGCTGTAATTTT  600

seq1  TCTTAGAACTTATGGAAATTTCCCCCTACTGTAGTAAATTTCCTTGAGAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGAACTTATGGAAATTTCCCCCTACTGTAGTAAATTTCCTTGAGAC  650

seq1  CCAAATCAAAAGAGGTAACTCATTAAAGTGGGCTCTCTGTGTCTCTGTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATCAAAAGAGGTAACTCATTAAAGTGGGCTCTCTGTGTCTCTGTCC  700

seq1  CCAAGCAGGGAGCCAGCTGTTTAAGCAGGTGTGGGAATGAAGTGCAGTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGCAGGGAGCCAGCTGTTTAAGCAGGTGTGGGAATGAAGTGCAGTTT  750

seq1  CATACAGCAGGTGTTTAATAATCTTCTCCTTGTAACTTCTGTATCCTCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACAGCAGGTGTTTAATAATCTTCTCCTTGTAACTTCTGTATCCTCCA  800

seq1  GCGGTGCTCCCAGCCACACAAACTTCTGAGAGCCCACTCTGT-GGAAGGG  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GCGGTGCTCCCAGCCACACAAACTTCTGAGAGCCCACTCTGTGGGAAGGG  850

seq1  AAAGATTAAGCAAGAATGATTTACACCTGTGAGAAAGATTGTTGCCTTTA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATTAAGCAAGAATGATTTACACCTGTGAGAAAGATTGTTGCCTTTA  900

seq1  AAACTCTCTCTAAAGTATGGTGGAGATGCATTTG-CTCGCGCATGCGGTG  948
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
seq2  AAACTCTCTCTAAAGTATGGTGGAGATGCATTTGCCTCGCGCATGCCGTG  950

seq1  GGCTTGGCACTAAGGTAGGGCTAAAGCAAGAAGGC-AATGATGAAGAATT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||
seq2  GGCTTGGCACTAAGGTAGGGCTAAAGCAAGAAGGCTAATGATG-AGAATT  999

seq1  ATCTCTG-CTTATTTGC-TTAGTGTCAGGTCAGCTCCGACTTCACCAGCA  1045
      ||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTGCCTTATTTGCTTTAGTGTCA-GTCAGCTCCGACTTCACCAGCA  1048

seq1  TCGAAATTGTG-TAGCTACAGTACACACACACACACACAGC-AG-GGAGT  1092
      |||||| |||| |||||||||||| ||| ||| |||||| | || |||||
seq2  TCGAAA-TGTGTTAGCTACAGTACCCACCCACCCACACACCGAGAGGAGT  1097

seq1  TTC--GGGGGAGGTTTTAAAATTTTAAAAAG  1121
      |||  |||| |||||||||||||||||||||
seq2  TTCCGGGGGCAGGTTTTAAAATTTTAAAAAG  1128


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |