BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-324P07
Chromosome8 (Build37)
Map Location 72,383,204 - 72,562,299
singlet/doubletdoublet
Overlap genePbx4, Cilp2, BC028663, Ndufa13, Tssk6, Gatad2a, LOC665649, 9130404D08Rik
Upstream geneLpl, LOC100041138, Slc18a1, Atp6v1b2, Lzts1, EG665540, D10627, LOC665553, D130040H23Rik, LOC665561, LOC670593, EG665578, LOC622336, LOC100041482, LOC673968, AI449175, EG636741, 1200003I07Rik, D330038O06Rik, Atp13a1, Gmip, Edg4
Downstream geneSf4, Tm6sf2, Hapln4, Ncan, Rfxank, 2310073E15Rik, 2310045N01Rik, Mef2b, Tmem161a, Slc25a42, Armc6, Sfrs14, Homer3, Ddx49, Cope, Lass1, Upf1, Comp, Crtc1, Klhl26, Tmem59l, Crlf1, 2810428I15Rik, Uba52, Fkbp8, Ell, Isyna1, Ssbp4, Lrrc25, Gdf15, Pgpep1, Lsm4, Jund1, 2410018E23Rik, LOC100041434, Pde4c, Rab3a, BC051227, Ifi30, Pik3r2, LOC100041971, Mast3, Il12rb1, Arrdc2, Kcnn1, LOC100042011, Ccdc124, Slc5a5, Rpl18a, Snora68, Mtap1s
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-324P07.bB6Ng01-324P07.g
ACCGA113136GA113137
length9481,042
definitionB6Ng01-324P07.b B6Ng01-324P07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(72,561,356 - 72,562,299)(72,383,204 - 72,384,215)
sequence
gaattcttatgttccagcttctccctcagtgctgaggctataggtatatg
catgggttttaggtggatgccaaggatggaaggcagaactgtactaggca
agcactctaccatctgagctatatccccagcccagaagtagggcaattca
cagcatgtgtatagaggtcagagaacaacttaggagagagttggttatct
ctttccaccatgtcagttccagttatcagagtctggtgtttagggttggt
aacatgtgcctttactgagtcatcttgctagccttgcaaaagtttagaca
tagattcatggagatgtaaatgtcataccatgatcaccgtttatagagta
cattttgctaagttttgggttgtttttggtttgtttgtttgtttgtttgt
tctttttgtaagattgattgattgatttaataagagggcatcagatctca
ttacagatggttgtgggccaccatgtggttgctgggaattgaattcagga
cctctggaagagcagtcagtgctcttaaccactgagccaacttgccagcc
tgctaagttttgtttcacacacgttttcattgctgtagtccaaatggtaa
actactcaaaactcctcacatgtccatgggatttaaaatgtagttgagaa
gaacacttggtgctcttccagagggcctaggtttcaattcccagcatcta
gtggtgcagtctataactctagttccaggagatttgagtcccttcttttg
gcctctacatttacctggtacaacagacatacatgcaagcaaagcacttt
agcacataaaaataaataaatgtagctggacatagtattgtgggcctgca
gaagaagtaggagctcaaggctcagctctatactttgaggacagctatat
atactgcataagatcctgtctcagaaaattttaagaaaaaacgggatg
gaattcttcagcctctgcacatatggggtgggcagctggctggatagctc
agtggataaaggcacttaccacctgatggatggatgacctgagttccatc
cctaggacccacatggtggaattgactctagcaaggtatcctctgacctc
cacacatgtttcatggcacatgccccatctcacaaataaagaagtatagt
aaaacaagttaaatgaaaaagagggccgggcgtggtggcacacgccttta
atcccagcacttgggaggcagaggcaggtggatttctgagtttgaggcca
gcctggtctacagagtgagttccaggacagccagggctacacagagaaac
cctttctcagggaaaaaaaaaaaaaaaaacaacaacaacaacaaaaatga
aaaagaggtgtggttggatcactttccatgcatgcatgaggccagagttc
tgattcccagcacctgtgtaaatggtagcaatcctagtaagataggatcc
agggtcaagcacgctttctagacttgccaaaccaggtggttctggattca
agtgagaggccttagctcaatgtgtaaagtggaaggggctggagagacga
tggctcagcagttaagagcactggctgctcttacagaggacccagcttca
agttccagcagcagactactctcacatgcacagacatccatacaggcaaa
acaccagtccagtatgtgtgttgtgtgttattgatcaaggaaaacatttg
atgccaaccatggacctacatacactgtacacctacacaaatactacaca
cacatgtacattgcaaagaataggccagggcctcagagcacagtccctat
catcagtccaagaagcttgaggccacaaagattgcaagttccaatggtga
cccttggccttcctttataaaactctgttcttcaaaatttaatttaaaag
ttgcaacacctttaatcttaccactcaagaagggcagaagaacagggaga
atcttccggtggagttcaaggttagcctgtggtctacagaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_72561356_72562299
seq2: B6Ng01-324P07.b_51_998 (reverse)

