BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-324G12
Chromosome8 (Build37)
Map Location 78,159,269 - 78,251,499
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700007B14Rik, LOC666036
Upstream geneIsx, Hmgb2l1, Tom1, LOC100039134, Hmox1, Mcm5, Rasd2, LOC675507, LOC384845, LOC666211, LOC100039229
Downstream geneLOC100039185, EG631594, LOC666226
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-324G12.bB6Ng01-324G12.g
ACCGA112729GA112730
length1,1131,168
definitionB6Ng01-324G12.b B6Ng01-324G12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(78,250,380 - 78,251,499)(78,159,269 - 78,160,448)
sequence
gaattcctaacaatggggtggccaactcattcagtacatgtataataaaa
tcactataacctatgatcatatttgcacctatagctcaagggccattgca
gaagagggggtgaaagattagaattgccacaagaccatatttgctgtggt
attggagcatctgttaaattacattacaaaagtggagataagatctaaat
ttgatcctggtgttgagcatatatctgtttttgtgactatttacttaggg
tctaatgtacaagttctagtacatagaatacactggtaaatacagaacac
cagaacacaggaacctctgtcttgccctccttcggtttttatcctaatac
cataggtagacagtaattatgagacctaagataatgacagatgtgtgata
ggcaatatgtgacctgctaaaataacatggacttaagggatgatggatgt
ggtggaatatgctatttttaacagtgtgccagagtggatgacagagctcc
tgaaaacaactgttaattgaggaaagtatgaccagggttacatcaacatg
cagtagcattacttatgaagttttctattgatgtgtgcatctacatgtat
attcacttaggtaacattatcatttagcctataaagatgctcagtactgt
ctaattaccctttcctgttgctgaggtaaaatactgtgagaaaagttctt
taagggggaatttattttaactcatagctgaaagttcaggccatcgtggt
ggagaattaaggcagagcaagcttaacactactggtcaactcatatgcac
aatcagatggatgcatgctggtgttcagctctcattctctactaatgcaa
tcacacagataataatacacaggcatgtccagaggaaagccattcatgtt
accaattaaaactaaaaacagcactagtttgctcaggagagctctaaggc
cacagaaggaacagagcttcttggacatggtcacttcagctttcatctca
gccaggagtagaacaagagctccataacactgtgcagtttccctgccaga
ggaagaacttgctgcagacagtgatgtgacacttgactcagaagagttga
cttctagagtgct
gaattctaaacaatcaaacatgttcctgcctcaagagaagagtgctgtga
gataaaaagcccagtaagcattccagagacttgtgaggtgtatggtgtgg
ctcagaccaggacagtaacagctgcatcttgattaaggagcttcctgctc
attttatacctgtcacagaaaggagtaccaagaaggctcagctaattgca
tgtagtctaatttctggaaatgcaagggagactggtcaataaatattaat
aatattaagaatgagtttcagatgtttattatttgaaatagtttcttaga
tacaacatttaaaaattataggggttagaagcaaagtagaattaatgtga
tcttttctccagagaatggtgggaactgatgtaaatatgttgtgtgtagt
tttgtgctactggtctttcttctaagataggtctcctcccaccttccctt
gaatccttggataaaagacacagatacacagttgtttactttcaacttgc
ctacttggcacaatttctgggtgctattatctcctgcctggaaaaatgtg
cctttatcaatttcttatctccacttctcccacctaccctaaacttcagt
tgctaaactcccctgaccacctgcctataggagtggcctatgtgggcagt
ctgttttgatttcacatgactcttagttcttctctctccaaagcatggtg
aactatgttccccttccttgtgtctctctgcctatctccagggacttgga
agtcctgtctgtatcttctgcccagcaattagccatgacttctttactga
aagatcaagaactaattgggaaacaggaccttagccccctacagaactaa
gcagaaaaatcctacaaaagtcacactgtgcaacaggtctcatgtgggag
gtttattaaaagggaatgtgtaagggagcacagaggctgcctcaggaaaa
gggaaggaaggaggaaaagtacagcttttttgtggggctgtggctcatgc
acaggagatatgagacagaggcaacaatgggaatgtgttgcctctgcagc
agtgatgatgtgtcctctgtttgctgggtccctggatcaccatagaggtg
cctgaggtcccatgtgtcaagtttctaggatggcaatggtgctggacctg
ccatattccctctttttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_78250380_78251499
seq2: B6Ng01-324G12.b_46_1158 (reverse)

seq1  AGCACTCCTAGAAGTCCAACTCTTTCCTGAGTTCAAGTGGTCACATCACT  50
      |||||| |||||||| ||||||||  ||||| |||||| |||||||||||
seq2  AGCACT-CTAGAAGT-CAACTCTT--CTGAG-TCAAGT-GTCACATCACT  44

seq1  GTCTGCAGCAAGTTC-TCCTCTGGCAGGGAAACTGCACAGTGTTATGGAG  99
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGCAGCAAGTTCTTCCTCTGGCAGGGAAACTGCACAGTGTTATGGAG  94

seq1  CTC-TGTTCTACCTCCTGGCTGAAGATGAAAGCCTGAAGTGACCATGTCC  148
      ||| ||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CTCTTGTTCTA-CTCCTGGCTG-AGATGAAAG-CTGAAGTGACCATGTCC  141

seq1  AAGAAGCTCTGTTCCTTCTGTGGCCTTAGAGCTCTCCTGAGCAAACTAGT  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGCTCTGTTCCTTCTGTGGCCTTAGAGCTCTCCTGAGCAAACTAGT  191

seq1  GCTGTTTTTAGTTTTAATTGGTAACATGAATGGCTTTCCTCTGGACATGC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTTTTAGTTTTAATTGGTAACATGAATGGCTTTCCTCTGGACATGC  241

seq1  CTGTGTATTATTATCTGTGTGATTGCATTAGTAGAGAATGAGAGCTGAAC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTATTATTATCTGTGTGATTGCATTAGTAGAGAATGAGAGCTGAAC  291

seq1  ACCAGCATGCATCCATCTGATTGTGCATATGAGTTGACCAGTAGTGTTAA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGCATGCATCCATCTGATTGTGCATATGAGTTGACCAGTAGTGTTAA  341

seq1  GCTTGCTCTGCCTTAATTCTCCACCACGATGGCCTGAACTTTCAGCTATG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGCTCTGCCTTAATTCTCCACCACGATGGCCTGAACTTTCAGCTATG  391

seq1  AGTTAAAATAAATTCCCCCTTAAAGAACTTTTCTCACAGTATTTTACCTC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAAAATAAATTCCCCCTTAAAGAACTTTTCTCACAGTATTTTACCTC  441

seq1  AGCAACAGGAAAGGGTAATTAGACAGTACTGAGCATCTTTATAGGCTAAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACAGGAAAGGGTAATTAGACAGTACTGAGCATCTTTATAGGCTAAA  491

seq1  TGATAATGTTACCTAAGTGAATATACATGTAGATGCACACATCAATAGAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAATGTTACCTAAGTGAATATACATGTAGATGCACACATCAATAGAA  541

seq1  AACTTCATAAGTAATGCTACTGCATGTTGATGTAACCCTGGTCATACTTT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCATAAGTAATGCTACTGCATGTTGATGTAACCCTGGTCATACTTT  591

seq1  CCTCAATTAACAGTTGTTTTCAGGAGCTCTGTCATCCACTCTGGCACACT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAATTAACAGTTGTTTTCAGGAGCTCTGTCATCCACTCTGGCACACT  641

seq1  GTTAAAAATAGCATATTCCACCACATCCATCATCCCTTAAGTCCATGTTA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAAAATAGCATATTCCACCACATCCATCATCCCTTAAGTCCATGTTA  691

seq1  TTTTAGCAGGTCACATATTGCCTATCACACATCTGTCATTATCTTAGGTC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGCAGGTCACATATTGCCTATCACACATCTGTCATTATCTTAGGTC  741

seq1  TCATAATTACTGTCTACCTATGGTATTAGGATAAAAACCGAAGGAGGGCA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAATTACTGTCTACCTATGGTATTAGGATAAAAACCGAAGGAGGGCA  791

seq1  AGACAGAGGTTCCTGTGTTCTGGTGTTCTGTATTTACCAGTGTATTCTAT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGAGGTTCCTGTGTTCTGGTGTTCTGTATTTACCAGTGTATTCTAT  841

seq1  GTACTAGAACTTGTACATTAGACCCTAAGTAAATAGTCACAAAAACAGAT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTAGAACTTGTACATTAGACCCTAAGTAAATAGTCACAAAAACAGAT  891

seq1  ATATGCTCAACACCAGGATCAAATTTAGATCTTATCTCCACTTTTGTAAT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGCTCAACACCAGGATCAAATTTAGATCTTATCTCCACTTTTGTAAT  941

seq1  GTAATTTAACAGATGCTCCAATACCACAGCAAATATGGTCTTGTGGCAAT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATTTAACAGATGCTCCAATACCACAGCAAATATGGTCTTGTGGCAAT  991

seq1  TCTAATCTTTCACCCCCTCTTCTGCAATGGCCCTTGAGCTATAGGTGCAA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAATCTTTCACCCCCTCTTCTGCAATGGCCCTTGAGCTATAGGTGCAA  1041

seq1  ATATGATCATAGGTTATAGTGATTTTATTATACATGTACTGAATGAGTTG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGATCATAGGTTATAGTGATTTTATTATACATGTACTGAATGAGTTG  1091

seq1  GCCACCCCATTGTTAGGAATTC  1120
      ||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACCCCATTGTTAGGAATTC  1113

seq1: chr8_78159269_78160448
seq2: B6Ng01-324G12.g_65_1232

seq1  GAATTCTAAACAATCAAACATGTTCCTGCCTCAAGAGAAGAGTGCTGTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAAACAATCAAACATGTTCCTGCCTCAAGAGAAGAGTGCTGTGA  50

seq1  GATAAAAAGCCCAGTAAGCATTCCAGAGACTTGTGAGGTGTATGGTGTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAAAAGCCCAGTAAGCATTCCAGAGACTTGTGAGGTGTATGGTGTGG  100

seq1  CTCAGACCAGGACAGTAACAGCTGCATCTTGATTAAGGAGCTTCCTGCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGACCAGGACAGTAACAGCTGCATCTTGATTAAGGAGCTTCCTGCTC  150

seq1  ATTTTATACCTGTCACAGAAAGGAGTACCAAGAAGGCTCAGCTAATTGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTATACCTGTCACAGAAAGGAGTACCAAGAAGGCTCAGCTAATTGCA  200

seq1  TGTAGTCTAATTTCTGGAAATGCAAGGGAGACTGGTCAATAAATATTAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGTCTAATTTCTGGAAATGCAAGGGAGACTGGTCAATAAATATTAAT  250

seq1  AATATTAAGAATGAGTTTCAGATGTTTATTATTTGAAATAGTTTCTTAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTAAGAATGAGTTTCAGATGTTTATTATTTGAAATAGTTTCTTAGA  300

seq1  TACAACATTTAAAAATTATAGGGGTTAGAAGCAAAGTAGAATTAATGTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAACATTTAAAAATTATAGGGGTTAGAAGCAAAGTAGAATTAATGTGA  350

seq1  TCTTTTCTCCAGAGAATGGTGGGAACTGATGTAAATATGTTGTGTGTAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTCTCCAGAGAATGGTGGGAACTGATGTAAATATGTTGTGTGTAGT  400

seq1  TTTGTGCTACTGGTCTTTCTTCTAAGATAGGTCTCCTCCCACCTTCCCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGCTACTGGTCTTTCTTCTAAGATAGGTCTCCTCCCACCTTCCCTT  450

seq1  GAATCCTTGGATAAAAGACACAGATACACAGTTGTTTACTTTCAACTTGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCCTTGGATAAAAGACACAGATACACAGTTGTTTACTTTCAACTTGC  500

seq1  CTACTTGGCACAATTTCTGGGTGCTATTATCTCCTGCCTGGAAAAATGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTTGGCACAATTTCTGGGTGCTATTATCTCCTGCCTGGAAAAATGTG  550

seq1  CCTTTATCAATTTCTTATCTCCACTTCTCCCACCTACCCTAAACTTCAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTATCAATTTCTTATCTCCACTTCTCCCACCTACCCTAAACTTCAGT  600

seq1  TGCTAAACTCCCCTGACCACCTGCCTATAGGAGTGGCCTATGTGGGCAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAAACTCCCCTGACCACCTGCCTATAGGAGTGGCCTATGTGGGCAGT  650

seq1  CTGTTTTGATTTCACATGACTCTTAGTTCTTCTCTCTCCAAAGCATGGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTTGATTTCACATGACTCTTAGTTCTTCTCTCTCCAAAGCATGGTG  700

seq1  AACTATGTTCCCCTTCCTTGTGTCTCTCTGCCTATCTCCAGGGACTTGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATGTTCCCCTTCCTTGTGTCTCTCTGCCTATCTCCAGGGACTTGGA  750

seq1  AGTCCTGTCTGTATCTTCTGCCCAGCAATTAGCCATGACTTCTTTACTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTGTCTGTATCTTCTGCCCAGCAATTAGCCATGACTTCTTTACTGA  800

seq1  AAGATCAAGAACTAATTGGGAAACAGGACCTTAGCCCCCTACAGAACTAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATCAAGAACTAATTGGGAAACAGGACCTTAGCCCCCTACAGAACTAA  850

seq1  GCAGAAAAATCCTACAAAAGTCACACTGTGCAACAGGTCTCATGTGGGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAAAAATCCTACAAAAGTCACACTGTGCAACAGGTCTCATGTGGGAG  900

seq1  GTTTATTAAAAGGGAATGTGTAAGGGAGCACAGAGGCTGCCTCAGGGAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||
seq2  GTTTATTAAAAGGGAATGTGTAAGGGAGCACAGAGGCTGCCTCAGG--AA  948

seq1  AAGGGAAGGAAGGAGGAAAAGTACAGC-TTTTTGTGGGGCTGTGGCTCAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGAAGGAAGGAGGAAAAGTACAGCTTTTTTGTGGGGCTGTGGCTCAT  998

seq1  GCACAGGAGGATATGAGACAGAGGCAACAATGGAAATGTGTTGCCTCTGG  1049
      |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
seq2  GCACAGGA-GATATGAGACAGAGGCAACAATGGGAATGTGTTGCCTCT-G  1046

seq1  CAGCAGTGATGATGTGTCCTCTGTTTGCTGGGTCCCCTGGGAATCACCAT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||
seq2  CAGCAGTGATGATGTGTCCTCTGTTTGCTGGGT-CCCTGG--ATCACCAT  1093

seq1  AGAGGTGCCTGAGGGTCCCATTGTTGTCAAGTTTCTAGGGTTGGCCATAG  1149
      |||||||||||| ||||||||   ||||||||||||| || |||| ||  
seq2  AGAGGTGCCTGA-GGTCCCAT--GTGTCAAGTTTCTA-GGATGGCAAT--  1137

seq1  GGGTGCCTGA-CTGCCAATATT-CCTCTTTTTT  1180
       |||||  || ||||| ||||| ||||||||||
seq2  -GGTGCTGGACCTGCC-ATATTCCCTCTTTTTT  1168