BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-327M13
Chromosome8 (Build37)
Map Location 11,717,528 - 11,869,326
singlet/doubletdoublet
Overlap geneArhgef7, 1700018L24Rik
Upstream geneLOC100040008, LOC384782, LOC100040507, LOC665306, Irs2, Col4a1, Col4a2, Rab20, 0710008K08Rik, Cars2, Ing1, Ankrd10, 1700016D06Rik, EG665271, LOC665363, LOC624710, LOC665373
Downstream geneLOC100040155, LOC100040175, EG434280, EG434279, Sox1, 1700094C09Rik, Tubgcp3, Atp11a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-327M13.bB6Ng01-327M13.g
ACCGA115229GA115230
length1,095978
definitionB6Ng01-327M13.b B6Ng01-327M13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(11,717,528 - 11,718,619)(11,868,721 - 11,869,326)
sequence
gaattccaggaagcgagatgctccctagttcctctccaggctctgtcacg
tcccttctctccaaaccatccttgtcacgtgcctctaaattctcccccat
tccctagcgtagtctttctgctgtgtctggtccagcagccttaaacatgc
ttaaggcaaggatctgcccctttgctgaggtctctgagtcacccggacgt
agttcccaatcagccccatcaccagccttctgcctcaaagctgttttccc
aggatttcactctggggtccaagtgttagtttttaaaagttaggattctc
tcaaaagccactaaacaatccatagggtctttcaaactgaggattcaaag
actgttatcaggcttggccacttagaggtcacaatttcccttgctttccc
atgatataacctaggtcagggtggcagaggtggctgacactgccccagta
accagaacatctatctgggagggagcaggttgtcactcacaatgccagtc
aaggtaacaggcccattctctggggcaaggcccatcttaggggaagtacc
tcctctctgtgtgtgtgtgtgtttgtatatgtgtgtgtgtgcatgcacac
tctgcatggaggctgatcagaatgctaggaaggatggagaggagacaata
tagaagcctctccctgtgcctctgctgatctcacaggagaccccaaaccc
agagggtttctgaagtctgaagtcaggcactacctcctggcaaaaaactt
ttaaaggcagagaaaagttaaaagaactgtatcaatgaacagctccaagg
accacagtaggcttggactctggagcataatggtctccgaatgttcttct
gatgggcaaacaaagcaggccctttgtagcctccaagcctgtatggtcat
gactaaacagttcaggtaagcatgagcactgttgggatcacccctaaagg
acaggaagcacagtcatcgcagctgggctgggagcagccttgggtcagac
gtctgcaaagagagttgcagcttgaatacgttttggcgtagcagatctga
tatagtgagccgtgtcctctgctttcgatgatgaagcaacttgcc
gaattcttggcccctccccctctccctcccctgcctgtcccatcaattca
tggtcatccctgcccttctcagacccaccctcccagtgccctctcataag
tgaaactgggaattcagaggccacgtcctaggagctatgtaagaggcctg
atcttcctgtggttgaaccatttgtgtatgagggaggggcagatatgaag
ggattcaagatacaattcacacagcatcaaagtcatccttacatagggtt
tgtatactcaatatgctgtgatagataccatgaccaaggtgtctcttaaa
ggacaacatttaattgggatctgacttacaggttcagaggttcagtccat
tatcatcaaggcaggaacatggcagcagccaggcaggcatggtgcaggag
gagctgagagttctacatctccatctgaagcagaatactggcttccaggc
agctaggatgaaggtcttaaagcccacacccacagcctactccaacaaga
ccatacctactctaacagaaccacaccctctaataagtgtcactctctgg
gctgagcacatacaaaccatcacaataaccaatgttgatgtctgactcca
tatgcatgtgcacacatgtgcacagacacgagaacacataccacacatat
gtgagaaacataaccactgagggagcactgaccaggcggtggggacctgc
cctcatagaggctcagttccaggctcacagagtagctgctctaagtgttc
tgctctcattgacctttgctgtccataaactaagtcatctgaggaaagtc
tcacctgagagactgcacaaaccagactggcctgaagctgtctgtgaaag
gctgcctttgatttggctgacgattattgatgtaaggacagtccagttca
ctttgtatgtgacattgctaggcaggtgggattgcagcctgtataagaaa
agctagctgagtgtgagctttgaacaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_11717528_11718619
seq2: B6Ng01-327M13.b_46_1140

seq1  GAATTCCAGGAAGCGAGATGCTCCCTAGTTCCTCTCCAGGCTCTGTCACG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGAAGCGAGATGCTCCCTAGTTCCTCTCCAGGCTCTGTCACG  50

seq1  TCCCTTCTCTCCAAACCATCCTTGTCACGTGCCTCTAAATTCTCCCCCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTCTCTCCAAACCATCCTTGTCACGTGCCTCTAAATTCTCCCCCAT  100

seq1  TCCCTAGCGTAGTCTTTCTGCTGTGTCTGGTCCAGCAGCCTTAAACATGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTAGCGTAGTCTTTCTGCTGTGTCTGGTCCAGCAGCCTTAAACATGC  150

seq1  TTAAGGCAAGGATCTGCCCCTTTGCTGAGGTCTCTGAGTCACCCGGACGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGCAAGGATCTGCCCCTTTGCTGAGGTCTCTGAGTCACCCGGACGT  200

seq1  AGTTCCCAATCAGCCCCATCACCAGCCTTCTGCCTCAAAGCTGTTTTCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCCCAATCAGCCCCATCACCAGCCTTCTGCCTCAAAGCTGTTTTCCC  250

seq1  AGGATTTCACTCTGGGGTCCAAGTGTTAGTTTTTAAAAGTTAGGATTCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTTCACTCTGGGGTCCAAGTGTTAGTTTTTAAAAGTTAGGATTCTC  300

seq1  TCAAAAGCCACTAAACAATCCATAGGGTCTTTCAAACTGAGGATTCAAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAGCCACTAAACAATCCATAGGGTCTTTCAAACTGAGGATTCAAAG  350

seq1  ACTGTTATCAGGCTTGGCCACTTAGAGGTCACAATTTCCCTTGCTTTCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTTATCAGGCTTGGCCACTTAGAGGTCACAATTTCCCTTGCTTTCCC  400

seq1  ATGATATAACCTAGGTCAGGGTGGCAGAGGTGGCTGACACTGCCCCAGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATATAACCTAGGTCAGGGTGGCAGAGGTGGCTGACACTGCCCCAGTA  450

seq1  ACCAGAACATCTATCTGGGAGGGAGCAGGTTGTCACTCACAATGCCAGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGAACATCTATCTGGGAGGGAGCAGGTTGTCACTCACAATGCCAGTC  500

seq1  AAGGTAACAGGCCCATTCTCTGGGGCAAGGCCCATCTTAGGGGAAGTACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTAACAGGCCCATTCTCTGGGGCAAGGCCCATCTTAGGGGAAGTACC  550

seq1  TCCTCTCTGTGTGTGTGTGTGTTTGTATATGTGTGTGTGTGCATGCACAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTCTGTGTGTGTGTGTGTTTGTATATGTGTGTGTGTGCATGCACAC  600

seq1  TCTGCATGGAGGCTGATCAGAATGCTAGGAAGGATGGAGAGGAGACAATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCATGGAGGCTGATCAGAATGCTAGGAAGGATGGAGAGGAGACAATA  650

seq1  TAGAAGCCTCTCCCTGTGCCTCTGCTGATCTCACAGGAGACCCCAAACCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGCCTCTCCCTGTGCCTCTGCTGATCTCACAGGAGACCCCAAACCC  700

seq1  AGAGGGTTTCTGAAGTCTGAAGTCAGGCACTACCTCCTGGCAAAAAACTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGTTTCTGAAGTCTGAAGTCAGGCACTACCTCCTGGCAAAAAACTT  750

seq1  TTAAAGGCAGAGAAAAGTTAAAAGAACTGTATCAATGAACAGCTCCAAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGGCAGAGAAAAGTTAAAAGAACTGTATCAATGAACAGCTCCAAGG  800

seq1  ACCACAGTAGGCTTGGACTCTGGAGCATAA-GGTCTCCGAATGTTCTTCT  849
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ACCACAGTAGGCTTGGACTCTGGAGCATAATGGTCTCCGAATGTTCTTCT  850

seq1  GATGGGCAAACAAAGCAGGCCCTTTGTAGCCTCCAAGCCTGTATGGTCAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGGCAAACAAAGCAGGCCCTTTGTAGCCTCCAAGCCTGTATGGTCAT  900

