BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-332G23
Chromosome8 (Build37)
Map Location 33,003,791 - 33,080,078
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNrg1
Upstream geneLOC547008, Dusp26, Rnf122, BC019943, Rbm13, Fut10, LOC666330, LOC666568, 7420700N18Rik, LOC100041329, EG330731, LOC100041340
Downstream gene2010007E15Rik, EG666589, EG546052, LOC100042715
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-332G23.bB6Ng01-332G23.g
ACCGA118541GA118542
length1,0871,019
definitionB6Ng01-332G23.b B6Ng01-332G23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(33,078,990 - 33,080,078)(33,003,791 - 33,004,820)
sequence
gaattcaaaggttttaggctctaattcctgggctcaacttctgacagttt
gggggtttgccttatgagggccaagttgtagaaaaacaaataacctgagt
agacaaggaatccacttcctgtttcttcgtaaggcgaccttgattgcatc
tctggactctcagtctttacccagggagtaattatgccctgggttggtga
ggtctcatttacttggtttgttttctgggatctcctgttcattcctgaac
tgagcagagaagtagactttgtagttggcggtggaaactatgagctgttg
aggtctcaagttctggggtggttgatcattaaataagtttgtgggtgtgg
gtaaaaggccatctttttcttctttaattaaaaacattttattataaaag
ctcaagtatacccatcttcatatttatgaggcttttttactaatcatcat
catatgatttttatctatacatattctagctcatagggggctttgtataa
agcaaaattccatgtccactgtgcagggtaatgtaaagtgtcatgcaaaa
ctgatagaataattttcctatgtacagcttctgttctgaagatttggaaa
taagtgtgtgccgtacccaggttgtggtggaggtggccatcttgagtggt
cagtcattatctctgggatagccaccacaggcccaatctggagtgatgtt
gatgaaggacttcacttcttgtagaggtgtctccctgtgatctttagtga
gatgagtccaatgcttgtttctatagatgtttctaagagggaaaaataat
agacttgacacagtgtttactttcaagtcagtaatttataaaaatcattt
actgaaaatagatatggtactcccagtgccttcttacagagttaggttaa
tgtgtgatatgcagccatgaaggtgctctgaagacaaagcatggccccat
gactcttgtaacactggtttgttaatcaaggaagtagcctacttagacat
gattttatgaatggagtatttcatcaggttccctacctgcctccttttct
gctgaaatttttttttttaattggggaattttacttt

gaattccaggtactgatgctgatggcgtagtaacaaaactcagcaagttt
gtaaacacattggcaaaggttaccttcattctaatcaacctgaatgcttc
catttataagtctcagagttatcattacattgcactcaggtctctgataa
atatctatgaccagagaagttgattgccactgaatttacccagaataaaa
tcctctatttaaaagagtgtcatactatgtaacctaagctacccttcaga
ttatgattctgctgccacatctctggaagactagaggcatgatcctggct
caaaaccaaaaccgttttgacagtcctcatctttaaaactaagtatgaag
ggctggcgagatggagcaatggttaagaggacatgctatttttcagaaga
accaggtttgagtcccagtttacacatgagaaagcttacagactccttta
actatctccaggggatctgaggctctccgatcacctctgtgacacttggt
ctcctgcaccaatatcctccaacagacatacgcatacatatgctaatttt
aaaatatattaaataaatcctgtaacataaacacagaatcatttttgata
ctcatactacataaaagtggcagagaggagtgttatcttttcaaatgtgg
tagggtataagggtcaaaaactaatgtgtctgtattttttaaagagctaa
atgcttcaaccataatggtcactctgggccactagtgtagggtgcagatc
ctattgtcattccattcaaattgggaaagacaaattccatttataacatt
aaaaggaatccctatgaaaatgcaggaaaaaatgcattaaatattgttaa
aattaagctatcagacttttaaactttggatgtttatagttctggaactt
gaatgttattattgctaacagggctctgttttctttcttcttttttcttt
ctgaaacaacatctcatatgtaccctagctacatcaagtgcaatctcact
gtagtcacagctctctaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_33078990_33080078
seq2: B6Ng01-332G23.b_44_1130 (reverse)

seq1  AAAGTAAAA-TCCCAAATTAAAAAAAAAAATTTCAGCAGAAAAAGAGGCA  49
      ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AAAGTAAAATTCCCCAATTAAAAAAAAAAATTTCAGCAGAAAAGGAGGCA  50

seq1  GGTAGGGAACCTGGATGAAATACT-CATTCATAAAATCATGTTCTTAGTA  98
      |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||
seq2  GGTAGGGAACCT-GATGAAATACTCCATTCATAAAATCATG-TCTAAGTA  98

seq1  -GCTACTTCCTTGATTTAACAAAACCAGTGTTACAAGAGTCATGGGGCCA  147
       ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTACTTCCTTGA-TTAAC-AAACCAGTGTTACAAGAGTCATGGGGCCA  146

seq1  TGCTTTGTCTTCAGAGCACCTTCATGGCTGCATATCACACATTAACCTAA  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTGTCTTCAGAGCACCTTCATGGCTGCATATCACACATTAACCTAA  196

seq1  CTCTGTAAGAAGGCACTGGGAGTACCATATCTATTTTTCAGTAAATGATT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CTCTGTAAGAAGGCACTGGGAGTACCATATCTA-TTTTCAGTAAATGATT  245

seq1  TTTATAAATTACTGACTTGAAAGTAAACACTGTGTCAAGTCTATTATTTT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAAATTACTGACTTGAAAGTAAACACTGTGTCAAGTCTATTATTTT  295

seq1  TCCCTCTTAGAAACATCTATAGAAACAAGCATTGGACTCATCTCACTAAA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCTTAGAAACATCTATAGAAACAAGCATTGGACTCATCTCACTAAA  345

seq1  GATCACAGGGAGACACCTCTACAAGAAGTGAAGTCCTTCATCAACATCAC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCACAGGGAGACACCTCTACAAGAAGTGAAGTCCTTCATCAACATCAC  395

seq1  TCCAGATTGGGCCTGTGGTGGCTATCCCAGAGATAATGACTGACCACTCA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGATTGGGCCTGTGGTGGCTATCCCAGAGATAATGACTGACCACTCA  445

seq1  AGATGGCCACCTCCACCACAACCTGGGTACGGCACACACTTATTTCCAAA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGCCACCTCCACCACAACCTGGGTACGGCACACACTTATTTCCAAA  495

seq1  TCTTCAGAACAGAAGCTGTACATAGGAAAATTATTCTATCAGTTTTGCAT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAGAACAGAAGCTGTACATAGGAAAATTATTCTATCAGTTTTGCAT  545

seq1  GACACTTTACATTACCCTGCACAGTGGACATGGAATTTTGCTTTATACAA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACTTTACATTACCCTGCACAGTGGACATGGAATTTTGCTTTATACAA  595

seq1  AGCCCCCTATGAGCTAGAATATGTATAGATAAAAATCATATGATGATGAT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCCCTATGAGCTAGAATATGTATAGATAAAAATCATATGATGATGAT  645

seq1  TAGTAAAAAAGCCTCATAAATATGAAGATGGGTATACTTGAGCTTTTATA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAAAAAAGCCTCATAAATATGAAGATGGGTATACTTGAGCTTTTATA  695

seq1  ATAAAATGTTTTTAATTAAAGAAGAAAAAGATGGCCTTTTACCCACACCC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATGTTTTTAATTAAAGAAGAAAAAGATGGCCTTTTACCCACACCC  745

seq1  ACAAACTTATTTAATGATCAACCACCCCAGAACTTGAGACCTCAACAGCT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACTTATTTAATGATCAACCACCCCAGAACTTGAGACCTCAACAGCT  795

seq1  CATAGTTTCCACCGCCAACTACAAAGTCTACTTCTCTGCTCAGTTCAGGA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGTTTCCACCGCCAACTACAAAGTCTACTTCTCTGCTCAGTTCAGGA  845

seq1  ATGAACAGGAGATCCCAGAAAACAAACCAAGTAAATGAGACCTCACCAAC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAACAGGAGATCCCAGAAAACAAACCAAGTAAATGAGACCTCACCAAC  895

seq1  CCAGGGCATAATTACTCCCTGGGTAAAGACTGAGAGTCCAGAGATGCAAT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGCATAATTACTCCCTGGGTAAAGACTGAGAGTCCAGAGATGCAAT  945

seq1  CAAGGTCGCCTTACGAAGAAACAGGAAGTGGATTCCTTGTCTACTCAGGT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTCGCCTTACGAAGAAACAGGAAGTGGATTCCTTGTCTACTCAGGT  995

seq1  TATTTGTTTTTCTACAACTTGGCCCTCATAAGGCAAACCCCCAAACTGTC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGTTTTTCTACAACTTGGCCCTCATAAGGCAAACCCCCAAACTGTC  1045

seq1  AGAAGTTGAGCCCAGGAATTAGAGCCTAAAACCTTTGAATTC  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTTGAGCCCAGGAATTAGAGCCTAAAACCTTTGAATTC  1087


seq1: chr8_33003791_33004820
seq2: B6Ng01-332G23.g_66_1084

seq1  GAATTCCAGGTACTGATGCTGATGGCGTAGTAACAAAACTCAGCAAGTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGTACTGATGCTGATGGCGTAGTAACAAAACTCAGCAAGTTT  50

seq1  GTAAACACATTGGCAAAGGTTACCTTCATTCTAATCAACCTGAATGCTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAACACATTGGCAAAGGTTACCTTCATTCTAATCAACCTGAATGCTTC  100

seq1  CATTTATAAGTCTCAGAGTTATCATTACATTGCACTCAGGTCTCTGATAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTATAAGTCTCAGAGTTATCATTACATTGCACTCAGGTCTCTGATAA  150

seq1  ATATCTATGACCAGAGAAGTTGATTGCCACTGAATTTACCCAGAATAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTATGACCAGAGAAGTTGATTGCCACTGAATTTACCCAGAATAAAA  200

seq1  TCCTCTATTTAAAAGAGTGTCATACTATGTAACCTAAGCTACCCTTCAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTATTTAAAAGAGTGTCATACTATGTAACCTAAGCTACCCTTCAGA  250

seq1  TTATGATTCTGCTGCCACATCTCTGGAAGACTAGAGGCATGATCCTGGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGATTCTGCTGCCACATCTCTGGAAGACTAGAGGCATGATCCTGGCT  300

seq1  CAAAACCAAAACCGTTTTGACAGTCCTCATCTTTAAAACTAAGTATGAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACCAAAACCGTTTTGACAGTCCTCATCTTTAAAACTAAGTATGAAG  350

seq1  GGCTGGCGAGATGGAGCAATGGTTAAGAGGACATGCTATTTTTCAGAAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGGCGAGATGGAGCAATGGTTAAGAGGACATGCTATTTTTCAGAAGA  400

seq1  ACCAGGTTTGAGTCCCAGTTTACACATGAGAAAGCTTACAGACTCCTTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGGTTTGAGTCCCAGTTTACACATGAGAAAGCTTACAGACTCCTTTA  450

seq1  ACTATCTCCAGGGGATCTGAGGCTCTCCGATCACCTCTGTGACACTTGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATCTCCAGGGGATCTGAGGCTCTCCGATCACCTCTGTGACACTTGGT  500

seq1  CTCCTGCACCAATATCCTCCAACAGACATACGCATACATATGCTAATTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGCACCAATATCCTCCAACAGACATACGCATACATATGCTAATTTT  550

seq1  AAAATATATTAAATAAATCCTGTAACATAAACACAGAATCATTTTTGATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATATTAAATAAATCCTGTAACATAAACACAGAATCATTTTTGATA  600

seq1  CTCATACTACATAAAAGTGGCAGAGAGGAGTGTTATCTTTTCAAATGTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATACTACATAAAAGTGGCAGAGAGGAGTGTTATCTTTTCAAATGTGG  650

seq1  TAGGGTATAAGGGTCAAAAACTAATGTGTCTGTATTTTTTAAAGAGCTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGTATAAGGGTCAAAAACTAATGTGTCTGTATTTTTTAAAGAGCTAA  700

seq1  ATGCTTCAACCATAATGGTCACTCTGGGCCACTAGTGTAGGGTGCAGATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTCAACCATAATGGTCACTCTGGGCCACTAGTGTAGGGTGCAGATC  750

seq1  CTATTGTCATTCCATTCAAATTGGGAAAGACAAATTCCATTTATAACATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTGTCATTCCATTCAAATTGGGAAAGACAAATTCCATTTATAACATT  800

seq1  AAAAGGAATCCCTATGAAAATGCAGGAAAAAAATGCATTAAATATTGTTA  850
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGAATCCCTATGAAAATGCAGG-AAAAAATGCATTAAATATTGTTA  849

seq1  AAATTAAGCTATCAAGACTTTTAAACTTTGGATG-TTATAGTTCTGGAAA  899
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||
seq2  AAATTAAGCTATC-AGACTTTTAAACTTTGGATGTTTATAGTTCTGG-AA  897

seq1  CTTGAATGTTATTATTGCT-ACAGGGCTTCTTGTTTTTCTTTCTTTCTTT  948
      ||||||||||||||||||| ||||||| |||   ||||||||| ||||||
seq2  CTTGAATGTTATTATTGCTAACAGGGC-TCT--GTTTTCTTTC-TTCTTT  943

seq1  TTTCTTTCTGAAACAACATCTCATTATGTACCCTAGGCTAACATCAAAGT  998
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||| ||||
seq2  TTTCTTTCTGAAACAACATCTCA-TATGTACCCTA-GCT-ACATC-AAGT  989

seq1  GCAATCTCACTGGTAGTCAACAGCTCTCTAAT  1030
      ||||||||||| |||||| |||||||||||||
seq2  GCAATCTCACT-GTAGTC-ACAGCTCTCTAAT  1019


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |