BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-330A13
Chromosome8 (Build37)
Map Location 29,518,600 - 29,683,844
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG666446
Upstream geneChrna6, 4921537P18Rik, Gm1698, EG666422, LOC666430
Downstream geneLOC100042598, Unc5d, LOC100041237
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-330A13.bB6Ng01-330A13.g
ACCGA116826GA116827
length992435
definitionB6Ng01-330A13.b B6Ng01-330A13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(29,682,854 - 29,683,844)(29,518,600 - 29,519,040)
sequence
gaattctctggaagcacatcaccctggagatgggatatgtactttaatac
attccagctgtactacttttaaaactgtgagctcttgaaggggggtgatt
agttagacactgcagcatctgtaggaagctaatgattttttccgaacatt
actaacaaaagcagattgatcactgtcctccaaatctcaagaaaattgtt
ttcatgtattctgaagtcacttgaatgaggattagcagtatgtgattaac
attaagaatatatagttctattaattttacaaatacagtatttcacagct
tcctgttgagaagtttaattatataatattttatatatgtgcttagaatg
acattgatgatttttatattctgtatatcttacttctgcataactaagtc
tgaattaacatgagtttagttgaccctattaatctaaatatcaaatcata
taatatttttatttctcctaacatttcagacagtcaagcagtctggaagg
gaaacgtagtgaaacaatttaaaataagtttggactggctcaaaaacata
actggctcccagttgcatttgcatattctattttatggagtgatatgcaa
atgaagcaaaccagtctggttctcattgaacactaaggtctcattggctt
gaccttttgtggtgggacctgtgggggtgggaaaaaatgaaacctgagac
ttcacccccaacctgccaatcaggggagctacctaaaacctgcttttgtg
ctcagcaatgctggcagaacccatgggctcattttatacatatcctgtag
aaagcagtttggaaggctgcttgagtttccagtgatttctgaggcagtgg
cctcaactcagtgtgcccatcaaggaatacatctttagtttaaccaccaa
gggcctcttctgtggttaaaacacagtcaactgccattatagctgtttgc
ttacaggaagattaggactgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg

caatccaaaagaaaaagaaaagaaaagtaaagtaaaaaagaatacaggag
acaagaagtagggaaggtgcaaaatcttatcttcatggcatgactcagcc
actgcaaatatgatctcataccagctatggttgcttgcacaagatggatc
ctgtcaagcaaccaatatgaacatggaggggcttataatactctgcccct
ctgtgttgaattattgatgactgatagacactaggggtaggaagtacttg
tcttcagttatgtgacatatattgatcccactgagccccattatctagtt
ccaaatgtgggcatatgaagggtcctagttaaaatccacgagtcattaaa
aaagcaaataaacatgaatatagaaaatggggaagatgggataatggcag
gggtgagggaaaaatgaggaaagggaggggtgaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_29682854_29683844
seq2: B6Ng01-330A13.b_50_1041 (reverse)

seq1  CACACACACACACACACACACACAGTCCTAATCTTCCTGTAAGCAAACAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACAGTCCTAATCTTCCTGTAAGCAAACAG  50

seq1  CTATAATGGCAGTTGACTGTGTTTTAACCACAGAAGAGGCCCTTGGTGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAATGGCAGTTGACTGTGTTTTAACCACAGAAGAGGCCCTTGGTGGT  100

seq1  TAAACTAAAGATGTATTCC-TGATGGGCACACTGAGTTGAGGCCACTGCC  149
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACTAAAGATGTATTCCTTGATGGGCACACTGAGTTGAGGCCACTGCC  150

seq1  TCAGAAATCACTGGAAACTCAAGCAGCCTTCCAAACTGCTTTCTACAGGA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAAATCACTGGAAACTCAAGCAGCCTTCCAAACTGCTTTCTACAGGA  200

seq1  TATGTATAAAATGAGCCCATGGGTTCTGCCAGCATTGCTGAGCACAAAAG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTATAAAATGAGCCCATGGGTTCTGCCAGCATTGCTGAGCACAAAAG  250

seq1  CAGGTTTTAGGTAGCTCCCCTGATTGGCAGGTTGGGGGTGAAGTCTCAGG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTTTTAGGTAGCTCCCCTGATTGGCAGGTTGGGGGTGAAGTCTCAGG  300

seq1  TTTCATTTTTTCCCACCCCCACAGGTCCCACCACAAAAGGTCAAGCCAAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATTTTTTCCCACCCCCACAGGTCCCACCACAAAAGGTCAAGCCAAT  350

seq1  GAGACCTTAGTGTTCAATGAGAACCAGACTGGTTTGCTTCATTTGCATAT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACCTTAGTGTTCAATGAGAACCAGACTGGTTTGCTTCATTTGCATAT  400