seq1  GACTAAACAGTCCAGGTAAGCATGAGCACTGTTGGGATCACCCCTAAGGG  949
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GACTAAACAGTTCAGGTAAGCATGAGCACTGTTGGGATCACCCCTAAAGG  950

seq1  ACAGGAAAGCACAGTCATCGCAGCTGGGCTGGGAGCAGCCTGGGGTCAGG  999
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| 
seq2  ACAGG-AAGCACAGTCATCGCAGCTGGGCTGGGAGCAGCCTTGGGTCAG-  998

seq1  AACGTCTGCAAAGAGAGTTGCAGCCTTGATAGGTTTTGGCGTGGCAGATC  1049
       ||||||||||||||||||||||| |  ||| |||||||||| |||||||
seq2  -ACGTCTGCAAAGAGAGTTGCAGCTTGAATACGTTTTGGCGTAGCAGATC  1047

seq1  TG--ATAGTGAGCCGTGTCCTCTGC--TCCGTAGTG-AGCAACTTGCC  1092
      ||  |||||||||||||||||||||  ||  |  || |||||||||||
seq2  TGATATAGTGAGCCGTGTCCTCTGCTTTCGATGATGAAGCAACTTGCC  1095

seq1: chr8_11868721_11869326
seq2: B6Ng01-327M13.g_67_672 (reverse)

seq1  TGCATATGGAGTCAGACATCAACATTGGTTATTGTGATGGTTTGTATGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATATGGAGTCAGACATCAACATTGGTTATTGTGATGGTTTGTATGTG  50

seq1  CTCAGCCCAGAGAGTGACACTTATTAGAGGGTGTGGTTCTGTTAGAGTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCCCAGAGAGTGACACTTATTAGAGGGTGTGGTTCTGTTAGAGTAG  100

seq1  GTATGGTCTTGTTGGAGTAGGCTGTGGGTGTGGGCTTTAAGACCTTCATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGGTCTTGTTGGAGTAGGCTGTGGGTGTGGGCTTTAAGACCTTCATC  150

seq1  CTAGCTGCCTGGAAGCCAGTATTCTGCTTCAGATGGAGATGTAGAACTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCTGCCTGGAAGCCAGTATTCTGCTTCAGATGGAGATGTAGAACTCT  200

seq1  CAGCTCCTCCTGCACCATGCCTGCCTGGCTGCTGCCATGTTCCTGCCTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCCTCCTGCACCATGCCTGCCTGGCTGCTGCCATGTTCCTGCCTTG  250

seq1  ATGATAATGGACTGAACCTCTGAACCTGTAAGTCAGATCCCAATTAAATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATAATGGACTGAACCTCTGAACCTGTAAGTCAGATCCCAATTAAATG  300

seq1  TTGTCCTTTAAGAGACACCTTGGTCATGGTATCTATCACAGCATATTGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCCTTTAAGAGACACCTTGGTCATGGTATCTATCACAGCATATTGAG  350

seq1  TATACAAACCCTATGTAAGGATGACTTTGATGCTGTGTGAATTGTATCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACAAACCCTATGTAAGGATGACTTTGATGCTGTGTGAATTGTATCTT  400

seq1  GAATCCCTTCATATCTGCCCCTCCCTCATACACAAATGGTTCAACCACAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCCCTTCATATCTGCCCCTCCCTCATACACAAATGGTTCAACCACAG  450

seq1  GAAGATCAGGCCTCTTACATAGCTCCTAGGACGTGGCCTCTGAATTCCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATCAGGCCTCTTACATAGCTCCTAGGACGTGGCCTCTGAATTCCCA  500

seq1  GTTTCACTTATGAGAGGGCACTGGGAGGGTGGGTCTGAGAAGGGCAGGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCACTTATGAGAGGGCACTGGGAGGGTGGGTCTGAGAAGGGCAGGGA  550

seq1  TGACCATGAATTGATGGGACAGGCAGGGGAGGGAGAGGGGGAGGGGCCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCATGAATTGATGGGACAGGCAGGGGAGGGAGAGGGGGAGGGGCCAA  600

seq1  GAATTC  606
      ||||||
seq2  GAATTC  606