seq1  CATCCCGTTTTTCCTT-AAATTTCTTGAGACAGGATCTTATGCAGTATAT  49
      |||||||||||| ||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCCGTTTTTTCTTAAAATTTTCTGAGACAGGATCTTATGCAGTATAT  50

seq1  ATAGCTTGTCCTCAAAGTATAGAGCTGAGCCTTGAGCTCCTACTTCTTCT  99
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGC-TGTCCTCAAAGTATAGAGCTGAGCCTTGAGCTCCTACTTCTTCT  99

seq1  GCAGGCCCACAATACTATGTCCAGCTACATTTATTTATTTTTATGTGCT-  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GCAGGCCCACAATACTATGTCCAGCTACATTTATTTATTTTTATGTGCTA  149

seq1  AAGTGCTTTGCTTGCATGTATGTCTG-TGTACCAGGTAAATGTAGAGGCC  197
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGCTTTGCTTGCATGTATGTCTGTTGTACCAGGTAAATGTAGAGGCC  199

seq1  AAAAG-AGGGACTCAAATCTCCTGGAACTAGAGTTATAGACTGCACCACT  246
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAAGGGACTCAAATCTCCTGGAACTAGAGTTATAGACTGCACCACT  249

seq1  AGATGCTGGGAATTG-AACCTAGGCCCTCTGGAAGAGCACCAAGTGTTCT  295
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCTGGGAATTGAAACCTAGGCCCTCTGGAAGAGCACCAAGTGTTCT  299

seq1  TCTCAACTACATTTTAAATCCCATGGACATGTGAGGAGTTTTGAGTAGTT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAACTACATTTTAAATCCCATGGACATGTGAGGAGTTTTGAGTAGTT  349

seq1  TACCATTTGGACTACAGCAATGAAAACGTGTGTGAAACAAAACTTAGCAG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCATTTGGACTACAGCAATGAAAACGTGTGTGAAACAAAACTTAGCAG  399

seq1  GCTGGCAAGTTGGCTCAGTGGTTAAGAGCACTGACTGCTCTTCCAGAGGT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCAAGTTGGCTCAGTGGTTAAGAGCACTGACTGCTCTTCCAGAGGT  449

seq1  CCTGAATTCAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCCCACAACCATCTGTAAT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAATTCAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCCCACAACCATCTGTAAT  499

seq1  GAGATCTGATGCCCTCTTATTAAATCAATCAATCAATCTTACAAAAAGAA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATCTGATGCCCTCTTATTAAATCAATCAATCAATCTTACAAAAAGAA  549

seq1  CAAACAAACAAACAAACAAACCAAAAACAACCCAAAACTTAGCAAAATGT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAAACAAACAAACAAACCAAAAACAACCCAAAACTTAGCAAAATGT  599

seq1  ACTCTATAAACGGTGATCATGGTATGACATTTACATCTCCATGAATCTAT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTATAAACGGTGATCATGGTATGACATTTACATCTCCATGAATCTAT  649

seq1  GTCTAAACTTTTGCAAGGCTAGCAAGATGACTCAGTAAAGGCACATGTTA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAAACTTTTGCAAGGCTAGCAAGATGACTCAGTAAAGGCACATGTTA  699

seq1  CCAACCCTAAACACCAGACTCTGATAACTGGAACTGACATGGTGGAAAGA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACCCTAAACACCAGACTCTGATAACTGGAACTGACATGGTGGAAAGA  749

seq1  GATAACCAACTCTCTCCTAAGTTGTTCTCTGACCTCTATACACATGCTGT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAACCAACTCTCTCCTAAGTTGTTCTCTGACCTCTATACACATGCTGT  799

seq1  GAATTGCCCTACTTCTGGGCTGGGGATATAGCTCAGATGGTAGAGTGCTT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTGCCCTACTTCTGGGCTGGGGATATAGCTCAGATGGTAGAGTGCTT  849

seq1  GCCTAGTACAGTTCTGCCTTCCATCCTTGGCATCCACCTAAAACCCATGC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAGTACAGTTCTGCCTTCCATCCTTGGCATCCACCTAAAACCCATGC  899

seq1  ATATACCTATAGCCTCAGCACTGAGGGAGAAGCTGGAACATAAGAATTC  944
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACCTATAGCCTCAGCACTGAGGGAGAAGCTGGAACATAAGAATTC  948

seq1: chr8_72383204_72384215
seq2: B6Ng01-324P07.g_69_1110

seq1  GAATTCTTCAGCCTCTGCACATATGGGGTGGGCAGCTGGCTGGATAGCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCAGCCTCTGCACATATGGGGTGGGCAGCTGGCTGGATAGCTC  50

seq1  AGTGGATAAAGGCACTTACCACCTGATGGATGGATGACCTGAGTTCCATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGATAAAGGCACTTACCACCTGATGGATGGATGACCTGAGTTCCATC  100

seq1  CCTAGGACCCACATGGTGGAATTGACTCTAGCAAGGTATCCTCTGACCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGGACCCACATGGTGGAATTGACTCTAGCAAGGTATCCTCTGACCTC  150

seq1  CACACATGTTTCATGGCACATGCCCCATCTCACAAATAAAGAAGTATAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACATGTTTCATGGCACATGCCCCATCTCACAAATAAAGAAGTATAGT  200

seq1  AAAACAAGTTAAATGAAAAAGAGGGCCGGGCGTGGTGGCACACGCCTTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAAGTTAAATGAAAAAGAGGGCCGGGCGTGGTGGCACACGCCTTTA  250

seq1  ATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTTGAGGCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTTGAGGCCA  300

seq1  GCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAAC  350

seq1  CCTTTCTCAGGGAAAAAAAAAAAAAAAAACAACAACAACAACAAAAATGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCTCAGGGAAAAAAAAAAAAAAAAACAACAACAACAACAAAAATGA  400

seq1  AAAAGAGGTGTGGTTGGATCACTTTCCATGCATGCATGAGGCCAGAGTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAGGTGTGGTTGGATCACTTTCCATGCATGCATGAGGCCAGAGTTC  450

seq1  TGATTCCCAGCACCTGTGTAAATGGTAGCAATCCTAGTAAGATAGGATCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTCCCAGCACCTGTGTAAATGGTAGCAATCCTAGTAAGATAGGATCC  500

seq1  AGGGTCAAGCACGCTTTCTAGACTTGCCAAACCAGGTGGTTCTGGATTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTCAAGCACGCTTTCTAGACTTGCCAAACCAGGTGGTTCTGGATTCA  550

seq1  AGTGAGAGGCCTTAGCTCAATGTGTAAAGTGGAAGGGGCTGGAGAGACGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGAGGCCTTAGCTCAATGTGTAAAGTGGAAGGGGCTGGAGAGACGA  600

seq1  TGGCTCAGCAGTTAAGAGCACTGGCTGCTCTTACAGAGGACCCAGCTTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTCAGCAGTTAAGAGCACTGGCTGCTCTTACAGAGGACCCAGCTTCA  650

seq1  AGTTCCAGCAGCAGACTACTCTCACATGCACAGACATCCATACAGGCAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCCAGCAGCAGACTACTCTCACATGCACAGACATCCATACAGGCAAA  700

seq1  ACACCAGTCCAGTATGTGTG-TGTGTGTTAATGATCAAGGAAAACA-TTG  748
      |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||
seq2  ACACCAGTCCAGTATGTGTGTTGTGTGTTATTGATCAAGGAAAACATTTG  750

seq1  ATGCCAACCATGGACCTACATACACTGTACACCTACACAAATACTACACA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCAACCATGGACCTACATACACTGTACACCTACACAAATACTACACA  800

seq1  CACATGTACA-TGCAAAGAATAGGCCA-GGCCTCAGAGCACAGT-CCTAT  845
      |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||
seq2  CACATGTACATTGCAAAGAATAGGCCAGGGCCTCAGAGCACAGTCCCTAT  850

seq1  CAACAGTCCAGGAAGC-TGAGG-CACAAAGA-TGCAAGTT-CAAT-GTGA  890
      || ||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||| |||| ||||
seq2  CATCAGTCCAAGAAGCTTGAGGCCACAAAGATTGCAAGTTCCAATGGTGA  900

seq1  CCC-TGGCCTTCC-TTATAAAAC-CTGT--CTCAAAA-TTAATT--AAAG  932
      ||| ||||||||| ||||||||| ||||   |||||| ||||||  ||||
seq2  CCCTTGGCCTTCCTTTATAAAACTCTGTTCTTCAAAATTTAATTTAAAAG  950

seq1  -TGC-ACACCTTTAATCTTACCACTCAAGA--GGCAGA--GACAGGAAG-  975
       ||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||   ||||| || 
seq2  TTGCAACACCTTTAATCTTACCACTCAAGAAGGGCAGAAGAACAGGGAGA  1000

seq1  ATC-TCCG--TGAGTTCAAGGTTAGCC--TGGTCTACAGAAC  1012
      ||| ||||   ||||||||||||||||  |||||||||||||
seq2  ATCTTCCGGTGGAGTTCAAGGTTAGCCTGTGGTCTACAGAAC  1042