seq1  CACTCCATAAAATAGAATATGCAAATGCAACTGGGAGCCAGTTATGTTTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCCATAAAATAGAATATGCAAATGCAACTGGGAGCCAGTTATGTTTT  450

seq1  TGAGCCAGTCCAAACTTATTTTAAATTGTTTCACTACGTTTCCCTTCCAG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCAGTCCAAACTTATTTTAAATTGTTTCACTACGTTTCCCTTCCAG  500

seq1  ACTGCTTGACTGTCTGAAATGTTAGGAGAAATAAAAATATTATATGATTT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTTGACTGTCTGAAATGTTAGGAGAAATAAAAATATTATATGATTT  550

seq1  GATATTTAGATTAATAGGGTCAACTAAACTCATGTTAATTCAGACTTAGT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATTTAGATTAATAGGGTCAACTAAACTCATGTTAATTCAGACTTAGT  600

seq1  TATGCAGAAGTAAGATATACAGAATATAAAAATCATCAATGTCATTCTAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCAGAAGTAAGATATACAGAATATAAAAATCATCAATGTCATTCTAA  650

seq1  GCACATATATAAAATATTATATAATTAAACTTCTCAACAGGAAGCTGTGA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATATATAAAATATTATATAATTAAACTTCTCAACAGGAAGCTGTGA  700

seq1  AATACTGTATTTGTAAAATTAATAGAACTATATATTCTTAATGTTAATCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACTGTATTTGTAAAATTAATAGAACTATATATTCTTAATGTTAATCA  750

seq1  CATACTGCTAATCCTCATTCAAGTGACTTCAGAATACATGAAAACAATTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACTGCTAATCCTCATTCAAGTGACTTCAGAATACATGAAAACAATTT  800

seq1  TCTTGAGATTTGGAGGACAGTGATCAATCTGCTTTTGTTAGTAATGTTCG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGAGATTTGGAGGACAGTGATCAATCTGCTTTTGTTAGTAATGTTCG  850

seq1  GAAAAAATCATTAGCTTCCTACAGATGCTGCAGTGTCTAACTAATCACCC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAATCATTAGCTTCCTACAGATGCTGCAGTGTCTAACTAATCACCC  900

seq1  CCCTTCAAGAGCTCACAGTTTTAAAAGTAGTACAGCTGGAATGTATTAAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCAAGAGCTCACAGTTTTAAAAGTAGTACAGCTGGAATGTATTAAA  950

seq1  GTACATATCCCATCTCCAGGGTGATGTGCTTCCAGAGAATTC  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACATATCCCATCTCCAGGGTGATGTGCTTCCAGAGAATTC  992


seq1: chr8_29518600_29519040
seq2: B6Ng01-330A13.g_68_508

seq1  GAATTCCAATCCAAAAGAAAAAGAAAAGAAAAGTAAAGTAAAAAAGAATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAATCCAAAAGAAAAAGAAAAGAAAAGTAAAGTAAAAAAGAATA  50

seq1  CAGGAGACAAGAAGTAGGGAAGGTGCAAAATCTTATCTTCATGGCATGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGACAAGAAGTAGGGAAGGTGCAAAATCTTATCTTCATGGCATGAC  100

seq1  TCAGCCACTGCAAATATGATCTCATACCAGCTATGGTTGCTTGCACAAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCACTGCAAATATGATCTCATACCAGCTATGGTTGCTTGCACAAGA  150

seq1  TGGATCCTGTCAAGCAACCAATATGAACATGGAGGGGCTTATAATACTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATCCTGTCAAGCAACCAATATGAACATGGAGGGGCTTATAATACTCT  200

seq1  GCCCCTCTGTGTTGAATTATTGATGACTGATAGACACTAGGGGTAGGAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCTCTGTGTTGAATTATTGATGACTGATAGACACTAGGGGTAGGAAG  250

seq1  TACTTGTCTTCAGTTATGTGACATATATTGATCCCACTGAGCCCCATTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTGTCTTCAGTTATGTGACATATATTGATCCCACTGAGCCCCATTAT  300

seq1  CTAGTTCCAAATGTGGGCATATGAAGGGTCCTAGTTAAAATCCACGAGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTTCCAAATGTGGGCATATGAAGGGTCCTAGTTAAAATCCACGAGTC  350

seq1  ATTAAAAAAGCAAATAAACATGAATATAGAAAATGGGGAAGATGGGATAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAAAAGCAAATAAACATGAATATAGAAAATGGGGAAGATGGGATAA  400

seq1  TGGCAGGGGTGAGGGAAAAATGAGGAAAGGGAGGGGTGAGA  441
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGGGGTGAGGGAAAAATGAGGAAAGGGAGGGGTGAGA  441


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |